vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:41:45+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1884Browser2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1885doc/analysis-format.org2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil Teamdoc/analysis-format.org
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1886Browser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1888Warning n'apparaît pas dans le segmenter2016-11-29T14:41:47+01:00Vidjil TeamWarning n'apparaît pas dans le segmenterLorsqu'un clone est en warning, le i est remplacé par un panneau warning. Mais ce remplacement ne se fait pas dans le segmenteur.
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0cf82f4. Mais voir "duplication code list.js segmenter.js"
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@magiraudLorsqu'un clone est en warning, le i est remplacé par un panneau warning. Mais ce remplacement ne se fait pas dans le segmenteur.
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0cf82f4. Mais voir "duplication code list.js segmenter.js"
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1889evalues > 12019-09-16T16:58:45+02:00Vidjil Teamevalues > 1Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
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Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 370...Des e-valeurs > 1 sont sorties pas Vidjil. Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1634&config=25 prendre le premier clone de la liste avec un warning. La e-valeur vaut 480061.
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Vu aussi par Tatiana, e-value >1 sample 3703
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Je n'arrive pas à retrouver un exemple : le bug sur le 1634 est confirmé ?
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Je ne vois plus les e-valeurs. Elles ne sont plus affichées ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1890Grid / Bar : Ajouter courbes ?2018-04-16T16:10:54+02:00Vidjil TeamGrid / Bar : Ajouter courbes ?À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules...À coté des vues en grid et en bar, faut-il avoir une vue en courbe (quasi identique à "bar") ?
Avantage : cela peut être joli, par exemple pour les longueurs du CDR3.
Désavantage : cela peut porter à confusion (pour l'instant les seules courbes sont celles du time graph), et parfois cela n'a pas de sens sur des données non numériques (locus, nom des allèles, ou lien entre "?" et reste).
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1891Après merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparables2018-04-18T08:59:51+02:00Vidjil TeamAprès merge des séquences, les séquences ne sont plus clickables/comparablesRemarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquable...Remarqué par Bruxelles : elles voulaient comparer/aligner trois séquences mergées dans un clone. Quand on cliquer sur "+", les trois séquences s'affichent dans le scatterplot... mais pas dans le segmenter
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Les clones restent cliquables (dans la liste ou le scatterplot) et donc on peut toujours les comparer.
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Ah oui... pas pour moi (pas de sélection multiple). C'est donc un autre bug.
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Effectivement, on peut faire cette sélection... mais ce n'est pas clair.
En fait, quand on ouvre un clone, tout est grisé, mais pas sélectionné, ce n'est pas facile de comprend pas que les sous-clones ne sont pas encore sélectionnés (le reste du temps, ce qui est grisé dans la liste est aussi sélectionné). Le rectangle noir autour du cluster n'est pas très cohérent.
Enlever ce grisé ?
(Au passage, les rectangles noirs ne sont pas très clairs : gris plus léger ?)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1892Ellipsis à faire sur les titres des samples dans le graphe (ça dépasse et c'e...2016-11-29T14:41:50+01:00Vidjil TeamEllipsis à faire sur les titres des samples dans le graphe (ça dépasse et c'est moche)Dans les trucs moches qu'on a, c'est un truc qui arrive *très* souvent. Même avec 2 points seulement sur écran de portable... Et plusieurs utilisateurs ont des patients (ou des compare samples/patients) à 10 points.
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ping. Mikaël, tu ...Dans les trucs moches qu'on a, c'est un truc qui arrive *très* souvent. Même avec 2 points seulement sur écran de portable... Et plusieurs utilisateurs ont des patients (ou des compare samples/patients) à 10 points.
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ping. Mikaël, tu as fait du ellipsis la semaine dernière, mais cela n'avait rien à voir j'ai l'impression.
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complètement rien à voir. Pour le graph, le conteneur prend la place qu'il veut, on peut toujours lui mettre la classe ellipsis mais ça ne changera rien.
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Rando 2016: fait par Marc. merci !
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@Cyanael @RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1893Export graph : ne fonctionne pas si le graphe est caché2018-04-16T16:06:40+02:00Vidjil TeamExport graph : ne fonctionne pas si le graphe est caché
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraud
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1894Demande de confirmation avant de changer de patient2018-04-16T16:01:50+02:00Vidjil TeamDemande de confirmation avant de changer de patientDans le cas de changements effectués : la fenetre ne se ferme pas en confirmant
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudDans le cas de changements effectués : la fenetre ne se ferme pas en confirmant
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1895Gadgets : savoir si on les garde2018-04-16T15:58:40+02:00Vidjil TeamGadgets : savoir si on les gardeCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1896Upload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clair2019-01-18T18:21:58+01:00Vidjil TeamUpload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clairSi on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
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Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
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Question peut-être bête car je n...Si on rentre deux fichiers ayant le même nom, pas d'explication de l'erreur
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Signalé par Shugay (qui avait deux fichiers de même nom de répertoires différent)
Au minimum mettre un message d'erreur.
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Question peut-être bête car je ne suis pas certain de comprendre le bug, mais ça me fait rebondir : Les fichiers, une fois sur le serveur, garde-t-il le même nom ?
Je me suis poser la question pour ma RGS du serveur quand je devais parler de l'anonymisation.
Possible de mettre une concordance clé autogénéré/unique, et de renommer le fichier avec cette clé uniquement ?
Évite (ou ralenti car rajoute le hack de l'user sql) peut-être des soucis en cas d'intrusion, et ce potentiel bug.
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Les fichiers sont bien renommés lors de l'upload pour éviter les collisions de noms de fichiers. Le nom original est ensuite restitué lors du téléchargement.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1897mode serveur : menu du browser ambigue2018-04-16T15:58:01+02:00Vidjil Teammode serveur : menu du browser ambigueLorsque on est en mode serveur serveur, le menu du browser est ambigue. Passer la souris dessus laisse penser qu'il se passe un truc sans qu'on comprend quoi.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudLorsque on est en mode serveur serveur, le menu du browser est ambigue. Passer la souris dessus laisse penser qu'il se passe un truc sans qu'on comprend quoi.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1898Scatterplot : raccourcis en chiffre lorsque >9 ?2016-11-29T14:41:53+01:00Vidjil TeamScatterplot : raccourcis en chiffre lorsque >9 ?comment utiliser les racoursis de config du scatterplot lorsque le numéro est > 9 ?
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On pourrait faire shift+0, shift+1...
js/shortcut.js
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d4b61c2 et 2a4e5a4
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@Cyanael @RyanHerbcomment utiliser les racoursis de config du scatterplot lorsque le numéro est > 9 ?
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On pourrait faire shift+0, shift+1...
js/shortcut.js
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d4b61c2 et 2a4e5a4
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@Cyanael @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1899export fasta : retirer les point dans les séquences des germlines2018-07-24T15:57:13+02:00Vidjil Teamexport fasta : retirer les point dans les séquences des germlinesEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
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Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@CyanaelEst-ce que cela gênait quelqu'un ? Mais oui, on pourrait les enlever au moment de l'export. Tatiana ?
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Marleen et Jona ne comprenaient pas ce que c'était.
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Ok, mieux vaut supprimer les points.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1900rapport pdf : n'affiche pas l'état actuel du graphe (à voir avec Aurélie)2017-04-14T13:20:51+02:00Vidjil Teamrapport pdf : n'affiche pas l'état actuel du graphe (à voir avec Aurélie)Les couleurs ne sont pas les même que celles affichées.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudLes couleurs ne sont pas les même que celles affichées.
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1902/mnt/data-rby ne répond pas2021-11-12T15:05:08+01:00Vidjil Team/mnt/data-rby ne répond pasC'est remis pour l'instant. Je vais voir si je peux trouver une cause de ce problème
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C'est retombé.
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Oui, ce n'est plus monté.
J'ai essayé un "sudo mount /mnt/data-rby" mais ensuite j'obtiens des "cannot access /mnt/data-rby: Inp...C'est remis pour l'instant. Je vais voir si je peux trouver une cause de ce problème
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C'est retombé.
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Oui, ce n'est plus monté.
J'ai essayé un "sudo mount /mnt/data-rby" mais ensuite j'obtiens des "cannot access /mnt/data-rby: Input/output error"
Ryan, peux-tu nous dire la commande que tu utilises ?
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la commande qu'il faut lancer est: sudo sshfs vidjil@rby.vidjil.org:/home/export/data /mnt/data-rby -o identityfile=/home/vidjil/.ssh/rby.id_rsa,allow_other,default_permissions,uid=0,gid=0
Mais j'en ai profité pour réparer l'entrée dans fstab donc "sudo mount /mnt/data-rby" devrait suffir maintenant :)
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merci Ryan !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1903Le log est celui d'analysis et pas celui du fuse2016-11-29T14:41:57+01:00Vidjil TeamLe log est celui d'analysis et pas celui du fuseJe ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
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Reproduit : j'ai lancé, avec un...Je ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
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Reproduit : j'ai lancé, avec une nouvelle config, mais le log affiché n'est pas celui du nouveau run mais d'un ancien. C'est très gênant (informations non pertinente affichées).
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3314&config=2
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Ryan, pourrais-tu regarder cela s'il te plaît ? Merci.
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bd90e00102bb7e4
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@nobody @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1904multi sélection : bug affichage dans le segmenteur2018-04-16T15:56:34+02:00Vidjil Teammulti sélection : bug affichage dans le segmenteurLorsqu'on fait une multi section avec ctrl+click à partir de la liste de clone à gauche, il arrive souvent au troisième clone de ne pas bien s'afficher. Le nom du clone n'apparait pas et la sequence s'aligne à gauche.
***
C'est un problè...Lorsqu'on fait une multi section avec ctrl+click à partir de la liste de clone à gauche, il arrive souvent au troisième clone de ne pas bien s'afficher. Le nom du clone n'apparait pas et la sequence s'aligne à gauche.
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C'est un problème de superposition : scroll sur le coté résoud le problème. (Ryan)
***
@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1905Les notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveur2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamLes notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveurDu coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
***
Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window:...Du coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
***
Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window: z-index = 5; notification: z-index = 100) et copier le html brut dans le flash-container s'affiche bien par dessus la fenêtre serveur.
En revanche, le flash-container n'est même plus remplit avec le message en question lorsque la fenêtre serveur est ouverte.
***
fixed => d5a1f3a8ec88
***
ok
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1906Un utilisateur standard ne peut pas supprimer un fichier qu'il a uploadé2016-11-29T14:41:59+01:00Vidjil TeamUn utilisateur standard ne peut pas supprimer un fichier qu'il a uploadéOn a l'erreur : « you need admin permission to delete this file » mais l'utilisateur ne voit pas cela puisque les notifications sont cachées par la fenêtre du serveur (voir autre bug).
***
J'ai appliqué une hotfix sur prod-server (qui a ...On a l'erreur : « you need admin permission to delete this file » mais l'utilisateur ne voit pas cela puisque les notifications sont cachées par la fenêtre du serveur (voir autre bug).
***
J'ai appliqué une hotfix sur prod-server (qui a ensuite été merge dans dev par Mathieu lors de son nettoyage :) )
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1907Suppression et modification impossible des patients sur rbx2016-11-29T14:42:00+01:00Vidjil TeamSuppression et modification impossible des patients sur rbxLes icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
***
A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
***
Ce problème est r...Les icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
***
A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
***
Ce problème est résolu, il me semble. Au moins depuis la mise en prod des nouvelles permissions
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1908Suppression de patients : mauvais nombre de fichier indiqué2016-11-29T14:42:01+01:00Vidjil TeamSuppression de patients : mauvais nombre de fichier indiquéErr:508
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@RyanHerb @DuezErr:508
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1909CI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouent2016-11-29T14:42:02+01:00Vidjil TeamCI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouentPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
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@mikael-sPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1910Le colorby ne change pas entre deux analyses2017-11-29T13:46:13+01:00Vidjil TeamLe colorby ne change pas entre deux analysesD'après la requete qui détermine qui peut voir les bouttons edit il faut à la fois être admin et faire partie du groupe
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@RyanHerbD'après la requete qui détermine qui peut voir les bouttons edit il faut à la fois être admin et faire partie du groupe
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1911Le bouton back n'est pas toujours intuitif2022-06-20T18:13:19+02:00Vidjil TeamLe bouton back n'est pas toujours intuitifLe bouton back charge systématiquement le dernier appel db ce n'est pas très intuitif lorsqu'il y a des appels db cachés (chargement configs par ex.)
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@RyanHerbLe bouton back charge systématiquement le dernier appel db ce n'est pas très intuitif lorsqu'il y a des appels db cachés (chargement configs par ex.)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1912Browser help : 4042016-11-29T14:42:04+01:00Vidjil TeamBrowser help : 404http://rbx.vidjil.org/browser/help
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Disparu à cause de la scission entre prod-server et prod-browser
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@magiraud @mikael-shttp://rbx.vidjil.org/browser/help
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Disparu à cause de la scission entre prod-server et prod-browser
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1913Affichage de la boîte d'information en haut à gauche2016-11-29T14:42:04+01:00Vidjil TeamAffichage de la boîte d'information en haut à gaucheProblème au CBP, confirmé par browsershots : p. ex. Chrome 41 : http://browsershots.org/screenshots/3e0bba803645e2ec0a3079701ddd5e24 D'anciennes versions de Firefox semblent aussi avoir le souci : http://browsershots.org/http://rbx.vidji...Problème au CBP, confirmé par browsershots : p. ex. Chrome 41 : http://browsershots.org/screenshots/3e0bba803645e2ec0a3079701ddd5e24 D'anciennes versions de Firefox semblent aussi avoir le souci : http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
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J'appliqué une correction avec l'aide d'Aurélie au téléphone
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1916AAP Hétérogénéité clonale2016-11-29T14:42:06+01:00Vidjil TeamAAP Hétérogénéité clonalehttps://www.producteev.com/workspace/t/563b22a4b0fa09b34d000003 ?
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Tu as raison. Je pensais que c'est différent...
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@magiraud @mikael-shttps://www.producteev.com/workspace/t/563b22a4b0fa09b34d000003 ?
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Tu as raison. Je pensais que c'est différent...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1917Taille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)2016-11-29T14:42:07+01:00Vidjil TeamTaille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ...Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ;-)
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hotfix appliquée: 92e703cc18712c2786880
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1918Labels du scatterplot sont à ? pour les gènes2016-11-29T14:42:08+01:00Vidjil TeamLabels du scatterplot sont à ? pour les gènessolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
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@RyanHerbsolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1920Retour à l'utilisateur lorsque la requête prend un peu de temps2017-11-24T11:05:20+01:00Vidjil TeamRetour à l'utilisateur lorsque la requête prend un peu de tempsÀ partir de quelques dixièmes de seconde, afficher « Loading » en haut de la page, puis au bout de une seconde « Still loading » avec un fond un peu plus voyant. Cela ne changera rien aux timeouts, mais cela devrait éviter que les utilis...À partir de quelques dixièmes de seconde, afficher « Loading » en haut de la page, puis au bout de une seconde « Still loading » avec un fond un peu plus voyant. Cela ne changera rien aux timeouts, mais cela devrait éviter que les utilisateurs appuient de nombreuses fois sur le bouton (en pensant que la requête n'a pas été prise en compte), surchargeant encore plus le serveur.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
***
Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
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→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
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@nobodyWeb 2018.012017-08-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1923Résumé JOBIM2016-11-29T14:42:11+01:00Vidjil TeamRésumé JOBIMJ'en suis à 1 600 mots et je t'ai dis, Mathieu, que je ne me fatiguerai pas à faire plus avant d'avoir un retour :P
***
merci Tatiana
***
@CyanaelJ'en suis à 1 600 mots et je t'ai dis, Mathieu, que je ne me fatiguerai pas à faire plus avant d'avoir un retour :P
***
merci Tatiana
***
@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1926fuse.py garde les infos du meilleur top2019-08-20T10:23:35+02:00Vidjil Teamfuse.py garde les infos du meilleur topJe ne sais pas si c'est vraiment une tâche, mais bon.
Quand il fusionne plusieurs points, fuse garde les infos du meilleur "top":
fuse.py, 109:
#keep other data who don't need to be concat
if other.d["top"] < self.d["top"] :
(...Je ne sais pas si c'est vraiment une tâche, mais bon.
Quand il fusionne plusieurs points, fuse garde les infos du meilleur "top":
fuse.py, 109:
#keep other data who don't need to be concat
if other.d["top"] < self.d["top"] :
(code pas changé depuis > 2 ans)
Cela concerne en particulier "sequence", "seg" et "name".
Est-ce bien ce que l'on veut ? On pourrait le documenter.
Se met-on a faire des cas particulier si la séquence de l'un est bien plus longue que celle de l'autre ? (mais alors, il faut prendre "seg" en cohérence) ?
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Oui et c'est problématique cf cette tâche (doublon ?) : https://producteev.com/workspace/t/576d311cb2fa096b4b000000
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0d40d04
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1930Tout ce qui est dans task.py devrait être lancé par un autre utilisateur2022-06-20T18:11:04+02:00Vidjil TeamTout ce qui est dans task.py devrait être lancé par un autre utilisateurDiscussion à l'instant: dans task.py, il peut y avoir des choses méchantes de faites, que ce soit via les configs ou les pre-process.
On pourrait échapper des choses, faire un chroot...
Le plus simple semble de faire tous les lancements...Discussion à l'instant: dans task.py, il peut y avoir des choses méchantes de faites, que ce soit via les configs ou les pre-process.
On pourrait échapper des choses, faire un chroot...
Le plus simple semble de faire tous les lancements par un *autre utilisateur*, qui n'aurait des droits en écriture que sur tmp/. Cela devrait passer tout seul pour vidjil / mixcr (le fichier de résultat étant copié), à voir pour les pre-process.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1932Liste d'upload cachée par la fenêtre du serveur2016-11-29T14:42:17+01:00Vidjil TeamListe d'upload cachée par la fenêtre du serveurProblème de z-index ?
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1d849ec75c6e9b597
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Merci ! J'avais essayé de juste changer le z-index, mais cela ne suffisait pas... bravo pour la solution.
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@RyanHerbProblème de z-index ?
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1d849ec75c6e9b597
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Merci ! J'avais essayé de juste changer le z-index, mais cela ne suffisait pas... bravo pour la solution.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/19332 commits prod-server non mergés2016-11-29T14:42:18+01:00Vidjil Team2 commits prod-server non mergésCoucou Ryan,
Sur rbx/prod-server, les deux commits ci-dessous ne s'appliquent plus depuis que j'ai mis tout dev :
e96a9f5b4c controllers/config.py Config permissions check
0f7276697 views/file/add.html fix slow upload
peux-tu rega...Coucou Ryan,
Sur rbx/prod-server, les deux commits ci-dessous ne s'appliquent plus depuis que j'ai mis tout dev :
e96a9f5b4c controllers/config.py Config permissions check
0f7276697 views/file/add.html fix slow upload
peux-tu regarder et éventuellement les remettre ?
merci
Mathieu
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0f7276697 c'est ce qui permettait à Sarah d'uploader (et plus généralement aux gros fichiers…). Ça veut dire que l'application n'est pas utilisable si on uploade de gros fichiers en ce moment…
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Aïe. Il faut donc réussir à remettre cela dans dev, cela doit être jouable.
Et cela confirme que, à chaque fois qu'on fait un commit hotfix, il faut qu'il soit dans dev aussi :-)
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3af8ea7bbe3e2663 ne pose pas de probleme de slow upload (les inputs de type file n'ont pas de nom pour qu'ils soient ignorés par la balise form) pas besoin de remettre 0f7276697
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ok merci pour l'info
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merci Marc. Ryan, on te laisse vérifier si cela te convient.
Et il reste le deuxième : e96a9f5b4c controllers/config.py Config permissions check
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Hello, en fait j'ai vérifié, les commits avaient bien, été mergés dans dev, mais avec des messages de commit différents (si je me souviens bien j'avais fait une fausse manip de merge et j'ai réécrit les commits à la main au lieu de juste rebase la branch hotfix dans dev comme je le fait d'habitude :).
j'ai regardé sur rbx et ca m'a l'air bon.
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merci Ryan !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1934file/add.html: Server error sur le auto-complete patient/run2016-11-29T14:42:19+01:00Vidjil Teamfile/add.html: Server error sur le auto-complete patient/runMarc, il y a une serveur error si je commence à taper quelque chose et si on appuie sur "Entrée" avant de sélectionner un patient / run.
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Était-ce 15989d1, uniquement côté serveur ? C'est bien déployé sur rbx, mais le bug est toujour...Marc, il y a une serveur error si je commence à taper quelque chose et si on appuie sur "Entrée" avant de sélectionner un patient / run.
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Était-ce 15989d1, uniquement côté serveur ? C'est bien déployé sur rbx, mais le bug est toujours présent sur http://app.vidjil.org/beta/browser/
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Au passage, une question très naïve : on est bien garantis que le auto-complete ne renvoie que les patients auquel le compte a le droit d'accéder ? Apparament oui, juste pour confirmer...
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Corrigé, non ?
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Oui, Aurélie a du dire que c'était bon.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1935IndexError: list index out of range dans le contrôleur get_data2016-11-29T14:42:19+01:00Vidjil TeamIndexError: list index out of range dans le contrôleur get_dataPas seulement pour l'utilisateur demo, mais accessible pour demo :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1507&config=25
***
Je ne sais pas pourquoi mais il y a des champs à NULL dans sample_set_membership (par exemple pour le...Pas seulement pour l'utilisateur demo, mais accessible pour demo :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1507&config=25
***
Je ne sais pas pourquoi mais il y a des champs à NULL dans sample_set_membership (par exemple pour les éléments db.sample_set_membership.sample_set_id == 4845
Du coup on n'accède pas non plus aux résultats de MiXCR (pas accessible à demo, par contre).
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Les champs à NULL sont les sequence_file_id
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Pour le patient demo X5, il n'y a pas de runs pour la config multi+inc+xxx (sequence_file supprimé après un run ?). Donc le fused_file est chargé, mais aucune donnée de correspond dans la base de données et la requête du contrôleur ne fournit pas suffisamment de résultats (içi 0 ?) et entraîne un débordement d'index en essayant de faire correspondre le contenu du fused_file avec la BDD.
***
Ça continue à arriver épisodiquement à des utilisateurs : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/82.115.175.156.2016-05-23.09-19-14.93a81edc-3c60-458f-9caa-86430525fa87
(titre de la tâche changé, précédemment : Compte démo : erreur lors de l'accès à la config multi+inc+xxx sur demo X5)
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hotfix: 6127ab44778 (99dcbf89e4 sur dev)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1936Véracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)2016-12-06T10:22:13+01:00Vidjil TeamVéracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et ...Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et donc le UNSEG too few V/J passe de ~10^5 à ~10^3, les séquences passant en fait en « UNSEG only V/5' ». Cela amène d'ailleurs à se poser la question de la pertinence de -t 100 : il y a des séquences qui contiennent vraiment du V mais dont on pense qu'elles n'en ont pas à cause du -t 100.
Par ailleurs sur ces mêmes données, utiliser un -2 fait passer une très grosse partie des séquences de « UNSEG only V/5' » à « UNSEG only J/3' » pour une raison que je n'explique pas.
Les données en question : patient 1803 et 1806 (Lille).
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1937representative-N.should-get2016-11-29T14:42:21+01:00Vidjil Teamrepresentative-N.should-getNom bizarre du clone 001 dans representative-N.should-get
(vu en regardant le diff sur les tests réussis comparé aux derniers tests de release). Bug ou pas ? Pb dans l'export AlignBox ?
-should-get-tests/representative-N.log:>clone-001...Nom bizarre du clone 001 dans representative-N.should-get
(vu en regardant le diff sur les tests réussis comparé aux derniers tests de release). Bug ou pas ? Pb dans l'export AlignBox ?
-should-get-tests/representative-N.log:>clone-001--TRG--0000001--100%--TRGV1*01_0//0_TRGJ1*01__TRG-[0,65]-#1 - 66 bp (100% of 66.0 bp) + VJ 0 32 33 65
TRGV1*01 0//0 TRGJ1*01 TRG SEG_+ 4.329418e-09 4.072054e-09/2.573640e-10
+should-get-tests/representative-N.log:>clone-001--TRG--0000001--100%--TRGV1*01-[0,65]-#1 - 66 bp (100% of 66.0 bp) + VJ 0 32 33 65 TRGV1*01 0//0 TRGJ1*01 TRG SEG_+ 4.329418e-09 4.072054e-09/2.573640e-10
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Je délire, le nom est normal, il avait été changé dans le header fasta. Pas de bug.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1938"import analysis" s'il n'y a rien de chargé devrait être désactivé (ou erreur)2022-06-20T11:59:02+02:00Vidjil Team"import analysis" s'il n'y a rien de chargé devrait être désactivé (ou erreur)Pour l'instant, si on fait un "import analysis" qui ne fonctionne pas, on n'a pas vraiment de message d'erreur. Il faudrait désactiver l'entrée de menu quand un .vidjil n'est pas chargé et/ou mettre une erreur quelque part si le .analysi...Pour l'instant, si on fait un "import analysis" qui ne fonctionne pas, on n'a pas vraiment de message d'erreur. Il faudrait désactiver l'entrée de menu quand un .vidjil n'est pas chargé et/ou mettre une erreur quelque part si le .analysis ne correspond pas au .vidjil.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1939VidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamVidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?oui, 4f516bb
***
oui, 4f516bb
***
oui, 4f516bb
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@mikael-soui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1940Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers ...2016-11-29T14:42:23+01:00Vidjil TeamLorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichésJ'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En reva...J'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En revanche les résultats sont bien ceux de R2 et du fichier mergé. C'est donc un problème postérieur au lancement de Vidjil (fuse ou récupération des infos).
***
Ryan, Martin ne t'avait pas parlé d'un bug de ce genre ?
Confirmé par Jona. Ce sont les métadonnées des premiers fichiers qui sont affichés, alors que ce sont les derniers fichiers qui ont été analysés :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3447&config=30
***
Si ! Et Marc l'a corrigé, mais on dirait que ce n'est pas encore dans prod-server.
***
C'est bon, merci.
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1941Index/diversité et fuse.py2018-07-24T12:29:52+02:00Vidjil TeamIndex/diversité et fuse.pyEn ce moment, les index ne sont pas affiché quand on a >= 2 points.
Ok pour 1 point : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=8428&config=25
Corrigé par Marc dans 031d1a3... mais dans vidjil.cpp. Il faut une nouvelle release
pour...En ce moment, les index ne sont pas affiché quand on a >= 2 points.
Ok pour 1 point : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=8428&config=25
Corrigé par Marc dans 031d1a3... mais dans vidjil.cpp. Il faut une nouvelle release
pour avoir cela.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1942algo: Release 2016-072020-06-10T13:23:13+02:00Vidjil Teamalgo: Release 2016-07Cela fait longtemps (3 mois) que nous n'avons pas ressenti l'ivresse de la release.
Il y aura donc une release de l'algo en juin, disons dans 2 semaines pour ne pas avoir la pression :-)
- plein de nouveaux tests
- les déplacer d...Cela fait longtemps (3 mois) que nous n'avons pas ressenti l'ivresse de la release.
Il y aura donc une release de l'algo en juin, disons dans 2 semaines pour ne pas avoir la pression :-)
- plein de nouveaux tests
- les déplacer dans git à part should-vdj (?) (à faire d'ici version finale should-vdj)
- et/ou faire ce qu'il faut pour que cela passe même si certains tests ne passent pas
- diversity qui passe au fuse.py
- nouveau .json format (2016a) avec "seg". Important si Shugay (ou d'autres) veulent packager vidjil
- quelques bugs corrigés ?
***
CHANGELOG poussé. Les tests should-vdj seront enlevés pour la release suivante ?
Release mardi ou mercredi prochain, avant les vacances + com sur format-analysis.org à Shugay & autres. Déploiement sur rbx pas obligé, dépend de mise à jour 1-based.
***
http://vidjil.org/releases/
.tgz fait à partir de l'ordi de Mathieu (Jenkins disk full)
***
Déployé. On voit maintenant les D multiples (par exemple sur Demo X5), les mesures de diversité, les e-valeurs
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1943Cluster par courbes ayant même dynamique temporelle2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamCluster par courbes ayant même dynamique temporelle
***
@magiraud
***
@magiraudMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1946Erreurs serveurs dans les runs2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamErreurs serveurs dans les runsLorsque, sur la page de la liste des runs, on clique sur le nom d'une config pour ouvrir un résultat → erreur serveur
***
Lorsqu'on clique sur un « completed » pour voir le log de Vidjil → erreur serveur
***
Confirmé. Maintenant que les ...Lorsque, sur la page de la liste des runs, on clique sur le nom d'une config pour ouvrir un résultat → erreur serveur
***
Lorsqu'on clique sur un « completed » pour voir le log de Vidjil → erreur serveur
***
Confirmé. Maintenant que les runs sont en prod, cela va vite se voir :-)
***
hotfix poussée: 32d560d2ba3df03876a et b16d5e1be7865bd
J'ai pull sur dev; et fait un petit test: Le pull n'a pas encore été fait sur prod-server (mais le merge, oui)
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
***
C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
***
Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
***
b354da2, suite à audio du 7 juillet.
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Pris en compte dans le browser : 987b107
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1949Quand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représenta...2019-08-20T10:39:36+02:00Vidjil TeamQuand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représentative la plus pertinente ?Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au d...Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au diag). Pourquoi est-elle prise ? Car ce clone est le top 1 au fu1, alors qu'il est top 2 au diag. Mais le fu1 est très peu segmenté et donc ce top 1 représente 91 reads au fu1 contre plus de 20 000 au diag.
Devrait-on prendre la représentative du point avec le plus de reads ? avec la représentative la plus longue ?
***
0d40d04 point avec le plus de reads
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Tâche rouverte, le commit a été réverté (8d6525b)
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@Duez @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1950Trouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py2022-06-20T11:59:42+02:00Vidjil TeamTrouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (gr...(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (groupes de) workers à certaines tâches
2) ou 3) permettrait de lancer des choses annexes et rapides (type FineSegmenter ou compare patients ou ...) même si des gros Vidjil (ou autres) tournent
Enfin, penser tout cela dans le cadre d'un "noeud de calcul", possiblement indépendant du serveur web. Le serveur de calcul ne reçoit que des lignes de commande à exécuter et à accès aux fichiers nécessaires par un montage.
Rien d'urgent, à réfléchir posément dans les prochains mois.
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Task spooler: http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/ présente les fonctionnalités majeures que nous cherchons (tâches interdépendantes, changement d'ordre dans la file, etc), mais n'a pas d'API pour s'en servir en réseau.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1952Export csv générique sur toute vue grid / bar2017-11-29T13:44:21+01:00Vidjil TeamExport csv générique sur toute vue grid / barPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@DuezPouvoir exporter un .csv correspondant à une vue du scatterplot (clones affichés, axes X/Y/couleur utilisés). En grid comme en bar. Les bios vont adorer, grosse feature pour eux.
Rando 2016: Marc voit comment faire cela.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1953Bug indéterminé sur la vue d'un sample set2017-03-14T11:18:28+01:00Vidjil TeamBug indéterminé sur la vue d'un sample setL'accès à ce sample set n'affiche rien : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2221&config=25
L'erreur Javascript est loggée sur le serveur, mais difficilement lisible, je ne sais pas de quoi il retourne :
/client/: Builder....L'accès à ce sample set n'affiche rien : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2221&config=25
L'erreur Javascript est loggée sur le serveur, mais difficilement lisible, je ne sais pas de quoi il retourne :
/client/: Builder.prototype.build_multi_system@http://rbx.vidjil.org/browser/js/builder.js:767:9Builder.prototype.build_info_container@http://rbx.vidjil.org/browser/js/builder.js:457:40Builder.prototype.update@http://rbx.vidjil.org/browser/js/builder.js:57:13Model.prototype.update@http://rbx.vidjil.org/browser/js/model.js:931:13Model.prototype.initData@http://rbx.vidjil.org/browser/js/model.js:283:9Model.prototype.initClones@http://rbx.vidjil.org/browser/js/model.js:265:9Database.prototype.display_result@http://rbx.vidjil.org/browser/js/database.js:334:13Database.prototype.load_analysis/<.success@http://rbx.vidjil.org/browser/js/database.js:694:17n.Callbacks/j@http://rbx.vidjil.org/browser/js/lib/jquery-2.1.1.min.js:2:26855n.Callbacks/k.fireWith@http://rbx.vidjil.org/browser/js/lib/jquery-2.1.1.min.js:2:27673x@http://rbx.vidjil.org/browser/js/lib/jquery-2.1.1.min.js:4:11118.send/b/<@http://rbx.vidjil.org/browser/js/lib/jquery-2.1.1.min.js:4:14767
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Si j'ai bien compris, il n'y a pas de clones détectés, donc pas de locus et l'interface plante.
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hotfix appliquée 067771f003a
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Super, merci Ryan !
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@RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1954Rendre lisible les erreurs javascript2016-11-29T14:42:33+01:00Vidjil TeamRendre lisible les erreurs javascriptLes erreurs javascript loggées sur le serveur ne sont pas lisibles ce qui les rend non exploitables. Du coup lorsqu'une erreur javascript survient, on n'arrive pas à connaître sa cause. Exemple, voir ce bug : https://www.producteev.com/w...Les erreurs javascript loggées sur le serveur ne sont pas lisibles ce qui les rend non exploitables. Du coup lorsqu'une erreur javascript survient, on n'arrive pas à connaître sa cause. Exemple, voir ce bug : https://www.producteev.com/workspace/t/57729a50b0fa09c121000000
***
J'ai push sur dev (fd61ef12b) c'est pas une solution propre, mais je ne voyais pas trop comment faire autrement.
Exemple dispo sur dev.
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c'est bien comme ça, merci Ryan.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1955Les identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCR2016-11-29T14:42:33+01:00Vidjil TeamLes identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCRPour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléat...Pour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléatoirement un) ?
***
J'ai enlevé MiXCR des configs publiques puisqu'en l'état les résultats risquent d'être incorrects : ce qui est le cas pour notre fichier de démo où MiXCR ne voyait pas la rechute… en fait il semblerait plutôt que ce soit de notre faute.
***
ping : normalement tout est bon ?
***
Ces clones sont maintenant fusionnés par la sortie au format Vidjil.
***
merci
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1957Compare samples ne fonctionne pas pour un run2017-03-14T11:18:28+01:00Vidjil TeamCompare samples ne fonctionne pas pour un runSur la fiche d'un sample set (run ou patient) on a le bouton « compare samples for this patient » mais il ne fonctionne pas lorsqu'il s'agit d'un run (la page s'ouvre mais la liste des samples est vide).
Également il n'y a pas de bouton ...Sur la fiche d'un sample set (run ou patient) on a le bouton « compare samples for this patient » mais il ne fonctionne pas lorsqu'il s'agit d'un run (la page s'ouvre mais la liste des samples est vide).
Également il n'y a pas de bouton « compare samples » sur la page de tous les runs.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1958Les valeurs seg.5/4/3 sont désormais basées sur 1 : mettre à jour le browser2020-06-10T13:23:13+02:00Vidjil TeamLes valeurs seg.5/4/3 sont désormais basées sur 1 : mettre à jour le browserVoir "Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based", qui sort dans la release algo 2016.07.
seg.5/4/3 a changé, et, de plus, c'est "stop" pour être plus cohérent.
Mettre à jour le browser (et comment faire...Voir "Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based", qui sort dans la release algo 2016.07.
seg.5/4/3 a changé, et, de plus, c'est "stop" pour être plus cohérent.
Mettre à jour le browser (et comment faire pour accepter les valeurs d'avant ?).
C'est un point bloquant pour le déploiement de 2016.07 sur rbx (mais pas pour la release).
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Le mieux est probablement, dans le code js du browser, de conserver des positions commençant à 0 : les strings sont indexées à partir de 0 en JS. Dans ce cas à l'init, il faut réécrire toutes les positions pour leur retirer 1 pour les fichiers >= 2016b.
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ok. Dans ce cas, à l'init, mais aussi dans .getHtmlInfo ou à l'export si besoin.
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À faire avant de déployer 2016.07 sur rbx.
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ae54031..15c4968. C'était plutôt pénible.
Testé sur anciens et nouveaux fichiers, sur Demo X5 + vérif sur CDR3, de nous + de IMGT.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1959Tutorial2016-12-27T16:18:15+01:00Vidjil TeamTutorial- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
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Mikaël+Mathieu: tout est fait, r...- faire une passe sur la traduction d'Aurélie
- mettre éventuellement tout en LaTeX
- mettre éventuellement à jour l'ensemble, EN+FR
- envoyer à Aurélie, mais aussi à Naïs + d'autres éventuellement
***
Mikaël+Mathieu: tout est fait, reste plus que
- faire http://vidjil.org/doc (page statique, lien vers tout)
- (fichier du tutorial ? L3 Demo, ok ?)
- envoyer à Aurélie + Naïs
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ok
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1960Relancer un pre-process qui a échoué2017-05-19T14:23:37+02:00Vidjil TeamRelancer un pre-process qui a échouéDans le cas où un pre-process échoue on ne ne peut pas le relancer (alors qu'on peut le faire pour un Vidjil). Pourtant les fichiers sont encore sur le disque et il est donc encore possible de le relancer, il manque juste le bouton en qu...Dans le cas où un pre-process échoue on ne ne peut pas le relancer (alors qu'on peut le faire pour un Vidjil). Pourtant les fichiers sont encore sur le disque et il est donc encore possible de le relancer, il manque juste le bouton en quelque sorte.
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@DuezRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1962Erreur la page des logs lorsque connecté en tant que Aurélie2016-11-29T14:42:38+01:00Vidjil TeamErreur la page des logs lorsque connecté en tant que AurélieSe connecter en tant qu'Aurélie, aller sur la page, choisir la table patient… erreur serveur.
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C'est bon.
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@RyanHerb @DuezSe connecter en tant qu'Aurélie, aller sur la page, choisir la table patient… erreur serveur.
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C'est bon.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1963Les D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisatio...2019-11-23T05:22:51+01:00Vidjil TeamLes D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisation séquenceAssez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp,...Assez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp, reste à faire pour les rapports, export.js:clone().
Mais c'est un peu dupliqué... ces fonctions ne pourraient-elle pas utiliser des choses de segmenter.js ?
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1964e-values .vidjil sont celles du Kmer, pas du Fine2019-09-16T16:32:48+02:00Vidjil Teame-values .vidjil sont celles du Kmer, pas du Fine(Vu au sujet de "evalue > 1")
Le code actuel sort dans le .json la evalue du Kmer (champ "seg" vient de la fusion des deux toJson, Fine et Kmer, mais seul Kmer sort la e-valeur). Est-ce souhaitable de mettre plutôt le Fine, plus robuste...(Vu au sujet de "evalue > 1")
Le code actuel sort dans le .json la evalue du Kmer (champ "seg" vient de la fusion des deux toJson, Fine et Kmer, mais seul Kmer sort la e-valeur). Est-ce souhaitable de mettre plutôt le Fine, plus robuste (euh, K/lambda ?)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1965doc/analysis-example, make, test fuse2016-11-29T14:42:41+01:00Vidjil Teamdoc/analysis-example, make, test fusePour l'instant
- $(wildcard doc/analysis-example*.vidjil) est inclus dans la release
- le make standard ne lance pas de 'make analysis-example' -> à mettre où ?
- les tests fuse utilisent ces fichiers
***
Il y a déjà un
$(MAKE) ...Pour l'instant
- $(wildcard doc/analysis-example*.vidjil) est inclus dans la release
- le make standard ne lance pas de 'make analysis-example' -> à mettre où ?
- les tests fuse utilisent ces fichiers
***
Il y a déjà un
$(MAKE) -C ../../doc analysis-example1.vidjil
dans tools/tests/Makefile
N'est-il pas appelé ?
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oui, désolé. Tout fonctionne.
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1966Les infos du sample n'apparaissent pas dans l'analysis2017-01-03T14:38:43+01:00Vidjil TeamLes infos du sample n'apparaissent pas dans l'analysisPar exemple en offline. On remplit les champs d'information et dans l'export il y a bien l'info globale mais pas l'info du sample.
***
@RyanHerbPar exemple en offline. On remplit les champs d'information et dans l'export il y a bien l'info globale mais pas l'info du sample.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1967Repasser en -t 0 par défaut au lieu de -t 100 (trim)2017-10-31T12:20:15+01:00Vidjil TeamRepasser en -t 0 par défaut au lieu de -t 100 (trim)Voir autres tâches étiquetées par "trim"
***
ping ?
***
ça va casser des tests mais oui c'est indispensable : raisons de non segmentation trompeuses, ce qui laisse aussi penser qu'on doit pouvoir passer à côté de certaines choses (ce qui...Voir autres tâches étiquetées par "trim"
***
ping ?
***
ça va casser des tests mais oui c'est indispensable : raisons de non segmentation trompeuses, ce qui laisse aussi penser qu'on doit pouvoir passer à côté de certaines choses (ce qui est déjà arrivé pour sûr dans un cas très particulier).
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2016.09, merci !
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1968Fichiers avec plus de 2G reads et int overflow2022-06-20T18:18:26+02:00Vidjil TeamFichiers avec plus de 2G reads et int overflowRayan a testé un jeu de 150M reads (fichier de ~40 GB), ce qui a mené à 37c5597e pour corriger un int overflow.
Le C++ actuel devrait pouvoir tenir jusqu'à 2^31 ~ 2G reads (quand "int" se compile comme "long"). Vu l'évolution des séquen...Rayan a testé un jeu de 150M reads (fichier de ~40 GB), ce qui a mené à 37c5597e pour corriger un int overflow.
Le C++ actuel devrait pouvoir tenir jusqu'à 2^31 ~ 2G reads (quand "int" se compile comme "long"). Vu l'évolution des séquenceurs, on devrait tenir quelques mois, mais pas plus :-) Après, il faudra mettre en `unsigned long long` un certain nombre de `int` dans `fasta.{h,c}`, `stats.{h,c}` et ailleurs...
Au passage, c'est désagréable à tester :-)
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1969calcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesse2016-11-29T14:42:43+01:00Vidjil Teamcalcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesseLe calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a ja...Le calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a jamais été modifié (6d46103 sur git vdj).
Cela semble toujours la bonne solution pour le calcul de la séquence, mais pour la qualité moyenne, il faut continuer. Voir 67b7a6b sur windows_quality. Vérifier si cela est bien raisonnable, en particulier sur la vitesse de l'ensemble.
***
Pas d'incidence sur la vitesse de l'ensemble.
Branche window_quality mergée dans dev.
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,73s user 0,26s system 99% cpu 16,099 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,52s user 0,22s system 99% cpu 15,762 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,71s user 0,25s system 99% cpu 16,069 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,58s user 0,22s system 99% cpu 15,866 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,62s user 0,24s system 99% cpu 15,968 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 16,42s user 0,26s system 99% cpu 16,741 total
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1971Plusieurs J à la suite : prendre le premier J2018-02-23T12:03:13+01:00Vidjil TeamPlusieurs J à la suite : prendre le premier Jcf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
***
@magiraud @mikael-scf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1972Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représe...2018-06-25T16:48:04+02:00Vidjil TeamSortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du co...Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du consensus (donné par Jalview) est en pièce jointe.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1973Autodelete fonctionne à moitié ?2017-10-26T16:52:20+02:00Vidjil TeamAutodelete fonctionne à moitié ?Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file ...Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file and results. Les éléments sont bien supprimés de la BD mais… sur le disque j'ai toujours le fichier results et le fichier fused. En revanche le fichier séquence a bien été supprimé. Pourtant ils ont tous le même paramétrage pour le autodelete.
Qui a une idée ?
***
Je dis ça parce qu'on a 4000+ fichiers fused sur le disque qui n'apparaissent pas en BD (et 780 fichiers résultats).
***
Je préfère qu'il fonctionne à 1/2 qu'à 3/2 :-)
***
Marc, as-tu poussé le correctif ?
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1974Nouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samples2019-11-26T12:26:51+01:00Vidjil TeamNouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone est présent, pour le scatterplot comme pour la couleur.
***
3c3ee70, 11f0afa
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1975Nouvelle vue pour comparer beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Vidjil TeamNouvelle vue pour comparer beaucoup de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatma...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
On pourrait avoir une nouvelle vue (et ne pas afficher le graphe) permettant d'un coup d'oeil de voir cela.
- matrice de comparaison / heatmap : pratique, mais on n'a plus la vue clone
- autre solution qui respecterait la vue clone ? (mais quelle vue clone, tous, les clones d'un sample ?)
(Voir aussi #1974)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
***
Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
***
Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
***
@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1977maintenir le « color by » en changeant de patient2016-11-29T14:42:49+01:00Vidjil Teammaintenir le « color by » en changeant de patientdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
***
@mikael-sdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1978Pouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquences2017-01-18T12:50:44+01:00Vidjil TeamPouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquencesAurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le r...Aurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le redimensionnement automatique est vite fatiguant.
***
J'avais cru que cela avait été fait dans les précédentes semaines, mais non, le comportement y est toujours, sur dev en tout cas. Marc, as-tu fait cela ou c'était juste un projet ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1980Titre de la page HTML parfois faux ?2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre de la page HTML parfois faux ?(Aurélie ?) Dans compare patients / dans runs ? À vérifier.
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@nobody(Aurélie ?) Dans compare patients / dans runs ? À vérifier.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1981Le left-container a une largeur qui n'est pas toujours la même2018-04-16T15:48:23+02:00Vidjil TeamLe left-container a une largeur qui n'est pas toujours la mêmeSur ce patient, la largeur réelle du left-container est de 475px : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3508&config=25
alors que sur cet autre patient, la taille réelle est de 503px : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=32...Sur ce patient, la largeur réelle du left-container est de 475px : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3508&config=25
alors que sur cet autre patient, la taille réelle est de 503px : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=3220&config=35
Pourtant les règles CSS disent 475px. Qui comprend le problème ?
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Je dirais l'ellipsis. Sans le ellipsis le nom du sample est cassé deux caractères plus tôt. Donc les caractères plus le '...' du ellipsis ~= 28px ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1983SampleSets : controlleurs génériques2017-05-19T14:56:23+02:00Vidjil TeamSampleSets : controlleurs génériquesCe serait agréable de pouvoir utiliser des SampleSet génériques (tout en gardant les vues patients et runs).
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Au programme de la visite de Ryan à Bristol ?
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@RyanHerb @DuezCe serait agréable de pouvoir utiliser des SampleSet génériques (tout en gardant les vues patients et runs).
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Au programme de la visite de Ryan à Bristol ?
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1984Le -c segment devrait sortir un .vidjil2016-11-29T14:42:53+01:00Vidjil TeamLe -c segment devrait sortir un .vidjilSouhait de Mikaël, en particulier pour que app.vidjil.org/vidjil/segmenter puisse embarquer un segment.js
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ffebf9a
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@magiraud @mikael-s @DuezSouhait de Mikaël, en particulier pour que app.vidjil.org/vidjil/segmenter puisse embarquer un segment.js
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ffebf9a
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1985Requêtes incessantes à scheduler_task et scheduler_worker2017-12-19T09:46:45+01:00Vidjil TeamRequêtes incessantes à scheduler_task et scheduler_workerIl s'agit initialement d'un mail envoyé à Marc, mais un autre problème avait surgi et on avait mis ça de côté :
Sur le serveur de prod, le process mysql est régulièrement au dessus de 10-20% de CPU.
J'ai loggé les requêtes et il y a pl...Il s'agit initialement d'un mail envoyé à Marc, mais un autre problème avait surgi et on avait mis ça de côté :
Sur le serveur de prod, le process mysql est régulièrement au dessus de 10-20% de CPU.
J'ai loggé les requêtes et il y a plusieurs requêtes par seconde ayant un lien avec les workers et les schedulers alors qu'aucun process n'est queued ou assigned.
Il s'agit de requête du genre :
SELECT scheduler_task.id, scheduler_task.application_name, scheduler_task.task_name, scheduler_task.group_name, scheduler_task.status, scheduler_task.function_name, scheduler_task.uuid, scheduler_task.args, scheduler_task.vars, scheduler_task.enabled, scheduler_task.start_time, scheduler_task.next_run_time, scheduler_task.stop_time, scheduler_task.repeats, scheduler_task.retry_failed, scheduler_task.period, scheduler_task.prevent_drift, scheduler_task.timeout, scheduler_task.sync_output, scheduler_task.times_run, scheduler_task.times_failed, scheduler_task.last_run_time, scheduler_task.assigned_worker_name FROM scheduler_task WHERE ((scheduler_task.assigned_worker_name = 'rbx.vidjil.org#26682') AND (scheduler_task.status = 'ASSIGNED')) ORDER BY scheduler_task.next_run_time LIMIT 1 OFFSET 0
et
SELECT scheduler_worker.id, scheduler_worker.worker_name, scheduler_worker.first_heartbeat, scheduler_worker.last_heartbeat, scheduler_worker.status, scheduler_worker.is_ticker, scheduler_worker.group_names, scheduler_worker.worker_stats FROM scheduler_worker WHERE (scheduler_worker.worker_name = 'rbx.vidjil.org#9626')
Les (anciennes) requêtes sont loggées dans /var/log/mysql/mysql_general.log. J'ai désactivé le log pour ne pas saturer le disque. Pour réactiver, il faut aller dans /etc/mysql/my.cnf, chercher general, décommenter les deux lignes en lien avec general_log et redémarrer le serveur mysql.
***
Dev et test ont maintenant un Heartbeat de 10 secondes, rbx un Heartbeat de 3 secondes (inchangé), la charge de la bdd semble être réduite.
***
On est effectivement passés à environ 3,1 requêtes par seconde, ce qui semble cohérent.
D'après les valeurs que tu donnes, en l'espace de 30 secondes on va avoir 3 heartbeats de chaque worker de dev et de test (soit au total 3 heartbeats * 3 workers * 2 serveurs = 18 heartbeats) et on va en avoir 10 pour rbx ( * 3 workers, soit 30 heartbeats). On arrive à 48 heartbeats en 30 secondes, soit environ 1,6 par seconde. Chaque heartbeat semble générer 2 requêtes, ce qui donne 3,2 requêtes par seconde. On tombe pas loin de ce que j'ai mesuré.
On pourrait diminuer encore du côté de dev et test, mais au final ça ne changerait pas grand chose puisque maintenant c'est rbx qui fait le plus de heartbeats.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1986Affichage des logs du serveur web2023-06-28T16:37:56+02:00Vidjil TeamAffichage des logs du serveur webDans le panneau d'admin, les logs serveurs peuvent être affichés et c'est le fichier « ../log/nginx/access.log » qui est affiché (ou error.log pour les erreurs). Ce n'est pas très générique puisque cela dépend de l'emplacement des logs V...Dans le panneau d'admin, les logs serveurs peuvent être affichés et c'est le fichier « ../log/nginx/access.log » qui est affiché (ou error.log pour les erreurs). Ce n'est pas très générique puisque cela dépend de l'emplacement des logs Vidjil, des logs du serveur web, du serveur web lui-même et des droits affectés au fichier.
Au passage j'aurais bien ajouté une vérification dans showlog pour que showlog ne montre que les logs de Vidjil (et donc empêche de se balader où on veut dans l'arborescence).
Bref je retirerais bien ces deux liens.
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1987Ajouter l'organisme dans le fichier .vidjil2017-02-02T12:39:25+01:00Vidjil TeamAjouter l'organisme dans le fichier .vidjilUn fichier .vidjil donne le locus mais pas l'espèce. Impossible alors de savoir si un fichier avec un germline IGH provient d'un humain ou d'une souris.
***
@nobodyUn fichier .vidjil donne le locus mais pas l'espèce. Impossible alors de savoir si un fichier avec un germline IGH provient d'un humain ou d'une souris.
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@nobodyAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1990Supprimer le calcul de matrice de similarité dans l'algo2020-05-26T10:45:33+02:00Vidjil TeamSupprimer le calcul de matrice de similarité dans l'algoMikaël :
Dans 830ad222 on est passé de max_clones (en général 100) comparés à sort_clones.size() qui, me semble-t-il, contient la liste de tous les clones.
Mathieu :
Oui, exactement. La raison de 830ad222 était que certains utilisateurs...Mikaël :
Dans 830ad222 on est passé de max_clones (en général 100) comparés à sort_clones.size() qui, me semble-t-il, contient la liste de tous les clones.
Mathieu :
Oui, exactement. La raison de 830ad222 était que certains utilisateurs lancent -z 10000 (ou plus), et cela faisait vraiment exploser la taille.
Notons que, avant, on avait toujours 100 clones, même quand il y en avait moins...
Mikaël:
(…) D'ailleurs a priori le calcul fait dans Vidjil n'est plus utile. On pourrait le virer.
Mathieu:
Je l’ai tout de suite remis à 20. C’est probablement de la faiblesse (au lieu de l’enlever), mais cela ira pour l’instant.
***
-> si pas de regret, on le supprime à la release qui suivra 2016.10
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1991Release 2016.092016-11-29T14:42:58+01:00Vidjil TeamRelease 2016.09- la première release avec aho (pour l'instant silencieux ou pas ?)
- max_similarity 20
- pb de représentative : à voir sérieusement, hotfix et autres
À faire au pire avant EC-NGS, donc jeudi prochain
De plus, cela fait *très* longte...- la première release avec aho (pour l'instant silencieux ou pas ?)
- max_similarity 20
- pb de représentative : à voir sérieusement, hotfix et autres
À faire au pire avant EC-NGS, donc jeudi prochain
De plus, cela fait *très* longtemps qu'on a pas communiqué/spammé tous les utilisateurs (pas fait cet été, finalement).
***
- aho : n'a pas été mergé complètement. Un merge maintenant fait pas mal de conflits
***
aho : désolé, c'est moi qui juste après 2016.08 n'a pas fait de pull incluant ton dernier boulot.
-> branche sans-aho, rebasée sur 2016.08 en enlevant juste le merge loupé.
et... aho se merge quasi-parfaitement dessus !
Proposition : on travaille sur sans-aho, on release 2016.09, puis on merge proprement aho.
***
(on pourrait même merger directement aho sur sans-aho... mais cela risque de rajouter des choses à controller pour la release de jeudi prochain ou d'avant, à voir)
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Ok.
Il faut aussi intégrer/modifier/améliorer hotfix_evalue_incomplete_germline
***
sans-aho : Il y a 0cb9a9f, 9bac43b et 4fc1c8c qui ont un lien avec Aho. Je les avais mis dans dev, car après le merge. Cela casse les tests, qu'en fait-on ?
***
Rebasé à l'instant sans-aho en enlevant ces trois commits + poussé les trois commits sur aho.
***
+ fait la même opération pour les deux commits "chimera.should-get: We segment again on IGL by chance" et "chimera.should-get: We expect just one sequence to be ambiguous"
(à chaque fois je fais rebase -i master)
***
Il ne manque plus que
- DDJ ?
- improve_representative_sans-aho (si cela passe) ?
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-improve-representative_sans-aho passe
- DDJ argh… je savais bien que j'avais un autre truc, ça doit être bon je vérifie.
***
Chez moi sans-aho (synchro avec origin/sans-aho, pas de modifs en plus) ne passe pas avec les shouldvdj (170 tests échoués au lieu de 168…). Je fais comment pour trouver le coupable ? ;)
***
1) Tu passes EXPECTED à 85 pour que les tests passent
2) Tu fais un "make snapshot_diff", et tu regardes en particulier le début (out/should-vdj.log)
***
Non, il y a beaucoup mieux maintenant :
Sans rien toucher, faire "make snapshot_diff_current", cela fait un shapshot du truc en cours (pas forcément réussi, donc) puis un diff avec le dernier snapshot réussi
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Il ne reste donc que DDJ :-)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1992app/analyze: exposer/documenter une API2023-03-28T16:21:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: exposer/documenter une APIShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
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@nobodyWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1993vidjil/segmenter: utiliser le .vidjil2017-04-11T04:37:31+02:00Vidjil Teamvidjil/segmenter: utiliser le .vidjil-c segment sort désormais un .vidjil.
Afficher un segmenteur du browser ? Autre chose ?
***
@nobody-c segment sort désormais un .vidjil.
Afficher un segmenteur du browser ? Autre chose ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1994app/analyze: contact pour séquences avec souci2017-04-11T04:40:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: contact pour séquences avec souciMikaël : Et à côté de chaque segmentation on pourrait avoir une petit icone pour demander aux utilisateurs s'ils sont satisfaits de la segmentation proposée. Dans le cas contraire on leur demande ce qu'ils s'attendaient à avoir et on gén...Mikaël : Et à côté de chaque segmentation on pourrait avoir une petit icone pour demander aux utilisateurs s'ils sont satisfaits de la segmentation proposée. Dans le cas contraire on leur demande ce qu'ils s'attendaient à avoir et on génère un should-vdj automatiquement :)
En attendant, on pourrait faire comme ce que Tatiana a fait pour l'appli principale, qui se contente de prendre toute la sortie et d'ouvrir un mail.
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1995Export Krona pour la visualisation du répertoire2021-11-19T11:06:56+01:00Vidjil TeamExport Krona pour la visualisation du répertoireun exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (contin...un exemple de visualisation pratique (et dynamique) pour le répertoire.
Les krona permettent de zoomer et d'approfondir la visualisation.
Possibilité de la proposé en export à partir de vidjil.
PS: inclut depuis peu par arrest (continuité utilisateur ? ).
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1996Afficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -t2020-06-11T11:26:37+02:00Vidjil TeamAfficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -tLorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre...Lorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre serveur de faire ça
* Avoir un champ dans le fichier .vidjil qui dise au fuse.py « prends-moi » ? Les champs correspondants aux clones sont assez descriptifs. Là on ajouterait un champ purement « computationnel ». Ça polluerait un peu le fuse…
***
Le champ dans le `.vidjil` pourrrait être un "label", qui ne serait pas forcément oui/non mais pourrait ajouter de la sémantique (comme on faisait il y a longtemps avec l'option "-l"). C'est donc descriptif. (On a déjà "name", qu'on utilise pas comme cela.)
Dans un premier temps, fuse.py pourrait tout simplement garder les séquences avec label. Dans un deuxième, fuse pourrait avoir des paramètres pour spécifiquement garder/ignorer certains labels.
***
Au fait, dans #1007, un vieux commentaire disait :
> "un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le `.vidjil` (et sort `top: 0`, ou, mieux, un nouveau flag ?)"
On peut effectivement déjà forcer avec `top: 0`. Utiliser "name" ne me semble pas une bonne idée maintenant.
***
Forcer le top : bof, on perd l'info.
Je pense que la situation était différente dans l'autre tâche puisqu'il n' s'agit pas de séquences appartenant réellement au jeu de données. Ce qui n'est pas notre cas ici.
***
nouvelle option `--label` (édité, ancienneemnt `-W`) + d332792 : on a le `label`
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1997Garder des séquences d'intérêt : -W / -@2019-01-17T15:04:49+01:00Vidjil TeamGarder des séquences d'intérêt : -W / -@(voir aussi "Permettre à certaines séquences de forcer le -t dans le fuse")
Mikaël : 14602c22
DNA sequences that should be found in the window (or windows that should be found into it) can be kept whatever their concentration is. We the...(voir aussi "Permettre à certaines séquences de forcer le -t dans le fuse")
Mikaël : 14602c22
DNA sequences that should be found in the window (or windows that should be found into it) can be kept whatever their concentration is. We therefore mimick what is done for labelled windows. As the two methods looks similar (while this one seems more general), we may want to remove the -W option, to keep only this new -@ option.
Mathieu :
Effectivement, cela m’a l’air plus général
… mais, si j’ai bien compris, -@ avec une séquence de la taille de la fenêtre est quasiment équivalent à -W (est-ce que cela fait bien la même interaction avec -F comme sans -F ?)
Bref :
- autant appeler la nouvelle option « -W », c’est rétro-compatible ?
- voir si cela vaut le coup d’avoir, comme avant, une map <string, string> et non pas une list<string>.
Les labels en questions servaient aussi dans « -l », mais bon, je ne suis pas sûr qu’on s’en sert beaucoup. Mais si on remet au goût du jour, on pourrait mieux se servir de ces labels.
***
yeah, merci
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1999Jenkins et SHOULD_*_EXPECTED_FAILS2016-11-29T14:43:03+01:00Vidjil TeamJenkins et SHOULD_*_EXPECTED_FAILSDéjà évoqué ensemble (je n'arrive pas à retrouver de tâche), les (actuellement) 176 failed tests n'aident pas Jenkins à s'y retrouver.
Essai pas propre : 3378b6f (make mark_failed_tests_as_todo). Mais ne fonctionne pas, Jenkins lit au f...Déjà évoqué ensemble (je n'arrive pas à retrouver de tâche), les (actuellement) 176 failed tests n'aident pas Jenkins à s'y retrouver.
Essai pas propre : 3378b6f (make mark_failed_tests_as_todo). Mais ne fonctionne pas, Jenkins lit au fur et à mesure les .tap...
En attendant de trouver mieux, j'ai décoché la case "Failed tests mark build as failure" de coverage et coverage (all slaves)
***
C'est normal que ça ne fonctionne pas : ce n'est pas la règle tests qui est lancée par Jenkins.
***
J'ai ajouté une règle
make -C algo/tests mark_failed_tests_as_todo
dans la configuration du job Vidjil-coverage. Ça passe maintenant.
***
Yeah, merci !
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2003Le résultat de la segmentation change selon le contexte2019-11-23T05:29:48+01:00Vidjil TeamLe résultat de la segmentation change selon le contexteExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutati...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2
On prend le gros clone et les petits clones autour. La moitié a un D trouvé, pas l'autre moitié. Le D fait 22bp il n'est pas trouvé dès qu'il y a une erreur/mutation. Or si on exporte ces séquences et qu'on fait tourner le -c segment ou, même, Vidjil avec les mêmes options que sur le serveur (et même avec le vidjil présent sur le serveur)... on ne trouve pas la même segmentation.
Voir le test 88c6e92
***
N'y aurait-il pas un test de e-valeur pour le D qui dépende du nombre de reads ? (dans le test on passe de 2D trouvés avec un seul read, contre 0 D trouvé avec 11 reads)
***
> N'y aurait-il pas un test de e-valeur pour le D qui dépende du nombre de reads ?
Oui... et je pense bien que ce n'est pas un bug, mais une feature (introduite par e6ffb91). C'est précisément pour cela qu'est fait la E-value, non ? On fait strictement la même chose pour la FineSegmentation V/J ("multiplier" dans FineSegmenter()).
Le multiplier est
- nb_reads_for_evalue pour -c segment (pour V/J comme pour D)
- sort_clones.size() pour -c clones (Aïe, je me rends compte qu'il n'y est pas pour V/J, vidjil.cpp:1413 !!!)
Ce multiplier dit bien le nombre de segmentation que l'on fait, bref ce qu'il faut pour transformer la p-valeur en e-valeur.
Après, peut-être que le calcul des p-valeurs du D est trop stringent (voir tâche réouverte).
***
Et on a même une dépendance encore plus vicieuse que celle au nombre de reads : passer de -z 100 à -z 1000 peut faire dé-segmenter une séquence... C'est la vie. Voir si IgBlast a aussi ce type de comportement.
***
Pourquoi le multiplier devrait-il être le nombre de clones plutôt que le nombre de séquences réellement segmentées ?
***
Qu'on n'ait pas les mêmes résultats entre 10M de reads (fine segmentés) et 10 reads, je comprends bien : on change de plusieurs ordres de grandeur. Mais qu'on n'ait pas les mêmes résultats entre 1 read, 6 reads et 11 reads, j'ai plus de mal. Peut-être est-ce juste un problème de seuil de E-valeur
***
> Mais qu'on n'ait pas les mêmes résultats entre 1 read, 6 reads et 11 reads, j'ai plus de mal
Tout à fait, il faut comprendre ce qu'il se passe, et il y a peut-être des bugs
> Pourquoi le multiplier devrait-il être le nombre de clones plutôt que le nombre de séquences réellement segmentées ?
Oui, l'estimation actuelle est trop stricte. Est-ce que cela devrait être un max entre sort_clones.size() et max_clones ?
***
>Oui, l'estimation actuelle est trop stricte. Est-ce que cela devrait être un max entre sort_clones.size() et max_clones ?
J'aurais dit un min ;) Ce qui importe c'est le nombre de séquences qu'on va réellement segmenter.
***
Oui, tout à fait, un min !
J'étais plus en forme hier soir (cela m'a étonné d'ailleurs, c'était après 3 verres, ce a quoi je ne suis pas habitué :-)
***
@magiraud @mikael-sAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2006ECMAScript v6 ? Version du DOM ?2022-06-10T12:00:56+02:00Vidjil TeamECMAScript v6 ? Version du DOM ?83a112a, Mikael:
segmenter.js: includes() method is a bit new
(…) It is part of the ECMAScript 2016 standard while indexOf is part of the
ECMAScript 5.1 standard (2011).
De la même manière que notre code C++ est du C++11 (et pa...83a112a, Mikael:
segmenter.js: includes() method is a bit new
(…) It is part of the ECMAScript 2016 standard while indexOf is part of the
ECMAScript 5.1 standard (2011).
De la même manière que notre code C++ est du C++11 (et pas du C++14), nous devrions décider quelle version d’ECMAScript nous utilisons.
Et peut-on le forcer dans les tests unitaires / fonctionnels ?
Cela nous aiderait peut-être à répondre à #1077.
***
Le phantomjs sur Jenkins n'étant pas très à jour, du javascript 2016 ne passera pas dessus (c'est ce qui m'est arrivé)
Mais ça ne répond pas vraiment aux questions…
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @DuezWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2008Redirection de / vers /browser en HTTPS2016-11-29T14:43:09+01:00Vidjil TeamRedirection de / vers /browser en HTTPSEn allant sur https://dev.vidjil.org je ne suis pas redirigé vers le /browser, il faut le rentrer à la main dans l'URL.
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@RyanHerbEn allant sur https://dev.vidjil.org je ne suis pas redirigé vers le /browser, il faut le rentrer à la main dans l'URL.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2009CSS/JS manquant pour l'admin de dev.vidjil.org2016-11-29T14:43:10+01:00Vidjil TeamCSS/JS manquant pour l'admin de dev.vidjil.orgL'interface d'admin Web2py ne trouve pas ses CSS et JS : https://dev.vidjil.org/admin/default/site
Est-ce lié au HTTPS ? Si c'est spécifique à rbx (la machine), pas de souci. On va passer dev sur vda de toute façon.
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Oui c'est le pass...L'interface d'admin Web2py ne trouve pas ses CSS et JS : https://dev.vidjil.org/admin/default/site
Est-ce lié au HTTPS ? Si c'est spécifique à rbx (la machine), pas de souci. On va passer dev sur vda de toute façon.
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Oui c'est le passage au https qui a cassé le css de l'interface admin
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Et c'est réparé
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Merci :)
Pour l'historique, quel était le problème ?
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la règle 'static' de http que j'ai migrée en https. En fait les css de admin passaient déjà en https et le nouveau routage introduisait une erreur
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2010Erreur lors de l'annulation d'upload2016-12-13T17:46:24+01:00Vidjil TeamErreur lors de l'annulation d'uploadLorsque j'annule un upload en cours sur dev, j'ai l'erreur suivante dans la console :
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upload canceled - " + this.queue[id].filename)
Et l'upload n'est pas annulé.
***
@RyanHerbLorsque j'annule un upload en cours sur dev, j'ai l'erreur suivante dans la console :
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upload canceled - " + this.queue[id].filename)
Et l'upload n'est pas annulé.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2012should-to-tap.sh / should-vdi-to-tap.py : option verbose, -v/-vv ?2022-06-20T18:12:36+02:00Vidjil Teamshould-to-tap.sh / should-vdi-to-tap.py : option verbose, -v/-vv ?Il m'arrive très souvent, pour enquêter sur un test, d'aller voir le .log pour retrouver la commande vidjil et la lancer, éventuellement modifiée.
Avec should-to-tap.sh, on voit la commande lancée. Ce serait bien d'avoir une option dans...Il m'arrive très souvent, pour enquêter sur un test, d'aller voir le .log pour retrouver la commande vidjil et la lancer, éventuellement modifiée.
Avec should-to-tap.sh, on voit la commande lancée. Ce serait bien d'avoir une option dans should-vdj-to-tap.py pour voir cela ou de le mettre par défaut (mais encombre la sortie)
Et ce serait bien, pour les deux, d'avoir une option pour voir directement le log. Je pinaille, peut-être est-ce du confort juste pour moi.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2013Un mauvais commit traine dans dev, à rebaser2017-02-01T18:48:35+01:00Vidjil TeamUn mauvais commit traine dans dev, à rebaser1bba34fa35 (XXXX choses qui trainaient dans ~/git/prod-server/ XXX) s'est (encore) retrouvé sur dev :-)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s1bba34fa35 (XXXX choses qui trainaient dans ~/git/prod-server/ XXX) s'est (encore) retrouvé sur dev :-)
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s