vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-24T16:16:47+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2828Export csv AIRR depuis l'algo2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudExport csv AIRR depuis l'algoDai N. aurait été intéressé par une sortie csv de l'algo, "comme depuis le client".
Peut-être le .vidjil peut aussi lui convenir.Dai N. aurait été intéressé par une sortie csv de l'algo, "comme depuis le client".
Peut-être le .vidjil peut aussi lui convenir.Algo 2018.092018-10-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3448Recevoir des mails un jour avant l'échéance des tâches2018-09-07T08:07:57+02:00Mathieu GiraudRecevoir des mails un jour avant l'échéance des tâchesEst-ce que cela fonctionne ?
https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/27500
cc @mikael\-sEst-ce que cela fonctionne ?
https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab-ce/issues/27500
cc @mikael\-s2018-09-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3398Release 2018.07.22018-10-31T09:43:32+01:00Mathieu GiraudRelease 2018.07.2Est-ce que !253 justifie une autre release qui serait tout de suite déployée sur app ? Je suis prêt à attendre 5 heures :-)Est-ce que !253 justifie une autre release qui serait tout de suite déployée sur app ? Je suis prêt à attendre 5 heures :-)Algo 2018.08Mikaël SalsonMikaël Salson2018-07-26https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3241Une donnée non exportable est... inutile2022-02-14T18:12:59+01:00Mathieu GiraudUne donnée non exportable est... inutileÉvoquée avec Lille.
Particulièrement vrai quand on veut tracer des choses / communiquer entre personnes / dossier patients / rapports... Pour l'instant, captures d'écran.
Cas particuliers : #2056, #2876, #3240.Évoquée avec Lille.
Particulièrement vrai quand on veut tracer des choses / communiquer entre personnes / dossier patients / rapports... Pour l'instant, captures d'écran.
Cas particuliers : #2056, #2876, #3240.2018-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1696Avoir des tests de couverture algo, coveralls ou autre2018-11-20T08:47:01+01:00Vidjil TeamAvoir des tests de couverture algo, coveralls ou autremake should-coveralls segfaulte sur Travis depuis juin
***
ping. Voir si c'est réparable, sinon virer le badge sur github.
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Depuis 07ea431, ne segmente faute plus.
Mais l'upload ne fonctionne pas. Badge sur github enlevé en attendant....make should-coveralls segfaulte sur Travis depuis juin
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ping. Voir si c'est réparable, sinon virer le badge sur github.
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Depuis 07ea431, ne segmente faute plus.
Mais l'upload ne fonctionne pas. Badge sur github enlevé en attendant.
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@magiraudAlgo 2018.08Mikaël SalsonMikaël Salson2018-06-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2935Mettre à jour nlohmman json réguilèrement2018-07-03T19:35:06+02:00Mathieu GiraudMettre à jour nlohmman json réguilèrementFait en septembre 2017, 051f32597c, #2615Fait en septembre 2017, 051f32597c, #2615json-export2018-03-01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2744Tip of the day : édition et mise en prod2019-08-19T15:28:09+02:00Mathieu GiraudTip of the day : édition et mise en prodAprès #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.Après #2582, à partir de mi-novembre (une semaine avant le ~"com-vw16"), 5 tips / semaine, avec images #2594.2017-11-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2776Mettre à jour le tutoriel pour les TPs2017-11-20T19:18:05+01:00Mathieu GiraudMettre à jour le tutoriel pour les TPsQue mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi...Que mettre à jour dans le tutoriel ? Nouveautés 2016/17 ? Autres points ?
On le limite plutôt aux aspects clients. (Serveur: limiter à ce qui est accessible à partir du compte Demo ?).
@flothoni fait déjà une première passe, merci à toi, et on en discute ce mercredi à 14h.
Voir aussi #2058 vdj#195 vdj#352Web 2017.112017-11-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2582Tip of the day : implémentation2017-11-17T12:10:37+01:00Mathieu GiraudTip of the day : implémentationVoir #2581
cc @RyanHerbVoir #2581
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herbert2017-11-10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2587Ouvrir Gitlab2017-10-21T07:48:55+02:00Mathieu GiraudOuvrir Gitlabcc @allcc @all2017-09-15https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
***
Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
***
→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
***
@nobodyWeb 2018.012017-08-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2545Documenter vmi.js et vmi_mocker.js2023-03-01T15:39:01+01:00Mathieu GiraudDocumenter vmi.js et vmi_mocker.js2017-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1766Mettre à jour les germlines depuis IMGT2018-03-14T11:03:48+01:00Vidjil TeamMettre à jour les germlines depuis IMGTLa dernière mise à jour date de mai 2015 (-> 2015.06).
Il faudra le faire pour la 2016.02 :-)
***
Tiens, depuis novembre 2015 IMGT fait un CHANGELOG: http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html
***
D'ailleurs, cela vaudra le coup ...La dernière mise à jour date de mai 2015 (-> 2015.06).
Il faudra le faire pour la 2016.02 :-)
***
Tiens, depuis novembre 2015 IMGT fait un CHANGELOG: http://www.imgt.org/IMGTgenedbdoc/dataupdates.html
***
D'ailleurs, cela vaudra le coup de faire les pseudo-gènes en même temps (ou juste après). Et "make get-all-data" ne fonctionne pas en ce moment
***
@mikael-sAlgo 2017.03Mikaël SalsonMikaël Salson2017-01-16https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1171Tous les ans, mettre à jour les librairies .js2022-04-22T08:29:40+02:00Vidjil TeamTous les ans, mettre à jour les librairies .jsEt d'autres librairies si besoin...
S'assurer que `browser/js/lib/info.txt` est à jour
***
Marc, 9a8c272d6 (septembre 2014) :
* d3js updated
* jquery updated (use jquery 2)
* jquery.form updated
* jspdf updated
* canvg ...Et d'autres librairies si besoin...
S'assurer que `browser/js/lib/info.txt` est à jour
***
Marc, 9a8c272d6 (septembre 2014) :
* d3js updated
* jquery updated (use jquery 2)
* jquery.form updated
* jspdf updated
* canvg removed (never used)
* less.js removed (we don't compil css in the browser anymore)
***
merci !
***
Ping. Cela fait presque 18 mois que certaines librairies n'ont pas été mises à jour. On peut vivre avec, mais...
***
Marc, est-ce que c'est quelque chose que tu pourrais faire avant ton départ ? Merci.
***
@Duez2016-12-12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5272Improve .env handling2024-03-28T15:00:09+01:00CHESNIN ClementImprove .env handlingPour le moment, on a un fichier .env.default et un fichier .env. Dans le fonctionnement actuel, on a plusieurs souci : le fichier .env doit nécessairement être présent (il est donc commité, mais vide) et le docker compose ne fonctionne p...Pour le moment, on a un fichier .env.default et un fichier .env. Dans le fonctionnement actuel, on a plusieurs souci : le fichier .env doit nécessairement être présent (il est donc commité, mais vide) et le docker compose ne fonctionne pas bien si il n'y a pas des choses dans le .env. Ca entraine donc de devoir faire de la manutention git, ...
L'idée est de simplifier ça, pour ne pas avoir de fichier à éviter dans les commit, une config par défaut facilement surchargeable, et peut-être une config dev qui existe facilement.
Après un peu de recherche, plusieurs choses :
- Il y a deux cas : les variables qu'on veut utiliser dans les fichiers docker-compose.yml, et les variables qu'on vaut passer au docker
- Pour les variables à utiliser dans le docker-compose (par exemple $VOLUME_PATH), elles doivent forcément être dans le fichier .env, pas dans un autre (cf https://docs.docker.com/compose/environment-variables/set-environment-variables/#substitute-with-an-env-file et https://docs.docker.com/compose/compose-file/12-interpolation/)
- Pour les variables à passer aux containers, là on peut bien utiliser les env-file.
- Depuis la version 2 (passage de `docker-compose` à `docker compose`), on peut préciser sur un env-file est required ou non (cf https://docs.docker.com/compose/environment-variables/set-environment-variables/#use-the-env_file-attribute)Web 2024.04CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5271Removing user/group from a server2024-03-27T14:07:04+01:00Mikaël SalsonRemoving user/group from a serverRemoving an user requires first to disable her/his account #5270.
Then we want to remove the data related to the account:
- all the data if the user is alone in her group
- what should be removed in the case of an user working within co...Removing an user requires first to disable her/his account #5270.
Then we want to remove the data related to the account:
- all the data if the user is alone in her group
- what should be removed in the case of an user working within collaborative groups? not the data, should the logs be removed?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5270Controller to disable account2024-03-27T14:07:05+01:00Mikaël SalsonController to disable accountDiscussed for vdj#1170: we may want to disable account.
At first, just setting an empty password may be enough, but a cleaner status would be better.Discussed for vdj#1170: we may want to disable account.
At first, just setting an empty password may be enough, but a cleaner status would be better.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5269Bad redirection after impersonate2024-03-20T17:10:05+01:00THONIER FlorianBad redirection after impersonateIf we are on a admin page and we do an impersonate, we get an empty page from the server.
No problem if we are on a common page (patients, ...).
This is probably due to a missing redirect in this case.If we are on a admin page and we do an impersonate, we get an empty page from the server.
No problem if we are on a common page (patients, ...).
This is probably due to a missing redirect in this case.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5268Bug with sampling date not filled2024-03-22T14:08:34+01:00THONIER FlorianBug with sampling date not filledTested; At least we don't send sampling date in our request.Tested; At least we don't send sampling date in our request.Web 2024.04