vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-06-23T11:47:49+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4267Problème détection d'un 2e D trop court2020-06-23T11:47:49+02:00Anne de SeptenvilleProblème détection d'un 2e D trop courtPour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79Pour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4266Passer à Ubuntu 20.04 LTS ?2024-03-27T14:31:48+01:00Mathieu GiraudPasser à Ubuntu 20.04 LTS ?
Pour l'instant `ubuntu:18.04` pour `vidjil-server` (et `nginx:1.15.0` pour `vidjil-client`)
Pour l'instant `ubuntu:18.04` pour `vidjil-server` (et `nginx:1.15.0` pour `vidjil-client`)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4265Erreur Javascript dans computeBarTab2020-06-12T20:06:45+02:00Mikaël SalsonErreur Javascript dans computeBarTabOn a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
...On a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
at ScatterPlot.computeBarTab (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:703:47)
at ScatterPlot.updateClones (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1141:18)
at ScatterPlot.update (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1098:18)
at ScatterPlot.resize (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:885:14)
at ScatterPlot.init (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:185:18)
at Model.init (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:1337:26)
at Model.applyAnalysis (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:461:14)
at Model.initClones (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:355:14)
at Database.display_result (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:453:18)
at Object.success (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:860:22)
```
cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4264Tag pour les releases algo2020-07-23T14:49:21+02:00Mikaël SalsonTag pour les releases algoÀ une époque (Jenkins) les tags étaient créés et poussés automatiquement lors d'une nouvelle release algo. Je n'ai pas l'impression que ce soit encore le cas. D'autant que [gitlab-runner#1777](https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-runner/...À une époque (Jenkins) les tags étaient créés et poussés automatiquement lors d'une nouvelle release algo. Je n'ai pas l'impression que ce soit encore le cas. D'autant que [gitlab-runner#1777](https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-runner/-/issues/1777).
Documenter qu'on doit le faire ? Mais comment ne pas l'oublier ?
Autre solution automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4263Vidjil-algo : Double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : Double free or corruptionAvec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.Avec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4261Upgrade issue with classification2020-06-25T19:53:21+02:00Mikaël SalsonUpgrade issue with classification@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I under...@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I understood with my so-so- French reading the comment to merge request !627 (merged).
>
>This, however, posed a problem for me. My database doesn't have this field. So, I guess I'll have to do the procedure under "Migrating data" in the documentation, re-create a Vidjil installation from scratch, and, when I load back my database, the field will be there, and the vidjil_utils.py script will take care of initializing the classification field.
>
>Is that it? I'll be glad to do it. Just confirm that this is indeed the process. And I guess I will have to do that every time the database changes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4260Pouvoir télécharger tous les résultats d'un coup2020-04-22T18:42:07+02:00Mikaël SalsonPouvoir télécharger tous les résultats d'un coupSi on veut récupérer tous les résultats d'un sample set, il faut les télécharger un à un.
On devrait prévoir un export plus simple des données. Nous avons des utilisateurs qui ne laissent pas leurs données sur le serveur et qui récupère...Si on veut récupérer tous les résultats d'un sample set, il faut les télécharger un à un.
On devrait prévoir un export plus simple des données. Nous avons des utilisateurs qui ne laissent pas leurs données sur le serveur et qui récupèrent leurs résultats avant de les effacer. Autant faciliter la tâche.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4259Fuse plante parfois : “Unterminated string starting at”2020-04-29T20:35:38+02:00Mikaël SalsonFuse plante parfois : “Unterminated string starting at”Exemples le 22/04 :
* `result/tmp/out-075543//075543-37506.fuse.log`
* `result/tmp/out-075545//075545-37508.fuse.log`
* `result/tmp/out-075583//075583-37506.fuse.log`
La traceback est celle-là :
```
File "../../tools/fuse.py", line 15...Exemples le 22/04 :
* `result/tmp/out-075543//075543-37506.fuse.log`
* `result/tmp/out-075545//075545-37508.fuse.log`
* `result/tmp/out-075583//075583-37506.fuse.log`
La traceback est celle-là :
```
File "../../tools/fuse.py", line 1558, in <module>
main()
File "../../tools/fuse.py", line 1456, in main
jlist.load(path_name, args.pipeline)
File "../../tools/fuse.py", line 614, in load
self.load_vidjil(file_path, *args, **kwargs)
File "../../tools/fuse.py", line 653, in load_vidjil
self.init_data(json.load(f, object_hook=self.toPython))
File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 291, in load
**kw)
File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 352, in loads
return cls(encoding=encoding, **kw).decode(s)
File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 364, in decode
obj, end = self.raw_decode(s, idx=_w(s, 0).end())
File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 380, in raw_decode
obj, end = self.scan_once(s, idx)
ValueError: Unterminated string starting at: line 1 column 438022 (char 438021)
```
Comme si le fichier n'était pas complet, mais relancer le fuse fonctionne.
@magiraud @flothoni @duez déjà vu ce genre d'erreurs (avec Fuse ou autre) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4258Tests : `&&` au lieu de `;` ?2020-04-21T16:03:23+02:00Mathieu GiraudTests : `&&` au lieu de `;` ?Sur ma machine, j'ai du faire 5f47cb9f5 pour faire louper un test qui devait l'être.
Sans cela, le test passait uniquement grâce à la présence de fichiers d'un précédent test.
Sur ~"dev-ci", pas de soucis ? Nouveaux répertoires ?
Mais ...Sur ma machine, j'ai du faire 5f47cb9f5 pour faire louper un test qui devait l'être.
Sans cela, le test passait uniquement grâce à la présence de fichiers d'un précédent test.
Sur ~"dev-ci", pas de soucis ? Nouveaux répertoires ?
Mais devrait-on tout de même mettre `&&` partout ?
Ou y aurait-il dans `should` quelque chose à faire pour qu'il s'arrête au premier code de sortie non vide ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4257Pouvoir diminuer le menu filter jusqu'à 12020-04-21T12:25:48+02:00Mikaël SalsonPouvoir diminuer le menu filter jusqu'à 1Le menu filter ne permet de descendre que jusqu'au top 5 mais quand on a beaucoup de samples, ça fait encore beaucoup de lignes dans tous les sens.Le menu filter ne permet de descendre que jusqu'au top 5 mais quand on a beaucoup de samples, ça fait encore beaucoup de lignes dans tous les sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4256Documenter le filtre de graphe2023-06-22T10:09:58+02:00Mathieu GiraudDocumenter le filtre de graphe
Incluant aussi !636
Incluant aussi !636Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4254fuse.py : pouvoir lire des .vidjil.gz et des .tsv.gz2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu Giraudfuse.py : pouvoir lire des .vidjil.gz et des .tsv.gzVoir #2015Voir #2015https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4253vidjil-algo : pouvoir sortir un .vidjil.gz2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo : pouvoir sortir un .vidjil.gz#2015
#2015
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4249Comment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?2020-04-28T15:46:12+02:00Mathieu GiraudComment accéder aux environnements de review server sur une nouvelle MR ?Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que ce...Je n'arrive pas à accéder aux environnements sur !656, nouvelle MR faite à partir de dev (et en cliquant sur le déploiement manuel). On arrive sur "Init database" / "load backup", mais le premier donne un 'Server Error'. J'imagine que cela vient de quelque chose que je n'ai pas compris, plusieurs autres environnements tournent ces derniers jours.
Que dois-je faire ? Quelques lignes de ~doc dans server.md ou ailleurs seraient intéressantes, déjà pour expliquer l'architecture ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4246ci.sql: Rajouter des utilisateurs non-privilégiés2021-12-21T11:38:34+01:00Mathieu Giraudci.sql: Rajouter des utilisateurs non-privilégiéset #2710et #2710https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4245Mettre des icônes pour les process et pre-process (queued/running/ ...)2021-04-21T17:25:38+02:00Mathieu GiraudMettre des icônes pour les process et pre-process (queued/running/ ...)Vu à l'occasion de !635Vu à l'occasion de !635https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4244Rajjouter des runs et des sets dans ci.sql2021-12-21T11:38:34+01:00Mathieu GiraudRajjouter des runs et des sets dans ci.sqlVoir aussi #2710Voir aussi #2710https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4243Login sur review server boucle alors que loggué2020-04-14T10:36:43+02:00Mathieu GiraudLogin sur review server boucle alors que logguéconfirmé aussi par @flothoniconfirmé aussi par @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused