vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-03-31T15:24:00+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4740"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?2021-03-31T15:24:00+02:00Mathieu Giraud"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) l...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) lorsqu'on n'a pas les informations d'IMGT sur la productivité et le % d'identité ? Quand on a passe la souris au dessus du point on a un popup nous affichant « unknown ».
>
> ![aligner](/uploads/855c08725c89447119f426ea398f0758/aligner.png)
Mais bon, que mettre d'autre ? Rien au lieu de "unknown" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4739Templates .js2021-03-31T15:17:01+02:00Mathieu GiraudTemplates .jsThe following discussion from !836 should be addressed:
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> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plu...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477951):
> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plutôt que de devoir l'inclure dans chaque fichier HTML, ce qui est error-prone (mauvaise recopie, modification d'un fichier, oubli d'un fichier…).
>
> @duez a dit qu'il faudrait échapper tous les caractères problématiques si on le met dans une chaîne JS. Certes, mais ça ne me semble pas être un gros problème. On pourrait même ajouter une commande dans le Makefile qui prend le fichier HTML dans le répertoire template et qui en fait un JS qui va bien.
>
> Il y avait également le problème du chargement, qui doit se faire avant que l'aligneur se charge. C'est vrai mais on a déjà cette contrainte avec d'autres composants. Là non plus je n'ai pas l'impression que ce soit bloquant.
>
> Ça me semble quand même bien plus robuste d'avoir un Makefile qui produit le .js à partir du template HTML, .js qui est ensuite chargé par tous les fichiers nécessaires (index.html, segmenter_page.html, test_QUnit.html, d'autres ?).
@duez : "les templates, cela ne fonctionne pas en ce moment, pour avoir les choses en local"
Bref, revoir tout cela en avril après le freeze voir quelle direction on se donne pour la suite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4732Réparer "add germline genes" sur le nouvel aligneur2021-03-24T15:00:03+01:00Mathieu GiraudRéparer "add germline genes" sur le nouvel aligneuraprès !836après !836marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4730Plus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too f...2021-04-01T17:38:13+02:00Mathieu GiraudPlus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too few V/JPrend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -...Prend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -> 3
UNSEG too few V/J -> 11
UNSEG only V/5' -> 1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4729Ouvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlines2021-03-22T09:24:59+01:00Mathieu GiraudOuvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlinesL'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.L'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4728Nouvelles germlines, séquence hors locus passant de too_few en only_V2021-04-01T17:38:13+02:00Mathieu GiraudNouvelles germlines, séquence hors locus passant de too_few en only_V`segmentation-2.fa` (tous les `L` sont des `-L`, ping #4727)
```
# Sequences outside any V(D)J locus
>too_few_vj-2
GCCTCAGGCCAGCCTTCCGCTCCTTGAAGCTGGTCTCCGCACAGTGCTGGTTCCGTCACCCCCACCCAGGGAAGCAGGTCTGAGCAGCTTGTCCTGGCTG
_L__________________...`segmentation-2.fa` (tous les `L` sont des `-L`, ping #4727)
```
# Sequences outside any V(D)J locus
>too_few_vj-2
GCCTCAGGCCAGCCTTCCGCTCCTTGAAGCTGGTCTCCGCACAGTGCTGGTTCCGTCACCCCCACCCAGGGAAGCAGGTCTGAGCAGCTTGTCCTGGCTG
_L___________________L__________L___________________________L___LLL__________L______________________
==================.=====
# 8 ! seed IGL UNSEG only V/5' 6.300249e+01 6.300000e+01/2.490249e-03
```
Cela fait beaucoup de k-mers pour quelque chose d'aléatoire, avec probablement un match d'au moins 18nt à la suitehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4727bikeshedding .affects, 1 seul caractère2021-03-31T21:37:27+02:00Mathieu Giraudbikeshedding .affects, 1 seul caractère
Notre format antédiluvien sur 2 caractères d'affects type `_-L _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-L _ ` est certes informatif, mais ce n'est pas très agréable quand on est en train d'aligner des séquences.
Le remplacer par deux lign...
Notre format antédiluvien sur 2 caractères d'affects type `_-L _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-L _ ` est certes informatif, mais ce n'est pas très agréable quand on est en train d'aligner des séquences.
Le remplacer par deux lignes (comme ce qu'on calcule déjà dans le .vidjil)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4725Besoin de 3-4 nt de up DD22021-04-01T20:14:41+02:00Mathieu GiraudBesoin de 3-4 nt de up DD2Prenons la séquence "universelle" `TRDD2*01_0//0_TRDD3*01`
```
up DD2 DD3
GTG ccttcctac actgggggatacg
```
Cette séquence (sans aucun up) était marquée en TODO depuis longtemps, c77323f42d (et hack 5bc753ee, pas de lien avec #35...Prenons la séquence "universelle" `TRDD2*01_0//0_TRDD3*01`
```
up DD2 DD3
GTG ccttcctac actgggggatacg
```
Cette séquence (sans aucun up) était marquée en TODO depuis longtemps, c77323f42d (et hack 5bc753ee, pas de lien avec #3501 ?).
On a besoin d'au moins 3nt pour qu'elle soit analysée, autant les mettre dedans.
C'est le cas sur dev mais encore plus sur !885 qui voit les e-valeurs monter
```
dev seed TRD+ UNSEG only J/3' 5.004883e+06 5.004883e+06/4.769940e-09 +D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
dev seed TRD+ SEG_+ 1.915287e-05 1.914810e-05/4.769940e-09 +D+D+D+D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
!885 seed TRD+ UNSEG only J/3' 7.446289e+06 7.446289e+06/2.999281e-08 +D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
!885 seed TRD+ SEG_+ 9.385306e-05 9.382307e-05/2.999281e-08 +D+D+D+D _ _ _ _ _ _ _ _+d+d+d+d+d _ _ _ _ _ _ _ _
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4724Se souvenir du nombre de reads initial avant filtrage2021-03-17T15:46:46+01:00Mathieu GiraudSe souvenir du nombre de reads initial avant filtrageSuite à !906/!915, pourrait-on avoir un moyen de se souvenir combien il y avait de reads avant l'application d'un `--filter-reads`.
En fait on a ces infos dans le .vidjil du filtrage, mais bon, on ne l'a pas quand le résultat du filtre ...Suite à !906/!915, pourrait-on avoir un moyen de se souvenir combien il y avait de reads avant l'application d'un `--filter-reads`.
En fait on a ces infos dans le .vidjil du filtrage, mais bon, on ne l'a pas quand le résultat du filtre est juste le fasta... mettre un commentaire type `# Filtered: XXXX` au début du fasta ? (Voire d'autres choses). (Hum, ne serait plus compatible avec autre chose que vidjil...).
Me fait penser aussi à !691 (mais là ce n'est pas le cas).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4723Identifier le V dans les séquences non mergées2021-04-01T15:56:33+02:00Anne de SeptenvilleIdentifier le V dans les séquences non mergéesPour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'A...Pour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'ADN, probablement à cause d'une mutation empêchant une amplification correct par le J utilisé dans le réarrangement VDJ.
J'aimerais pour ces samples identifier le V dans les séquences non mergées. Est-ce que cela serait possible avec Vidjil ? Avec un autre outil ? Cela me permettrait d'être sûre que je me trouve dans le cas ci dessus : de grands produits PCR tous issus d'un même réarrangement VDJ dont j'identifie la séquence sur 15-30% des reads.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4722Faire un meilleur filtre pour plus de 127 genes, avec plus d'un octet2021-04-27T18:10:18+02:00Mathieu GiraudFaire un meilleur filtre pour plus de 127 genes, avec plus d'un octetSuite à #4660 et !885 / 870c81090.
Voir en particulier le tableau dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4660#note_444353Suite à #4660 et !885 / 870c81090.
Voir en particulier le tableau dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4660#note_444353https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4720Classement des runs suite à export/import sur nouveau serveur2021-03-17T11:17:07+01:00Mathieu GiraudClassement des runs suite à export/import sur nouveau serveurVoir vidjil/support/rennes-hemato#3.
Est-ce un artefact d'export/import, autre chose ?
Voir au passage #4573.Voir vidjil/support/rennes-hemato#3.
Est-ce un artefact d'export/import, autre chose ?
Voir au passage #4573.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4719Récupérer un clone ou quelques clones en .json2021-03-31T14:52:45+02:00Mathieu GiraudRécupérer un clone ou quelques clones en .jsonSuggestion de @flothoni
En filtrant le `save` (mais on n'a pas de `save` sur tout le .vidjil ?) ?Suggestion de @flothoni
En filtrant le `save` (mais on n'a pas de `save` sur tout le .vidjil ?) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4718Export des données : exporter les sample sets dans l'ordre de leur création2022-02-09T14:42:05+01:00Mikaël SalsonExport des données : exporter les sample sets dans l'ordre de leur créationAprès l'export de données de certains utilisateurs (vdj#1166), les sample sets ne sont pas dans l'ordre de leur création mais dans un ordre qui semble arbitraire.Après l'export de données de certains utilisateurs (vdj#1166), les sample sets ne sont pas dans l'ordre de leur création mais dans un ordre qui semble arbitraire.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4717Export des données : exporter les comptes/groupes2021-11-29T09:44:01+01:00Mikaël SalsonExport des données : exporter les comptes/groupesDiscuté lors d'une migration de données (vdj#1210). Pour l'instant les utilisateurs/groupes ne sont pas exportés ce n'est pas très grave on a exporté uniquement des groupes avec peu d'utilisateurs mais on pourrait avoir prochainement un ...Discuté lors d'une migration de données (vdj#1210). Pour l'instant les utilisateurs/groupes ne sont pas exportés ce n'est pas très grave on a exporté uniquement des groupes avec peu d'utilisateurs mais on pourrait avoir prochainement un export avec plusieurs dizaines de comptes. L'automatisation serait importante pour éviter des erreurs manuelles.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4715Supprimer le nom de l'usager de la fenêtre db2021-03-10T19:25:04+01:00Mathieu GiraudSupprimer le nom de l'usager de la fenêtre dbDepuis #XXXX, le nom de l'utilisateur est affiché en haut. Quand une fenêtre db est ouverte, on le voit deux fois.Depuis #XXXX, le nom de l'utilisateur est affiché en haut. Quand une fenêtre db est ouverte, on le voit deux fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4714Pouvoir lister voire supprimer les gros fichiers de séquences2024-03-22T16:19:42+01:00Mathieu GiraudPouvoir lister voire supprimer les gros fichiers de séquencesÉvoqué tout à l'heure. @duez : "même sur le serveur public, au rythme où l'on va, on ne doit pas s'embêter à toujours conserver tout". Nous disons effectivement depuis longtemps que nous ne garantissons pas la conservation des fichiers b...Évoqué tout à l'heure. @duez : "même sur le serveur public, au rythme où l'on va, on ne doit pas s'embêter à toujours conserver tout". Nous disons effectivement depuis longtemps que nous ne garantissons pas la conservation des fichiers bruts de séquence. Nous ne sommes pas un service de stockage.
Après, c'est tout de même bien pratique de pouvoir avoir les fichiers... mais la plupart du temps ce sont une minorité de petits fichiers qui saturent l'espace.
Une possibilité serait donc d'avoir, pour les admins, un moyen de lister voire supprimer les "gros" fichiers sur lesquels aucune analyse n'a été lancée depuis > 1 an (ou même... 2 ou 3 ans ?). Nous l'avons fait à la main récemment sur un serveur.
Voir aussi #2163 et... pour healthcare, #4601.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4712Log : tracer les changements de config2021-02-24T16:55:40+01:00Mathieu GiraudLog : tracer les changements de configMettre en log db l'ancienne/nouvelle config (et #4371).Mettre en log db l'ancienne/nouvelle config (et #4371).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4711Avoir des séquences de test pour les subsets2021-02-23T10:37:26+01:00Mathieu GiraudAvoir des séquences de test pour les subsetsPréparer des séquences de test pour #3334, que ce soit pour ARResT/AssignSubsets ou d'autres utilisations internes.
https://station2.arrest.tools/subsets/
Quelque chose qui reprend le V / J / logo / statut
@flothoni l'a déjà fait pou...Préparer des séquences de test pour #3334, que ce soit pour ARResT/AssignSubsets ou d'autres utilisations internes.
https://station2.arrest.tools/subsets/
Quelque chose qui reprend le V / J / logo / statut
@flothoni l'a déjà fait pour 2/3 subsets, à voir s'il faut le faire pour plus de séquences (mais quel but ?). On pourrait aussi demander à ND ou d'autres personnes / ou faire un script à partir des V/J/logo/status.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4709Erreur sur la variable system2021-02-19T15:36:25+01:00Thonier FlorianErreur sur la variable systemJ'ai fait hier quelques essais sur les focntion du `crossdomain.js` et je suis tombé sur une erreur, que ce soit sur app ou mon localhost. J'ai parfois la variable system qui n'est pas défini et dans ce cas on ne peut pas envoyé les doné...J'ai fait hier quelques essais sur les focntion du `crossdomain.js` et je suis tombé sur une erreur, que ce soit sur app ou mon localhost. J'ai parfois la variable system qui n'est pas défini et dans ce cas on ne peut pas envoyé les donénes à desservices tiers.
Pour résoudre rapidement le souci, il suffit de changer de sample et ça repart.
Mais on peut reproduire le bug en faisant des sélation de clones. Je n'ai pas encore reproduit exactement la marche pour cette reproduction.
Je regarde un peu plus.