vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-03-09T10:21:19+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1548Problème de D7-J1 en complémentaire2017-03-09T10:21:19+01:00Vidjil TeamProblème de D7-J1 en complémentaireSéquence D7-J1 trouvée en IGH (et pas IGH+) quand elle est en complémentaire ?
Le problème vient peut-être de leur protocole de séquençage qui n'est pas équivalent dans les deux sens (du coup on ne se retrouve pas avec les mêmes séquen...Séquence D7-J1 trouvée en IGH (et pas IGH+) quand elle est en complémentaire ?
Le problème vient peut-être de leur protocole de séquençage qui n'est pas équivalent dans les deux sens (du coup on ne se retrouve pas avec les mêmes séquences en aval et en amont et on pourrait détecter des trucs qui ressemblent à du V). Avec la e-valeur, je ne pense pas que ça passe.
À tester…
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Probablement un problème similaire à 1 clone, 2 représentatives. Test ajouté, passe.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1543bug de segmentation sur deux slaves2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil Teambug de segmentation sur deux slavesDepuis mes commits du 24 avril, le build est cassé... sur exactement deux slaves. Les autres fonctionnent.
ks.getSegmentationStatus() == UNSEG_TOO_FEW_J failed (testSegment.cpp:161)
# 9 ! seed TRG UNSEG too few (0) 1.000000e+00 5.2...Depuis mes commits du 24 avril, le build est cassé... sur exactement deux slaves. Les autres fonctionnent.
ks.getSegmentationStatus() == UNSEG_TOO_FEW_J failed (testSegment.cpp:161)
# 9 ! seed TRG UNSEG too few (0) 1.000000e+00 5.263273e17/1.000000e+00
+G+G+G+G+G+G+G+G+G _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
Je devrais apprendre à me logguer en ssh sur les slaves pour comprendre ce qu'il se passe :)
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C'est cadeau :
Add these lines to your .ssh/config file
Host *.ci
ProxyCommand ssh mgir001@ci-ssh.inria.fr "/usr/bin/nc `basename %h .ci` %p"
SSH command : ssh ci@bonsai-debian-squeeze.ci
Le mot de passe de l'utilisateur ci est… ci et celui de root est… password
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Et évidemment mettre ta clé publique sur ci.inria.fr
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merci !
Et pour devenir "Slave Admin" sur https://ci.inria.fr/project/bonsai/users, il faut que je corrompe un des Admin ?
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done. bon we.
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Cela fonctionne, merci et bon we !
Juste pour info, dans mon .ssh/config, comme j'utilise une "autre clé", j'ai du spécifier IdentityFile, mais pour la passerelle, en rajoutant :
Host ci-ssh.inria.fr
IdentityFile = ~/.ssh/id_dsa.xxxxxx
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a72ef27
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1541La représentative couvre mal certains jeux de clones2023-10-18T13:07:37+02:00Vidjil TeamLa représentative couvre mal certains jeux de clonesJeu de données IGH de Cristina http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=527&config=27 (voire les clones en fonction de clone length/GC content). Tous les reads font 250 bp, on a des représentatives autour de 50bp.
Même chose ave...Jeu de données IGH de Cristina http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=527&config=27 (voire les clones en fonction de clone length/GC content). Tous les reads font 250 bp, on a des représentatives autour de 50bp.
Même chose avec ce jeu de données (F. ~"Paris-Pitié") : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=510&config=26 (certains clones sont autour de 70bp alors que les reads font 300bp)
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Dans les deux jeux de données, même raison : il s'agit d'une séquence normale, suivie d'une série de A de longueur variable, suivie d'une séquence quelconque. On avait déjà eu ça dans un jeu de données. Rennes ? Exemples en pièce jointe (clone.fa-4 c'est pour le patient 527 et clone.fa-18 c'est pour le patient 510).
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Oui c'était bien Rennes (mail du 18/03/2015, 18h10).
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La représentative couvre donc mal ces jeux, mais c'est normal. Ce qu'on aimerait c'est récupérer les reads du clone depuis Vidjil :)
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(écrit il y a deux heures, grr producteev)
On va bien sûr essayer d'améliorer cela, mais on aura toujours des séquences bizarres.
- un filtre côté c++ pour éjecter ces séquences
- + côté browser les warnings
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hmm… qu'entends-tu par « éjecter ces séquences » ? Si la séquence amont accroche (avec les seuils de e-valeur), a-t-on vraiment envie de la virer ?
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Il se trouve d'ailleurs qu'au niveau du polyA, la qualité chute dans le FASTQ : c'est le séquenceur qui se tape un délire ?
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Problème lorsqu'on a un fort taux d'erreur sur R2, même avec la nouvelle heuristique, il y a des cas qui se passent mal :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11808&config=26
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11812&config=35 (sur le 2è clone)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1533Sélection par colonne/ligne et clone 'other'2016-11-29T14:37:33+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne et clone 'other'Le clone 'other' se sélectionne de temps en temps (si on clique sur '0', sur '?'). Ce n'est pas un vrai clone, il ne doit pas être sélectionné.
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C'est toujours le cas ??
Si oui, quelle est la procédure pour voir ce bug ?
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Effectiv...Le clone 'other' se sélectionne de temps en temps (si on clique sur '0', sur '?'). Ce n'est pas un vrai clone, il ne doit pas être sélectionné.
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C'est toujours le cas ??
Si oui, quelle est la procédure pour voir ce bug ?
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Effectivement, je n'arrive pas à le reproduire... pas de bug donc :-)
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1532Sélection par colonne/ligne : '?' sélectionne trop de choses2016-11-29T14:37:33+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne : '?' sélectionne trop de chosesbug vu par Mikaël : cliquer sur '?' sélectionne aussi les clones d'autres locus, ce qui n'est pas souhaitable.
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commit : 0f455c2
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@Cyanaelbug vu par Mikaël : cliquer sur '?' sélectionne aussi les clones d'autres locus, ce qui n'est pas souhaitable.
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commit : 0f455c2
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1531Avec FF37, problèmes de chargement complet du browser2016-11-29T14:37:32+01:00Vidjil TeamAvec FF37, problèmes de chargement complet du browserC'est très reproductible sur un slave Jenkins. Ça m'est arrivé chez moi (mais exceptionnellement, d'ailleurs je n'ai pas FF37). C'est aussi arrivé chez Mathieu. Si on charge des données avec un seul point (scatterplot only) cela donne ce...C'est très reproductible sur un slave Jenkins. Ça m'est arrivé chez moi (mais exceptionnellement, d'ailleurs je n'ai pas FF37). C'est aussi arrivé chez Mathieu. Si on charge des données avec un seul point (scatterplot only) cela donne ce qui est dans l'image attachée. Dans ce cas on peut sélectionner des clones mais rien ne s'affichera dans le segmenteur. Cela peut aussi arriver avec plusieurs points de suivi, mais c'est beaucoup moins reproductible (sur Jenkins). Dans ce cas le graphe de suivi ne s'affiche pas (il reste un rectangle blanc à la place). Dans tous les cas un update du model permet de revenir à la situation normale.
L'erreur (que l'on peut voir dans la capture d'écran) provient de model.js : « TypeError: this.view[i].update is not a function model.js:834:12 ». On dirait en fait qu'une des vues n'est pas complètement construite lorsqu'il essaie de faire un update dessus (mais c'est juste une impression).
Ceci est un bug trouvé grâce aux tests fonctionnels.
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c872e75 : super, Marc, les tests fonctionnels disent qu'ils sont contents !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1530L'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamL'accès à la config n'est pas vérifié : bug ou feature ?Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousse...Dans la fonction get_data (controllers/default.py): on vérifie que l'utilisateur a les droits sur le patient, mais pas sur la config. Je pose juste la question. Si c'est un bug ne pas le corriger juste me le dire : je vais bientôt pousser des choses autour du module d'authentification (et je pourrais corriger…).
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idem, à fermer ?
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À vue de nez l'accès à la config ne m'a pas l'air vérifié dans get_data. Mais est-un bug ou une feature ? Ça permet de montrer des résultats à des utilisateurs (en leur donnant le lien) sur des configs auxquelles ils n'ont normalement pas accès.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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Au lancement d'un run on vérifie bien que l'utilisateur ai le droit d'utiliser la config, de même à l'affichage dans la vue du sample-set.
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merci. (Le fait d'avoir recrée un compte pour Marc fait que plein de "vieilles tâches" sont remontées, on peut nettoyer et fermer bcp de trucs sans trop se prendre la tête)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1529should_get : * est parfois shell-étendu2016-11-29T14:37:30+01:00Vidjil Teamshould_get : * est parfois shell-étendu$ ok
1: bla.* 0
$ fait une extension (shell) du .*
1: bla .* 0
est-ce normal ?
***
Tu l'as corrigé par 83167c9 ?
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Oui, d'ailleurs c'était une extension uniquement dans l'output (ça n'impactait pas la regex).
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@mikael-s$ ok
1: bla.* 0
$ fait une extension (shell) du .*
1: bla .* 0
est-ce normal ?
***
Tu l'as corrigé par 83167c9 ?
***
Oui, d'ailleurs c'était une extension uniquement dans l'output (ça n'impactait pas la regex).
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1524web2py reste bloqué et ne répond plus2016-11-29T14:37:26+01:00Vidjil Teamweb2py reste bloqué et ne répond pluscf. mon message d'hier sur la tâche « Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient' » :
Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement ...cf. mon message d'hier sur la tâche « Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient' » :
Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement bloqué. J'ai lancé plusieurs Vidjil d'affilée mais rien d'autre sur le serveur. dev.vidjil.org continue à répondre.
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uptime robot nous dit que rbx/web2py est resté dans les choux mercredi 15/04 entre 18h01 et 18h10 puis entre 18h16 et 18h30 (j'avais lancé plusieurs vidjil). Les requêtes que j'avais lancé (accéder à la page patients) sont visiblement restées bloquées sur le serveur et ont été exécutées à 18h30 (je n'étais plus au bureau, mon ordinateur était déconnecté). Mais il ne s'est rien passé entre 18h20 et 18h30…
[19664] 2015-04-15 18:20:34,535 INFO - task.py:313 None [2657] c26: 'fuse' finished - /mnt/result/tmp/out-002657//002657.fused
[19115] 2015-04-15 18:30:33,890 DEBUG - patient.py:411 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient list (0.366s)
[19116] 2015-04-15 18:30:33,950 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19114] 2015-04-15 18:30:34,092 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19115] 2015-04-15 18:30:34,291 DEBUG - default.py:221 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[19116] 2015-04-15 18:30:34,415 DEBUG - default.py:221 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[20576] 2015-04-15 18:30:34,538 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[20572] 2015-04-15 18:30:34,579 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[20574] 2015-04-15 18:30:34,658 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19114] 2015-04-15 18:30:34,679 DEBUG - patient.py:411 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient list (0.558s)
[20574] 2015-04-15 18:30:34,802 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (394)
[19115] 2015-04-15 18:30:34,911 DEBUG - patient.py:411 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> patient list (0.438s)
[19117] 2015-04-15 18:30:35,235 DEBUG - patient.py:411 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient list (0.329s)
[19057] 2015-04-15 18:30:35,451 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[19114] 2015-04-15 18:30:35,669 DEBUG - patient.py:411 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> patient list (0.482s)
[19057] 2015-04-15 18:30:35,799 DEBUG - default.py:221 134.206.11.64/team/LIFL <Marc> get_data (394) c25 -> /mnt/result/results//fused_file.fused_file.a2c399ebfcb9feba.3030323430382e6675736564.fused
[19057] 2015-04-15 18:30:36,165 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (474)
***
Ce matin, rebelote, je visualise plusieurs patients de Fred et rbx/web2py est de nouveau dans les choux. Pendant ce temps dev.vidjil.org répond (c'est donc juste l'instance web2py qui rame, ce n'est pas le serveur physique). Même chose que hier uwsgi est ~85% et mysql ~15% du CPU
***
Reproduit sous dev. À partir des log on peut voir que la consultation ne posait pas problème mais ce qui posait problème ce sont les get_data apparemment. Visiblement web2py n'était pas complètement bloqué puisqu'il continuait à faire des « Creating logger » dans db.py toutes les 20 minutes :
[19112] 2015-04-16 17:50:46,357 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (435)
[19112] 2015-04-16 17:50:46,483 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (435)
[19112] 2015-04-16 17:50:46,778 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (436)
[19112] 2015-04-16 17:50:47,263 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (437)
[19112] 2015-04-16 17:50:47,667 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (438)
[19112] 2015-04-16 17:50:48,342 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (439)
[19112] 2015-04-16 17:50:48,952 DEBUG - patient.py:94 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> patient (440)
[2250] 2015-04-16 18:10:51,326 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[3624] 2015-04-16 18:30:53,367 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[5082] 2015-04-16 18:50:55,571 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[6679] 2015-04-16 19:10:57,785 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[8030] 2015-04-16 19:30:59,971 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[9394] 2015-04-16 19:51:01,214 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[11057] 2015-04-16 20:11:03,395 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[12409] 2015-04-16 20:31:05,566 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[13773] 2015-04-16 20:51:08,579 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[15375] 2015-04-16 21:11:09,977 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[16730] 2015-04-16 21:31:11,276 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[18096] 2015-04-16 21:51:13,396 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[19711] 2015-04-16 22:11:15,589 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[21074] 2015-04-16 22:31:17,812 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[22440] 2015-04-16 22:51:20,011 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[24037] 2015-04-16 23:11:21,230 DEBUG - db.py:242 Creating logger
[24037] 2015-04-16 23:11:21,339 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,447 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c1 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.9fecdb93375410bd.3030323236312e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,523 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,591 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,661 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,729 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c2 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.af34bae840fa5459.3030323235392e6675736564.fused
[24037] 2015-04-16 23:11:21,810 DEBUG - default.py:221 134.206.10.234/team/LIFL <Mikaël> get_data (440) c1 -> /mnt/result/results-dev//fused_file.fused_file.9fecdb93375410bd.3030323236312e6675736564.fused
***
Mais charger plein de data d'un coup ne semble pas lui poser problème. En revanche ce qui semble poser problème c'est bourriner le lien « prev » (sur une fiche patient) alors qu'on est déjà au bout.
***
Ah ben oui…
while db.patient[new_id] is None and int(new_id) > 0:
new_id = str(int(new_id)+int(request.vars["next"]))
Une jolie boucle infinie (next > 0)
***
merci et désolé :)
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1523Quatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichie...2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamQuatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichiers fusésPatient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file...Patient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
***
>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file produit (dont 2 ont fail et n'avaient pas de resultat)
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1512liste des patients : pb sur le droit 'anon' ?2016-11-29T14:37:18+01:00Vidjil Teamliste des patients : pb sur le droit 'anon' ?Si on se loggue comme un utilisateur normal, on ne voit pas l'identité complète de "Demo LIL L4", alors que le groupe public a bien le droit anon
***
confirmé pour la liste des patients (par contre, sur la page patient, on voit bien Demo...Si on se loggue comme un utilisateur normal, on ne voit pas l'identité complète de "Demo LIL L4", alors que le groupe public a bien le droit anon
***
confirmé pour la liste des patients (par contre, sur la page patient, on voit bien Demo LIL-L4 )
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1508Avoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAvoir une méthode non bloquante pour 'compare patient'Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
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Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1...Si vraiment cela bloque tout (les autres utilisateurs aussi ?), c'est un bug gênant :)
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Par exemple, pour s'amuser à bloquer les autres, aller sur cette URL : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2008&custom=2005&custom=2002&custom=1912&custom=1901&custom=1904&custom=1898&custom=1895&custom=1891&custom=1889&custom=1877&custom=1874&custom=1871&custom=1867&custom=1865&custom=1862&custom=1857&custom=1854&custom=1840&custom=1834&custom=1705&custom=1927& (euh… pas trop souvent quand même)
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Pourtant le nombre de processes est à 4 dans /etc/uwsgi/web2py.ini. Si un est bloqué ça ne devrait pas gêner les autres. Qu'est-ce qui les bloque ?
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Serait-ce plus général ? Il y a en ce moment uwsgi qui tourne à 80% et mysql à 15% (depuis une dizaine de minutes) et rbx est complètement bloqué. J'ai lancé plusieurs Vidjil d'affilée mais rien d'autre sur le serveur. dev.vidjil.org continue à répondre.
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Et réfléchir aussi à comment faire "grep reads" en non-bloquant...
Cela doit passer par task.py, avec création d'un objet Scheduler, non ?
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à discuter ensemble. Même solution que le "get reads" ou pas ?
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Le compare patient a son propre worker (sans utiliser le scheduler, pour ne pas rentrer en concurrence avec les autres tasks, on veut pas attendre 20 minutes ou interrompre une tache pour faire un compare patient).
le probleme actuel c'est que le serveur attend que le worker ai fini pour envoyer la réponse au browser.
2 solutions:
-le worker renvoie la réponse lui même au browser. (pas encore trouvé comment faire ...)
-le browser fait une 2eme requete pour récupérer le résultat stocké temporairement.
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Rando 2016: Marc, ok depuis longtemps
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1489Les propriétaires des patients ne voient plus le nom complet dans la liste de...2016-11-29T14:37:00+01:00Vidjil TeamLes propriétaires des patients ne voient plus le nom complet dans la liste des patientsOk… le terme « propriétaire de patient » est maladroit. En revanche la fiche du patient indique bien le nom complet
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revenu à 789edec pour la prod
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@DuezOk… le terme « propriétaire de patient » est maladroit. En revanche la fiche du patient indique bien le nom complet
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revenu à 789edec pour la prod
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1487Le nombre de fichiers affiché sur le serveur est un multiple de 3342016-11-29T14:36:58+01:00Vidjil TeamLe nombre de fichiers affiché sur le serveur est un multiple de 334Sur la page patient par défaut, tous les nombres de fichiers sont des multiples de 334.
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>>bfa129f46
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@DuezSur la page patient par défaut, tous les nombres de fichiers sont des multiples de 334.
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>>bfa129f46
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1474align colore parfois les mauvaises bases comme étant des mutations2016-11-29T14:36:47+01:00Vidjil Teamalign colore parfois les mauvaises bases comme étant des mutationsAller sur http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=291&config=11, monter le nombre de clones au max et sélectionner tous les clones TRGV8/TRGJ1. Faire un align dessus. Constater qu'un A est allumé dans toutes les séquences (sauf une qui a ...Aller sur http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=291&config=11, monter le nombre de clones au max et sélectionner tous les clones TRGV8/TRGJ1. Faire un align dessus. Constater qu'un A est allumé dans toutes les séquences (sauf une qui a un G), à l'intérieur du J. Est-ce que ce n'est pas censé être la première séquence qui détermine la référence ? Colorer le A partout ajoute du bruit. Normalement seul le G devrait être coloré.
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J'ai essayé... et j'ai abandonné.
segmenter.js : 614 .diff(json.seq[0]), il ne faut pas qu'il y ait 0 mais autre chose.
Mais pas first_clone.
Mais je ne suis pas sûr de comprendre l'interaction entre le diff() (qui décore la séquence) et le .toString() (qui repart de la séquence).
Est-ce que cette décoration avec des <span class='substitution'> ne devrait pas plutôt avoir lieu dans le .toString(), vers la ligne 890 ?
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e0820ff..c9ba91d
Au passage, l'exemple que tu as donné a changé... un utilisateur a fait du merge depuis ce matin :-)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1467Le fichier de conf du browser est devenu obligatoire. Vraiment ?2016-11-29T14:36:41+01:00Vidjil TeamLe fichier de conf du browser est devenu obligatoire. Vraiment ?Les tests fonctionnels browser ne passent plus parce que le fichier browser/js/conf.js est attendu par requirejs. Y a-t-il moyen de le rendre optionnel ? (avant le browser fonctionnait très bien sans fichier de conf). Le résoudre devrai...Les tests fonctionnels browser ne passent plus parce que le fichier browser/js/conf.js est attendu par requirejs. Y a-t-il moyen de le rendre optionnel ? (avant le browser fonctionnait très bien sans fichier de conf). Le résoudre devrait solutionner le problème sur les tests fonctionnels (à part un test qui devrait être en échec à cause d'une régression ;) )
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1460Les rapports ne fonctionnent plus, ils ont des bouts de bar plot dedans2016-11-29T14:36:36+01:00Vidjil TeamLes rapports ne fonctionnent plus, ils ont des bouts de bar plot dedans+ commentaire de Yann à voir (qui était pourtant avant qu'on fait le pull sur rbx)
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@Duez+ commentaire de Yann à voir (qui était pourtant avant qu'on fait le pull sur rbx)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1458Axes génériques : mettre à '?' si pas de données2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamAxes génériques : mettre à '?' si pas de donnéesOn prend des données sans CDR3 length, on sélectionne CDR3 length -> gros bug d'affichage, les clones dansent.
Le minimum serait que les clones se mettent sagement sur une ligne "?".
... mais, dans ce cas, le mieux serait de ne pas affi...On prend des données sans CDR3 length, on sélectionne CDR3 length -> gros bug d'affichage, les clones dansent.
Le minimum serait que les clones se mettent sagement sur une ligne "?".
... mais, dans ce cas, le mieux serait de ne pas afficher cet axe.
Trouver un mécanisme générique, car on pourrait afficher d'autres données, qui seront présentes ou pas selon les jeux de données et le programme producteur ?
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Sur CDR3, si pas défini apparaît comme 0, et pas ?
à vérifier.
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Apparaissent maintenant comme '?' 65eefa49,5b9ff6, bdd9c9e
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ok
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1445Scatterplot en clone/CDR3 length n'est pas réparti par système2021-11-04T11:10:41+01:00Vidjil TeamScatterplot en clone/CDR3 length n'est pas réparti par systèmeJe ne sais pas si c'est lié, mais lorsqu'on utilise cette vue et qu'on désélectionne tous les systèmes, la resélection des systèmes ne fonctionne pas (on ne voit plus l'ensemble des clones).
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Euh, reproductible ? Quel jeu de données ?...Je ne sais pas si c'est lié, mais lorsqu'on utilise cette vue et qu'on désélectionne tous les systèmes, la resélection des systèmes ne fonctionne pas (on ne voit plus l'ensemble des clones).
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Euh, reproductible ? Quel jeu de données ?
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Concernant le titre : j'ai cru comprendre par la suite que c'était une fonctionnalité. Mais je pense quand même qu'on a envie de voir les choses par système et ça ne fait pas forcément sens de regarder les longueurs des clones tous systèmes mélangés (pareil pour la longueur du CDR3). Du coup pour différencier les systèmes on est obligé de les colorer par système mais ça enlève la possibilité de les colorer par autre chose (et la coloration par V ou par J ne colore que pour un système, ce qui limite aussi l'intérêt).
Concernant le commentaire : non plus de problème
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Pour CDR3 length, effectivement, j'imagine qu'ils regardent locus par locus.
Par contre, pour clone length (quand cela fonctionne, pas reads toutes de la même taille), cela ressemble fortement à leur genscan, y compris avec plusieurs locus.
En fait, on peut toujours avoir ce qu'on veut en choisissant les locus en haut à gauche... mais c'est dommage qu'on ne puisse pas avoir cette fonctionnalité dans le grid / bar quand on voit les locus.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1433fuse.py n'arrive plus a fusionner des fichier clntab et vidjil2017-05-18T15:54:25+02:00Vidjil Teamfuse.py n'arrive plus a fusionner des fichier clntab et vidjil
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@Duez
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@Duez