vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-09T13:56:04+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4566Warnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur di...2020-12-09T13:56:04+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau wrning si un clone a plusiuers dénomination sur différents samplesUn cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je ...Un cas qui s'est présenté sur une analyse répliquée. Dans un sample, on obtient Vx, et dans l'autre Vy. La dénomination n'est pas retrouvé dans ce cas si on regarde les samples dans les runs X et Y, alors qu'il s'agit du même clone.
Je propose de créer une nouvelle alerte, dans la catégorie `Comparisons between several samples` (W8x). (Bon il faudrait quand même améliorer la ratio signal/bruit pour la faire ressortir).
Cela passe par le fuse puisque qu'il faut plusieurs samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4506Pouvoir signaler des avertissements sur des serveurs non habilités2020-12-04T18:23:40+01:00Mathieu GiraudPouvoir signaler des avertissements sur des serveurs non habilitésCertains serveurs ne sont pas habilités à avoir des données de santé.
Un avertissement doit pouvoir figurer sur la page de création de sets / d'upload, en fonction d'une constante dans `defs.py`.Certains serveurs ne sont pas habilités à avoir des données de santé.
Un avertissement doit pouvoir figurer sur la page de création de sets / d'upload, en fonction d'une constante dans `defs.py`.Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-10-16https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1975Nouvelle vue pour comparer beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Vidjil TeamNouvelle vue pour comparer beaucoup de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatma...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatmap : pratique, mais on n'a plus la vue clone
- autre solution qui respecterait la vue clone ? (mais quelle vue clone, tous, les clones d'un sample ?)
(Voir aussi #1974)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4582My Account: lien vers localhost2020-12-03T19:44:55+01:00Mathieu GiraudMy Account: lien vers localhostBloque #4562 ?
"fuses:" met un lien vers `/localhost`Bloque #4562 ?
"fuses:" met un lien vers `/localhost`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2583Filtre à zéro à l'ouverture2020-12-03T13:08:55+01:00Mathieu GiraudFiltre à zéro à l'ouvertureVu par @flothoni.
Pas toujours reproductible. Détails ? Est-ce quand le réseau rame ?
cc @RyanHerbVu par @flothoni.
Pas toujours reproductible. Détails ? Est-ce quand le réseau rame ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod2020-12-03T12:42:36+01:00Mathieu Giraudqc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
A...@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
Attendre pour cela quelques jours que @RyanHerb finisse les issues en cours #3454 #3455 #3456 #3493 #3497. On peut en parler par exemple vendredi à l'audio ensemble.
Après la mise en prod, on pourra aussi tester des choses type #3409 ou autre.Web 2020.122020-10-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4567meccano et pandoc2020-12-03T09:25:39+01:00Mathieu Giraudmeccano et pandocThe following discussion from !812 should be addressed:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812#note_401838 :
> @magiraud : `pandoc` installé sur `kapla`, `lego`, et `ubuntu-legacy` #4320. Mais... pas réussi sur `me...The following discussion from !812 should be addressed:
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812#note_401838 :
> @magiraud : `pandoc` installé sur `kapla`, `lego`, et `ubuntu-legacy` #4320. Mais... pas réussi sur `meccano` (bref le ~ci n'arrive pas encore toujours à se relancer). #4545 résoudrait cela et enlèverait la dépendance à `pandoc`
> @flothoni : Ping, encore d'actualité.
Oui. Pour l'instant on relance à la main, et ensuite
- soit on arrive à installer `pandoc` sur `meccano` (je n'y étais pas arrivé)
- soit #4545 puis #4543
- soit on retire le tag `web` de `meccano` (et meccano peut se consacrer à d'autres choses...)
- et à terme... #4320https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4433URL: "browser" ne devrait jamais arriver spontanément2020-12-02T22:24:57+01:00Mathieu GiraudURL: "browser" ne devrait jamais arriver spontanément
Arrive pour Mathieu sous FF avec http://app.vidjil.org/ , mais pas si je lance https:// dès le début
Arrive pour Mathieu sous FF avec http://app.vidjil.org/ , mais pas si je lance https:// dès le débutmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4576Mettre à jour la page de login views/default/user.html2020-12-02T20:49:49+01:00Mathieu GiraudMettre à jour la page de login views/default/user.htmlPas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Pas mise à jour depuis plusieurs années. Revoir les crédits.
Suite à !813, mettre en particulier un texte différent selon le statut du server.Web 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4430URL : faire un custom après avoir consulté des résultats ne donne pas la bonn...2020-12-02T20:07:43+01:00Mikaël SalsonURL : faire un custom après avoir consulté des résultats ne donne pas la bonne URLSi je consulte un résultat (par exemple : https://app.vidjil.org/browser/3241-25?) puis que j'ouvre le patient (Demo > open) puis que je compare certains samples (Compare some of these samples), le résultat s'affiche bien mais l'URL obte...Si je consulte un résultat (par exemple : https://app.vidjil.org/browser/3241-25?) puis que j'ouvre le patient (Demo > open) puis que je compare certains samples (Compare some of these samples), le résultat s'affiche bien mais l'URL obtenue est incorrecte empêchant toute réutilisation : https://app.vidjil.org/browser/3241-25?custom=2909&custom=3960&custom=6793marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4432URL: chaîne de réécriture visible2020-12-02T20:07:40+01:00Mathieu GiraudURL: chaîne de réécriture visible
http://app.vidjil.org/25736-25
nginx répond de suite, mais, le temps que tout soit chargé, il faut 5 à 20 secondes avant que la réécriture ne se refasse
http://app.vidjil.org/25736-25
nginx répond de suite, mais, le temps que tout soit chargé, il faut 5 à 20 secondes avant que la réécriture ne se refassemarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4357URL courte : /b au lieu de /browser2020-12-02T20:07:40+01:00Mathieu GiraudURL courte : /b au lieu de /browserC'était une des motiviations de #2792.
Au final ce n'est pas mis dans !720, soucis de tests et autres, mais, désormais que !720 est mergé, ce serait bien de voir cela (et de le faire avant un prochain déploiement, pour ne pas que les U...C'était une des motiviations de #2792.
Au final ce n'est pas mis dans !720, soucis de tests et autres, mais, désormais que !720 est mergé, ce serait bien de voir cela (et de le faire avant un prochain déploiement, pour ne pas que les URLs changent toujours).marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2949Rewrite nginx pour les URL débrayable2020-12-02T20:07:38+01:00Mathieu GiraudRewrite nginx pour les URL débrayableRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4429Certaines URL ne fonctionnent plus2020-12-02T20:07:38+01:00Mikaël SalsonCertaines URL ne fonctionnent plusSuite à la mise à jour cette URL ne fonctionne plus (l'URL à laquelle je vais habituellement pour L3) : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Mais cette URL fonctionne : http://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25Suite à la mise à jour cette URL ne fonctionne plus (l'URL à laquelle je vais habituellement pour L3) : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Mais cette URL fonctionne : http://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4581DNS sur des déploiements d'un serveur de review2020-12-02T19:10:03+01:00Mathieu GiraudDNS sur des déploiements d'un serveur de reviewDepuis !782:
> Mais cette MR (!846) est au dessus de !782 donc elle a le même souci : Erreur 500 sur cette URL https://feature-sc-nginx-conf-and-url.server.ci.vidjil.org/vidjil/static/js/checkSSL.js
On discute avec @duez : il ne voit p...Depuis !782:
> Mais cette MR (!846) est au dessus de !782 donc elle a le même souci : Erreur 500 sur cette URL https://feature-sc-nginx-conf-and-url.server.ci.vidjil.org/vidjil/static/js/checkSSL.js
On discute avec @duez : il ne voit pas ce qui cause le soucis. Ce serait quelque chose de spécifique au review server ?
Apparament cela passe en local (et donc en prod si déployé). Vu les corrections que !846 apporte, est-ce qu'on se permettrait de merger ces MRs ? D'un autre côté, c'est très embêtant de ne pas avoir de review server, en ce moment c'est bloquant.
@duez et @mikael-s ont vu que c'est probablement lié à un problème de DNS sur le serveur de deploy (qui a plusieurs déploiements en même temps.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4417Avoir un Docker client installable2020-12-02T19:10:01+01:00Mathieu GiraudAvoir un Docker client installableSuite à ce qui était fait hier par @duez et @mikael-s :
- [ ] nginx indépendant de uwsgi et autres !768
- [ ] autres points qui ont été fait hier ?
- [ ] ~doc de celaSuite à ce qui était fait hier par @duez et @mikael-s :
- [ ] nginx indépendant de uwsgi et autres !768
- [ ] autres points qui ont été fait hier ?
- [ ] ~doc de celamarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2142Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène2020-11-27T12:30:25+01:00Mathieu GiraudSéquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gèneTâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-...Tâche extraite de #1824 :
> @mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
> @magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait ~repseq-IMGT ?
> @mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.
Lien à voir avec #2138Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2726Faire un "compare" sur un seul sample2020-11-20T21:18:14+01:00Ryan HerbertFaire un "compare" sur un seul sampleAnne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire l...Anne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire le graphe et naviguer entre les samples avec les flèches. Mais un changement de sample par click ou raccourci clavier accidentel pourrait passer inappercu assez facilement. Je me demandais donc s'il serait judicieux de permettre un compare sur un seul sample. Ou encore avec des configs qui ne fusent pas (mais produirait beaucoup d'entrées dans la liste des résultats...).
Actuellement, elle créé deux patients avec le même nom et utilise la recherche texte. Je lui ai donc proposé d'utiliser des tags pour accélérer légèrement la recherche, mais la solution n'avait pas l'air satisfaisante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2927Savoir sur quel serveur on est loggué2020-11-19T12:04:30+01:00Mathieu GiraudSavoir sur quel serveur on est logguéAvec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement s...Avec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement sur quel serveur on est (comme #2848). Un `lil` quelque part devrait suffire, et si on ne met rien on est sur le serveur public.
Généralisation de #2348 ?
Changer une couleur quelque part (argh, non, on la garde pour les clones)prod-server-lil