vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-10T17:01:29+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1056Filtrage par nom customisé "stand"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom customisé "stand"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1055Filtrage par nom "V5"2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom "V5"
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#1054
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#1054https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1054Filtrage par nom, par séquence en nt2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamFiltrage par nom, par séquence en ntNécessite déjà d'avoir calculé la séquence en aa…
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Une boite 'filter' unique dans #list_menu, qui permet de temporairement filtrer (même chose que tag visibiliter) tous les clones (que ce soit dans la liste, le scatter ou le graphe)
...Nécessite déjà d'avoir calculé la séquence en aa…
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Une boite 'filter' unique dans #list_menu, qui permet de temporairement filtrer (même chose que tag visibiliter) tous les clones (que ce soit dans la liste, le scatter ou le graphe)
Idéalement, il faudrait pouvoir rentrer dans la boîte un texte libre (pas besoin d'autocomplétion), qui filtre en même temps sur tous les champs.
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merci Marc, vive le travail en gare !
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(par AA, mis dans une autre tâche)
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Juste pour chipoter : on peut avoir un filtrage en temps réel ? (sans besoin de valider ?)
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hihihi, Marc le voulait aussi, c'est moi qui était pas super partant (que se passe-t-il si cela rame (balayage de tous les clones pour chaque caractère) ?
Scénario : cela rame, on entre 10 caractères... et on le voit ramer pour filtrer 1 caractère après l'autre Ou serait-il capable d'interrompre les trucs précédents ?
Je m'incline si cela ne rame vraiment pas (sur l'ordi de Nathalie :)
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#1055, #1056, #1057, #1058
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1014Alerte "attention, vos changements vont être perdus"2016-11-29T14:30:37+01:00Vidjil TeamAlerte "attention, vos changements vont être perdus"Si certaines choses n'ont pas été enregistrées (surtout le .analysis), il faut avertir l'utilisateur quand il le faut :
- fermeture de l'appli (est-ce possible ?)
- en ce moment, bascule entre plusieurs jeux de données (voir tâche)
*...Si certaines choses n'ont pas été enregistrées (surtout le .analysis), il faut avertir l'utilisateur quand il le faut :
- fermeture de l'appli (est-ce possible ?)
- en ce moment, bascule entre plusieurs jeux de données (voir tâche)
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Tâche remontée : on commence à discuter avec pas mal de patients, et cela m'arrive régulièrement d'oublier de faire un "save analysis" alors qu'on change simplement de patient.
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premiere partie a0399da7afc
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fcb0fc450
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/989Séparer les "smaller clones" par locus2016-11-29T14:30:17+01:00Vidjil TeamSéparer les "smaller clones" par locusSortir un clone other par système
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Mathieu Giraud - http://www.lifl.fr/~giraud
CNRS, LIFL, Université Lille 1, Inria Lille, France
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Priorité remontée, c'est important pour Necker.
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model_loader.js:283 → un clone virtuel est ajo...Sortir un clone other par système
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Mathieu Giraud - http://www.lifl.fr/~giraud
CNRS, LIFL, Université Lille 1, Inria Lille, France
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Priorité remontée, c'est important pour Necker.
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model_loader.js:283 → un clone virtuel est ajouté. Il en faudrait un par système.
Peut-être stocker en plus dans le modèle un dictionnaire « smallerClones » donnant, en fonction du locus, les clones virtuels ainsi crées.
model.js, computeOtherSize → c’est là qu’on calcule sa taille
(Et pour l’instant on y accède avec « this.clones.length - 1 », ce sera bien plus propre avec un parcours du dictionnaire smallerClones)
list.js → un point de détail : on ne veut pas ensuite afficher les « smaller clones » qui seraient à 0 reads (il peut y en avoir beaucoup en multi-locus)
ligne 606, le test est sur this.m.clone(list[i]).isVirtual(), il faudrait aussi regarder leur taille
bon courage !
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Coucou Florian,
Cela avance bien !
Il y a encore des surprises : lorsqu'on clique sur les "locus" en haut à gauche pour afficher / masquer certains locus (essaie par exemple sur Demo LIL-L4). Cela fonctionnait sur b069b16, et cela ne fonctionne plus avec tes derniers commits.
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Tu parles des pourcentage à plus de 10000 ?
Ah oui, c'est nouveau.
Je vais regarder ça.
PS : ah, si je regarde sur demo, je ne peux même pas sélectionner les germlines en fait.
Ça fait 2 bugs donc.
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corrigé par ac2f214 et 9f75321. Les grosses tailles étaient juste pour les systèmes non affichés.
Mis sur le serveur de production.
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/978segmenter.cpp: séparer UNSEG_strand en deux cas (vraiment pas beaucoup d'affe...2021-03-31T17:26:04+02:00Vidjil Teamsegmenter.cpp: séparer UNSEG_strand en deux cas (vraiment pas beaucoup d'affect ou pas)On voit souvent du STRAND (mail Manuel, mais aussi d'autres)... et peut-être que cela ne veut pas dire grand chose. Et c'est un de nos premiers tests.
- séparer en deux cas : c'est le minimum
- et, même, je me demande quelle est main...On voit souvent du STRAND (mail Manuel, mais aussi d'autres)... et peut-être que cela ne veut pas dire grand chose. Et c'est un de nos premiers tests.
- séparer en deux cas : c'est le minimum
- et, même, je me demande quelle est maintenant la pertinence de la détection de strand (et le RATIO_STRAND à 5 semble gros). Comme on a une e-valeur, ne devrait-on pas faire les deux côtés et prendre la meilleure ?
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73178e8
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/959Jenkins : intégration continue pour les tests browser2016-11-29T14:29:51+01:00Vidjil TeamJenkins : intégration continue pour les tests browserRuby et les modules nécessaires sont installés sur le slave bonsai-ubuntu-1204-amd64 mais le lancement des tests produit cette erreur :/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/gems/selenium-webdriver-2.42.0/lib/selenium/webdriver/firefox/launcher....Ruby et les modules nécessaires sont installés sur le slave bonsai-ubuntu-1204-amd64 mais le lancement des tests produit cette erreur :/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.1/gems/selenium-webdriver-2.42.0/lib/selenium/webdriver/firefox/launcher.rb:79:in `connect_until_stable': unable to obtain stable firefox connection in 60 seconds (127.0.0.1:7055) (Selenium::WebDriver::Error::WebDriverError)
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En le lançant à travers un SSH -X ça fait l'affaire, mais il faudrait le lancer en headless. J'ai installé ce qu'il faut (chez moi pour l'instant, cf. branche headless) mais problème de connexion que je n'identifie pas :
Errno::ECONNREFUSED: Connection refused - connect(2) for "127.0.0.1" port 7055
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Déjà faire une solution simple (phantomjs ?)
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phantomjs relance le débat
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Mikaël, la tâche est faite, non ?
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oui pour les tests unitaires, mais là c'était plus les tests navigateurs…
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Bon phantomjs, il ne faut pas compter dessus. Cf. screenshot en pièce jointe suite au chargement d'un point (version de phantomjs : 1.9.8
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Pour mémoire, headless avec travis : http://docs.travis-ci.com/user/gui-and-headless-browsers/
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Ça marche, il s'agit du job Vidjil-browser-functional (le test est en fail, mais c'est en raison de bugs dans le browser ;) )
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au passage le fichier testé est le premier exemple de la doc. Il y a bien sûr de nombreux autres tests à faire, mais ce n'est plus l'objet de cette tâche :)
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/948ajouter une liste de sugestion/autocompletion2017-10-10T12:26:30+02:00Vidjil Teamajouter une liste de sugestion/autocompletion
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#946
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#946https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/947ajouter les champs a la bdd2016-11-29T14:29:41+01:00Vidjil Teamajouter les champs a la bdd
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#946
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#946https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/946champs pcr/sequencer/producer pour sequence file2017-10-10T12:26:30+02:00Vidjil Teamchamps pcr/sequencer/producer pour sequence file- champ "pcr" par run (pour l'instant texte libre, un jour choix contraint ?)
- champ "sequencer"
- champ "producer" (ou "lieu" ?) (Lille, CBP, Rennes, ...)
choix dans une liste -> trop contraignant
ajax autocompletion en fonction de c...- champ "pcr" par run (pour l'instant texte libre, un jour choix contraint ?)
- champ "sequencer"
- champ "producer" (ou "lieu" ?) (Lille, CBP, Rennes, ...)
choix dans une liste -> trop contraignant
ajax autocompletion en fonction de ce qui existe déjà sur la bdd => mieux
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#947, #948
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/873get .data/.analysis2016-11-29T14:28:37+01:00Vidjil Teamget .data/.analysis
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/870ajout des infos dans la sortie json2016-11-29T14:28:34+01:00Vidjil Teamajout des infos dans la sortie json
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#867
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#867https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/869info segmentation timePoint2016-11-29T14:28:34+01:00Vidjil Teaminfo segmentation timePoint
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#867
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#867https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/868info segmentation clone2016-11-29T14:28:34+01:00Vidjil Teaminfo segmentation clone
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#867
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#867https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/867raisons de non segmentation2016-11-29T14:28:34+01:00Vidjil Teamraisons de non segmentationrécupérer les raisons de non segmentation et les afficher dans le browser
- info SEG+/SEG-
- pour chaque point
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ajout des infos de segmentation dans les pages d'infos "I" des clones et des timepoints
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Il y a un souci avec "seg_stat...récupérer les raisons de non segmentation et les afficher dans le browser
- info SEG+/SEG-
- pour chaque point
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ajout des infos de segmentation dans les pages d'infos "I" des clones et des timepoints
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Il y a un souci avec "seg_stat" dans fuse.py. Temporairement ignoré pour que le fuse.py fonctionne (a750e25).
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a priori le fuse et l'affichage fonctionne désormais
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#868, #869, #870
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5222Get rid of python2.7 for the algorithm and switch to Python32024-02-07T19:18:15+01:00Mikaël SalsonGet rid of python2.7 for the algorithm and switch to Python3This is becoming a limiting factor at least for the CI but probably for the distribution of Vidjil-algo (at least for the accompanying scripts).
Just specifying python2 everywhere is not enough: python2 cannot be installed easily anymore...This is becoming a limiting factor at least for the CI but probably for the distribution of Vidjil-algo (at least for the accompanying scripts).
Just specifying python2 everywhere is not enough: python2 cannot be installed easily anymore on recent distributions.
We need to convert:
* [ ] Scripts in `germline/` #5031 !1414
* [ ] fuse.py #4455 (!1221 ?)
* [ ] `should-vdj-to-tap.py` !1412
* [ ] `repseq_vdj.py` !1412
(and potentially others)Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5134Refresh admin.md documentation2024-01-22T15:27:45+01:00Mikaël SalsonRefresh admin.md documentation@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.@flothoni points some inconsistencies in the `admin.md` documentation.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5128Missing image for diversity measures in the documentation2023-03-22T18:05:13+01:00Mikaël SalsonMissing image for diversity measures in the documentationSee here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151...See here: https://www.vidjil.org/doc/user/#studying-diversity-and-overlap-indices
The image filename is `diversity_splitted_by_locus.png` but, indeed, it doesn't exist on the repository.
The reference to the figure was included in !1151.
@flothoni can you include this image?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5083Faire un point sur tSNE, puis doc2023-03-21T16:52:04+01:00Mathieu GiraudFaire un point sur tSNE, puis docWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5048Image docker un peu plus complète cypress/python/gcc/clang ?2023-04-13T18:02:45+02:00Mathieu GiraudImage docker un peu plus complète cypress/python/gcc/clang ?
Proposition de @flothoni : étendre l'image cypress pour avoir aussi feature-t et code-quality sans installation
Proposition de @flothoni : étendre l'image cypress pour avoir aussi feature-t et code-quality sans installationThonier FlorianThonier Florian