vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-06-27T16:54:12+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2732Traitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI112018-06-27T16:54:12+02:00Mathieu GiraudTraitement des options : refactorer vidjil.cpp avec CLI11Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Séparé de #926.
Demande déjà à mieux évaluer CLI (sur `align`, ou d'autres choses) en utilisant des choses plus complexes comme les groupes.Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2731Arrondis sur les axes floats2017-11-23T14:53:50+01:00Mathieu GiraudArrondis sur les axes floatsVu par @flothoni dans #2703 :
> on a des labels de 278.15, 312,57, ...
Que l'axe soit entier ou flottant, c'est ici un mauvais affichage, 278, 312 est plus lisible (et même 280, 310, voir #2699).
Par contre, si l'axe va de 278.01 à 27...Vu par @flothoni dans #2703 :
> on a des labels de 278.15, 312,57, ...
Que l'axe soit entier ou flottant, c'est ici un mauvais affichage, 278, 312 est plus lisible (et même 280, 310, voir #2699).
Par contre, si l'axe va de 278.01 à 278.74, c'est normal d'afficher deux chiffres après la virgule.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2730EC-NGS Lille : social / repas du mardi soir2017-10-17T17:35:15+02:00Mathieu GiraudEC-NGS Lille : social / repas du mardi soirFlore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)Flore à Lille sur la grand place ? Un autre de la grand place ?
Un trip boat sur la Deule + repas au Quesnoy ou à Wambrechies ? (Je n'arrive pas à retrouver cela, sur http://www.isnor.fr/, mais je crois que c'était possible)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2728Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set2024-02-06T08:21:58+01:00Thonier FlorianPouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/setUne réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer...Une réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer aussi pouvoir faire le switch directement depuis un patient, prendre un sample et visualiser le run/set associé par exemple.
*(Ci-dessous, pas forcément, pour l'instant on veut juste des liens)*
~~~Je n'ai pas encore d'idée clair sur la réalisation par contre. La méthode "simple" serait de pouvoir ouvrir un sample du point de vue DB et visualiser toutes ses informations :
* fichiers
* preprocess
* date d'échantillonnage
* ...
* les divers résultats en fonction de la configuration
* enfin une liste de ses implications dans les runs/set
En quelque sorte la vue d’édition d'un sample, avec quelques infos en plus, et sans les éditions.~~~
Web 2020.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2726Faire un "compare" sur un seul sample2020-11-20T21:18:14+01:00Ryan HerbertFaire un "compare" sur un seul sampleAnne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire l...Anne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire le graphe et naviguer entre les samples avec les flèches. Mais un changement de sample par click ou raccourci clavier accidentel pourrait passer inappercu assez facilement. Je me demandais donc s'il serait judicieux de permettre un compare sur un seul sample. Ou encore avec des configs qui ne fusent pas (mais produirait beaucoup d'entrées dans la liste des résultats...).
Actuellement, elle créé deux patients avec le même nom et utilise la recherche texte. Je lui ai donc proposé d'utiliser des tags pour accélérer légèrement la recherche, mais la solution n'avait pas l'air satisfaisante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2724Autocomplete tags : plutôt 7-8 entrées que 5 ?2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudAutocomplete tags : plutôt 7-8 entrées que 5 ?Rien que avec `ALL`, on voit trop peu de tags.
Un peu plus, 7-8 ? Beaucoup plus (bof, lourd ?) #2118
Quelles sont les bonnes pratiques ?
cc @RyanHerbRien que avec `ALL`, on voit trop peu de tags.
Un peu plus, 7-8 ? Beaucoup plus (bof, lourd ?) #2118
Quelles sont les bonnes pratiques ?
cc @RyanHerbWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2722Écrire un document sur la qualité logicielle2019-03-19T11:16:06+01:00Mathieu GiraudÉcrire un document sur la qualité logicielleNotre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500Notre doc de dev détaille déjà les tests. Nous devrions cependant avoir un document à destination des utilisateurs décrivant la qualité et liant si possible vers des résultats de tests.
vdj#500https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2721Pre-process : essayer VDJPipe2023-06-28T17:06:58+02:00Mikaël SalsonPre-process : essayer VDJPipehttps://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1853-z
Ils font notamment du read merging (remplacer PEAR ?), et de-duplicating (intéressant pour la capture).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2720Tester `make release`2018-01-31T10:06:47+01:00Mathieu GiraudTester `make release`Après #2255 et #1491.
On pourra avoir une règle qui teste la release. On l'avait sur Jenkins.Après #2255 et #1491.
On pourra avoir une règle qui teste la release. On l'avait sur Jenkins.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2719Supprimer l'association d'un sample à un patient fait une server error2021-11-09T12:00:12+01:00Mathieu GiraudSupprimer l'association d'un sample à un patient fait une server errorJe suis en train de "déplacer" les samples du "patient" Demo X5 vers un nouveau "set" Demo X5.
Éditer les infos d'un sample > lui associer un set + supprimer un patient > valider
Ticket: vidjil/81.134.19.238.2017-10-12.11-03-11.897dde...Je suis en train de "déplacer" les samples du "patient" Demo X5 vers un nouveau "set" Demo X5.
Éditer les infos d'un sample > lui associer un set + supprimer un patient > valider
Ticket: vidjil/81.134.19.238.2017-10-12.11-03-11.897dde25-a7f1-46d9-a8d9-824a16f346dd
At: /vidjil/file/edit_form
(J'ai fait autrement, en supprimant le patient ensuite.)
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2717L'autocomplete des tags ne fonctionne pas sur l'édition d'info d'un *sample*2017-10-12T10:26:37+02:00Mathieu GiraudL'autocomplete des tags ne fonctionne pas sur l'édition d'info d'un *sample*Sur `app` au moins, j'ai essayé d'éditer les samples de DemoSur `app` au moins, j'ai essayé d'éditer les samples de DemoRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2714CSS et tags2018-03-06T17:39:26+01:00Mathieu GiraudCSS et tagsOn a eu avec @RyanHerb plusieurs fois des soucis de CSS pour vdj#487 (et actuellement la situation est instable, copie à la main des css sur `app`).
Pourquoi donc ? Tout n'est pas commité dans `light.css` aussi ?On a eu avec @RyanHerb plusieurs fois des soucis de CSS pour vdj#487 (et actuellement la situation est instable, copie à la main des css sur `app`).
Pourquoi donc ? Tout n'est pas commité dans `light.css` aussi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2712Avoir un stage de test "external", avoir des environnements de review plus tôt2020-08-27T11:49:09+02:00Mathieu GiraudAvoir un stage de test "external", avoir des environnements de review plus tôtCertains tests fonctionnels dépendent du web et d'autres groupes que nous. Si d'autres serveurs sont plantés, notre suite de test l'est aussi. D'un autre côté, on ne veut surtout pas enlever ces tests : ils contribuent à la robustesse de...Certains tests fonctionnels dépendent du web et d'autres groupes que nous. Si d'autres serveurs sont plantés, notre suite de test l'est aussi. D'un autre côté, on ne veut surtout pas enlever ces tests : ils contribuent à la robustesse de l'ensemble et on veut être prévenu si les APIs des services externes changent.
(Voir aussi #2465.)
Proposition: on pourrait regrouper ces stages dans un stage "external", lancé en dernier. Ce stage pourrait même être optionnel/manuel. En tout cas, il ne doit pas bloquer les déploiements que l'on fait (que ce soit en prod ou en environnement de review).Web 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2706Tags: une liste de tags vide auto-complète à undefined2017-10-19T11:26:55+02:00Ryan HerbertTags: une liste de tags vide auto-complète à undefinedQuand le contrôleur tags/autocomplete renvoi un object JSON vide, l'autocompletion affiche undefined au lieu d'un affichage approprié (loading, empty, ... ?)Quand le contrôleur tags/autocomplete renvoi un object JSON vide, l'autocompletion affiche undefined au lieu d'un affichage approprié (loading, empty, ... ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2705Tags: Charger les tags publics à l'édition/création d'un sample_set2020-09-23T17:36:15+02:00Ryan HerbertTags: Charger les tags publics à l'édition/création d'un sample_setActuellement, on regarde uniquement les tags du groupe du sample_set. On aimerait charger les tags du groupe public à tout moment.Actuellement, on regarde uniquement les tags du groupe du sample_set. On aimerait charger les tags du groupe public à tout moment.Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2704Remplacer les presets avec « clone consensus length » par « clone average len...2017-11-29T08:01:02+01:00Mikaël SalsonRemplacer les presets avec « clone consensus length » par « clone average length » ?La longueur de la séquence consensus est peu interprétable et difficile à expliquer, on devrait se contenter d'afficher la longueur des reads moyenne d'un clone.
Un exemple où cela serait nettement mieux (ne pas se mettre en mode bar po...La longueur de la séquence consensus est peu interprétable et difficile à expliquer, on devrait se contenter d'afficher la longueur des reads moyenne d'un clone.
Un exemple où cela serait nettement mieux (ne pas se mettre en mode bar pour tester, à cause de #2703) : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=25317&config=2
Quand on regarde la longueur de la séquence consensus, on voit que le clone principal a une longueur un peu inférieure à ses sous-clones, ce qui pourrait donner l'impression d'une sous-population différente.
Mais en fait quand on passe en « clone average read length », on se rend compte que tous ont bien la même taille moyenne de reads.
La différence de longueur de séquence consensus est juste due à l'heuristique de calcul de la consensus et apporte plus de bruit que d'information.
Pour l'instant bloqué par #2703, mais à faire juste après.
cc @flothoniWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2703Axes et value en string : bug lors du passage en « clone average read length ...2017-11-29T11:01:58+01:00Mikaël SalsonAxes et value en string : bug lors du passage en « clone average read length » en mode bar1. Aller sur un résultat quelconque : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=3241&config=32
2. Dans le menu plot, mettre l'axe des x à « clone average read length » (tout va bien)
3. Dans le menu plot, passer en mode « bar »
Aïe...1. Aller sur un résultat quelconque : http://app.vidjil.org/index.html?sample_set_id=3241&config=32
2. Dans le menu plot, mettre l'axe des x à « clone average read length » (tout va bien)
3. Dans le menu plot, passer en mode « bar »
Aïe. On a une erreur :
```
numerical_axis.js:273
TypeError: value.toFixed is not a function
```Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2702Bug au remplissage du champ patient d'un sample2017-11-17T12:23:05+01:00Mikaël SalsonBug au remplissage du champ patient d'un sampleLorsqu'on crée un nouveau sample pour un patient existant, le champ patient est pré-rempli. Si on le modifie cela fait complètement planter FF 45 (inutilisable, doit être redémarré), avec le message, dans la console :
```
that.options i...Lorsqu'on crée un nouveau sample pour un patient existant, le champ patient est pré-rempli. Si on le modifie cela fait complètement planter FF 45 (inutilisable, doit être redémarré), avec le message, dans la console :
```
that.options is undefined
```
Dans le fichier `database.js` en ligne 1057.
Sous Chrome, il n'y a pas plantage total mais message d'erreur dans la console Javascript pour la même ligne :
```
database.js:1057 Uncaught TypeError: Cannot read property 'indexOf' of undefined
at Database.updateInput (database.js:1057)
at HTMLInputElement.<anonymous> (database.js:1075)
```Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2701L'autocomplétion lors de la création d'un set propose des valeurs aberrantes2018-03-02T15:36:42+01:00Thonier FlorianL'autocomplétion lors de la création d'un set propose des valeurs aberrantesBug vu lors du contrôle de #2308.
L'autocompletion sous `app` me retourne des valeurs de `set` existants sous `dev`. Ce qui ne devrait pas être le cas car les deux serveurs sont étanches.
@mikael-s pense que cela peut-être simplement ...Bug vu lors du contrôle de #2308.
L'autocompletion sous `app` me retourne des valeurs de `set` existants sous `dev`. Ce qui ne devrait pas être le cas car les deux serveurs sont étanches.
@mikael-s pense que cela peut-être simplement l'autocomplétion de mon navigateur qui indique des résultats enregistrés sous dev. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2699Meilleure répartition des labels numériques pour l'axe x2020-02-05T15:45:57+01:00Mathieu GiraudMeilleure répartition des labels numériques pour l'axe xPlus les labels de l'axe des x sont espacés (#2697/#2450), plus les valeurs peuvent sembler curieuses.
![igh-l4](/uploads/c00347b28538c6b835928641277a752c/igh-l4.png)
Ici (L4, vue par défaut), on a 17 labels 17 ... 305, avec un step de...Plus les labels de l'axe des x sont espacés (#2697/#2450), plus les valeurs peuvent sembler curieuses.
![igh-l4](/uploads/c00347b28538c6b835928641277a752c/igh-l4.png)
Ici (L4, vue par défaut), on a 17 labels 17 ... 305, avec un step de 18.
Ce serait plus joli de voir uniquement 15 labels 10 .. 310, avec un step de 20.
Voir `nice_floor` et `nice_ceil` (cf bb41029, déjà utilisé ?), mais pas que.
cc @RyanHerb Mathieu GiraudMathieu Giraud