vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:41:18+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1846save analysis cassé2016-11-29T14:41:18+01:00Vidjil Teamsave analysis casséC'est de ma faute : je me suis mis à merger un certain nombre de choses, et le save analysis de analysis-annotaiton n'est pas rétro-compatible. Ryan est dessus.
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merci !
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@magiraud @RyanHerbC'est de ma faute : je me suis mis à merger un certain nombre de choses, et le save analysis de analysis-annotaiton n'est pas rétro-compatible. Ryan est dessus.
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merci !
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@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1827annotations: pas d'enregistrement dans la DB ?2016-11-29T14:41:06+01:00Vidjil Teamannotations: pas d'enregistrement dans la DB ?Sur app.vidil.org/beta, si je modifie puis "save analysis"... et bien je ne retrouve pas mes modifications dans la DB :-)
(Testé aussi avant mes commits de ce matin, même effet.)
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Le serveur rbx n'est pas a jour avec les modification...Sur app.vidil.org/beta, si je modifie puis "save analysis"... et bien je ne retrouve pas mes modifications dans la DB :-)
(Testé aussi avant mes commits de ce matin, même effet.)
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Le serveur rbx n'est pas a jour avec les modifications qui répercutent les annotations dans la base de données
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Aha... mais si on demande à Lille de tester, il faut bien que cela marche... comment fait-on ?
Proposition : faire sur rbx (dans git/vidjil, branche rbx) un "cherry-pick" des commits concernés.
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Je change d'avis : c'est peut-être trop compliqué et cela fait du travail en double.
Je leur dit que pour l'instant, ce n'est pas sauvegardé.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1826annotations: menu patient2016-11-29T14:41:05+01:00Vidjil Teamannotations: menu patient?
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? aussi :-)
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@magiraud?
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? aussi :-)
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1794Vidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?2016-11-29T14:40:42+01:00Vidjil TeamVidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
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(offline jusqu'à 14h)
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rajouté "rm -rf algo"...L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
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(offline jusqu'à 14h)
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rajouté "rm -rf algo" au début, et relancé
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hmm étrange : la case « Delete workspace before build starts » est bien cochée
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bon, c'est passé.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1777Release 2016-022016-11-29T14:40:30+01:00Vidjil TeamRelease 2016-02- Vk/Vk Nouredine
- index de clonalité : au moins entropie
- (déjà fait) corrections dans .vidjil, dans -z
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Je fais cela ce matin (une dernière passe sur la doc dans le train). Peut-être pas le déploiement sur rbx, on verra.
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pkg...- Vk/Vk Nouredine
- index de clonalité : au moins entropie
- (déjà fait) corrections dans .vidjil, dans -z
***
Je fais cela ce matin (une dernière passe sur la doc dans le train). Peut-être pas le déploiement sur rbx, on verra.
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pkg #995 approuvé, mais vidjil-release pas déclenché tout seul (comme les fois d'avant) → vidjil-release lancé manuellement.
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On dirait que vidiil-release a fonctionné... mais webpages/release-production ne marche pas (j'imagine que bioinfotest n'est plus là). Bref, comment publier la release ? Ou au moins récupérer le .tgz pour l'envoyer à Florian et Radia ?
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1705Vérifier comment le FineSegmenter gère les séquences en revcomp2016-11-29T14:39:41+01:00Vidjil TeamVérifier comment le FineSegmenter gère les séquences en revcompJuste pour être sûr. J'aimerais voir une fois la sortie des .should-vdj rev-compés.
***
Sur 68 tests, seulement 4 ne passent pas en revcomp :
python should-vdj-to-tap.py -r should-vdj-tests/*vdj.fa
<== should-vdj-tests/0000-nck-TRB.shou...Juste pour être sûr. J'aimerais voir une fois la sortie des .should-vdj rev-compés.
***
Sur 68 tests, seulement 4 ne passent pas en revcomp :
python should-vdj-to-tap.py -r should-vdj-tests/*vdj.fa
<== should-vdj-tests/0000-nck-TRB.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - TRBV7-2*02 0/0/3 TRBJ2-3*01 - found instead 0 200 201 257 TRBV7-2*02 159//13 TRBJ2-3*01 TRB SEG_- 1.939202e-25 0.000000e+00/1.939202e-25
<== should-vdj-tests/0119-lil-IGK+-TRA+D-TRD+-TRG.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - Intron 2/0/9 KDE - found instead 0 153 154 277 Intron 116//11 KDE IGK+ SEG_- 0.000000e+00 0.000000e+00/0.000000e+00
<== should-vdj-tests/0122-lil-TRG.should-vdj.fa.rc
not ok 1 - TRGV5*01 4/2/5 TRGJP2*01 - found instead 0 175 177 235 TRGV5*01 104/G/24 TRGJP2*01 TRG SEG_- 1.196297e-29 0.000000e+00/1.196297e-29
<== should-vdj-tests/0169-lil-TRA+D.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - TRDD2*01 13//8 TRAJ29*01 - found instead 0 70 72 211 TRDD2*01 21/A/6 TRAJ29*01 TRA+D SEG_- 2.796024e-13 2.796024e-13/7.091547e-23
***
Le D fonctionnait bien (ainsi que les overlap potentiels V/D et D/J), et j’ai retrouvé pourquoi : FineSegmentD travaille sur
string str = getSequence().sequence.substr(l, r-l);
getSequence() renvoyant déjà la séquence éventuellement rev-comp.
Le bug ne portait donc que sur l’overlap V/J, c’est corrigé par cd28a56
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1661Taille des bubbles quand on fait "compare two samples"2016-11-29T14:39:09+01:00Vidjil TeamTaille des bubbles quand on fait "compare two samples"http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2909&custom=3955&
Les bubbles ont une taille qui dépend du point principal. En conséquence, elles ont donc une taille 0 pour les clones absents dans le point principal.
Sur la vue "compare two sampl...http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2909&custom=3955&
Les bubbles ont une taille qui dépend du point principal. En conséquence, elles ont donc une taille 0 pour les clones absents dans le point principal.
Sur la vue "compare two samples", c'est dommage de ne pas les voir (on voit la ligne en bas, mais on ne voit pas la ligne en haut à gauche).
***
cd0d55f, 9f9172e
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1610Rapport Activité SIRIC2016-11-29T14:38:33+01:00Vidjil TeamRapport Activité SIRICPour le 15 ? (MV absent avant)
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Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
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J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le...Pour le 15 ? (MV absent avant)
***
Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
***
J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le faire
***
aïe, toujours pas fait
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1599prev et next ne sélectionnent pas la bonne config2016-11-29T14:38:25+01:00Vidjil Teamprev et next ne sélectionnent pas la bonne configprev et next conservent la config du patient actuel, mais ce n'est pas nécessairement la config du patient précédent/suivant. Si la mauvaise config est sélectionnée on ne voit pas directement ce qui a déjà été lancé, ni quand.
***
Certes...prev et next conservent la config du patient actuel, mais ce n'est pas nécessairement la config du patient précédent/suivant. Si la mauvaise config est sélectionnée on ne voit pas directement ce qui a déjà été lancé, ni quand.
***
Certes. Mais si on corrige cela :
=A c1,c2
=B c2
Passer du patient A au patient B, puis revenir au A, va faire changer la config. Quand on fait prev/next, on peut aller trop loin et revenir en arrière... et on n'aura plus la même config.
Et je me souviens aussi d'un autre cas d'utilisation : lancer une nouvelle config sur des patients sur laquelle elle n'a pas été lancée :-)
Bref, wont-fix, sauf peut-être dans le cas où l'user n'a pas de droit run ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1586Recombinaisons TRDD/TRAJ2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamRecombinaisons TRDD/TRAJDans le tableau de Yann tous les gros problèmes semblent résolus sauf un : une recombinaison TRDD/TRAJ (ou même TRDD2/TRDD3/TRAJ). Elle était trouvée par chance en TRDD2/TRDD3 auparavant, mais cela ne résiste pas à la e-valeur (le TRDD3 ...Dans le tableau de Yann tous les gros problèmes semblent résolus sauf un : une recombinaison TRDD/TRAJ (ou même TRDD2/TRDD3/TRAJ). Elle était trouvée par chance en TRDD2/TRDD3 auparavant, mais cela ne résiste pas à la e-valeur (le TRDD3 est grignoté comme il est recombiné et donc il n'y a pas assez de k-mers pour passer le seuil). Du coup on ne trouve plus un clone qu'on trouvait auparavant (mais qu'on classait mal).
Met-on cela dans le germline VdJa ? Sauf qu'il s'appelle VdJa Et là on est sur du DdJa… Sauf que le VdJa c'est du VDJ et là on cherche du DJ.
***
Ici il n'y est plus : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=443&config=25 mais là il y était : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=443&config=11
***
J'imagine que ce sera D avec upstream ?
***
Dans TRD+, on a regroupé plusieurs cas sur le locus TRD.
On pourrait donc regrouper plusieurs cas sur le locus TRA/TRD dans VdJa.
(quitte à renommer, TRA/D (aïe, cinq caractères) ? TRA+ ? On peut mettre déjà dans VdJa, et réfléchir ensuite.)
IMGT appelle cela "Human TRA/TRD locus" : http://www.imgt.org/LocusView/docs/humanTRATRDlocus.pl
***
Pour le TRDD_upstream… pourquoi pas ou en DD2-01, ça dépend de ce qui peut être recombiné.
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euh... est-ce bien notable/0443-lil-LEQ--DdJa.fa ?
Je ne m'y retrouve pas.
***
ea66e02 pour la gestion TRDD/TRAJ et 07cb337 pour les tests
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Marqué comme fait.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1578Documenter le format should-vdj2016-11-29T14:38:09+01:00Vidjil TeamDocumenter le format should-vdjGarry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
Stabiliser le format (peut-être en rediscuter avant avec Yann), et lui envoyer une doc.
***
Yann met des - devant le nombre de délétions et ne spécifie pas la séque...Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
Stabiliser le format (peut-être en rediscuter avant avec Yann), et lui envoyer une doc.
***
Yann met des - devant le nombre de délétions et ne spécifie pas la séquence nucléotidique des insertions du coup plutôt que d'avoir >TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__VdJa (should-vdj), Yann donnerait >TRDV2*02 -14/9/-0_TRDD3*01_-3/7/-4_TRAJ29*01__VdJa
***
Pfff, c'est pas très beau, les "-"... mais bon, on peut être souple et les enlever si besoin. Idem pour transformer les " " en "_".
Les deux espaces " " ou "__" sont un peu limite, on devrait être indépendant par rapport à cela. Mettre un symbole en plus, type @TRB ? (Ce qui permet vraiment de virer les "_" et de mettre un nombre quelconque de " ").
Ou rien du tout et on se débrouille pour parser derrière ?
On devrait aussi être flexible et accepter aussi bien 3/CCACGGC/4 (forme préférée) que 3/7/4.
***
On a un beau format, on pourrait le documenter. Cela irait parfaitement avec la release 2015.10.
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1575Enregistrer les analyses globalement, par patient, pas par config2020-02-25T10:51:33+01:00Vidjil TeamEnregistrer les analyses globalement, par patient, pas par configQuand on navigue entre plusieurs configs, il faut tout recommencer. On pourrait hésiter pour certains éléments (les couleurs, les merges, et encore), mais pour d'autres non (les noms des points).
Bref, par simplicité, on pourrait décide...Quand on navigue entre plusieurs configs, il faut tout recommencer. On pourrait hésiter pour certains éléments (les couleurs, les merges, et encore), mais pour d'autres non (les noms des points).
Bref, par simplicité, on pourrait décider de ne sauver qu'un seul .analysis par patient. (Cela veut dire qu'il pourrait y avoir plusieurs tailles de fenêtre différent.) Cela permettrait dès maintenant de mieux naviguer entre plusieurs configs, de mieux faire les transitions entre versions/configs, et ce sera encore plus vrai dans le futur, si on a d'autres logiciels.
- qu'en pensez-vous ? est-ce souhaitable ?
- est-ce difficile ou pas ?
- et, si on le fait, il faudra regarder la transition (pas de soucis si un seul fichier .analysis sauvé pour une seule config, sinon regarder à la main, mais il n'y aura pas beaucoup de cas).
***
discuté la semaine dernière ensemble, Marc trouvait cela faisable... ce serait très souhaitable et simplifierait beaucoup de choses.
Pour mémoire, cela veut bien dire qu'il y a des clones mentionnés dans le .analysis qui ne concernent peut-être pas la config en cours, mais que ces infos doivent tout de même être sauvegardées.
***
> d29c81d6
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1557V-D-D-J2016-11-29T14:37:53+01:00Vidjil TeamV-D-D-Jà traiter uniquement en FineSegmenter ?
***
M.: (IMGT le fait, nananèreuh)
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Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)
Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autr...à traiter uniquement en FineSegmenter ?
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M.: (IMGT le fait, nananèreuh)
***
Ce n'est pas M qui a écrit ça mais T ;)
Ça change aussi des choses dans le .vidjil On ne sait pas gérer plusieurs D à l'heure actuelle (mais je fais une autre tâche)
***
Ça a aussi des conséquences sur nos options (delta_max) et… sur la taille de la fenêtre
***
C'est quoi, au fait, l'exemple ?
VDDJ dans google donne quelques publis
***
Yann nous a envoyé le 11 août des séquences VDDJ et DDJ.
À voir, pas si facile à traiter. On pourrait lancer une détection d'un deuxième D lorsqu'on a au moins 5-6 nucléotides en N1 ou N2. Mais cela implique de raffiner ensuite beaucoup de bornes.
***
Dans les Vd1 - Jd1 c'est assez fréquent d'après Patrick
***
Mis en haut de la pile, 1/3 des données de Florian, à faire d'ici mi-février.
***
Quasi bon. En attente des commentaires de Florian.
Sur le reste des tests, uniquement deux petits trucs à vérifier :
should-vdj-tests/0118-lil-IGH-TRG.should-vdj.fa
IGHV3-9*01 11/A/5 IGHD2-2*02 1/GGAA/4 IGHD3-9*01 7//10 IGHJ6*03
--> yeah, un deuxième D trouvé, bonne solution, à vérifier
segment_simul.should_get *et* should-vdj-tests/segment_simul.should-vdj.fa
IGHV5-10-1*01 2/CTTC/3 IGHD1-14*01 1//23 IGHD3-16*01 8//7 IGHJ5*01
--> à vérifier, 6nt, limite
***
Les deux petits trucs ont été vérifiés et mis à jour.
***
Cela sort donc dans 2016.02. Il y aura des choses à régler par la suite, mis dans d'autres tâches.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1513Les raccourcis clavier pavé numérique ne fonctionnent plus2016-11-29T14:37:19+01:00Vidjil TeamLes raccourcis clavier pavé numérique ne fonctionnent plusvu par Yann, 10 avril
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corrigé, d63e854
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@magiraudvu par Yann, 10 avril
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corrigé, d63e854
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1506Mathieu n'avait pas le bouton 'run'2016-11-29T14:37:14+01:00Vidjil TeamMathieu n'avait pas le bouton 'run'Au fait, quand je n'avais pas le bouton run, c'était... un manque place horizontal. Et je ne voyais pas d'ascenseur :-)
***
@magiraudAu fait, quand je n'avais pas le bouton run, c'était... un manque place horizontal. Et je ne voyais pas d'ascenseur :-)
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1505On ne voit plus les "runs" relancés quand il y a eu déjà d'autres résulats sa...2016-11-29T14:37:13+01:00Vidjil TeamOn ne voit plus les "runs" relancés quand il y a eu déjà d'autres résulats sans schedulerSur tous les patients existants (résultat existant, mais plus de scheduler), cliquer sur 'run' ne met pas toujours la tache en 'QUEUED'. Il ne se passe rien parfois...
***
En fait c'est vraiment bloquant : on ne sait pas si on a relancé ...Sur tous les patients existants (résultat existant, mais plus de scheduler), cliquer sur 'run' ne met pas toujours la tache en 'QUEUED'. Il ne se passe rien parfois...
***
En fait c'est vraiment bloquant : on ne sait pas si on a relancé des runs pour les patients (voir par exemple Demo LIL-L3). Marc, tu as une idée ?
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résolu, un probleme avec mysql/sqlite qui ne repondent pas tout a fait de la même façon pour une même requete
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cela a l'air subtil effectivement :)
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1504On n'arrive pas à visualiser des .data quand il manque des fichiers ?2016-11-29T14:37:12+01:00Vidjil TeamOn n'arrive pas à visualiser des .data quand il manque des fichiers ?Il manque les fichiers de séquence -0.gz et -3.gz
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Pourquoi http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7 ne fonctionne pas ? Il n'y a pas de lien avec les fichiers de séquence
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Peut-être des fichiers de résultat ont...Il manque les fichiers de séquence -0.gz et -3.gz
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Pourquoi http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=7 ne fonctionne pas ? Il n'y a pas de lien avec les fichiers de séquence
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Peut-être des fichiers de résultat ont été aussi supprimés ?
En tout cas, c'est bon, j'ai retrouvé les deux .fa sur mon ordi. Plus que 95 :)
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Ce n'est pas spécifique à ce patient. Ex : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=2&config=1
En regardant dans l'activité réseau on voit que le .data arrive bien. On peut même le télécharger depuis le serveur et l'afficher en local
***
En tout cas, pour L3, c'est définitivement bon, marche après relance de Vidjil.
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fixé temporairement.
laisser ouvert
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>a02837965d2
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1463IMGT : regarder ce qu'on va prendre dans les .csv2016-11-29T14:36:38+01:00Vidjil TeamIMGT : regarder ce qu'on va prendre dans les .csvPour la fin du mois.
Regarder les .csv de V-QUEST, voir ce qui nous intéresse.
Définir ce qu'on veut pour segmenter.js.
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mail envoyé à IMGT
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@magiraud @mikael-s @DuezPour la fin du mois.
Regarder les .csv de V-QUEST, voir ce qui nous intéresse.
Définir ce qu'on veut pour segmenter.js.
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mail envoyé à IMGT
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1453Faire marcher fastq + '#'2016-11-29T14:36:31+01:00Vidjil TeamFaire marcher fastq + '#'Les tests should-vdj ont besoin de 13380ba7, mais 13380ba7 casse lecture de fastq.
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0623dbf
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@magiraudLes tests should-vdj ont besoin de 13380ba7, mais 13380ba7 casse lecture de fastq.
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0623dbf
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1451rajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract2016-11-29T14:36:30+01:00Vidjil Teamrajouter un argument "stop_after" à WindowExtractor::extract
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#1450
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#1450