vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-09-17T18:16:54+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3240Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés2018-09-17T18:16:54+02:00Mathieu GiraudExporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changésAurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certa...Aurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certaines analyses car... on ne peut rien faire de ces informations."
cc @flothoniCLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3731Add germlines genes pour tous2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAdd germlines genes pour tousSuite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735Suite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3461Lazy_msa avec EndWithSomeDeletions2018-09-27T07:16:32+02:00Mathieu GiraudLazy_msa avec EndWithSomeDeletionsPlus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J ...Plus général que #3332.
Pouvoir faire un alignement *multiple* avec certains blocs qui sautent.
1) Le calculer
2) Comment les afficher ? Par exemple :
```
V GACATCACGACTAGacatgctacg
read GACATCACGACTAGTTCATTCACACACATAC
J agtgtgagatACACACATAC
```
Cela fait furieusement penser à la sortie de `vdj_assign`.CLL-2018-septembreMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3330Affichage du CDR3 : le mettre en production2018-09-27T11:07:17+02:00Mathieu GiraudAffichage du CDR3 : le mettre en productionVoir aussi #2665.Voir aussi #2665.CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2056Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur2019-04-18T17:56:44+02:00Mikaël SalsonAfficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteurStéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flot...Stéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flothoni @aurelBZH @RyanHerbCLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3641Les étiquettes en abscisse de la grille peuvent être rognées2018-12-06T09:09:54+01:00Mikaël SalsonLes étiquettes en abscisse de la grille peuvent être rognéesC'est particulièrement le cas avec les noms de gènes, surtout quand il y a beaucoup de gènes. Exemple ici : http://app.vidjil.org/index.html?set=28977&config=25
![trimmed-genes](/uploads/6a0938c11c697d9bda04e8c211e4d6b4/trimmed-genes.png)C'est particulièrement le cas avec les noms de gènes, surtout quand il y a beaucoup de gènes. Exemple ici : http://app.vidjil.org/index.html?set=28977&config=25
![trimmed-genes](/uploads/6a0938c11c697d9bda04e8c211e4d6b4/trimmed-genes.png)Amiens-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3535Information progressive avant timeout plus long2019-11-04T11:10:02+01:00Mikaël SalsonInformation progressive avant timeout plus long(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Ma...(Utilité du timeout ?)
C'est plus frustrant pour l'utilisateur qu'autre chose. On pourrait éventuellement mettre un message au bout de 15/30 secondes distant que la requête semble prendre du temps ou qu'il y a un problème de réseau.
Mais à l'heure actuelle je pense que ça a plus pour effet de surcharger le serveur qu'autre chose (car lorsque le timeout arrive la requête n'est pas arrêtée mais l'utilisateur va relancer la requête pour avoir sa réponse).Lille-LAL-next2019-03-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3126Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?2021-01-26T15:19:10+01:00Mathieu GiraudRapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3938Rapport : avoir un champ de remarque/conclusion2020-01-23T17:22:53+01:00Mikaël SalsonRapport : avoir un champ de remarque/conclusionDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle...Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle dit que cela n'a pas nécessairement besoin d'être enregistré (ensuite elle imprime). Cela peut faciliter les choses pour une implémentation rapide.Lille-LAL-nextMathieu GiraudMathieu Giraud2019-09-25https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3917lien « to ARResT/AssignSubsets »2019-10-04T14:46:42+02:00Mikaël Salsonlien « to ARResT/AssignSubsets »cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».cf #3334.
Où l'ajouter ? La barre du bas commence à avoir pas mal de « to … ».Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3952should-vdj-to-tap : --ignore_D ne fonctionne pas correctement2019-11-06T15:17:26+01:00Mikaël Salsonshould-vdj-to-tap : --ignore_D ne fonctionne pas correctementSi on a un D dans la désignation à trouver et qu'un D n'est pas trouvé dans la désignation donnée par le logiciel, le script `should-vdj-to-tap.py` compte une erreur même avec l'optino `--ignore_D`.Si on a un D dans la désignation à trouver et qu'un D n'est pas trouvé dans la désignation donnée par le logiciel, le script `should-vdj-to-tap.py` compte une erreur même avec l'optino `--ignore_D`.Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3949should-vdj-to-tap : regex insérant une espace avec une alternative2019-11-06T15:18:42+01:00Mikaël Salsonshould-vdj-to-tap : regex insérant une espace avec une alternativeOn a une situation où la regex avec l'alternative n'est pas correcte. Une espace est insérée à tort après la première alternative.On a une situation où la regex avec l'alternative n'est pas correcte. Une espace est insérée à tort après la première alternative.Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3890Changement de dénomination des clones sans VDJ ?2020-03-25T09:18:09+01:00Anne de SeptenvilleChangement de dénomination des clones sans VDJ ?Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:1114...Les clones non identifiés (qui apparaissent dans la section ?/?) étaient nommés auparavant par leur séquence. Maintenant ils ont un nom complexe.
Exemple : clone-002--IGH--0000193--0.111%--M03464:350:000000000-CCMYG:1:1103:3714:11148-[2,296]-#6 - 295 bp (99% of 297.5 bp)
Est-ce voulu ? Et cela va-t-il rester comme ça ?Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4017algo: output also CDR3 nt sequences ?2019-11-19T12:13:23+01:00Mathieu Giraudalgo: output also CDR3 nt sequences ?Reported by (Zhang 2019) on various softwareReported by (Zhang 2019) on various softwareAlgo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3302vidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir une info par clone de -y sur st...2019-11-06T17:03:02+01:00Mathieu Giraudvidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir une info par clone de -y sur stdout, mais une barre de progressionUn lancement avec `-y 1000` donne une très grosse stdout.
Ok pour limiter la stdout par défaut à 20 clones, avec une option pour en mettre plus ?
Voir aussi #3269Un lancement avec `-y 1000` donne une très grosse stdout.
Ok pour limiter la stdout par défaut à 20 clones, avec une option pour en mettre plus ?
Voir aussi #3269Algo 2019.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4238Documenter FLASH2020-07-23T12:31:34+02:00Mathieu GiraudDocumenter FLASH
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.
Je ne sais pas s'il y a grand chose à documenter, mais mentionner que l'on utilise FLASH quelque part à l'endroit où on mentionne R1/R2. Plus besoin de mentionner PEAR.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28