vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-23T18:08:38+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4415URL : problème sur dev2020-07-23T18:08:38+02:00Mikaël SalsonURL : problème sur devLa branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?La branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4413Erreur Javascript `isActive` lors de la mise à jour d'un clone dans le scatte...2020-07-31T17:58:37+02:00Mikaël SalsonErreur Javascript `isActive` lors de la mise à jour d'un clone dans le scatterplot chez plusieurs utilisateursDans les logs de debug cette erreur revient chez pas mal d'utilisateurs
```
default.py:53 /client/: TypeError: Cannot read property 'isActive' of undefined
at ScatterPlot.updateClone (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:886:13)...Dans les logs de debug cette erreur revient chez pas mal d'utilisateurs
```
default.py:53 /client/: TypeError: Cannot read property 'isActive' of undefined
at ScatterPlot.updateClone (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:886:13)
at ScatterPlot.updateClones (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:810:18)
at ScatterPlot.update (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:774:18)
at ScatterPlot.resize (http://app.vidjil.org/js/scatterPlot.js:564:14)
at http://app.vidjil.org/js/view.js:318:22
```
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4410La légende des couleurs ne se met pas à jour2020-07-22T12:19:26+02:00Mikaël SalsonLa légende des couleurs ne se met pas à jourhttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Lorsqu'on change de couleur (par exemple productivity), la légende ne se met pas immédiatement à jour, il faut changer de sample pour que cela soit effectif.
Un problème d'update ? cc @duezhttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=25
Lorsqu'on change de couleur (par exemple productivity), la légende ne se met pas immédiatement à jour, il faut changer de sample pour que cela soit effectif.
Un problème d'update ? cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4408Avec un problème d'ordre les données ne s'affichent pas correctement2020-07-24T14:28:46+02:00Mikaël SalsonAvec un problème d'ordre les données ne s'affichent pas correctementDepuis #4407.
On peut avoir différents problèmes qui font qu'on n'arrive pas à déterminer l'ordre des samples. Quelque soit la raison d'un tel problème, les résultats doivent s'afficher correctement. Ne pas pouvoir déterminer l'ordre d...Depuis #4407.
On peut avoir différents problèmes qui font qu'on n'arrive pas à déterminer l'ordre des samples. Quelque soit la raison d'un tel problème, les résultats doivent s'afficher correctement. Ne pas pouvoir déterminer l'ordre des samples n'est pas un problème critique qui empêche l'affichage des données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4405Timeline, respecter les distances entre les différents timepoints2020-07-10T09:52:33+02:00Thonier FlorianTimeline, respecter les distances entre les différents timepointsJe n'ai pas trouvé d'issue qui en parle, mais je pense que l'on a déjà dû l'évoquer non ?
Il serait intéressant pour voir la dynamique des clones de parfois coller à l'échelle des temps pour une meilleur lecture.
Une nouvelle option ?Je n'ai pas trouvé d'issue qui en parle, mais je pense que l'on a déjà dû l'évoquer non ?
Il serait intéressant pour voir la dynamique des clones de parfois coller à l'échelle des temps pour une meilleur lecture.
Une nouvelle option ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4401En compare sample, les clones du timepoint qui sont à zero ne sont pas affichés2022-05-17T17:35:36+02:00Thonier FlorianEn compare sample, les clones du timepoint qui sont à zero ne sont pas affichésPrenons un clone présent dans le sample A mais pas dans B. Si on se met en compare sample (preset 9), il sera visible si le sample en m.t est A, mais pas si c'est B.
Cela doit être provoqué car nous filtrons les boules sur leur taille d...Prenons un clone présent dans le sample A mais pas dans B. Si on se met en compare sample (preset 9), il sera visible si le sample en m.t est A, mais pas si c'est B.
Cela doit être provoqué car nous filtrons les boules sur leur taille dans le sample courant. Pour ce preset, il faudrait aussi regarder dans le sample opposé. Dans ce cas, quelle taille conservé et afficher ...
![Screenshot_20200709_164031](/uploads/5097d33549267ad20f669d4fe1f854de/Screenshot_20200709_164031.png)
![Screenshot_20200709_164051](/uploads/5701872ff7f8af8f7d99a660be5579d2/Screenshot_20200709_164051.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4397Problème d'update de la vue colorMethod dans la vue info2020-07-24T12:26:40+02:00Thonier FlorianProblème d'update de la vue colorMethod dans la vue infoDepuis le passage à smartupdate, nous n'avons plus d'update de la div indicatrice du colorMethod choisi (commit 85345d1d).Depuis le passage à smartupdate, nous n'avons plus d'update de la div indicatrice du colorMethod choisi (commit 85345d1d).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4396Inversion des axes numeriques2020-07-28T11:58:05+02:00Thonier FlorianInversion des axes numeriques
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4394loadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du top2020-07-09T09:36:07+02:00Thonier FlorianloadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du topUn bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.Un bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4389améliorer le impersonate : bouton direct + bouton fin2023-10-26T16:01:26+02:00Thonier Florianaméliorer le impersonate : bouton direct + bouton finJe pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement inté...Je pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement intégrer un plugin reposant sur du jquery pour avoir quelque chose de facilement fonctionel et esthétique (pas certain que ce soit notre choix). Mais à la rigueur ca pourait possiblement être employé sur d'autres listes ?
* 3. avoir un bouton pour enlever le impersonate automatiquement sans avoir à remonter la liste pour cliquer sur la premier ligne de la liste.
Le 1 et 3 sont très simple à mettre en place je pense. Le 2 serait un vrai plus et éviterait d’avoir à passer par la table user pour retrouver un utilisateur que l'on souhaite impersonate, mais demande plus de réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4388Supprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de données2020-09-30T19:01:54+02:00Mikaël SalsonSupprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de donnéescf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer ...cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer dès qu'il est inséré (avec succès) dans la BDDhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4384Suppression des patients2020-08-25T10:33:47+02:00Aurélie CAILLAULT-VENETSuppression des patientsBonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de C...Bonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de Chrome. Les anciens profils ne sont pas impactés;
- sur FireFox, la prise en main est différente et notamment le copier-coller de la séquence d'un clone d'intérêt. Nous perdons la mise en forme avec la séparation de la région N. Il faut donc tout retrouver à la main ou alors enregistrer en html, ouvrir la page avec Internet explorer (navigateur par défaut) et faire le copier-coller comme ça.
Idem l'enregistrement de l'export en pdf est plus complexe qu'avec Chrome; l'accès est moins direct car il nécessite pdf creator. Si on veut rouvrir le fichier html avec Chrome et l'imprimer en pdf, ça ne fonctionne pas.
- concernant l'affichage des clones dans l'encart du haut à droite, nous avons constaté que l'allure des courbes a été modifiée. Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de modifier cette visualisation et revenir au système précédent?
Mise à part la suppression des dossiers en double, les autres points ne sont pas bloquants mais ils ralentissent l'analyse car il y a plus de petites étapes à faire pour obtenir un résultat.
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4381Certaines analyses on des samples en double dans le champs order2020-07-23T12:06:58+02:00Thonier FlorianCertaines analyses on des samples en double dans le champs orderJe suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.Je suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4375Pouvoir cacher les clones de distribution2020-07-28T13:26:08+02:00Mikaël SalsonPouvoir cacher les clones de distributionOn peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont ...On peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont pas cette même couleur) mais en tout cas il faut un moyen de les filtrer.
Souvent les clones de distribution ont pour effet d'élargir l'intervalle du genescan, ce qui peut le rendre moins lisible sur de petits écrans. Dans ces cas j'aimerais parfois pouvoir désativer les clones de distribution pour ne voir que les « vrais » clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4374Taille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non i...2020-07-22T13:55:02+02:00Mathieu GiraudTaille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non intéressantshttp://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ pet...http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ petits points superposés (changer par exemple l'axe x en "average read length").
C'est déjà curieux qu'ils ne soient pas "décalés" poru faire un nuage de points...
... mais un seul paquet serait mieux qu'un nuage (qui dépend juste de l'axe de distribution). Avoir un moyen de regrouper ces clones ? Est-ce que cela correspondrait à faire un "nouveau" clone de distribution ?
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4370Label dans les graph; avoir des tooltips2021-03-30T14:16:57+02:00Thonier FlorianLabel dans les graph; avoir des tooltipsJe suis en train d'ouvrir une analyse. Les noms de samples dans la timeline sont relativment identique et je ne peux donc pas les voir totalement. Je n'arrive donc pas à les trier.
J'aimerai avoir les mêmes information de tooltip que da...Je suis en train d'ouvrir une analyse. Les noms de samples dans la timeline sont relativment identique et je ne peux donc pas les voir totalement. Je n'arrive donc pas à les trier.
J'aimerai avoir les mêmes information de tooltip que dans la graphList.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4364Documenter `stock_order`2020-07-23T12:11:28+02:00Mikaël SalsonDocumenter `stock_order`Suite à !737Suite à !737Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4361Pouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseau2021-04-23T13:42:35+02:00Mikaël SalsonPouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseauNotre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).Notre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duez