vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-04T09:53:46+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4623Enlever lessc de js/lib/info.txt ?2021-01-04T09:53:46+01:00Mathieu GiraudEnlever lessc de js/lib/info.txt ?
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir ...
```
less : dynamic stylesheet
* @version less-1.5.0
* @author Alexis Sellier
* @link <self@cloudhead.net> / http://lesscss.org/
* @license apache v2
```
Voir b795ea59f3a (et 9a8c272d). Mais `lessc` est désormais en version 4.0, et il me semble que nulle part on embarque son code: aucune occurrence de `lessc` dans tout notre code excepté dans `/browser/css/Makefile`. Peut-on donc enlever cette référence dans `info.txt` ?
Mais alors... d'où l'installe-t-on, en particulier pour ~"server-docker" ? Ce serait déjà inclus dans l'image `nginx` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4622Mettre à jour d3js pour v6 ?2021-01-04T09:36:22+01:00Mathieu GiraudMettre à jour d3js pour v6 ?Est-ce que cela vaut le coup ?
Plus généralement #1171.
cc @duezEst-ce que cela vaut le coup ?
Plus généralement #1171.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4621Productivité et codon start et autres éléments2021-01-05T10:53:05+01:00Mathieu GiraudProductivité et codon start et autres élémentsDepuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence pr...Depuis #3569, https://docs.airr-community.org/en/stable/datarep/rearrangements.html#productive :
> No defect in the start codon, splicing sites or regulatory elements.
Est-ce quelque chose que l'on pourrait regarder ? Une référence précise chez ~"repseq-IMGT" ou ailleurs ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4620Sous-espèces et germlines (quasi-)dupliquées2021-04-08T16:09:54+02:00Mathieu GiraudSous-espèces et germlines (quasi-)dupliquéesVu à l'occasion de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910:
> @mikael-s
> > Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va ...Vu à l'occasion de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/839#note_428910:
> @mikael-s
> > Est-ce que ces différentes sous-espèces ont bien des noms de gènes différents ? Autrement dit est-ce que, par exemple, on ne va pas se retrouver avec deux IGHV1\*01 chez *Sus scrofa* ?
> @flothoni
> > On a pire que ça: on a plusieurs fois les mêmes entrées pour un même combo segment/allèle/sous-espèce.
> (...)
mais au final
> > On voit que le problème ne concerne donc que les fichiers des classes et pas les germlines directement. Cependant, les séquences ne sont pas les mêmes lorsqu'il y a des duplications...
Qu'en est-il pour Mus Musculus et les autres déjà présentes ?
Que faire s'il y a vraiment une ambiguïté ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4619test update_radius dans test_scatterplot échoue sur meccano2021-02-12T08:31:46+01:00Mikaël Salsontest update_radius dans test_scatterplot échoue sur meccanoVoir par exemple le job [#903604](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/903604).
```
1) Failure:
TestScatterplot#test_03_update_radius [functional/test_scatterplot.rb:98]:
>> clone 2 should NOT be visible in scatterplot at time ...Voir par exemple le job [#903604](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/903604).
```
1) Failure:
TestScatterplot#test_03_update_radius [functional/test_scatterplot.rb:98]:
>> clone 2 should NOT be visible in scatterplot at time 1
```
@flothoni [a remarqué](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/838#note_428632) que le test passe sur kapla ou sur lego mais pas sur meccano.
À corriger car très gênant pour la reproductibilité des pipelines.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4618Configuration apparaissant plusieurs fois dans les résultats2020-12-19T13:36:32+01:00Thonier FlorianConfiguration apparaissant plusieurs fois dans les résultatsJe viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'a...Je viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'ai lancé les analyse avec la config, puis ensuite j'ai modifier ces samples pour les rajouter à un individu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4616tools/diff.py : différence entre deux .vidjil2020-12-18T11:28:09+01:00Mathieu Giraudtools/diff.py : différence entre deux .vidjilÉvoqué à l'occasion de #4614. Le but est d'avoir un script donnant rapidement les différences, et pouvant être lancé 100+ fois pour des comparaisons massives.
Voir si cela fonctionne encore, mettre à jour, tester. (Coupler un jour avec ...Évoqué à l'occasion de #4614. Le but est d'avoir un script donnant rapidement les différences, et pouvant être lancé 100+ fois pour des comparaisons massives.
Voir si cela fonctionne encore, mettre à jour, tester. (Coupler un jour avec `benchmark-releases` ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4614Comparer automatiquement les résultats sur certains fichiers récents ?2020-12-18T11:28:32+01:00Mikaël SalsonComparer automatiquement les résultats sur certains fichiers récents ?En fermant #1257 je me pose la question d'un mécanisme plus fin.
Quand on change de version algo, on pourrait avoir envie de lancer l'algo aléatoirement sur X fichiers récents et comparer les résultats avec la précédente version. Ça ser...En fermant #1257 je me pose la question d'un mécanisme plus fin.
Quand on change de version algo, on pourrait avoir envie de lancer l'algo aléatoirement sur X fichiers récents et comparer les résultats avec la précédente version. Ça serait une utilisation pertinente de notre Vidjil-algo-next.
Ce lancement pourrait être fait côté serveur (physique) sans que cela crée de nouveaux processes dans l'interface.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4613API Server: pouvoir spécifier l'id de l'analyse2020-12-11T12:32:50+01:00Mathieu GiraudAPI Server: pouvoir spécifier l'id de l'analysementionné par @duezmentionné par @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4612Implement --post for fuse2021-11-26T15:51:22+01:00Mathieu GiraudImplement --post for fuseFollows #3647. In !367 we did only `--pre`
Après le `-t 100` ? Truc intermédaire avec un autre `-t` ?Follows #3647. In !367 we did only `--pre`
Après le `-t 100` ? Truc intermédaire avec un autre `-t` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4610MyAccount / Usage pour admin2021-02-09T16:10:50+01:00Mathieu GiraudMyAccount / Usage pour adminÀ un moment, Ryan nous avait montré une page "Usage" qui, pour les admins, montrait tout les groupes. Je ne me souviens même plus si on avait demandé de l'enlever, c'est possible.
De mon côté sur app quand je suis loggué en admin je ne...À un moment, Ryan nous avait montré une page "Usage" qui, pour les admins, montrait tout les groupes. Je ne me souviens même plus si on avait demandé de l'enlever, c'est possible.
De mon côté sur app quand je suis loggué en admin je ne vois que "mes" infos, et je dois faire un impersonate pour accéder aux stats.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4608My Account/Usage : pouvoir accéder aux sets2020-12-10T09:30:51+01:00Mathieu GiraudMy Account/Usage : pouvoir accéder aux sets
La liste des tags me semble utile. Mais bon, je vois un `#WM (12)`, on clique dessus et... on a toujours la page Usage, et, comme ce sont les process du dernier mois, pas forcément d'accès aux sets/samples.
Avoir un moyen de basculer s...
La liste des tags me semble utile. Mais bon, je vois un `#WM (12)`, on clique dessus et... on a toujours la page Usage, et, comme ce sont les process du dernier mois, pas forcément d'accès aux sets/samples.
Avoir un moyen de basculer sur la page patient/run/set avec la recherche déjà renseignée pour pouvoir accéder à ces sets ?
Par exemple... en cliquant sur le "12 patients" de Usage ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4607Améliorer la récupération des tests loupés dans les artefacts Watir2022-03-23T13:48:55+01:00Mathieu GiraudAméliorer la récupération des tests loupés dans les artefacts Watir
Sur une erreur typique, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886646#L3807:
```
1) Error:
TestPreProcess#test_pre_process_add:
Watir::Exception::UnknownObjectException: timed out after 30 seconds, waiting for #<Watir::Anchor: ...
Sur une erreur typique, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886646#L3807:
```
1) Error:
TestPreProcess#test_pre_process_add:
Watir::Exception::UnknownObjectException: timed out after 30 seconds, waiting for #<Watir::Anchor: located: false; {:class=>"button", :text=>"pre-process", :tag_name=>"a"}> to be located
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:798:in `rescue in element_call'
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:790:in `element_call'
/usr/share/rvm/gems/ruby-2.6.1/gems/watir-6.16.5/lib/watir/elements/element.rb:145:in `click'
functional/test_pre_process.rb:21:in `go_to_list'
functional/test_pre_process.rb:35:in `test_pre_process_add'
```
le [test report](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/195284/test_report) parsé par Gitlab n'affiche que la stack, mais pas la ligne d'erreur. Est-ce notre pipeline qui ne sort pas cela dans l'artefact, ou bien gitlab qui n'arrive pas à le parser ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4606IMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)2021-02-26T10:34:24+01:00Thonier FlorianIMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4605Scatterplot : les légendes des locus sont sous les icônes2021-04-14T17:02:42+02:00Mikaël SalsonScatterplot : les légendes des locus sont sous les icônesQuand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Quand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4604Test germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?2020-12-09T15:13:43+01:00Mathieu GiraudTest germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en in...Vu par @duez : job [#886520](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/886520) failed for 67f76cb479c12f8ace678ed0bd257127cc60749b
C'est le même test que dans !839. C'est normal que ces tests échouent quand on a une mise à jour en instance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4603Propriétaires vus dans le volume `results` sur Docker2021-01-06T15:56:55+01:00Mathieu GiraudPropriétaires vus dans le volume `results` sur DockerVu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`Vu par @duez, sur une certaine installation les permissions sont curieuses, voir ensuite ce que fait `docker/vidjil-server/scripts/tools.sh`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4602task.py et ailleurs: Utiliser des constantes pour les status des process2020-12-08T15:19:38+01:00Mathieu Giraudtask.py et ailleurs: Utiliser des constantes pour les status des process
QUEUED, RUNNING, COMPLETED, FAILED, DONE devraient être dans des constantes
QUEUED, RUNNING, COMPLETED, FAILED, DONE devraient être dans des constanteshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4599Algo, indiquer la raison de non-productivité2021-02-03T10:01:50+01:00Thonier FlorianAlgo, indiquer la raison de non-productivitéOn pourrait afficher la raison lorsque c'est disponible. Igblast indique par exemple `out-of-frame`, `codon-stop`.
Il fuadrait pouvoir le calculer, et je pense que c'est possible puisque déjà utiliser pour le définir.
il faut dans un ...On pourrait afficher la raison lorsque c'est disponible. Igblast indique par exemple `out-of-frame`, `codon-stop`.
Il fuadrait pouvoir le calculer, et je pense que c'est possible puisque déjà utiliser pour le définir.
il faut dans un second temps le mettre dans le format vidjil, puis l'exploiter dans le client.Algo 2021.02Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4598getHTMLInfo: afficher la productivité du clone2022-01-18T09:24:09+01:00Thonier FloriangetHTMLInfo: afficher la productivité du cloneJe me rends compte que l'on a pas la productivité qui est affiché dans le getHTMLinfo.Je me rends compte que l'on a pas la productivité qui est affiché dans le getHTMLinfo.