vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-16T13:37:44+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3559Avoir explicitement un test valgrind dans les should-get2018-10-16T13:37:44+02:00Mathieu GiraudAvoir explicitement un test valgrind dans les should-getOn a certes des tests valgrind poussés dans le stage qu'il faut, mais cela fait du bien d'avoir un test valgrind simple qui tourne tout le temps et décèle des erreurs en amont, quand on fait des tests sur nos machines. Actuellement `bugs...On a certes des tests valgrind poussés dans le stage qu'il faut, mais cela fait du bien d'avoir un test valgrind simple qui tourne tout le temps et décèle des erreurs en amont, quand on fait des tests sur nos machines. Actuellement `bugs/bug20141024.should-get` joue ce rôle, mais ce n'est pas très explicite.
Il pourrait y avoir un test ~"dev\-tests\-should\-get" qui fait cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3558Scheduler : Error cleaning up2019-08-22T13:37:33+02:00Ryan HerbertScheduler : Error cleaning upOn a des erreurs régulières dans nos workers de la forme `ERROR:web2py.scheduler.28fe17984f96#17:Error cleaning up`.
De ce que j'ai compris [ici](https://groups.google.com/d/msg/web2py/opWFUcDMCyc/pMD0wFPkz9UJ), celà veut dire que le sc...On a des erreurs régulières dans nos workers de la forme `ERROR:web2py.scheduler.28fe17984f96#17:Error cleaning up`.
De ce que j'ai compris [ici](https://groups.google.com/d/msg/web2py/opWFUcDMCyc/pMD0wFPkz9UJ), celà veut dire que le scheduler n'arrive pas à agir sur ses propre tables.
Se pourrait-il que cette erreur de se produise sur une partie des workers de manière quasi-continue, et de temps en temps sur la totalité des workers (ce qui entraine l'erreur avec tous les jobs en `QUEUED`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3556Docker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou aill...2022-03-08T12:05:24+01:00Mathieu GiraudDocker : documenter l'installation de programmes externes dans `/opt` ou ailleursSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothoniSuite à 9ce7a54c51
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3553Switch pour avoir l'adaptation automatique des axes ou pas2018-10-16T09:56:10+02:00Mathieu GiraudSwitch pour avoir l'adaptation automatique des axes ou pasRendre le `.adapt` introduit par !301 (dés)activable par l'utilisateur,
par exemple par un pin au bout de l'axe.
Voir #2431 pour la discussion générale, et aussi #3503.Rendre le `.adapt` introduit par !301 (dés)activable par l'utilisateur,
par exemple par un pin au bout de l'axe.
Voir #2431 pour la discussion générale, et aussi #3503.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3552Pouvoir rafraîchir les axes2018-10-16T09:58:30+02:00Mathieu GiraudPouvoir rafraîchir les axesAvoir une méthode (incluse dans `shouldRefresh` ?) pour rafraîchir les axes.
Servira dans #2450 et #3507.Avoir une méthode (incluse dans `shouldRefresh` ?) pour rafraîchir les axes.
Servira dans #2450 et #3507.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3550Docker : avoir quelque chose de distribuable2018-10-15T16:51:44+02:00Mathieu GiraudDocker : avoir quelque chose de distribuableActuellement, il faut le répertoire `docker` de notre git... plus `germline` pour générer `germline.js` .
- on s'est dit qu'on n'allait pas faire des releases de ce répertoire pour ne pas avoir quelque chose à maintenir
- mais si c'es...Actuellement, il faut le répertoire `docker` de notre git... plus `germline` pour générer `germline.js` .
- on s'est dit qu'on n'allait pas faire des releases de ce répertoire pour ne pas avoir quelque chose à maintenir
- mais si c'est par ~"dev\-ci" , création d'un .zip quelque part qui correspondrait à ce répertoire
- ou sinon... #1491 ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3547Tests serveurs unitaires : un même sample set utilisé deux fois ?2018-10-15T11:20:00+02:00Mikaël SalsonTests serveurs unitaires : un même sample set utilisé deux fois ?Dans `testRunner.py` on a :
```python
fake_sample_set_id = db.sample_set.insert(sample_type = 'patient')
[…]
fake_patient_id = db.patient.insert(first_name="plop",
last_name="plop",
...Dans `testRunner.py` on a :
```python
fake_sample_set_id = db.sample_set.insert(sample_type = 'patient')
[…]
fake_patient_id = db.patient.insert(first_name="plop",
last_name="plop",
birth="1902-02-02",
info="plop",
id_label="plop",
creator=user_id,
sample_set_id=fake_sample_set_id)
[…]
fake_run_id = db.run.insert(name="foobar",
run_date="2010-10-25",
info="foobar",
id_label="foobar",
creator=user_id,
sample_set_id=fake_sample_set_id)
```
On a donc un même sample set, dont l'ID est `fake_sample_set_id`, qui est à la fois lié à un patient et à un run.
Ça ne me paraît pas normal surtout qu'on a dit que le sample set est de type `patient`.
@RyanHerb Ai-je loupé quelque chose ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3544manuel; ajouter un point sur le chargement des données.2018-10-10T09:18:31+02:00Thonier Florianmanuel; ajouter un point sur le chargement des données.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.Une utilisatrice me pointe le fait qu'il manque une partie sur la description pour l'upload des données.
Une simple reformulation au début du paragraphe `Samples and pre-processes`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3543segmenteur; afficher les valeur des axes du graphique courant2020-10-14T11:29:53+02:00Thonier Floriansegmenteur; afficher les valeur des axes du graphique courantIl pourrait des fois être interessant d'afficher les valeurs du clones suivant les feutures actuelement selectionné par le graphique. Cela permettrait parfois de s'y retrouver lorsqu'il y en a plusieurs dans le segmenteru sans forcement ...Il pourrait des fois être interessant d'afficher les valeurs du clones suivant les feutures actuelement selectionné par le graphique. Cela permettrait parfois de s'y retrouver lorsqu'il y en a plusieurs dans le segmenteru sans forcement avoir à les survoler.
Et si oui, comment faire lorsqu'il y a 2 graphiques ? afficher 4 colonnes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3541Filtrage sur le nom uniquement par défaut2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonFiltrage sur le nom uniquement par défautIndépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du s...Indépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du sample pour accélérer le filtrage ? (cela semble être la recherche la plus fréquente) On pourrait conserver une option pour filtrer dans plus de champs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3539Export CSV de stats / qualité2024-01-18T15:28:01+01:00Mathieu GiraudExport CSV de stats / qualitéSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbSuggestion de @Anne : pouvoir obtenir un export csv d'un run, sur tous les fihciers qui le compose
cc @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3538Réflexion sur les lancements (post-)post-process2019-03-05T15:10:14+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur les lancements (post-)post-processOn a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"...On a des choses à lancer après nos process: #1469 #1744 #3181 #1567
Certaines choses (#1469, #3181 ?) pourraient se lancent via le ~"server-fuse", d'autres vraiment après, parfois non systématiquement, sur demande de l'usager (#1744, ~"app\-clonedb" plus poussé, #1567...). On devrait discuter d'un mécanisme pour au moins ce dernier cas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3537Colorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminé2021-11-19T11:06:56+01:00Mikaël SalsonColorer les mutations suivant l'impact sur l'acide aminéSuite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide ami...Suite à #2056 on affiche différemment les mutations silencieuses des mutations non silencieuses. Mais on pourrait aller plus loin en affichant les mutations en fonction du score dans une matrice de score pour la conversion d'un acide aminé vers un autre.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3536IKZF1/ERG : Beaucoup de choses unexpected2018-10-10T09:38:44+02:00Mikaël SalsonIKZF1/ERG : Beaucoup de choses unexpected* http://app.vidjil.org/index.html?set=29057&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29056&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29055&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29054&config=49
Voir pourquoi.* http://app.vidjil.org/index.html?set=29057&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29056&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29055&config=49
* http://app.vidjil.org/index.html?set=29054&config=49
Voir pourquoi.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3532Décorateur ligne : mieux centrer / afficher texte2018-10-08T11:00:44+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : mieux centrer / afficher texteSuite à #3455.Suite à #3455.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3529Versions de librairies python entre nos installations/celles des autres2018-10-05T19:26:16+02:00Ryan HerbertVersions de librairies python entre nos installations/celles des autresLors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de sim...Lors de l'installation de vdb, la version spécifiée de uWSGI ne compilait pas (changement de version d'Ubuntu?), que doit-on faire vis-à-vis de notre fichier `requirements.txt` et des versions spécifées dedans (est-il envisageable de simplement retirer les versions pour demander la version la plus récente qui est compatible ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3520Calcul des clones supérieurs à 5%2018-10-05T19:10:28+02:00Ryan HerbertCalcul des clones supérieurs à 5%Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance...Le code dans [task.py: compute_extra](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/feature-s/more_stats_decorators/server/web2py/applications/vidjil/models/task.py#L94)
la partie qui calcule le nombre de clones supérieurs à 5% d'abondance ne semble pas donner le résultat que j'attendais.
Un peu d'aide serait la bienvenue :-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3511Utilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?2018-10-04T11:34:57+02:00Mikaël SalsonUtilise-t-on l'heuristique de filtrage pour le locus unexpected ?Je n'ai pas l'impressionJe n'ai pas l'impressionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3510StatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaire2022-07-26T10:04:14+02:00Thonier FlorianStatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaireL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentagesL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentageshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3509Comment afficher des axes quand ils sont disponibles ?2018-10-04T09:01:33+02:00Mathieu GiraudComment afficher des axes quand ils sont disponibles ?10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'es...10c82fbc m'a fait penser que nous avons plusieurs axes qui ne sont pertinents uniquement une fois que certaines données sont disponibles. Voir les axes `hide`, dont `productivity_IMGT`.
- Avoir un mécanisme pour les afficher quand c'est bon ?
- et/ou faire comme pour tSNE : un preset qui les utilise, quitte à lancer quelque chose ? (pour cloneDB, lancer sur tout ?)