vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-05-25T17:22:23+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5021Rapport - la génération échoue si l'on est en "custom"2022-05-25T17:22:23+02:00Thonier FlorianRapport - la génération échoue si l'on est en "custom"Si l'on ouvre un sample seul (en custom) l'on ne peux pas générer le rapport par défaut (peut-être les autres aussi). Je pense que l'on échoue à cause du bloc `log`. Il faudrait vérifier cependant...
Reproductible.Si l'on ouvre un sample seul (en custom) l'on ne peux pas générer le rapport par défaut (peut-être les autres aussi). Je pense que l'on échoue à cause du bloc `log`. Il faudrait vérifier cependant...
Reproductible.Web 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5020Rendre les rapport plus resilient aux erreur lors de la génération2022-06-10T13:53:35+02:00Thonier FlorianRendre les rapport plus resilient aux erreur lors de la générationSi l'on a une erreur lors de la génération d'un rapport, la génération se stop au stade ou elle était et nous perdons la main aussi sur la page mère à cause du bandeau.
Cela oblige d'une part a recharger la page et donc perdre toutes le...Si l'on a une erreur lors de la génération d'un rapport, la génération se stop au stade ou elle était et nous perdons la main aussi sur la page mère à cause du bandeau.
Cela oblige d'une part a recharger la page et donc perdre toutes les analyses faites, mais en plus on ne peut pas obtenir de rapport.
Il faut donc que chaque bloc qui échoue génère un bloc générique indiquant clairement qu'il y a eu une erreur et son nom attendu.
Discuter avec @marc qui semble avoir une ou deux pistes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5006Le hover des time label montre toujours le nombre de reads de l'échantillon c...2022-05-17T19:48:08+02:00Thonier FlorianLe hover des time label montre toujours le nombre de reads de l'échantillon courantJe viens de m'apercevoir que le nombre de reads et le pourcentage indiqué dans le hover est toujours lié au sample courant.
Probablement une variable non ou mal passée.
A priori très simple à corriger.Je viens de m'apercevoir que le nombre de reads et le pourcentage indiqué dans le hover est toujours lié au sample courant.
Probablement une variable non ou mal passée.
A priori très simple à corriger.Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4973Bloquage lors de la génération du rapport2022-05-17T17:54:14+02:00Thonier FlorianBloquage lors de la génération du rapportUne utilisatrice fait remonter que depuis la MAJ, la génération des rapports actuels ne fonctionne plus.
Voir à cette [adresse](https://app.vidjil.org/50807-25?clone=13,60,73) et `export sample`.
Il semble qu'une div soit mal défini d...Une utilisatrice fait remonter que depuis la MAJ, la génération des rapports actuels ne fonctionne plus.
Voir à cette [adresse](https://app.vidjil.org/50807-25?clone=13,60,73) et `export sample`.
Il semble qu'une div soit mal défini dans le script `export.js`.
Je regarde ça.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4972Apparition gênante de la fenêtre Plot Settings2022-04-08T13:06:30+02:00Anne de SeptenvilleApparition gênante de la fenêtre Plot SettingsBonjour à tous,
J'ai un problème avec les fenêtres de Plot Settings, notamment celle du graphique du bas, qui apparaît dès que j'approche la souris (avant il fallait cliquer dessus il me semble). Le problème c'est que je n'arrive plus ...Bonjour à tous,
J'ai un problème avec les fenêtres de Plot Settings, notamment celle du graphique du bas, qui apparaît dès que j'approche la souris (avant il fallait cliquer dessus il me semble). Le problème c'est que je n'arrive plus à sélectionner les clones qui se trouvent en haut à gauche du graphique à cause de la fenêtre qui apparaît !! Si la zone pouvait être un peu moins grande ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4962Régression: vidjil-algo ne peut plus accéder aux germlines avec un chemin absolu2022-03-30T18:48:11+02:00Mathieu GiraudRégression: vidjil-algo ne peut plus accéder aux germlines avec un chemin absolu```
./vidjil-algo -g /usr/share/vidjil/germline demo/Demo-X5.fa
```
donne `Error in opening file .//usr/share/vidjil/germline/homo-sapiens/IGHV.fa`
Cela fonctionnait avec 2021.02. Régression probablement introduite par !1010.
Amusant,...```
./vidjil-algo -g /usr/share/vidjil/germline demo/Demo-X5.fa
```
donne `Error in opening file .//usr/share/vidjil/germline/homo-sapiens/IGHV.fa`
Cela fonctionnait avec 2021.02. Régression probablement introduite par !1010.
Amusant, pas facile à tester...
Bloque le déploiement de 2022.02 vdj#1316https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4927Le lien avec imgt ne fonctionne plus2022-01-11T17:09:06+01:00Thonier FlorianLe lien avec imgt ne fonctionne plusJe viens de m'apercevoir que le lien pour envoyer une séquence à IMGT ne fonctionne plus.
Je n'ai pas encore identifié la cause.
On se retrouve à la page de leur formulaire pour rentrer les paramètres. Je penche pour une maj de leur ...Je viens de m'apercevoir que le lien pour envoyer une séquence à IMGT ne fonctionne plus.
Je n'ai pas encore identifié la cause.
On se retrouve à la page de leur formulaire pour rentrer les paramètres. Je penche pour une maj de leur API.
cc @magiraud @mikael-s @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4925Bouton run all ne foncitonne pas si un seul sample présent2022-01-21T10:43:29+01:00Thonier FlorianBouton run all ne foncitonne pas si un seul sample présentJe viens de remarquer que si il n'y a qu'un seul sample présent, la requête "run all" ne fonctionne pas.
Le bouton de lancement unitaire fonctionne bien pour sa part.
Voici ce que j'observe en onclick sur le dom
```
// unitaire
db.c...Je viens de remarquer que si il n'y a qu'un seul sample présent, la requête "run all" ne fonctionne pas.
Le bouton de lancement unitaire fonctionne bien pour sa part.
Voici ce que j'observe en onclick sur le dom
```
// unitaire
db.call('default/run_request', {
'sequence_file_id': '93864',
'sample_set_id': 49266,
'config_id': 25
})
// run all
db.call('default/run_all_request', {
'sequence_file_ids': [93864],
'sample_set_id': 49266,
'config_id': 25
})
```
Je vais voir sur la requête ce qui provoque cette erreur.Thonier FlorianThonier Florian2022-01-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4918database.js; erreur lors des modifications d'échantillons sans source network2021-12-08T17:16:16+01:00Thonier Floriandatabase.js; erreur lors des modifications d'échantillons sans source networkSi la source network n'est pas définie, nous avons une erreur lors d'une modification d'un échantillon.
Celle-ci n'est présente que si nous ne rechargeons pas les fichiers et si la source network n'est pas définie. Si l'une ou l'autre d...Si la source network n'est pas définie, nous avons une erreur lors d'une modification d'un échantillon.
Celle-ci n'est présente que si nous ne rechargeons pas les fichiers et si la source network n'est pas définie. Si l'une ou l'autre des conditions est remplie, pas de problème.
Ne devrait donc pas poser de souci pour le déploiement de demain (puisque source network), mais plus problématique pour la version HDS.
L'erreur est proche de la fonction `check_upload_fields` de database.js, côté client.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4905Supprimer test_quality ?2024-01-29T16:46:49+01:00Thonier FlorianSupprimer test_quality ?Depuis de nombreux mois, nous avons test_quality qui ne fonctionne pas.
J'ai regardé rapidement, mais je ne comprend même pas comment ça ce lance ni d'où il tire ses instructions.
En attendant, ça ne marche pas et cache juste le résul...Depuis de nombreux mois, nous avons test_quality qui ne fonctionne pas.
J'ai regardé rapidement, mais je ne comprend même pas comment ça ce lance ni d'où il tire ses instructions.
En attendant, ça ne marche pas et cache juste le résultat final des tests depuis la page des MR.
il faut soit le fixer, soit le supprimer. L'erreur dans le log semble simple, puisque c'est simplement une option "--quiet" qui ne semble pas intégrer à docker, mais comme je ne localise pas le bout de code ...
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4904Preprocessing json; wrong path given for scripts2024-02-20T15:14:23+01:00Thonier FlorianPreprocessing json; wrong path given for scriptsDepuis que l'on a ajouté le json de preprocess, il y a une erreur dans les scripts contrib du rnaseq (@x-YLeBri). Le path est maintenant une concaténation `path_result,path_json_preprocess`. Cela perturbe le script. Je peux soit mettre à...Depuis que l'on a ajouté le json de preprocess, il y a une erreur dans les scripts contrib du rnaseq (@x-YLeBri). Le path est maintenant une concaténation `path_result,path_json_preprocess`. Cela perturbe le script. Je peux soit mettre à jour le script pour qu'il fasse le même travaille que le fuse qui le détecte, ou bien corriger pour que la valeur qu'il transmette en entrée du script soit déjà corrigée.
Corriger côté serveur permet de simplifier l'écriture des scripts. (@meidanis en tête)
Faire les deux est souhaitable, le hotfix du script étant probablement plus simple et rapide à déployer.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4901Erreur serveur lors de l'utilisation de QC-stats2022-05-03T15:34:53+02:00Mikaël SalsonErreur serveur lors de l'utilisation de QC-statsSur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File...Sur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1194, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1015, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 984, in getStatData
r[head] = model.decorate(r[head])
KeyError: 'pre process'
```
À corriger/tester.
Peut-être en lien avec #4840 ?Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4888Le preset primers ne fonctionne plus.2021-10-27T16:51:39+02:00Thonier FlorianLe preset primers ne fonctionne plus.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4869La recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur2021-10-08T11:25:21+02:00Mikaël SalsonLa recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.ht...```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.html", line 110, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/SampleSet.py", line 57, in get_config_urls
if c[2] is not None :
IndexError: list index out of range
```Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4864Clone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianClone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples....Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples.sample_set_id`. On tombe donc dans une impasse de getHTMLinfo, sur la partie qui ajoute le bouton `get reads`.
2 solutions:
* ajouter une condition de plus pour rentrer dans ce cas de figure
* Modifier le serveur pour que le `open analysis` renvoie les valeurs `samples.sample_set_id`.
Une préférence ? Les deux n'étant pas non plus antinomique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4836Impossible de charger les samples sur la branche dev2021-09-17T16:57:43+02:00Thonier FlorianImpossible de charger les samples sur la branche devJe suis repassé sur la branche dev. Je remarque que l'on ne peut plus charger de données sans avoir une erreur.
J'ai l'impression que c'est la même erreur que j'ai sur la MR !691 preprocessing json. A savoir que l'objet `db` n'a pas de...Je suis repassé sur la branche dev. Je remarque que l'on ne peut plus charger de données sans avoir une erreur.
J'ai l'impression que c'est la même erreur que j'ai sur la MR !691 preprocessing json. A savoir que l'objet `db` n'a pas de valeur `upload_source` si il n'y a pas de choix entre computer/nfs.
J'ai déjà corrigé ce point sur la MR !691.
A vérifier quand elle sera mergée.2021-09-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4835Erreur sur get custom data sur vdb2021-09-10T18:00:31+02:00Mikaël SalsonErreur sur get custom data sur vdbProblème de permissionProblème de permissionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4817Les tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxe2021-11-18T10:14:34+01:00Mikaël SalsonLes tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4806Les icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un cluster2021-07-01T12:17:40+02:00Thonier FlorianLes icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un clusterhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4805Le lien assign subset n'a pas d'event lié2022-05-12T09:58:29+02:00Thonier FlorianLe lien assign subset n'a pas d'event liéLe bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.Le bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.