vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-23T10:04:51+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1351Chargement d'analysis avec champ "data"2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamChargement d'analysis avec champ "data"(priorité haute, envoi mail à Nikos)
(voir les fichiers browser/demo/* sur rbx)
Même sans résoudre la tache API analysis, l'URL suivante devrait fonctionner :
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis...(priorité haute, envoi mail à Nikos)
(voir les fichiers browser/demo/* sur rbx)
Même sans résoudre la tache API analysis, l'URL suivante devrait fonctionner :
http://rbx.vidjil.org/browser/?data=demo/external-data-test.vidjil&analysis=demo/external-data-test.analysis
La seule différence entre le external-data-test.analysis et le LIL-L3 analysis est ce bloc :
"data": {
"qPCR" : [0.95, 0.00003, 0.002, 0.1, 0.95],
"dataTest2" : [ 5, 400, 0.1, 0.02, 1]
},
Et on obtient, dans model.js :
undefined is not an object (evaluating 'this.data[key] = this.analysis.data[key]')
Me suis-je trompé dans le format, ai-je oublié quelque chose ?
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merci
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1816Beaucoup de timeout depuis aujourd'hui2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamBeaucoup de timeout depuis aujourd'huiOn a (dans vidjil-debug, accessible depuis l'onglet admin) eu bcp de :
/client/: callUrl: timeout - patient/index?
***
Ce problème couvre différents aspects. Il y a au moins trois solutions :
1. Multi-threader web2py : https://www.pro...On a (dans vidjil-debug, accessible depuis l'onglet admin) eu bcp de :
/client/: callUrl: timeout - patient/index?
***
Ce problème couvre différents aspects. Il y a au moins trois solutions :
1. Multi-threader web2py : https://www.producteev.com/workspace/t/56fcf601b0fa09d242000019
2. Avertir l'utilisateur que la requête est en cours https://www.producteev.com/workspace/t/56fcf658b0fa09364a000004
3. Améliorer le temps de chargement de la liste patients : https://www.producteev.com/workspace/t/553e3765b2fa091d7f00001b
Tâche fermée, se reporter aux autres pour les détails techniques.
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1298API : accès à la visu d'un patient2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAPI : accès à la visu d'un patientScénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là...Scénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là, puis là.
***
Par exemple http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2 (avec un bouton share pour récupérer l'URL ou alors Vidjil nous met automatiquement à cette URL-là lorsqu'on visualise le suivi d'un patient).
Ou mieux : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=CasMax&config=IGH-500
***
Je vote plutôt pour http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2
parce que les noms des patients (...) et surtout des configs peuvent changer.
(et aussi par anonymat, les URLs sont stockées partout, pas génial de balancer les noms des patients)
Peut-être hasher cela pour que ce soit moins translucide ?
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=df541da5&config=2
***
(et voir comment cela se passe lorsqu'ils ne sont pas loggués, peuvent-ils être redirigés comme il le faut lors du log)
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>> 167408d80c424
-redirection ok
-shortcut ("?patient=15&config=2") ok
pour changer l'url sans recharger la page
history.pushState('plop', 'plop', '/browser/index.html?patient=32&config=5');
pour le bouton share (copie dans le presse papier >> need flash)
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Excellent.
Et je ne connaissais pas pushState, et cela fonctionne même sur mon navigateur propriétaire :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1924Bouton "get support" dans le browser2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamBouton "get support" dans le browserUne fonctionnalité premium :-)
Le menu "help" pourrait être réorganisé en "help & support", avec l'aide actuelle et aussi une nouvelle entrée "get support" qui prépare un mail comme ci-dessous, et ouvre directement un lien "mailto".
""...Une fonctionnalité premium :-)
Le menu "help" pourrait être réorganisé en "help & support", avec l'aide actuelle et aussi une nouvelle entrée "get support" qui prépare un mail comme ci-dessous, et ouvre directement un lien "mailto".
"""
Dear Vidjil team, I have a question on the results I obtain on the following sample:
XXX url XXX
XXX clone1: XXX
XXX clone2: XXX
""
Si, à ce moment, des clones sont sélectionnés, ils apparaîtraient dans le mail.
(voir aussi "FineSegmenter d'un petit nombre de clones", l'idée de pouvoir rapporter un problème sur une séquence)
***
(J'ai du expliquer deux fois hier à Myriam et Michaela de nous envoyer un mail, et ce n'est vraiment pas la première fois qu'on doit faire cela, et autant avoir les infos qui peuvent nous servir...)
***
Super ! Peux-tu pousser ?
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801ebb2 et b370c68.
Parfait (à part le "rebase" oublié), c'est prêt à aller en prod, merci Tatiana pour tout !
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1482Surligner le clone vu dans la fenêtre d'info détaillée2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamSurligner le clone vu dans la fenêtre d'info détailléeYann, 26 mars
***
Surligner partout (list, graph, sp, segmenter) le clone pour lequel on voit les infos détaillées
***
ok
***
@DuezYann, 26 mars
***
Surligner partout (list, graph, sp, segmenter) le clone pour lequel on voit les infos détaillées
***
ok
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2308Mise en production des sets génériques2018-02-23T10:04:51+01:00Mathieu GiraudMise en production des sets génériquesNous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] ...Nous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] info en haut à gauche
* [x] save analysis
Et la documentation `user.org` parle-t-elle bien aussi des sets ? Communique-t-on d'une manière particulière ?
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2221Faire un mock pour window pour les tests QUnit bidouillant l'url2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudFaire un mock pour window pour les tests QUnit bidouillant l'urlOn aimerait mieux tester `url_obs.js` fait par @aurelBZH, pour être plus robuste par rapport au comportement de QUnit vis-à-vis de l'url.
@RyanHerb propose de faire un "mock". Par exemple un mock de `window`, utilisé dans notre code com...On aimerait mieux tester `url_obs.js` fait par @aurelBZH, pour être plus robuste par rapport au comportement de QUnit vis-à-vis de l'url.
@RyanHerb propose de faire un "mock". Par exemple un mock de `window`, utilisé dans notre code comme `window.history.pushState('plop', 'plop', new_url);` et `window.location`.
Voir par exemple http://stackoverflow.com/questions/14627367/mock-window-location-reload-using-qunit
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2190API URL: Tests2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudAPI URL: TestsAvant d'ajouter d'autres éléments de ~"client-api" #1188, il faudrait faire les tests pour ceux existants (et fermer les tâches liées).
On pourrait certes tester une fois le fonctionnement global (mais `file:///home/aurelien/sources/....Avant d'ajouter d'autres éléments de ~"client-api" #1188, il faudrait faire les tests pour ceux existants (et fermer les tâches liées).
On pourrait certes tester une fois le fonctionnement global (mais `file:///home/aurelien/sources/...` ne doit pas apparaître), mais l'esprit d'un test unitaire est plutôt/aussi de tester directement le fonctionnement des méthodes de `url_obs.js`, en premier lieu `update`.
Il ne serait pas absurde que `url_param` soit un `this.url_param`, et que ce soit mis à jour à la fin de `update` (à la place de `new_url`), ce qui permettrait de tester plus facilement.
On s'attend aussi à avoir au moins un test de `getparameters`.
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2181API/URL: pas de ?x=&y= si les axes sont ceux par défaut2018-02-23T10:04:52+01:00Mathieu GiraudAPI/URL: pas de ?x=&y= si les axes sont ceux par défautcc @mikael-s @RyanHerbcc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2988Le paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?2018-02-23T12:05:04+01:00Mikaël SalsonLe paramètre patient fonctionne-t-il toujours dans l'URL ?L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient ...L'accès à cette URL ne m'affiche pas de résultat : http://app.vidjil.org/browser/index.html?patient=4265&config=35
Alors que celle-ci : http://app.vidjil.org/browser/index.html?set=17944&config=35 m'en affiche bien une… celle du patient 4265.
Pourquoi le paramètre `patient` ne semble-t-il pas fonctionnel ? cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3056Une complétion "avec un espace devant" ne fonctionne pas2018-02-27T14:49:05+01:00Mathieu GiraudUne complétion "avec un espace devant" ne fonctionne pasRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2493Réparer et étendre les tests fonctionnels sur multiple_scatterplot2018-02-28T15:59:02+01:00Mathieu GiraudRéparer et étendre les tests fonctionnels sur multiple_scatterplotVoir au moins #2492 (bloquant ?)
Une solution serait aussi de n'avoir qu'un seul sp pour les tests (mvoui).
En tout cas il faudrait aussi au moins un test fonctionnel pour les deux sp.
cc @RyanHerbVoir au moins #2492 (bloquant ?)
Une solution serait aussi de n'avoir qu'un seul sp pour les tests (mvoui).
En tout cas il faudrait aussi au moins un test fonctionnel pour les deux sp.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2701L'autocomplétion lors de la création d'un set propose des valeurs aberrantes2018-03-02T15:36:42+01:00Thonier FlorianL'autocomplétion lors de la création d'un set propose des valeurs aberrantesBug vu lors du contrôle de #2308.
L'autocompletion sous `app` me retourne des valeurs de `set` existants sous `dev`. Ce qui ne devrait pas être le cas car les deux serveurs sont étanches.
@mikael-s pense que cela peut-être simplement ...Bug vu lors du contrôle de #2308.
L'autocompletion sous `app` me retourne des valeurs de `set` existants sous `dev`. Ce qui ne devrait pas être le cas car les deux serveurs sont étanches.
@mikael-s pense que cela peut-être simplement l'autocomplétion de mon navigateur qui indique des résultats enregistrés sous dev. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3063conserver le path lors du chargement de plusieurs fichiers2018-03-05T16:54:28+01:00Thonier Florianconserver le path lors du chargement de plusieurs fichiersAurélie qui semble utiliser le chargement directement depuis le serveur ne conserve pas le chemin relatif précédent à ses anciens chargements. Plus précisément, lors du chargement de chaque fichier, elle doit dérouler l'ensemble de son a...Aurélie qui semble utiliser le chargement directement depuis le serveur ne conserve pas le chemin relatif précédent à ses anciens chargements. Plus précisément, lors du chargement de chaque fichier, elle doit dérouler l'ensemble de son arborescence pour retrouver le nouveau fichier à uploader (à priori 7 sous-dossiers a traverser).
Je ne sais pas quelle serait la meilleur solution.
* On peut conserver dans la session le chemin relative au chargement précédent et le précharger dans le `jstree` ?
* Autre point, si on connaît le dossier à partir duquel tous les fichiers sont chargés, on peut modifier le point de montage par défaut pour qu'il pointe dessus, mais pour ça il faut que tous les fichiers a charger proviennent de ce dossier.
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
>
Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2255Simplifier `make release`2018-03-05T18:42:56+01:00Mathieu GiraudSimplifier `make release`C'est utile d'avoir un `make release`, ne serait-ce que pour générer les .tgz et le binaire.
Mais a-t-on vraiment besoin des longues listes de fichier dans le `Makefile` ? On oublie des fichiers régulièrement.
Ne pourrait-on pas inclure ...C'est utile d'avoir un `make release`, ne serait-ce que pour générer les .tgz et le binaire.
Mais a-t-on vraiment besoin des longues listes de fichier dans le `Makefile` ? On oublie des fichiers régulièrement.
Ne pourrait-on pas inclure tout `algo` (qu'est-ce que cela changerait ?), et éventuellement d'autres fichiers ?
cc @mikael-sAlgo 2017.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2991'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur2018-03-06T16:15:04+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3068deploy_review Job Failed #723022018-03-06T17:24:36+01:00Ryan Herbertdeploy_review Job Failed #72302Job [#72302](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/72302
) failed for 501a286b053da9699fba2dd812773fd1ef7df541:
On dirait bien que le rsync ne fonctionne pas comme on veut dans ce pipeline. Il semblerait que l'echec se produit au...Job [#72302](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/72302
) failed for 501a286b053da9699fba2dd812773fd1ef7df541:
On dirait bien que le rsync ne fonctionne pas comme on veut dans ce pipeline. Il semblerait que l'echec se produit au niveau de la clef ssh.
Edit: vu que les liens générés ne fonctionnent pas correctement, le runner en question est Kapla et je mets à jour le lien.
~"dev-ci"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2714CSS et tags2018-03-06T17:39:26+01:00Mathieu GiraudCSS et tagsOn a eu avec @RyanHerb plusieurs fois des soucis de CSS pour vdj#487 (et actuellement la situation est instable, copie à la main des css sur `app`).
Pourquoi donc ? Tout n'est pas commité dans `light.css` aussi ?On a eu avec @RyanHerb plusieurs fois des soucis de CSS pour vdj#487 (et actuellement la situation est instable, copie à la main des css sur `app`).
Pourquoi donc ? Tout n'est pas commité dans `light.css` aussi ?