vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-06-26T15:01:25+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3100Autocomplete : vitesse/latence en production2018-06-26T15:01:25+02:00Mathieu GiraudAutocomplete : vitesse/latence en productionVu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifi...Vu ensemble lors du test de déploiement : il y avait des reqûetes > 100 secondes pour l'autocomplete
- pour tous, 500 est quasi bon... quitte à attendre si on en veut plus, après quelques caractères ?
- pour les admins, limite spécifique ?
Demande à chaque caractère ? Danger de lag ? Un truc asynchrone ?
Bloque vdj#626.
cc @flothoni @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3097Add set : erreur serveur si unicode dans le nom2018-03-22T17:39:13+01:00Mathieu GiraudAdd set : erreur serveur si unicode dans le nomVu au moins pour
- Last Name de "add patient"
- Name de "set"
- Name de "run"
Bloque vdj#626.Vu au moins pour
- Last Name de "add patient"
- Name de "set"
- Name de "run"
Bloque vdj#626.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3093Sur dev des workers sont présents, mais les tâches restent QUEUED2018-03-22T11:33:19+01:00Mikaël SalsonSur dev des workers sont présents, mais les tâches restent QUEUEDDepuis les problèmes qu'on a eus sur dev.vidjil.org, les tâches ne sont plus attribuées à des workers. Alors qu'il y a pourtant des workers qui existent.
/cc @RyanHerbDepuis les problèmes qu'on a eus sur dev.vidjil.org, les tâches ne sont plus attribuées à des workers. Alors qu'il y a pourtant des workers qui existent.
/cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3092Edit information sur un sample set renvoie une 4042018-03-22T09:59:19+01:00Mikaël SalsonEdit information sur un sample set renvoie une 404Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).Discuté avec @RyanHerb.
Quand on est sur un sample set on ne peut pas éditer l'information (le nom du contrôleur n'est pas correct).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3091Edit sample2018-03-22T10:21:44+01:00Mathieu GiraudEdit sampleDeux choses bloquantes (mais une solution peut être de commenter temporairement "edit") :
- 1. le "sample information", s'il est déjà existant, n'est pas bien affiché
- 2. il ne devrait y avoir qu'un champ "Common sets" / "Specific set...Deux choses bloquantes (mais une solution peut être de commenter temporairement "edit") :
- 1. le "sample information", s'il est déjà existant, n'est pas bien affiché
- 2. il ne devrait y avoir qu'un champ "Common sets" / "Specific set", sinon on ne comprend pas --> ok, fait
Un détail:
- 3. le retour du formulaire devrait ramener au set, non pas à la liste de tous les sets
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3089Submit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (prob...2018-03-20T15:10:54+01:00Mathieu GiraudSubmit button in data uploading dialog has a little bi misleading title (probably, that means Submit in French)(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
See attach
![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/English(From https://github.com/vidjil/vidjil/issues/8)
See attach
![image](/uploads/14cd91391649e55625ffe497de6c861d/image.png)
My browser: Chrome for Linux, OS: Ubuntu 14, System locale: US/Englishhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3088Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump2023-05-23T15:50:12+02:00Thonier FlorianPear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dumpUn utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):...Un utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 734, in run_pre_process
(stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 796, in communicate
self.wait()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1376, in wait
pid, sts = _eintr_retry_call(os.waitpid, self.pid, 0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 476, in _eintr_retry_call
return func(*args)
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 901, in <lambda>
signal.signal(signal.SIGTERM, lambda signum, stack_frame: sys.exit(1))
SystemExit: 1
```
Je pense qu'il s'agit d'une erreur de surcharge dans la mémoire, mais je ne peux pas accéder à vda pour voir les logs (connexion au chu), et les logs dispo depuis l'interface sont trop récents.
A vérifier lorsque je peux accéder au serveur.
En tout cas je ne suis pas certain qu'il s'agisse d'un bug à proprement parler si cela vient de la mémoire.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3085Parfois un job server-unit ne termine pas2018-03-20T15:05:58+01:00Mathieu GiraudParfois un job server-unit ne termine pas@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/165#note_78482 :
> Parfois le job ne se termine pas. La raison à cela est obscure. Voici la sortie du job au point où il en est à l'heure actuelle :
```
(…)
Ran 146 tests...@mikael-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/165#note_78482 :
> Parfois le job ne se termine pas. La raison à cela est obscure. Voici la sortie du job au point où il en est à l'heure actuelle :
```
(…)
Ran 146 tests in 6.416s
OK
Generating XML reports...
web2py Web Framework
Created by Massimo Di Pierro, Copyright 2007-2018
Version 2.16.1-stable+timestamp.2017.11.14.05.54.25
Database drivers available: sqlite3, imaplib, pymysql, pg8000
18 controller files with possible doctests found.
Run doctests
make[1]: Leaving directory '/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server'
```
> Il semble donc avoir terminé ces tests mais ne passe pas à la suite. Est-ce la règle `after_script` qui le bloque ? (mais le blocage date d'avant cet ajout)
> mais ce n'est pas lié à cette branche : je l'ai eu sur `dev` aussi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3083Regénérer les germlines2018-03-20T15:14:54+01:00Mathieu GiraudRegénérer les germlinesSuite à !150 et avant !158, regénérer les germlines.
Je m'en charge.
Voir aussi #1766.
À faire relativement rapidement car les tests algos sont cassés entre temps.Suite à !150 et avant !158, regénérer les germlines.
Je m'en charge.
Voir aussi #1766.
À faire relativement rapidement car les tests algos sont cassés entre temps.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3080Faire une fonction qui filtre un BioReader en fonction d'une séquence2018-06-13T15:45:33+02:00Mikaël SalsonFaire une fonction qui filtre un BioReader en fonction d'une séquencePour #920 on a besoin de ne lancer le FineSegmenter que sur un sous-ensemble du répertoire.
Cela sera fait en passant un `BioReader` restreint aux gènes d'intérêt à la fonction `align_against_collections`. Il faut donc faire une fonctio...Pour #920 on a besoin de ne lancer le FineSegmenter que sur un sous-ensemble du répertoire.
Cela sera fait en passant un `BioReader` restreint aux gènes d'intérêt à la fonction `align_against_collections`. Il faut donc faire une fonction chargée de créer ce `BioReader` restreint.
Elle prendra deux paramètres (au moins ?) :
1. le `BioReader` d'origine
2. la séquence utilisée comme filtre (les k-mers de cette séquence sont utilisés pour déterminer les gènes d'intérêt)
(Cyprien : pour garder l'info tu peux mettre ce numéro d'issue dans tes messages de commit, à la fin de la description. Par exemple « See #3080 »)Cyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3078L'application client se fige de manière aléatoire2018-04-05T09:51:09+02:00Mikaël SalsonL'application client se fige de manière aléatoireRemonté par @Aurelie :
> la page se fige, plus aucune fonction ne répond. Là il faut que je vide l’historique et que je me reconnecte à Vidjil pour que cela reparte.
Et :
>
Pour les pages qui se figent, c’est reproductible et je pens...Remonté par @Aurelie :
> la page se fige, plus aucune fonction ne répond. Là il faut que je vide l’historique et que je me reconnecte à Vidjil pour que cela reparte.
Et :
>
Pour les pages qui se figent, c’est reproductible et je pense que cela se passe uniquement sur les pages d’analyses. Je n’ai pas le souvenir que ce se soit produit quand on est sur la page de la base patients ou quand on crée un nouveau dossier patient.
Peut-être lié à #2847, à voir lorsqu'il sera résolu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3077Erreur serveur en visualisant des résultats sur la branche feature-w/multi_up...2018-04-05T17:26:31+02:00Mikaël SalsonErreur serveur en visualisant des résultats sur la branche feature-w/multi_uploadL'accès à ces données : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=42&config=3 produit une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.19-11-26.f7e19838-ecf0-4300-a717-4295f8f075e8) si...L'accès à ces données : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?set=42&config=3 produit une [erreur serveur](https://dev.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.19-11-26.f7e19838-ecf0-4300-a717-4295f8f075e8) si dev est sur la branche `feature-w/multi_upload` mais pas si elle est sur la branche `dev` :
```
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group_id'
```Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3076Les vues patient/index.html et run/index.html sont-elles encore utiles ?2018-11-21T16:52:24+01:00Mikaël SalsonLes vues patient/index.html et run/index.html sont-elles encore utiles ?J'ai l'impression que c'est `sample_set/index.html` qui fait le job. Est-ce bien le cas ? Peut-on les supprimer ?
Y a-t-il d'autres vues (voire des contrôleurs) dans le même cas qui pourraient être supprimées ?J'ai l'impression que c'est `sample_set/index.html` qui fait le job. Est-ce bien le cas ? Peut-on les supprimer ?
Y a-t-il d'autres vues (voire des contrôleurs) dans le même cas qui pourraient être supprimées ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3073Multi-upload : les pre-process ne sont pas lancés2018-03-21T19:04:38+01:00Mikaël SalsonMulti-upload : les pre-process ne sont pas lancésLors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Lors d'un test en ajoutant deux samples avec un pre-process, les pre-process n'ont pas été lancés et le deuxième sample ne semble pas avoir été uploadé correctement.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3072Erreur serveur en essayant de charger une analyse sans être connecté2018-03-22T12:24:43+01:00Ryan HerbertErreur serveur en essayant de charger une analyse sans être connectéPour être clair, l'erreur se produit après s'être connecté.
- charger une analyse
- se déconnecter
- recharger la page avec la même URL
- valider le formulaire de login
=> server error
Je n'observe pas l'erreur sur `app`, de même pour ...Pour être clair, l'erreur se produit après s'être connecté.
- charger une analyse
- se déconnecter
- recharger la page avec la même URL
- valider le formulaire de login
=> server error
Je n'observe pas l'erreur sur `app`, de même pour l'erreur de #2990 . La raison étant que... Les requêtes login et logout n'échouent pas sur mon environnement.
Donc, sur `app`, la requête de login passe dans le callback `error` et l'URL `next` est traitée dans le callback `error`. Si la requête login fonctionne, on appelle `display_result` dans le callback `success` et les paramètres d'URL sont perdues, menant à une erreur serveur lors du `get_analysis`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3071retour ecran lors d'une erreur de champs pour l'ajout d'un sample2018-03-14T11:20:13+01:00Thonier Florianretour ecran lors d'une erreur de champs pour l'ajout d'un sampleLoi des séries oblige, je suis tombé aujourd'hui sur un bug qui m'a été reporté aussi par un utilisateur.
Lors de l'ajout de sample, j'ai rentré une valeur aberrante dans le champs run. Lorsque je clique sur save, j'ai l’icône `wait`, ...Loi des séries oblige, je suis tombé aujourd'hui sur un bug qui m'a été reporté aussi par un utilisateur.
Lors de l'ajout de sample, j'ai rentré une valeur aberrante dans le champs run. Lorsque je clique sur save, j'ai l’icône `wait`, alors que le serveur est en erreur face à cette valeur inexistante.
Coté log, on a bine une erreur qui s'affiche, mais pour l'utilisateur l'interface est bloquée a mouliner sans que l'on sache pourquoi.
Il faudrait donc penser à avoir un retour en mettant en rouge le fond de la ligne mal renseigné (Je présume en faisant un croiser de l'information et/ou de son type avec la BDD.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3068deploy_review Job Failed #723022018-03-06T17:24:36+01:00Ryan Herbertdeploy_review Job Failed #72302Job [#72302](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/72302
) failed for 501a286b053da9699fba2dd812773fd1ef7df541:
On dirait bien que le rsync ne fonctionne pas comme on veut dans ce pipeline. Il semblerait que l'echec se produit au...Job [#72302](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/72302
) failed for 501a286b053da9699fba2dd812773fd1ef7df541:
On dirait bien que le rsync ne fonctionne pas comme on veut dans ce pipeline. Il semblerait que l'echec se produit au niveau de la clef ssh.
Edit: vu que les liens générés ne fonctionnent pas correctement, le runner en question est Kapla et je mets à jour le lien.
~"dev-ci"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3065Réparer les tests unit-server2018-05-30T15:17:59+02:00Mathieu GiraudRéparer les tests unit-servercc @RyanHerbcc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3063conserver le path lors du chargement de plusieurs fichiers2018-03-05T16:54:28+01:00Thonier Florianconserver le path lors du chargement de plusieurs fichiersAurélie qui semble utiliser le chargement directement depuis le serveur ne conserve pas le chemin relatif précédent à ses anciens chargements. Plus précisément, lors du chargement de chaque fichier, elle doit dérouler l'ensemble de son a...Aurélie qui semble utiliser le chargement directement depuis le serveur ne conserve pas le chemin relatif précédent à ses anciens chargements. Plus précisément, lors du chargement de chaque fichier, elle doit dérouler l'ensemble de son arborescence pour retrouver le nouveau fichier à uploader (à priori 7 sous-dossiers a traverser).
Je ne sais pas quelle serait la meilleur solution.
* On peut conserver dans la session le chemin relative au chargement précédent et le précharger dans le `jstree` ?
* Autre point, si on connaît le dossier à partir duquel tous les fichiers sont chargés, on peut modifier le point de montage par défaut pour qu'il pointe dessus, mais pour ça il faut que tous les fichiers a charger proviennent de ce dossier.
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3061Tests unitaires serveur sur gitlab CI2018-03-06T17:52:42+01:00Mathieu GiraudTests unitaires serveur sur gitlab CI(Peut-être un doublon, je n'arrive pas à retrouver la tâche)
Avoir l'équivalent de `server-unit` sur gitlab. Différent de #2881.
cc @RyanHerb(Peut-être un doublon, je n'arrive pas à retrouver la tâche)
Avoir l'équivalent de `server-unit` sur gitlab. Différent de #2881.
cc @RyanHerb