vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:29:34+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/940faire aussi CMD_GERMLINES avec le MultiGermline2016-11-29T14:29:34+01:00Vidjil Teamfaire aussi CMD_GERMLINES avec le MultiGermline
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#930
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#930https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/941germlines: souris2017-01-24T10:43:19+01:00Vidjil Teamgermlines: souris
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/944Tableur / tables plus dynamiques2019-04-17T14:20:54+02:00Vidjil TeamTableur / tables plus dynamiqueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/945pseudo-germlines2016-11-29T14:29:38+01:00Vidjil Teampseudo-germlines
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@mikael-s
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/946champs pcr/sequencer/producer pour sequence file2017-10-10T12:26:30+02:00Vidjil Teamchamps pcr/sequencer/producer pour sequence file- champ "pcr" par run (pour l'instant texte libre, un jour choix contraint ?)
- champ "sequencer"
- champ "producer" (ou "lieu" ?) (Lille, CBP, Rennes, ...)
choix dans une liste -> trop contraignant
ajax autocompletion en fonction de c...- champ "pcr" par run (pour l'instant texte libre, un jour choix contraint ?)
- champ "sequencer"
- champ "producer" (ou "lieu" ?) (Lille, CBP, Rennes, ...)
choix dans une liste -> trop contraignant
ajax autocompletion en fonction de ce qui existe déjà sur la bdd => mieux
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#947, #948
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/947ajouter les champs a la bdd2016-11-29T14:29:41+01:00Vidjil Teamajouter les champs a la bdd
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#946
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#946https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/948ajouter une liste de sugestion/autocompletion2017-10-10T12:26:30+02:00Vidjil Teamajouter une liste de sugestion/autocompletion
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#946
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#946https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/949Format commun et universel (.vdj, .json, .xml ?)2018-11-20T09:29:03+01:00Vidjil TeamFormat commun et universel (.vdj, .json, .xml ?)impliquer Nikos, IMGT, Decombinator, miTCR, igBlast ?
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puis rendre ce format natif pour c++, fuse, browser ?
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@nobodyimpliquer Nikos, IMGT, Decombinator, miTCR, igBlast ?
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puis rendre ce format natif pour c++, fuse, browser ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/950.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?2016-11-29T14:29:42+01:00Vidjil Team.vdj : inclure (IMGT-)CDR3 ?cela suppose qu'on sache le trouver...
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Fait depuis longtemps (champ seg)
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@nobodycela suppose qu'on sache le trouver...
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Fait depuis longtemps (champ seg)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/951Release 2014-072016-11-29T14:29:43+01:00Vidjil TeamRelease 2014-07- interface
- algo: quelques trucs vus dans le Vidjil day
- puis mail com' à tous nos contacts
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release web ok, tweet + mail 2014-07-news
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@magiraud @mikael-s- interface
- algo: quelques trucs vus dans le Vidjil day
- puis mail com' à tous nos contacts
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release web ok, tweet + mail 2014-07-news
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/952algo: Release 2014-092016-11-29T14:29:43+01:00Vidjil Teamalgo: Release 2014-09avant EuroClonality-NGS
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rêve : une première version réellement multi-systèmes ?
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Est-ce que cela sert à quelque chose de faire des releases pour l'algo ?
On est sur github, branch "stable" (mais cela dépend des composants).
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14...avant EuroClonality-NGS
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rêve : une première version réellement multi-systèmes ?
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Est-ce que cela sert à quelque chose de faire des releases pour l'algo ?
On est sur github, branch "stable" (mais cela dépend des composants).
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14-09: pas de multi-systèmes dans l'algo, petite release de maintenance
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Mécanisme de releases maintenant automatisé via Jenkins : https://ci.inria.fr/bonsai/view/Vidjil/
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/953segmenter: visualiser Cys, Phe/Trp, séquence en AA (IMGT-)CDR3 depuis .clntab2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil Teamsegmenter: visualiser Cys, Phe/Trp, séquence en AA (IMGT-)CDR3 depuis .clntabFrom http://www.imgt.org/FAQ/#question39 :
The CDR3 is delimited by (but does not include) the anchor positions 2nd-CYS 104 and J-PHE or J-TRP 118.
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- déjà identifier Cys, Phe/Trp, à condition que ce soit plus ou moins à la bonne ...From http://www.imgt.org/FAQ/#question39 :
The CDR3 is delimited by (but does not include) the anchor positions 2nd-CYS 104 and J-PHE or J-TRP 118.
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- déjà identifier Cys, Phe/Trp, à condition que ce soit plus ou moins à la bonne position (disons dans la window)
- et la séquence en AA entre ces deux bornes (si mod 3 ok)
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et si on a la séquence en AA, la rajouter dans la recherche de filtre
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Remonté suite à discussion à Necker.
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Indépendamment de notre code c++, on peut déjà afficher les données venant du .clntab.
- sequence.JUNCTION.raw nt seq
- sequence.JUNCTION.aa seq
Il ne donne pas encore la position, mais on peut chercher sequence.JUNCTION.raw nt seq dans la séquence complète
Ce serait bien de le faire avant Prague.
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Au fait, on parle bien de IMGT-JUNCTION ? ou -CDR3 ?
http://www.imgt.org/PDF/Bioinformatics/20_i379-i385_2004.pdf
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On peut désormais mettre en highlight tout les champs du model qui contiennent une sequence de nucleotide ou un objet du type { 'start' : xx; 'stop' : yy }, ca fonctionne deja pour "sequence.JUNCTION.raw nt seq" sans modifier le fuse.
-a étendre pour fonctionner avec les séquences en AA
-detecter automatiquement les champs du model pouvant etre utilisés
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merci beaucoup Marc, c'est bien comme cela !
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#954, #955, #956, #957, #958
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/954C++: un module AA qui détecte ce qu'il faut (position + traduction), appelé q...2016-11-29T14:29:50+01:00Vidjil TeamC++: un module AA qui détecte ce qu'il faut (position + traduction), appelé quand on FineSegmenter
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/955récupérer les infos depuis le .vidjil2016-11-29T14:29:50+01:00Vidjil Teamrécupérer les infos depuis le .vidjil
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/956js: afficher les bornes Cys et Phe/Trp (sur la séquence nucl dans le segmenter)2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil Teamjs: afficher les bornes Cys et Phe/Trp (sur la séquence nucl dans le segmenter)
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/957js: pouvoir switcher le segmenter en mode "AA", où *uniquement les CDR3* des ...2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil Teamjs: pouvoir switcher le segmenter en mode "AA", où *uniquement les CDR3* des séquences sont traduits en AA, 1 toutes les trois lettres. Par exemple lorsqu'on clique sur les bornes Cys / Phe/Trp
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/958upgrader le fuse.py pour le faire depuis le .clntab2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil Teamupgrader le fuse.py pour le faire depuis le .clntab
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#953
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#953https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/959Jenkins : intégration continue pour les tests browser2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil TeamJenkins : intégration continue pour les tests browserRuby et les modules nécessaires sont installés sur le slave bonsai-ubuntu-1204-amd64 mais le lancement des tests produit cette erreur :/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/gems/selenium-webdriver-2.42.0/lib/selenium/webdriver/firefox/launcher....Ruby et les modules nécessaires sont installés sur le slave bonsai-ubuntu-1204-amd64 mais le lancement des tests produit cette erreur :/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/gems/selenium-webdriver-2.42.0/lib/selenium/webdriver/firefox/launcher.rb:79:in `connect_until_stable': unable to obtain stable firefox connection in 60 seconds (127.0.0.1:7055) (Selenium::WebDriver::Error::WebDriverError)
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En le lançant à travers un SSH -X ça fait l'affaire, mais il faudrait le lancer en headless. J'ai installé ce qu'il faut (chez moi pour l'instant, cf. branche headless) mais problème de connexion que je n'identifie pas :
Errno::ECONNREFUSED: Connection refused - connect(2) for "127.0.0.1" port 7055
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Déjà faire une solution simple (phantomjs ?)
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phantomjs relance le débat
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Mikaël, la tâche est faite, non ?
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oui pour les tests unitaires, mais là c'était plus les tests navigateurs…
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Bon phantomjs, il ne faut pas compter dessus. Cf. screenshot en pièce jointe suite au chargement d'un point (version de phantomjs : 1.9.8
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Pour mémoire, headless avec travis : http://docs.travis-ci.com/user/gui-and-headless-browsers/
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Ça marche, il s'agit du job Vidjil-browser-functional (le test est en fail, mais c'est en raison de bugs dans le browser ;) )
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au passage le fichier testé est le premier exemple de la doc. Il y a bien sûr de nombreux autres tests à faire, mais ce n'est plus l'objet de cette tâche :)
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/961read (voir dump db)2020-12-11T12:44:52+01:00Vidjil Teamread (voir dump db)
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#960
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#960https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/962read/write (restocker les .analysis ?)2020-12-11T12:44:59+01:00Vidjil Teamread/write (restocker les .analysis ?)
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#960
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#960