vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-29T11:01:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2703Axes et value en string : bug lors du passage en « clone average read length ...2017-11-29T11:01:58+01:00Mikaël SalsonAxes et value en string : bug lors du passage en « clone average read length » en mode bar1. Aller sur un résultat quelconque : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=3241&config=32
2. Dans le menu plot, mettre l'axe des x à « clone average read length » (tout va bien)
3. Dans le menu plot, passer en mode « bar »
Aïe...1. Aller sur un résultat quelconque : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=3241&config=32
2. Dans le menu plot, mettre l'axe des x à « clone average read length » (tout va bien)
3. Dans le menu plot, passer en mode « bar »
Aïe. On a une erreur :
```
numerical_axis.js:273
TypeError: value.toFixed is not a function
```Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2702Bug au remplissage du champ patient d'un sample2017-11-17T12:23:05+01:00Mikaël SalsonBug au remplissage du champ patient d'un sampleLorsqu'on crée un nouveau sample pour un patient existant, le champ patient est pré-rempli. Si on le modifie cela fait complètement planter FF 45 (inutilisable, doit être redémarré), avec le message, dans la console :
```
that.options i...Lorsqu'on crée un nouveau sample pour un patient existant, le champ patient est pré-rempli. Si on le modifie cela fait complètement planter FF 45 (inutilisable, doit être redémarré), avec le message, dans la console :
```
that.options is undefined
```
Dans le fichier `database.js` en ligne 1057.
Sous Chrome, il n'y a pas plantage total mais message d'erreur dans la console Javascript pour la même ligne :
```
database.js:1057 Uncaught TypeError: Cannot read property 'indexOf' of undefined
at Database.updateInput (database.js:1057)
at HTMLInputElement.<anonymous> (database.js:1075)
```Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2701L'autocomplétion lors de la création d'un set propose des valeurs aberrantes2018-03-02T15:36:42+01:00Thonier FlorianL'autocomplétion lors de la création d'un set propose des valeurs aberrantesBug vu lors du contrôle de #2308.
L'autocompletion sous `app` me retourne des valeurs de `set` existants sous `dev`. Ce qui ne devrait pas être le cas car les deux serveurs sont étanches.
@mikael-s pense que cela peut-être simplement ...Bug vu lors du contrôle de #2308.
L'autocompletion sous `app` me retourne des valeurs de `set` existants sous `dev`. Ce qui ne devrait pas être le cas car les deux serveurs sont étanches.
@mikael-s pense que cela peut-être simplement l'autocomplétion de mon navigateur qui indique des résultats enregistrés sous dev. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2699Meilleure répartition des labels numériques pour l'axe x2020-02-05T15:45:57+01:00Mathieu GiraudMeilleure répartition des labels numériques pour l'axe xPlus les labels de l'axe des x sont espacés (#2697/#2450), plus les valeurs peuvent sembler curieuses.
![igh-l4](/uploads/c00347b28538c6b835928641277a752c/igh-l4.png)
Ici (L4, vue par défaut), on a 17 labels 17 ... 305, avec un step de...Plus les labels de l'axe des x sont espacés (#2697/#2450), plus les valeurs peuvent sembler curieuses.
![igh-l4](/uploads/c00347b28538c6b835928641277a752c/igh-l4.png)
Ici (L4, vue par défaut), on a 17 labels 17 ... 305, avec un step de 18.
Ce serait plus joli de voir uniquement 15 labels 10 .. 310, avec un step de 20.
Voir `nice_floor` et `nice_ceil` (cf bb41029, déjà utilisé ?), mais pas que.
cc @RyanHerb Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2698Multiple scatterplots: export et raccourcis claviers devraient concerner celu...2017-11-20T01:28:28+01:00Mathieu GiraudMultiple scatterplots: export et raccourcis claviers devraient concerner celui du basVu hier avec @mikael-s.Vu hier avec @mikael-s.Web 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2697Labels de l'axe des x trop serrés donc illisibles2017-10-19T11:26:55+02:00Mathieu GiraudLabels de l'axe des x trop serrés donc illisiblesEn faisant un preset 3 sur un jeu avec du IGH, les légendes de l'axe des x sont trop serrées.
![igh-genscan](/uploads/e080982a7a76d3257dc8f07a57d247f6/igh-genscan.png)
Il devrait y avoir moins de ticks x, ou bien moins de labels.
cc ...En faisant un preset 3 sur un jeu avec du IGH, les légendes de l'axe des x sont trop serrées.
![igh-genscan](/uploads/e080982a7a76d3257dc8f07a57d247f6/igh-genscan.png)
Il devrait y avoir moins de ticks x, ou bien moins de labels.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2694Autocomplete.js et ES62017-11-17T20:37:49+01:00Mathieu GiraudAutocomplete.js et ES6`make quality` plante sur dev (on ne le voyait pas avant car les tags étaient sur `feature-s`) :
```
js/autocomplete.js: line 82, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplet...`make quality` plante sur dev (on ne le voyait pas avant car les tags étaient sur `feature-s`) :
```
js/autocomplete.js: line 82, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 85, col 40, 'arrow function syntax (=>)' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 89, col 54, 'arrow function syntax (=>)' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 111, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 112, col 9, 'const' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 123, col 13, 'concise methods' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
js/autocomplete.js: line 124, col 38, 'arrow function syntax (=>)' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 131, col 33, 'template literal syntax' is only available in ES6 (use 'esversion: 6').
js/autocomplete.js: line 135, col 13, 'concise methods' is available in ES6 (use 'esversion: 6') or Mozilla JS extensions (use moz).
```
On peut certes faire eb2622... mais pour l'instant je crois qu'on était resté à ES5.1 (#2006).
Cela dit, si c'est juste l'auto-complétion qui ne fonctionne pas, ce n'est pas grave (sauf pour notre suite de tests).
cc @RyanHerb https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2693liste déroulante vide si dépassement de la selection 152021-11-09T11:58:01+01:00Thonier Florianliste déroulante vide si dépassement de la selection 15J'avais déjà remarqué ça mais ça ressort maintenant avec !61.
Lorsque l'on sélectionne dans la liste des axes pour les plots une valeur à partir de 15, le retour dans la liste une fois repliée montre une sélection vide.
cc @magiraud ...J'avais déjà remarqué ça mais ça ressort maintenant avec !61.
Lorsque l'on sélectionne dans la liste des axes pour les plots une valeur à partir de 15, le retour dans la liste une fois repliée montre une sélection vide.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2691Choses à vérifier lors d'une mise à jour serveur2023-03-01T15:54:36+01:00Mathieu GiraudChoses à vérifier lors d'une mise à jour serveur@RyanHerb : "Upload, schedulers..."
Il faudrait avoir une liste à vérifier... (suite à vdj#483)@RyanHerb : "Upload, schedulers..."
Il faudrait avoir une liste à vérifier... (suite à vdj#483)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2688Style des tags : bikeshedding2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudStyle des tags : bikeshedding1d0b3a29 fait un style léger pour mieux identifier les tags. Visible sur `dev`.
Ouvert au ~bikeshedding ... et le met-on de suite, ou attend-on #2687 ?1d0b3a29 fait un style léger pour mieux identifier les tags. Visible sur `dev`.
Ouvert au ~bikeshedding ... et le met-on de suite, ou attend-on #2687 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2686Tirets dans les tags2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudTirets dans les tagsNous souhaitons pouvoir mettre des tirets `-` dans les tags. Voir la liste initiale #2683.Nous souhaitons pouvoir mettre des tirets `-` dans les tags. Voir la liste initiale #2683.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2685mettre des print() dans task.py2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu Giraudmettre des print() dans task.pycc @RyanHerbcc @RyanHerbWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2684Tags : Autocomplétion avec caractères UTF-82017-10-10T12:26:30+02:00Mikaël SalsonTags : Autocomplétion avec caractères UTF-8On peut créer des tags avec des caractères cyrilliques ou asiatiques, avec des majuscules accentuées en revanche l'autocomplétion ne propose pas tous ces cas-là (alors qu'elle fonctionne avec les minuscules accentuées…).On peut créer des tags avec des caractères cyrilliques ou asiatiques, avec des majuscules accentuées en revanche l'autocomplétion ne propose pas tous ces cas-là (alors qu'elle fonctionne avec les minuscules accentuées…).Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2683Liste initiale de tags2020-08-27T12:04:40+02:00Mathieu GiraudListe initiale de tagsSuite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
...Suite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
```
=== oui ===
--> doc/tags.org
=== à discuter encore ===
#CDKN2 #CDKN2A #CDKN2B
#DNA #RNA #cDNA #cfDNA #ctDNA
SLL ? AML ?
=== plus tard ===
vaccine
mouse
dog
```Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2682Segmenteur: Alignement des highlights2017-10-04T14:12:36+02:00Ryan HerbertSegmenteur: Alignement des highlightsL'alignement des highlights pose problème.
La solution actuelle, se basant sur les `em` semble ne pas pouvoir fonctionner (du moins, la solution n'a pas été trouvée)
Un post stackoverflow n'a pas donné de solution utilisant notre méthod...L'alignement des highlights pose problème.
La solution actuelle, se basant sur les `em` semble ne pas pouvoir fonctionner (du moins, la solution n'a pas été trouvée)
Un post stackoverflow n'a pas donné de solution utilisant notre méthode: https://stackoverflow.com/questions/46215419/aligning-characters-of-different-font-sizes-in-css
Un essai avec des spans semble ralentir le tout de manière conséquente.
Un autre essai avec une table (100*300) rend le segmenteur quasi inutilisable (sans qu'il n'y ai les évènements JS associés à des clones).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2681Normalisation : des clones disparaissent2017-11-29T14:45:55+01:00Mikaël SalsonNormalisation : des clones disparaissentTous les clones dont l'abondance est supérieure au clone normalisé disparaissent (au point concerné).
Peut-être ajouter un test pour s'assurer que le bug ne revienne pas ?Tous les clones dont l'abondance est supérieure au clone normalisé disparaissent (au point concerné).
Peut-être ajouter un test pour s'assurer que le bug ne revienne pas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2680Menu normalisation : radio bouton à gauche + taille2017-11-29T21:27:22+01:00Mathieu GiraudMenu normalisation : radio bouton à gauche + taille(o) clone (0.1%)
Voir comment est fait `getStrSize`(o) clone (0.1%)
Voir comment est fait `getStrSize`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2679Un primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"2022-06-21T14:56:10+02:00Mathieu GiraudUn primo-utilisateur ne voit pas le lien "See results"Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien ...Un utilisateur en contact avec @flothoni :
> Thanks a lot , I got result in multi+inc+xxx It seems an XML file.
> If I only want LGH V, D, J name in the result txt file, Is anyway I can do this?
Manifestement il a cliqué sur le lien `multi+inc+xxx` à côté de l'échantillon... Est-ce que ce n'est pas assez clair ? Comment mieux l'indiquer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2678Ne plus utiliser le paquet apt de web2py pour notre packaging.2019-11-22T13:44:59+01:00Ryan HerbertNe plus utiliser le paquet apt de web2py pour notre packaging.Le paquet debian de web2py est encore à la version 2.12.3 (2015) or la version 2.15.4 (09/2017) est disponible en version stable.
Comme indiqué dans #2673, il y a un bugfix qui nous concerne pour les tags qui ne sera potentiellement pas...Le paquet debian de web2py est encore à la version 2.12.3 (2015) or la version 2.15.4 (09/2017) est disponible en version stable.
Comme indiqué dans #2673, il y a un bugfix qui nous concerne pour les tags qui ne sera potentiellement pas présent dans les paquets avant longtemps. Donc il faut surement envisager d'utiliser le code source à la place (comme il était déjà fait sur les serveurs hors paquets/docker).Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2677pear : resultat afficher en success malgré un fail.2020-04-22T16:55:46+02:00Thonier Florianpear : resultat afficher en success malgré un fail.Un utilisateur (user 169) vient d'essayer de déposer ses fichiers et de les merger par le preprocess pear.
Le résultat est indiqué en success, alors qu'il semble qu'il n'en soit rien.
J'ai essayé d’accéder au fichier de résultat et d...Un utilisateur (user 169) vient d'essayer de déposer ses fichiers et de les merger par le preprocess pear.
Le résultat est indiqué en success, alors qu'il semble qu'il n'en soit rien.
J'ai essayé d’accéder au fichier de résultat et donc comme attendu, il y a qu'un fichier de 45 bytes bizarre.
J'ai ensuite essayé d’accéder aux fichiers directement sur le serveur mais pas moyen de mettre la main dessus. Ils sont supprimés à la fin de l’exécution de pear ?
Quoiqu'il en soit, je me demande si il n'y a pas un mauvais formatage des fichiers en entrés car ça fait deux fois que ça arrive à cet utilisateur (sur es même fichiers).
@magiraud @mikael-s @RyanHerb