vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-09-09T18:56:16+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4220Les tests unitaires serveur peuvent échouer avec un nom de branche trop long2021-09-09T18:56:16+02:00Mikaël SalsonLes tests unitaires serveur peuvent échouer avec un nom de branche trop longVoir le job [#576670](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/576670) (pour !618).
Le problème vient de l'utilisation de `$CI_BUILD_REF_SLUG` pour la création d'un environnement virtuel Python. À la place, mettre le numéro de commi...Voir le job [#576670](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/576670) (pour !618).
Le problème vient de l'utilisation de `$CI_BUILD_REF_SLUG` pour la création d'un environnement virtuel Python. À la place, mettre le numéro de commit (`CI_COMMIT_SHORT_SHA`) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4219Avoir un classement par groupe des config proposées2020-04-07T09:18:08+02:00Thonier FlorianAvoir un classement par groupe des config proposéesEn lien avec #1944.
En plus du l'étape de renommage; je trouve intéressant d'avoir une organisation par groupe des configs, en plus des noms qui servent pour le moment de clefs.En lien avec #1944.
En plus du l'étape de renommage; je trouve intéressant d'avoir une organisation par groupe des configs, en plus des noms qui servent pour le moment de clefs.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4218Afficher les noms de fichiers lors de l'ouverture d'un run plutôt que les dates2024-01-19T18:30:04+01:00Thonier FlorianAfficher les noms de fichiers lors de l'ouverture d'un run plutôt que les datesSi le champs des dates est renseigné sur les samples, l'ouverture d'un patient ou d'un run affiche prioritairement ce champ plutôt que le nom du fichier.
Dans le cas d'un patient, c'est assez logique, le nom n'étant probablement pas le...Si le champs des dates est renseigné sur les samples, l'ouverture d'un patient ou d'un run affiche prioritairement ce champ plutôt que le nom du fichier.
Dans le cas d'un patient, c'est assez logique, le nom n'étant probablement pas le plus important. En revanche, si on ouvre par run, on souhaite très probablement avoir l'information du nom de fichier.
Version ultime: S'il y a un lien entre le sample et un patient, les informations nom/prénom du patient.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4217Erreurs sur la segmenter page avec feature-c/axis-rework2020-09-29T16:47:24+02:00Mikaël SalsonErreurs sur la segmenter page avec feature-c/axis-reworkJob [#572928](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/572928) failed for a3f158bd4e15bceb9f11f04c32c35c272e6dc0a7:
En lançant chez moi FF v45 :
```
TypeError: this.m.system_available is undefined
scatterPlot.js:497:13
loadGermli...Job [#572928](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/572928) failed for a3f158bd4e15bceb9f11f04c32c35c272e6dc0a7:
En lançant chez moi FF v45 :
```
TypeError: this.m.system_available is undefined
scatterPlot.js:497:13
loadGermline : undefined com.js:146:13
initClones() com.js:146:13
ScatterPlot scatter_container: init() com.js:146:13
TypeError: Object.values is not a function
scatterPlot.js:1038:20
TypeError: Object.values is not a function
scatterPlot.js:1038:20
```
`Object.values` n'est valide qu'à partir de [FF 47 et Chrome 54](https://caniuse.com/#search=Object.values)
N'hésite pas aussi à essayer de ton côté avec [un FF 45](https://download-installer.cdn.mozilla.net/pub/firefox/releases/45.9.0esr/) (en utilisant la variable d'environnement `WATIR_BROWSER_PATH` pour spécifier le chemin vers celui-ci)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4216Permettre de lancer des analyses sur l'ensemble des clones2020-03-11T12:01:57+01:00Thonier FlorianPermettre de lancer des analyses sur l'ensemble des clonesEn lien avec #4036: Pour le moment, nous n'avons qu'une configuration qui permettent d'analyser l'ensemble des clones (Export AIRR, non public), et présent jusqu'à 5 reads minimum. On obtient des fichiers de tailles bien plus importantes...En lien avec #4036: Pour le moment, nous n'avons qu'une configuration qui permettent d'analyser l'ensemble des clones (Export AIRR, non public), et présent jusqu'à 5 reads minimum. On obtient des fichiers de tailles bien plus importantes, et aussi des temps de calculs augmentés.
Si on veut adopter les distributions et ~"app-stats", il faudra pouvoir y passer. Comment procéder dans ce cas ?
PS: pour les distributions, on augmente à la fois le résultat `.vidjil`, mais aussi le `fused`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4215Gitlab-CI : supprimer le before_script (ne télécharger des données que si c'e...2024-01-18T10:30:25+01:00Mikaël SalsonGitlab-CI : supprimer le before_script (ne télécharger des données que si c'est utile)On a dans le `.gitlab-ci.yml` un `before_script` qui est donc lancé avant **chaque** job. Or cela implique le téléchargement d'un certain nombre de données (par exemple #3597) qui ne sont pas indispensables à chaque job.
Il faudrait sup...On a dans le `.gitlab-ci.yml` un `before_script` qui est donc lancé avant **chaque** job. Or cela implique le téléchargement d'un certain nombre de données (par exemple #3597) qui ne sont pas indispensables à chaque job.
Il faudrait supprimer ce before_script (qui ne fait plus sens vu le nombre de jobs qu'on a maintenant) et réintégrer les commandes nécessaires dans les jobs qui en ont besoin.
Voir aussi https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3397#note_311859Dev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4214Avoir l'information in frame/out of frame depuis l'algo2021-11-22T12:38:28+01:00Thonier FlorianAvoir l'information in frame/out of frame depuis l'algoUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-sUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4213Le top de fuse n'est pas bon2020-03-16T15:56:59+01:00Thonier FlorianLe top de fuse n'est pas bonUne erreur que je pensais corrigé et dont je me suis aperçu l'autre jour. Le top n'est pas bon, nous avons un `<` au lieu d'un `<=` dans la fonction `cut`.
Concrètement, cela donne que si nous choisissons un top 10, nous n'avons que 9 ...Une erreur que je pensais corrigé et dont je me suis aperçu l'autre jour. Le top n'est pas bon, nous avons un `<` au lieu d'un `<=` dans la fonction `cut`.
Concrètement, cela donne que si nous choisissons un top 10, nous n'avons que 9 clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4212Afficher le top d'un clone2020-06-10T19:19:52+02:00Mikaël SalsonAfficher le top d'un cloneEn regardant un clone qui apparait dans plusieurs échantillons au cours du temps je voulais connaitre son "top" (son rang) parmi les clones d'un échantillon donné… et on ne l'a pas (même dans la fenêtre info). C'est dommage.En regardant un clone qui apparait dans plusieurs échantillons au cours du temps je voulais connaitre son "top" (son rang) parmi les clones d'un échantillon donné… et on ne l'a pas (même dans la fenêtre info). C'est dommage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4211getHTMLinfo : adapter pour clones de distributions, representative sequence2020-03-18T08:57:26+01:00Mathieu GiraudgetHTMLinfo : adapter pour clones de distributions, representative sequenceDiscuté avec @flothoni: enlever cette section
Aussi enlever le get reads (il y avait une autre issue ?)Discuté avec @flothoni: enlever cette section
Aussi enlever le get reads (il y avait une autre issue ?)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4209Avoir des jobs gitlab-ci qui utilisent des images Docker2024-01-18T10:31:05+01:00Mikaël SalsonAvoir des jobs gitlab-ci qui utilisent des images DockerDiscuté ensemble, pour avoir une meilleure reproductibilité il faudrait faire nos jobs gitlab-ci à partir d'image Docker. On en a parlé notamment pour #4208 mais c'est vrai plus généralement. Et cela évitera aussi les discussions de vdj#...Discuté ensemble, pour avoir une meilleure reproductibilité il faudrait faire nos jobs gitlab-ci à partir d'image Docker. On en a parlé notamment pour #4208 mais c'est vrai plus généralement. Et cela évitera aussi les discussions de vdj#450.
@duez avait l'air très motivé pour cela ;-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4208Watir treated ["scope"] as a non-HTML compliant attribute2022-03-23T13:49:09+01:00Mikaël SalsonWatir treated ["scope"] as a non-HTML compliant attribute@RyanHerb remonte un test qui échoue régulièrement sur sa branche :
Job [#568994](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/568994) failed for e4ee3c54d27d2890e4ccad684ae392f63c0b1283:
Discuté ensemble, @duez pense l'avoir déjà vu pa...@RyanHerb remonte un test qui échoue régulièrement sur sa branche :
Job [#568994](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/568994) failed for e4ee3c54d27d2890e4ccad684ae392f63c0b1283:
Discuté ensemble, @duez pense l'avoir déjà vu passer.
@RyanHerb dit qu'il faudrait peut-être essayer avec des regexhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4207API : script d'exemple2022-06-28T16:14:40+02:00Mathieu GiraudAPI : script d'exemplePrélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Fai...Prélude à #1589.
vu avec @flothoni et @mikael-s
- `tests/functional/*.rb` fait un login sur serveur externe, mais en clic bouton sur navigateur
- `tests/unit/controllers/*.py` teste des controlleurs, mais à l'intérieur de web2py
Faire un script python qui se connecte par API à serveur et tape directement sur les controlleurs.Web 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4206Des clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes données2020-04-22T18:47:42+02:00Thonier FlorianDes clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes donnéesEn lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en doubl...En lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en double.
Je viens de tester sur dev, et en effet, si on clic rapidement sur le boutons submit, on a de multiples chargement des données.
Il faudrait donc désactiver le bouton une fois qu'il a été cliqué pour éviter ce problème (solution la plus simple). Il faudrait aussi potentiellement voir du côté du serveur si il y a moyen de l’empêcher d’exécuter cette action en double, mais je ne sais pas comment faire pour qu'il le détecte.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4205FLASH : résultats non accessibles2020-06-25T19:57:08+02:00Mikaël SalsonFLASH : résultats non accessiblesDans le run 36406 des pre-process FLASH ont été lancés mais le log de résultat est inaccessible.Dans le run 36406 des pre-process FLASH ont été lancés mais le log de résultat est inaccessible.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4204Faire correspondre les noms des samples dans le graph et dans le menu de séle...2022-01-05T18:12:07+01:00Mikaël SalsonFaire correspondre les noms des samples dans le graph et dans le menu de sélectionSuite à #4105 (!565) on a maintenant un menu qui permet de (dé)sélectionner des échantillons. Mais le mode de nommage ne correspond pas forcément car les noms dans le menu ne prennent pas en compte le choix du menu settings.Suite à #4105 (!565) on a maintenant un menu qui permet de (dé)sélectionner des échantillons. Mais le mode de nommage ne correspond pas forcément car les noms dans le menu ne prennent pas en compte le choix du menu settings.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4203Dockeriser les tests algo sur divers compilateurs2020-03-10T09:49:03+01:00Mikaël SalsonDockeriser les tests algo sur divers compilateursPour des questions de maintenance il serait préférable de dockeriser les tests algos multi-compilateurs. Pour l'instant on a divers compilateurs installés sur un slave, mais on est à la merci de l'évolution de ce slave. Ce n'est pas très...Pour des questions de maintenance il serait préférable de dockeriser les tests algos multi-compilateurs. Pour l'instant on a divers compilateurs installés sur un slave, mais on est à la merci de l'évolution de ce slave. Ce n'est pas très robuste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4202Clones dans .analysis (et pas dans .vidjil): ne créer de nouveau locus que si...2020-02-25T19:37:07+01:00Mathieu GiraudClones dans .analysis (et pas dans .vidjil): ne créer de nouveau locus que si reads existe et est > 0 ?
Pour compléter !602 :
> éventuellement ne créer le clone que si le nombre de reads est > 0, mais il faudrait être sûr que cela ne gène pas les créations manuelles de clones
Évoqué avec @flothoni, ~"priority-1-low". Après #2603.
Pour compléter !602 :
> éventuellement ne créer le clone que si le nombre de reads est > 0, mais il faudrait être sûr que cela ne gène pas les créations manuelles de clones
Évoqué avec @flothoni, ~"priority-1-low". Après #2603.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4201Le dégradé gris peut-il être désactivable ?2020-09-28T16:13:43+02:00Thonier FlorianLe dégradé gris peut-il être désactivable ?En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très est...En lien avec le dégradé gris (#988)
Je tombe sur un cas ou le dégradé n'est pas très joli ni pratique à mon sens. Nous avons ici 2 samples avec 8k clones, et 2 autre avec seulement 10 clones. Le rendu de la zone grise n'est pas très esthétique et remonte assez haut, ce qui pertube un peu la lecture. De plus, un clone avec une taille nulle voit sa courbe cachée derrière ce dégradé ce qui donne l'impression d'une erreur.
![Screenshot_20200225_174221](/uploads/00dceac5e008682b0d7752160054a91f/Screenshot_20200225_174221.png)
Questions:
* Un utilisateur me demande si il est possible de cacher cette zone grise.
* Il faudrait forcer les clones séléctionné ou hover à être au dessus
* Nous avons des clones avec 0 reads pour l'échantillon 3. Comment l'afficher ? Il n'y a pas d'axe à 0.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4200En mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représenté2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier FlorianEn mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représentéVu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Scre...Vu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Screenshot_20200225_150650](/uploads/a8be0d27e1075ae843985c9ad5d7f0dd/Screenshot_20200225_150650.png)
Si on change dans la liste l'axe Y pour choisir size, nous avons de nouveau un axe Y.