vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-04-03T07:49:46+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/6Agile development, continuous integration and delivery2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudAgile development, continuous integration and deliveryWe develop with systematic testing and continuous integration. We always want to extend the test coverage and to improve our development policy. We aim to provide regular releases and to deliver continuously.We develop with systematic testing and continuous integration. We always want to extend the test coverage and to improve our development policy. We aim to provide regular releases and to deliver continuously.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5Interacting with RepSeq software2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudInteracting with RepSeq softwareWe develop the web application (both client and server) to be independent from the Vidjil algorithm. We try to include or to link several software to pre-process, process, or post-process RepSeq data. We both use and propose APIs to work...We develop the web application (both client and server) to be independent from the Vidjil algorithm. We try to include or to link several software to pre-process, process, or post-process RepSeq data. We both use and propose APIs to work within a ecosystem of RepSeq software. We contribute to open formats to exchange RepSeq data.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4Web application - Server2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudWeb application - ServerWe develop a sample database that allows users to upload sequence files and manage their jobs directly from the client. We look for efficiency, robustness, and security, and propose a full-stack environment, making use of many tools to e...We develop a sample database that allows users to upload sequence files and manage their jobs directly from the client. We look for efficiency, robustness, and security, and propose a full-stack environment, making use of many tools to ensure the system is healthy and suitable for use in a professional environment.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3Web application - Client2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudWeb application - ClientWe develop a client to visualize, inspect and analyze clonotypes and their tracking along the time in a MRD setup or in a immunological study. We favor useability. We show data processed by the Vidjil algorithm or by any RepSeq clonotype...We develop a client to visualize, inspect and analyze clonotypes and their tracking along the time in a MRD setup or in a immunological study. We favor useability. We show data processed by the Vidjil algorithm or by any RepSeq clonotype gathering software. We want to give some modularity to users if they need to combine Vidjil results with other data, coming from either personal analysis or other software or scripts.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1Vidjil, an open-source platform for Repertoire Sequencing data2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudVidjil, an open-source platform for Repertoire Sequencing dataWe develop an open-source platform for the interactive analysis of high-throughput sequencing data from lymphocyte recombinations (RepSeq). The Vidjil algorithm gathers reads into clonotypes according to their V(D)J junctions (#2). The ...We develop an open-source platform for the interactive analysis of high-throughput sequencing data from lymphocyte recombinations (RepSeq). The Vidjil algorithm gathers reads into clonotypes according to their V(D)J junctions (#2). The Vidjil web application contains a client enabling visualization and interaction with clonotypes populations (#3) and a server launching RepSeq software on a sample, experiment and patient database (#4). We design the web application to work in an open ecosystem of RepSeq software, exchanging data and services with other RepSeq software (#5). We are agile (#6).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3837CLI11 / vidjil-algo: --options in.json2019-04-02T18:37:45+02:00Mathieu GiraudCLI11 / vidjil-algo: --options in.json`--options in.json` takes `in.json`.
- [ ] Parses `options`, and copies everything to the `.vidjil` output.
- [x] (bonus) evaluates all the options as regular ~"cpp\-options" ?`--options in.json` takes `in.json`.
- [ ] Parses `options`, and copies everything to the `.vidjil` output.
- [x] (bonus) evaluates all the options as regular ~"cpp\-options" ?Algo 2019.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3839vidjil-algo: parse 'labels' in `config`2019-04-02T18:37:44+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: parse 'labels' in `config`See #3838. Parses the `config.labels` block as needed.See #3838. Parses the `config.labels` block as needed.Algo 2019.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3820Lien vers le gitlab dans le menu help2019-04-02T11:04:31+02:00Thonier FlorianLien vers le gitlab dans le menu helpSi on fait de la pub pour le gitlab, on devrait aussi avoir un lien direct qui permette d'ouvrir le gitlab, voir de créer des issues (mais attention au spam !!!).Si on fait de la pub pour le gitlab, on devrait aussi avoir un lien direct qui permette d'ouvrir le gitlab, voir de créer des issues (mais attention au spam !!!).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3805Le menu upload prend toute la largeur, et même plus2019-03-28T19:17:44+01:00Mikaël SalsonLe menu upload prend toute la largeur, et même plusAprès avoir uploadé un fichier je me rends compte que le menu upload prend toute la largeur et cache complètement le menu du client.
![upload](/uploads/cc242ba5311415bf925d8815bfe2e858/upload.png)
Lorsqu'on visualise un résultat le men...Après avoir uploadé un fichier je me rends compte que le menu upload prend toute la largeur et cache complètement le menu du client.
![upload](/uploads/cc242ba5311415bf925d8815bfe2e858/upload.png)
Lorsqu'on visualise un résultat le menu upload ne disparaît pas (ce qui est normal) mais ce qui empêche du coup d'accéder à n'importe quel menu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3833Clone en R2 perdu en R1+R2 (+R2)2019-03-28T09:25:40+01:00Mathieu GiraudClone en R2 perdu en R1+R2 (+R2)Naïs ~"TOU\-Toulouse" a au moins deux cas en tête où un clone en R2 est perdu lorsqu'on fait un merge. Elle nous envoie un lien.Naïs ~"TOU\-Toulouse" a au moins deux cas en tête où un clone en R2 est perdu lorsqu'on fait un merge. Elle nous envoie un lien.Thonier FlorianThonier Florian2019-03-29https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3863Le bouton log a disparu2019-03-25T13:38:23+01:00Thonier FlorianLe bouton log a disparuJ'ai remarqué que le bouton log a disparu. C'est normal ?J'ai remarqué que le bouton log a disparu. C'est normal ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3871Ajouter une etiquette "dimers" dans les tags de clones2019-03-25T13:14:26+01:00Thonier FlorianAjouter une etiquette "dimers" dans les tags de clonesJe pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On p...Je pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On pourrait mettre custom, mais les dimers mériterais peut-être un tag spécifique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3702Plus rien n'apparaît dans la liste2019-03-25T13:11:51+01:00Mathieu GiraudPlus rien n'apparaît dans la listecc @flothonicc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3150Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set2019-03-25T09:44:47+01:00Mathieu GiraudRécupérer les patients à partir d'un run ou d'un setSuggestion de Michaël ~"Paris-Pitié" : pouvoir à partir d'un run, accéder directement aux analyses par patient... Ou au moins avoir un lien vers les patients.Suggestion de Michaël ~"Paris-Pitié" : pouvoir à partir d'un run, accéder directement aux analyses par patient... Ou au moins avoir un lien vers les patients.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3864Permettre depuis un run de sauter au patient parent d'un sample2019-03-25T09:41:07+01:00Thonier FlorianPermettre depuis un run de sauter au patient parent d'un sampleET pour les sets on risque d'avoir beaucoup de données dans les colonnes.ET pour les sets on risque d'avoir beaucoup de données dans les colonnes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3648Enable to switch between normalized_reads and other modes of normalization (i...2019-03-22T14:52:17+01:00Mathieu GiraudEnable to switch between normalized_reads and other modes of normalization (including no normalization)See #3645.See #3645.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/998Comparer plusieurs samples : log-log2019-03-21T15:11:35+01:00Vidjil TeamComparer plusieurs samples : log-logScénarios :
- labos différents (qc)
- logiciels différents
- patients différents
- barcodes différents
- même patient, système différent (ok, fait, généraliser ou pas ?)
3d ? axe générique ?
visualisation +, de manière ...Scénarios :
- labos différents (qc)
- logiciels différents
- patients différents
- barcodes différents
- même patient, système différent (ok, fait, généraliser ou pas ?)
3d ? axe générique ?
visualisation +, de manière plus quantitative, commun / *absents*
***
Point à discuter tous ensemble
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- Liste avec le diff (genre TP/FP/FN)
- Scatterplot en courbe log/log ? (Et on peut cliquer et comparer les points)
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Le scatterplot serait déjà très utile pour comparer deux timepoints
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Quoique... le graphe est très bien pour cela, et permet de faire plein de points en même temps
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Th. Linggner suggérait (mail 14 déc) :
"- a venn diagram showing the overlap of clones in two genotypes (based on the top 100 clones) and the proportion of reads for the top 20 clones (we merged the samples of the genotypes)"
On pourrait effectivement rajouter un Venn.
(Et cela donne envie d'avoir le Venn pour *tous* les clones, mais cela demanderait un lancement particulier de fuse avec une sortie particulière pour pas qu'elle soit trop grosse)
***
Proposition, sans faire de Venn (trop binaire) : avoir une courbe log-log.
Pour cela, il suffirait d'avoir un axe "size" d'un *autre point* que le point sélectionné, et donc de faire un graphe "size" (le point sélectionné) / "size" (l'autre).
Aïe, comment référencer un autre point ?
- facile : en statique, on pourrait créer autant d'axes "size at point 0 / point 1 / ... / "
- plus difficile, en dynamique, faut-il avoir un moyen de (shift-)cliquer sur le graphe pour sélectionner un autre point ? Bof/bof, encore une interaction.
- ou bien faire que l'autre point soit l'avant-dernier sélectionné (et, quand un axe "size at other point" est sélectionné, ce point est mis en évidence dans le graphe ?)
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8d3917f..8e87d0a
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@mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3847clusteriser dans l'intrerface sur la séquence en acides aminés.2019-03-21T10:01:29+01:00Thonier Florianclusteriser dans l'intrerface sur la séquence en acides aminés.En lien avec #2140: esteban souhaiterait pouvoir clusteriser les clones sur la séquences en acides aminés et non pas en nucleotides.
Il me semble que l'on en a déjà parlé mais je ne retrouve pas l'issue.En lien avec #2140: esteban souhaiterait pouvoir clusteriser les clones sur la séquences en acides aminés et non pas en nucleotides.
Il me semble que l'on en a déjà parlé mais je ne retrouve pas l'issue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2739CLI: options numériques et autres2019-03-21T09:13:12+01:00Mathieu GiraudCLI: options numériques et autresBloque #2732.
Pour l’instant, CLI11 refuse les options type `-1`, `-2`, `-3`, `-4`, `-#`, `-!`, `-%`.
Est-ce une question liée à une POSIX-itude ou quelque chose de similaire ?
On pourrait
- avoir d’autres noms d'options, probableme...Bloque #2732.
Pour l’instant, CLI11 refuse les options type `-1`, `-2`, `-3`, `-4`, `-#`, `-!`, `-%`.
Est-ce une question liée à une POSIX-itude ou quelque chose de similaire ?
On pourrait
- avoir d’autres noms d'options, probablement longs #2737
- ou bien, pour conserver nos configs, tests, et être rétro-compatible, patcher CLI11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2740CLI: définir et utiliser ->advanced()2019-03-21T09:10:49+01:00Mathieu GiraudCLI: définir et utiliser ->advanced()Bloque #2732.
Les options `-h` / `-H` sont assez pertinentes, on ne veut pas montrer toujours toutes les options.
Pour retrouver cela en restant dans l'esprit de CLI11, on pourrait définir une `Option *advanced()` qui mettrait un flag ...Bloque #2732.
Les options `-h` / `-H` sont assez pertinentes, on ne veut pas montrer toujours toutes les options.
Pour retrouver cela en restant dans l'esprit de CLI11, on pourrait définir une `Option *advanced()` qui mettrait un flag `advanced` aux options en question.