vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-02-20T16:36:27+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4152only/except pour remplacer feature-a ?2020-02-20T16:36:27+01:00Mathieu Giraudonly/except pour remplacer feature-a ?Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/g...Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/germline_id
- germline/*.g
- tools/**/* # on pourrait être plus précis
```
Les `**/*` ailleurs que dans `algo/` peuvent être problématiques, le soucis est qu'on risque de lancer souvent pour rien #3397 (mais c'est très bien si on détecte ainsi des problèmes).
À l'inverse, même si on ne couvre pas 100% (et c'est déjà le cas actuellement, ou on "oublie" de nommer correctement une branche à certains moments), normalement on a un pipeline hebdomadaire sur `dev` qui teste tout, il faudra veiller à ce qu'il soit bien conservé.
Bref, a priori quelques fichiers `germline/`, plutôt que `germline/**/*` (le but est bien de pouvoir travailler sur une `feature-g` indépendamment de l'algo)
Quelque part cela fait réfléchir à nos dépendances (et à #1491 :).2020-04-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4150validate-links.py: liens relatifs2020-06-10T08:30:07+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: liens relatifsPour l'instant, `validate-links.py` ne vérifie pas les liens relatifs, et il y en a.Pour l'instant, `validate-links.py` ne vérifie pas les liens relatifs, et il y en a.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4149mkdocs: rendre les #4149 comme liens vers les issues gitlab2020-04-23T19:18:28+02:00Mathieu Giraudmkdocs: rendre les #4149 comme liens vers les issues gitlabEn particulier pour #3894.
Vraisemblablement par un plugin custom.
https://www.mkdocs.org/user-guide/plugins/En particulier pour #3894.
Vraisemblablement par un plugin custom.
https://www.mkdocs.org/user-guide/plugins/Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4148Utiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/2020-02-21T07:15:21+01:00Mathieu GiraudUtiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4147Simplifier scatterplot+graph en extrayant des choses indépendantes, pour les ...2020-01-21T17:03:42+01:00Mathieu GiraudSimplifier scatterplot+graph en extrayant des choses indépendantes, pour les paramètresSuggestion de @duez (en parlant de !565)
Voir aussi #2245.Suggestion de @duez (en parlant de !565)
Voir aussi #2245.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4146Surveiller par CI des mesures de temps2020-01-21T16:39:22+01:00Mathieu GiraudSurveiller par CI des mesures de tempsExtrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur...Extrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur dans un fichier, et le test plante si +/- 10%) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4145Remplacer les sleep de Watir par un test sur le nouveau flag2022-03-23T13:48:51+01:00Mathieu GiraudRemplacer les sleep de Watir par un test sur le nouveau flagmerci Marc pour cette proposition :)merci Marc pour cette proposition :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4144segmenter broken apres le chargement d'un second fichier2020-10-14T11:29:53+02:00marc duezsegmenter broken apres le chargement d'un second fichier
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai ...
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai pas la main sur "align" qui apparaît grisé. Ceci se corrige quand j'actualise la page
la fonction reset() du segmenter ne fonctionne plus avec les derniers merges
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4143mkdocs: réorganiser la navigation dans la doc2020-02-18T10:16:19+01:00Mathieu Giraudmkdocs: réorganiser la navigation dans la docBeaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Beaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4142Convertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en md2020-11-13T19:38:56+01:00Mathieu GiraudConvertir doc/should-vdj.org et doc/tags.org en mdMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4141Chargement très long depuis le hotfix2020-01-21T13:50:40+01:00Mikaël SalsonChargement très long depuis le hotfixSur ma machine j'ai un fichier .vidjil (et .analysis) pour L3 que je charge automatiquement quand j'accède au client en local.
Là je viens de remarquer que c'était trèèèèès long à charger. Après mesure cela a mis 1m30 contre quasi imméd...Sur ma machine j'ai un fichier .vidjil (et .analysis) pour L3 que je charge automatiquement quand j'accède au client en local.
Là je viens de remarquer que c'était trèèèèès long à charger. Après mesure cela a mis 1m30 contre quasi immédiat avant. Un git bisect me donne 76433f4.
J'aurais tendance à penser que c'est la cause de #4140.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4140Segmenter et clones synthétiques2020-01-21T12:09:54+01:00marc duezSegmenter et clones synthétiquesprobleme survenu avec Simona
> we have launched some analysis this morning.
> The process is "COMPLETED" but we are not able to see the results. If we select the botton "see results multi+inc+xxx" , the page with the result doesn't app...probleme survenu avec Simona
> we have launched some analysis this morning.
> The process is "COMPLETED" but we are not able to see the results. If we select the botton "see results multi+inc+xxx" , the page with the result doesn't appear.
le client plante au chargement du fichier
Apres quelques tests sur le fichier incriminé j'ai l'impression que le segmenter n'aime pas les clones synthétiques (otherTRB ...).
En filtrant les clones chargés par le segmenter le fichier se charge correctement.
le souci c'est que d'autres fichiers avec des clones synthétiques ne posent pas ce probleme et celui de Simona fait planter le client trop violemment pour que j'attrape le bug au debuggeur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4139Nouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samplesDepuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons...Depuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons, ce qui pourrait arriver avec single cell #3233 ou autres. Ne pas recréer ~"app-stats" non plus :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4138Problème "align"2020-01-20T16:04:59+01:00Anne de SeptenvilleProblème "align"Je n'arrive plus à aligner les séquences de mes clones sélectionnés (Les séquences passent en grisé et Vijdil mouline).
Ça fonctionnait il y a 2 jours.Je n'arrive plus à aligner les séquences de mes clones sélectionnés (Les séquences passent en grisé et Vijdil mouline).
Ça fonctionnait il y a 2 jours.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4137Avoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?~"CRE-Créteil" aimerait savoir quels sont les V dans les `UNSEG V` (en particulier, compter les TRBV23 (?) pour normalisation ~"bio-capture" ?). Cela va dépendre des longueurs des séquences, sur certaines probablement c'est ambigu...
Av...~"CRE-Créteil" aimerait savoir quels sont les V dans les `UNSEG V` (en particulier, compter les TRBV23 (?) pour normalisation ~"bio-capture" ?). Cela va dépendre des longueurs des séquences, sur certaines probablement c'est ambigu...
Avant de réfléchir à un éventuel truc en ~cpp, on a évoqué avec Guillaume qu'il faudrait déjà étudier cela avec post-process en utilisant le `UNSEG_V.fa`. Guillaume pourrait peut-être regarder cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4136Avoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautés2020-05-27T09:29:48+02:00Mathieu GiraudAvoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautésSuggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-git...Suggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-gitlab", mais avant de trouver l'info... Cela pourrait prendre la forme de ~"client-notifications", mais on pourrait réfléchir à un fichier `.md` dans la ~doc (et donc qui se retrouve sur le web), ou bien une issue ~"dev-gitlab" particulière, à destination des usagers, expliquant ces chantiers. Nul besoin de détailler les 1500 issues (on peut mettre des liens ~"dev-gitlab"), mais plutôt de lister 10-15 chantiers et leur état d'avancement.
#2468 #4110Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-01-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4135N'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-list2020-06-08T11:23:22+02:00Thonier FlorianN'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-listCertain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il ...Certain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il faudrait faire hide all, puis ajouté le sample d'intérêt, puis cahcer le sample qui a du rester actif lors du hide all (long et fastidieux).
Je pense que l'une des solutions est de détecter lors du clic/dblclick l'appui sur la touche `shift` pour conserver le même comportement que sur les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4133Afficher un échantillon en masquant/avertissant les clones contaminés2022-11-10T17:23:09+01:00Mathieu GiraudAfficher un échantillon en masquant/avertissant les clones contaminés(différent de #2442 !)
@Anne et @duez(différent de #2442 !)
@Anne et @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4132Export CSV inutilisable2020-01-16T16:52:45+01:00Mathieu GiraudExport CSV inutilisableCécile et Hakim ~"Créteil-INSERM" voient des exports non utilisables, des colonnes décalées (s'il n'y a pas la D, tout est décalé). Elle va nous envoyer les détails si besoin.Cécile et Hakim ~"Créteil-INSERM" voient des exports non utilisables, des colonnes décalées (s'il n'y a pas la D, tout est décalé). Elle va nous envoyer les détails si besoin.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4131validate-links.py est en échec sur une URL a priori bonne2020-05-20T23:54:56+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py est en échec sur une URL a priori bonneVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_292827.
L'URL en question a été enlevée !574.Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/568#note_292827.
L'URL en question a été enlevée !574.