vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-10-16T11:50:51+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4525Récupérer par API des .vidjil ou .analysis sans être loggué2020-10-16T11:50:51+02:00Mathieu GiraudRécupérer par API des .vidjil ou .analysis sans être logguéÉvoqué avec @flothoni : pouvoir récupérer le dernier vidjil/analysis sur L4 ou autre sans être loggué
Servirait pour le tutorial, mais aussi pour remplacer certains `wget` sur L4 dans les tests.Évoqué avec @flothoni : pouvoir récupérer le dernier vidjil/analysis sur L4 ou autre sans être loggué
Servirait pour le tutorial, mais aussi pour remplacer certains `wget` sur L4 dans les tests.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4522Affichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneur2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAffichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneurEn lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pou...En lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pour une feature de séquences.
Comment l'affiche-t-on pour souligner le côté e-valeur ? Slider/checkbox ?
Similaire à #2664 #2136 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4521vmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?2020-10-13T19:12:03+02:00Mathieu Giraudvmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue ...
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue sp2 comme la vue graphe sont toujours disponibles, c'est juste la bonne qui vient au bon endroit quand on en a besoin.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4519visu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélection2020-10-13T18:57:05+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélectionBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4517visu3/sp2 et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:40+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 et raccourcis claviersÀ propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?À propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4516visu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bo...2020-10-13T18:40:31+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bon spFait partie de #4513Fait partie de #4513https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4514Mise en prod de vmi / joli menu2020-10-13T17:43:31+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / joli menuSuite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.Suite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4513Mise en prod de vmi / WIDE et visu3/sp22021-08-10T16:40:51+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / WIDE et visu3/sp2Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4512)
> - Pour NORMAL et WIDE, pour l'instant le `visu3` ne semble pas fonctionner et/ou est lent.
Vérifier d'ailleurs aussi que cela fonctionne avec un graphe (> 1 sample) ou sans.
#2810 toujou...Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4512)
> - Pour NORMAL et WIDE, pour l'instant le `visu3` ne semble pas fonctionner et/ou est lent.
Vérifier d'ailleurs aussi que cela fonctionne avec un graphe (> 1 sample) ou sans.
#2810 toujours d'actualité ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4512Mise en prod de vmi / TABLET2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / TABLETSuite à !624/#4195 (et indépendant de #4513) :
> - En TABLET (et ailleurs), faire qu'un simple clic sur les boutons affiche ce qu'il faut.
Et aussi
- cohérence/ordre des vues en TABLET (fixer un ordre ?) Pour l'instant c'est un peu en...Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4513) :
> - En TABLET (et ailleurs), faire qu'un simple clic sur les boutons affiche ce qu'il faut.
Et aussi
- cohérence/ordre des vues en TABLET (fixer un ordre ?) Pour l'instant c'est un peu en bazar.
Dépend aussi de #4514.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4509Documenter la migration de données par migrator.sh2021-02-09T17:32:21+01:00Mathieu GiraudDocumenter la migration de données par migrator.sh
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la...
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la place du paragraphe "Filtering data" ? Marc, dès que tu as des choses dessus, on testera/affinera cela
cc @flothoni2020-10-08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4505Is fuse.py combining mrd fields correctly?2020-10-09T10:31:19+02:00Joao MeidanisIs fuse.py combining mrd fields correctly?Dear Vidjil Team,
Using the new artificial spike-ins recently, I came across something. Below we have a section of a .vidjil file produced by the new fuse. Notice how "reads" and "_average_read_length" are arrays of five items, but "c...Dear Vidjil Team,
Using the new artificial spike-ins recently, I came across something. Below we have a section of a .vidjil file produced by the new fuse. Notice how "reads" and "_average_read_length" are arrays of five items, but "copy_number" inside "mrd" is an array with just one item. Shouldn't it be a 5-item array too? Same for "R2", "family", "norm_coeff".
}
},
"reads": [
29627,
7,
0,
3,
0
],
"mrd": {
"copy_number": [
1205.5911381774217
],
"R2": [
0.9946038975948217
],
"family": [
"UNI"
],
"norm_coeff": [
0.0406923123562096
]
},
"id": "GATGTGTTTCATTGTGCCTTCCTTTAGCCAAACTCATCTTTGGAAAAGGA"
},
{
"germline": "IGH",
"_average_read_length": [
151.0,
151.0,
150.99961853027344,
0,
0
],https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4502Warning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les noms2020-09-30T11:13:23+02:00Thonier FlorianWarning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les nomsJ'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms di...J'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms diverges franchement: Je ne suis pas certain de la facilité ou de la propreté d'un tel code, mais on pourrait imaginer que des fichiers qui divergent par plus que R1/R2 ne sont pas conformes.
Ensuite dans les deux cas, ouvrir un popup/modal si l'utilisateur clique sur `submit samples`. Celui-ci listant les erreurs présentes et demandant de confirmer le choix si l'utilisateur pense que c'est bon quand même.
Pour autant que je sache, par défaut les séquenceurs appliquent déjà une politique de nommage par défaut assez strict.
Attention, j'ai déjà vu des associations de fichiers R1/R3 aussi (avec les UMI).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4499Exporter des rapports pour de nombreux patients2021-10-27T17:27:19+02:00Mikaël SalsonExporter des rapports pour de nombreux patients@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubset@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubsethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4497Date de naissance qui ne passe pas bien avec la création en masse de patients...2020-10-21T08:26:04+02:00Mikaël SalsonDate de naissance qui ne passe pas bien avec la création en masse de patients depuis EthercalcJ'ai fait une démo avec Framacalc et la date de naissance est transformée en un entier ce qui n'est, du coup, pas accepté.
https://lite.framacalc.org/9j8a-q87yj1pvao
Si ce n'est qu'avec Framacalc ce n'est pas dramatique, mais je crains...J'ai fait une démo avec Framacalc et la date de naissance est transformée en un entier ce qui n'est, du coup, pas accepté.
https://lite.framacalc.org/9j8a-q87yj1pvao
Si ce n'est qu'avec Framacalc ce n'est pas dramatique, mais je crains que ce soit lorsque le tableur reconnaît qu'il s'agit d'une date et la transforme ensuite.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4496Avoir un preset locus/size2020-09-29T12:33:01+02:00Mikaël SalsonAvoir un preset locus/sizeUtilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.Utilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4494Avoir des tooltip sur les contenus des différents tableaux2020-09-28T17:12:28+02:00Thonier FlorianAvoir des tooltip sur les contenus des différents tableaux@mikael-s depuis #4493
>et de toute façon sur mon écran je ne vois pas R1/R2 car c'est trop court
J'ai aussi souvent ce cas justement, à plein d'endroit dans les tables. On devrait pouvoir avoir un tooltip au hover (balise `title` en f...@mikael-s depuis #4493
>et de toute façon sur mon écran je ne vois pas R1/R2 car c'est trop court
J'ai aussi souvent ce cas justement, à plein d'endroit dans les tables. On devrait pouvoir avoir un tooltip au hover (balise `title` en fait) qui indique le contenu de la colonne quand on n'a pas la place.
Ce serait déjà une amélioration mineur en attendant de faire une refont du HTML/CSS de ces colonnes (je ne me souviens pas de l'issue correspondante...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4493Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process2020-09-30T10:58:25+02:00Mathieu GiraudNom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il...
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il y a des résultats, c'est que tout s'est bien passé. Plus en détail, le log du process de merge est disponible en cliquant sur "M+R2..." dans la colonne "pre-process"
Cela dit...
- en général, est-ce que le nom est celui du premier fichier ? On pourrait enlever R1/R2 ou d'autres chaînes fréquentes, et mettre "merged" quelque part ?
- ce n'est pas très clair qu'il faut cliquer dessus (~doc). Peut-être un "COMPLETED" ou un checkmark aiderait et montrerait que tout s'est bien passéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4489improve cluster options - cluster by V, V*,J, J*, V+J2020-09-29T14:38:31+02:00marc duezimprove cluster options - cluster by V, V*,J, J*, V+Jmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4488Tester par validate-links.py le tutorial2020-09-28T00:34:40+02:00Mathieu GiraudTester par validate-links.py le tutorialDeamnderait de changer la regex pour les urls / mettre une option.
Éviterait par exemple #4485.
Voir #2880.Deamnderait de changer la regex pour les urls / mettre une option.
Éviterait par exemple #4485.
Voir #2880.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4487Tuto : parler de AIRR et d'export de tous les clones2020-09-28T07:34:03+02:00Mathieu GiraudTuto : parler de AIRR et d'export de tous les clonesExport ? Import ?
Probablement quelque part vers les questions `70-80`.
cc @flothoniExport ? Import ?
Probablement quelque part vers les questions `70-80`.
cc @flothoni