vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-05T10:46:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2523Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/...2018-03-06T16:22:03+01:00Mathieu GiraudFichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.htmlActuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'es...Actuellement, on voit "0" comme "size" pour les fichiers sur le network.
L'utilisateur ne sait pas vraiment si il a bien sélectionné un fichier ou pas (Aurélie pensait que cela n'avait pas fonctionner).
Il faudrait la taille (si c'est possible), et/ou une indication quelque part comme quoi ce fichier est "network" (si c'est possible).
prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2522Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"2017-07-12T15:09:50+02:00Mathieu GiraudAvoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélect...Discuté avec Aurélie ce matin.
En mode "network", la sélection d'un fichier dans la fenêtre jstree n'est pas suffisante. Ce serait intéressant (et cohérent avec ce qui se fait sur un fichier habiutel) de recopier le nom du fichier sélectionné quelque part.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3066FineSegmenter : mauvaise recombinaison Ikaros trouvée avec onlyBottomTriangle2018-05-25T15:47:31+02:00Mathieu GiraudFineSegmenter : mauvaise recombinaison Ikaros trouvée avec onlyBottomTriangleVu par @flothoni sur #2139.Vu par @flothoni sur #2139.Algo 2018.04Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3274Réactiver onlyBottomTriangle2019-02-27T19:04:00+01:00Mathieu GiraudRéactiver onlyBottomTrianglePar erreur, j'ai mergé 2ae2b58 lors de f237a38 : `bool onlyBottomTriangle = !local && banded_dp && false`Par erreur, j'ai mergé 2ae2b58 lors de f237a38 : `bool onlyBottomTriangle = !local && banded_dp && false`Algo 2018.04Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3273Les tests ne passent pas sur ikaros-debre.should-get2018-06-12T11:45:00+02:00Mathieu GiraudLes tests ne passent pas sur ikaros-debre.should-gethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/112240
```
should-get-tests/ikaros-debre.should-get
failed (0/1) - Find the correct assignation for the sequence IKZF1-INTRON-3//IKZF1-INTRON-8
failed (0/1) - Find the correct assignation for...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/112240
```
should-get-tests/ikaros-debre.should-get
failed (0/1) - Find the correct assignation for the sequence IKZF1-INTRON-3//IKZF1-INTRON-8
failed (0/1) - Find the correct assignation for the sequence IKZF1-INTRON-1//IKZF1-INTRON-8
```Algo 2018.04Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3232Tests Ikaros2018-06-08T11:47:53+02:00Mathieu GiraudTests IkarosLes tests repassent sur la nouvelle branche, avec le dernier code.
Florian, peux-tu regarder un coup ?
Au passage, pour ces 22 séquences, c'est eux qui t'avaient donné le résultat à trouver ou c'est toi qui l'a mis en fonction de ce qu'o...Les tests repassent sur la nouvelle branche, avec le dernier code.
Florian, peux-tu regarder un coup ?
Au passage, pour ces 22 séquences, c'est eux qui t'avaient donné le résultat à trouver ou c'est toi qui l'a mis en fonction de ce qu'on avait ?
J'espère qu'une release algo + germlines pourra arriver très bientôt, peut-être en début de semaine prochaine :-)Algo 2018.04Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3231ERG : test2018-06-13T08:29:57+02:00Mathieu GiraudERG : testFlorian, as-tu une séquence de test ERG ?
(On est en train de toucher au test Ikaros)Florian, as-tu une séquence de test ERG ?
(On est en train de toucher au test Ikaros)Algo 2018.04Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3137vidjil-algo: warning level de W53, similar clone2018-06-12T07:15:59+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: warning level de W53, similar cloneVoir #3127 et #3136.
Le W53 en `info`...
- pour tous les clones ?
- pour tous les clones sauf les 10 premiers (comme cela on voit tout de même le warning si gros clone) ?Voir #3127 et #3136.
Le W53 en `info`...
- pour tous les clones ?
- pour tous les clones sauf les 10 premiers (comme cela on voit tout de même le warning si gros clone) ?Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3136Générer les warning levels depuis vidjil-algo2018-04-17T14:40:05+02:00Mathieu GiraudGénérer les warning levels depuis vidjil-algoVoir #3127.Voir #3127.Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3105should.py : recodage, diffusion2018-04-20T17:53:38+02:00Mathieu Giraudshould.py : recodage, diffusionÀ la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type ...À la journée INCa-BioinfoDiag, on s'est rendu compte qu'un des outils qui pourrait être utilisé par d'autres est ce joli script. On pourrait le re-diffuser.
Ce qui serait intéressant serait d'avoir des exemples "auto-suffisants", type commande de shell (et pas vidjil-algo), pour accompagner cette diffusion. Le script comme les exemples pourraient être dans un dossier `tools/should-to-tap/`. Ou ping #1491...
Au passage, `algo/tests/should-status.py` est aussi générique.Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3102Nomenclature Ikaros ?2018-06-14T06:33:36+02:00Mathieu GiraudNomenclature Ikaros ?Pas de choses précises pour la nomenclature dans publis vues par @flothoni (ou à vérifier si partagée avec d'autres).
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=IKZF1 ?
https://www.genenames.org/cgi-bin/gene_symbol_report?hgnc_i...Pas de choses précises pour la nomenclature dans publis vues par @flothoni (ou à vérifier si partagée avec d'autres).
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=IKZF1 ?
https://www.genenames.org/cgi-bin/gene_symbol_report?hgnc_id=13176Algo 2018.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3485Si on ajoute des pixels à droite/gauche des spans, alors mauvais affichage de...2018-09-27T18:16:26+02:00Mathieu GiraudSi on ajoute des pixels à droite/gauche des spans, alors mauvais affichage des highlights et donc du CDR3?set=28989&config=2&clone=27
On dirait qu'il manque un nucléotide au CDR3 souligné.
Se voit mieux avec !296?set=28989&config=2&clone=27
On dirait qu'il manque un nucléotide au CDR3 souligné.
Se voit mieux avec !296CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3333Décalage de l'affichage du CDR3 (entre autres ?) dans le segmenteur2018-09-27T11:26:45+02:00Mikaël SalsonDécalage de l'affichage du CDR3 (entre autres ?) dans le segmenteurIl serait bon d'afficher le CDR3 pour #2056. Mais actuellement l'affichage (en dev mode) semble décalé d'un nt vers la droite.
![Screenshot_20180705_100020](/uploads/b1ea4ced82e58bbae2132b2ec1653ff7/Screenshot_20180705_100020.png)Il serait bon d'afficher le CDR3 pour #2056. Mais actuellement l'affichage (en dev mode) semble décalé d'un nt vers la droite.
![Screenshot_20180705_100020](/uploads/b1ea4ced82e58bbae2132b2ec1653ff7/Screenshot_20180705_100020.png)CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3325Mutations silencieuses (ou pas) : afficher les codons `get_codons`2018-09-28T12:21:46+02:00Mathieu GiraudMutations silencieuses (ou pas) : afficher les codons `get_codons`Voir #2056.
Lorsqu'une mutation est indiquée comme silencieuse au milieu du V, on n'a pas grand chose pour bien estimer ce qu'il se passe. On pourrait
- afficher la sortie de `get_codons` sur la séquence référence par des traits fins ...Voir #2056.
Lorsqu'une mutation est indiquée comme silencieuse au milieu du V, on n'a pas grand chose pour bien estimer ce qu'il se passe. On pourrait
- afficher la sortie de `get_codons` sur la séquence référence par des traits fins (comme ceux qui séparent V/N).
- voire avoir la possibilité d'afficher la séquence en AA ? #2140 (mais bug #3326)CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3240Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés2018-09-17T18:16:54+02:00Mathieu GiraudExporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changésAurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certa...Aurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certaines analyses car... on ne peut rien faire de ces informations."
cc @flothoniCLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3330Affichage du CDR3 : le mettre en production2018-09-27T11:07:17+02:00Mathieu GiraudAffichage du CDR3 : le mettre en productionVoir aussi #2665.Voir aussi #2665.CLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2056Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur2019-04-18T17:56:44+02:00Mikaël SalsonAfficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteurStéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flot...Stéphanie est très intéressée pour distinguer les mutations synonymes des mutations non synonymes (surtout dans le V j'imagine). Voir à ce sujet [Lossos et al, 2000](http://www.bloodjournal.org/content/95/5/1797.full).
@magiraud @flothoni @aurelBZH @RyanHerbCLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3641Les étiquettes en abscisse de la grille peuvent être rognées2018-12-06T09:09:54+01:00Mikaël SalsonLes étiquettes en abscisse de la grille peuvent être rognéesC'est particulièrement le cas avec les noms de gènes, surtout quand il y a beaucoup de gènes. Exemple ici : http://app.vidjil.org/index.html?set=28977&config=25
![trimmed-genes](/uploads/6a0938c11c697d9bda04e8c211e4d6b4/trimmed-genes.png)C'est particulièrement le cas avec les noms de gènes, surtout quand il y a beaucoup de gènes. Exemple ici : http://app.vidjil.org/index.html?set=28977&config=25
![trimmed-genes](/uploads/6a0938c11c697d9bda04e8c211e4d6b4/trimmed-genes.png)Amiens-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3617Rapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le no...2019-02-28T13:33:56+01:00Mikaël SalsonRapport : le champ filename montre le nom du fichier sur le serveur pas le nom d'origineÀ modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.À modifier : en l'état c'est incompréhensible et ça occupe 4 lignes.Lille-LAL-next