vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-19T18:35:17+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/888export html : exporter les infos du modèle, mécanisme générique depuis json2024-01-19T18:35:17+01:00Vidjil Teamexport html : exporter les infos du modèle, mécanisme générique depuis json- mécanisme générique depuis json
- infos sur version Vidjil, runs, ... le plus possible doit être retraçable
- cela déborde quand beaucoup de points ?
-copier-coller
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Témoignage de Ludovic "On a souvent des réunions p...- mécanisme générique depuis json
- infos sur version Vidjil, runs, ... le plus possible doit être retraçable
- cela déborde quand beaucoup de points ?
-copier-coller
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Témoignage de Ludovic "On a souvent des réunions patients... et on discute uniquement sur papier"
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Exporter toutes les infos... sauf celles qui sont déjà mises ailleurs ? (nom/prénom/birth/id)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2353segmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquence2024-01-19T18:33:56+01:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquencePour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : cert...Pour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : certains V/D/J peuvent être communs, et on peut vouloir ne les afficher qu’une seule foishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2320Quand le scheduler ne fonctionne pas, les jobs en FAILED n'apparaissent pas d...2024-01-19T18:30:34+01:00Mikaël SalsonQuand le scheduler ne fonctionne pas, les jobs en FAILED n'apparaissent pas dans le log debugAurélie nous prévient que certains jobs ont échoué mais rien n'apparaît dans `vidjil-debug.log`
cc @magiraud @RyanHerb @flothoniAurélie nous prévient que certains jobs ont échoué mais rien n'apparaît dans `vidjil-debug.log`
cc @magiraud @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2328Clarifier ce que sont les clusters2024-01-19T18:26:06+01:00Mathieu GiraudClarifier ce que sont les clustershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5215py4web; wrong link to open results in sets pages (all configs appear)2024-01-19T15:21:19+01:00THONIER Florianpy4web; wrong link to open results in sets pages (all configs appear)We got link to results with all availabel configs launched. (https://localhost/index.html?sample_set_id=1&config=2,3).
In this case, we cannot open a result.
Need to be fixed before release.We got link to results with all availabel configs launched. (https://localhost/index.html?sample_set_id=1&config=2,3).
In this case, we cannot open a result.
Need to be fixed before release.Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1397Heuristique 1.9b : tester toutes les germlines, renvoyer la meilleure2024-01-19T12:31:44+01:00Vidjil TeamHeuristique 1.9b : tester toutes les germlines, renvoyer la meilleureDemandé par Aurélie
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ad552cb76
Une demande sur l'heuristique par un bio, cela ne se refuse pas.
Au passage, on a
- perdu chimera.should_get. À voir.
- gagné les deux tests multi-*.should_get. Gniark, ils sont dans master mainten...Demandé par Aurélie
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ad552cb76
Une demande sur l'heuristique par un bio, cela ne se refuse pas.
Au passage, on a
- perdu chimera.should_get. À voir.
- gagné les deux tests multi-*.should_get. Gniark, ils sont dans master maintenant, on ne pourra plus s'en débarasser aussi facilement...
- et c'est tout. Cela m'étonne, on devrait avoir d'autres tests type multi-*should_get. Les 3 séquences de bug d'aujourd'hui ?
***
Maintenant, une petite analyse de temps
vdj/data/runs/14-08-Necker/UPNT715-MRD1-141209_S7_R1.fastq (300 MB)
== 2015.01
12s 1 système, -G germline/TRG
48s 14 systemes, -g germline -i
111s 14 systèmes, juste en enlevant le return, il teste effectivement les 14 systèmes jusqu’au bout
== maintenant
188s 14 systèmes, on prend le meilleur.
Mais j'ai du faire un truc de goret pour que cela passe (supprimer KmerSegmenter::~KmerSegmenter()), il doit y avoir des fuites de mémoire partout, cela devrait faire 111s.
***
Et l'analyse de résultats...
- on segmente un peu plus (c'est normal, avant si un germline était "détecté" mais pas segmenté, poubelle), Peut-être segmente-t-on trop ? On pourrait raffiner le score pour que si on hésite entre deux germlines, poubelle/
- quelques gros paquets ne sont pas au même endroit (ici, TRD + au lieu de TRD).
14-08-Necker/UPNT715-MRD1-141209_S7_R1.fastq
==> segmented 547992 reads (97.6%) /// 548383 reads (97.7%)
==> found 93060 40-windows in 547978 segments (97.6%) //// 104364 40-windows in 548372 segments (97.7%) inside 561433 sequences
2015.01 /// maintenant
TRG -> 153 -> 14
IGH -> 265 -> 5
TRD -> 520551 -> 37655
IGK -> 4 -> 3
TRA -> 45 -> 21
TRB -> 30 -> 12
IGL -> 11 -> 7
IGH+ -> 0 -> 0
VdJa -> 7892 -> 5491
TRD+ -> 12192 -> 497162
TRD+ -> 5339 -> 1686
TRD+ -> 1484 -> 6301
IGK+ -> 5 -> 5
IGK+ -> 21 -> 21
? -> 0 -> 0
SEG_+ -> 547485 -> 548142
SEG_- -> 507 -> 241
UNSEG too short -> 0 -> 0
UNSEG strand -> 10777 -> 11081
UNSEG too few (zero) -> 140 -> 143
UNSEG too few V -> 42 -> 43
UNSEG too few J -> 1752 -> 1769
UNSEG < delta_min -> 0 -> 0
UNSEG > delta_max -> 359 -> 7
UNSEG ambiguous -> 371 -> 7
= SEG, with window -> 547978 -> 548372
= SEG, but no window -> 14 -> 11
***
bon, j'ai du être vraiment trop crade, segment.cpp:260, KmerSegmenter kseg(seq, germline), créer cela dans la boucle et le renvoyer...
***
Mikaël, pourrais-tu voir à un moment si tu arrives à trouver le souci valgrind ? Il y a segment.cpp:245/246, j'ai commenté le delete, sinon cela ne passait plus... cela cache sûrement un truc crade que j'ai fait.
merci
***
Sur 0130-Jack/lisacellsb (le fichier a été copié sur bioinfo-inria)
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=940&custom=941&
== Temps (sur rbx)
2015.01: 3'10 , maintenant : 4' . C'est plus que correct (et avant correction pb fuite mem)
(au passage, 21 minutes sur bioinfo-inria avec -uU)
== Résultats
on passe de 29.5% à 30%.
Qui a le courage de regarder ? Le out/ est sur bioinfo-inria.
***
merci Mikaël !
Le temps est revenu à 3'50, ok
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3406Réinitialisation db pour les tests2024-01-18T12:12:58+01:00Mathieu GiraudRéinitialisation db pour les testsDernière chose qui bloque !225.Dernière chose qui bloque !225.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3557Un nom de branche trop long peut casser les tests2024-01-18T11:04:15+01:00Mathieu GiraudUn nom de branche trop long peut casser les testsVu par @flothoni dans !328.
Enquêter pour comprendre ce qu'il peut se passer.Vu par @flothoni dans !328.
Enquêter pour comprendre ce qu'il peut se passer.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3711Test fonctionnel en echec pourtant validé2024-01-18T10:56:46+01:00Thonier FlorianTest fonctionnel en echec pourtant validéJ'ai une erreur dans mon test, et pourtant, le résultat apparaît comme ok. (test fonctionnel multilocus).
Il s'agit de ce [test](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/254737).J'ai une erreur dans mon test, et pourtant, le résultat apparaît comme ok. (test fonctionnel multilocus).
Il s'agit de ce [test](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/254737).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4121Documenter les tags des runners2024-01-18T10:55:50+01:00Mathieu GiraudDocumenter les tags des runnersDocumenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être ...Documenter ce qu'il faut pour les différents tags des runners. (Voire consturire les runners par ~"server-docker" ~"dev-ci" ?)
(Les parties de déploiement, spécifiques à ~"#-team" et qui nécessitent des clés particulières, doivent être clairement identifiées et optionnelles.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4209Avoir des jobs gitlab-ci qui utilisent des images Docker2024-01-18T10:31:05+01:00Mikaël SalsonAvoir des jobs gitlab-ci qui utilisent des images DockerDiscuté ensemble, pour avoir une meilleure reproductibilité il faudrait faire nos jobs gitlab-ci à partir d'image Docker. On en a parlé notamment pour #4208 mais c'est vrai plus généralement. Et cela évitera aussi les discussions de vdj#...Discuté ensemble, pour avoir une meilleure reproductibilité il faudrait faire nos jobs gitlab-ci à partir d'image Docker. On en a parlé notamment pour #4208 mais c'est vrai plus généralement. Et cela évitera aussi les discussions de vdj#450.
@duez avait l'air très motivé pour cela ;-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3502Avoir par CI un suivi des temps des différents tests2024-01-18T10:29:12+01:00Mathieu GiraudAvoir par CI un suivi des temps des différents tests~"dev\-gitlab" se souvient déjà du temps total d'un job. C'est peut-être suffisant, mais on aimerait parfois pouvoir comparer (et tracer) l'évolution des temps d'exécution, comme ce que permet de faire Jenkins, mais aussi en comparant de...~"dev\-gitlab" se souvient déjà du temps total d'un job. C'est peut-être suffisant, mais on aimerait parfois pouvoir comparer (et tracer) l'évolution des temps d'exécution, comme ce que permet de faire Jenkins, mais aussi en comparant des branches / MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2411Doit on lancer les tests sur la branche dev ?2024-01-18T10:26:10+01:00Ryan HerbertDoit on lancer les tests sur la branche dev ?Actuellement les tests ne sont lancés que sur les branches relatives à des features/hotfix du client.
On a donc une vision des tests dans nos branches pendant leur développement, mais pas de l'état une fois mergés. Donc on ne verrait pa...Actuellement les tests ne sont lancés que sur les branches relatives à des features/hotfix du client.
On a donc une vision des tests dans nos branches pendant leur développement, mais pas de l'état une fois mergés. Donc on ne verrait pas nécessairement si deux branches rentrent en conflit.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4544.gitlab-ci.yml : est-ce possible de factoriser les navigateurs ?2024-01-18T10:24:57+01:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml : est-ce possible de factoriser les navigateurs ?
Nous avons, après !812, 4x4 jobs avec des définitions de navigateurs:
`{ff32,ff45,chrome,old-chrome}-{browser-functional,browser-functional-external,browser-tutorial,server-functional}`
Et on aimerait rajouter des choses (#4475).
Peu...
Nous avons, après !812, 4x4 jobs avec des définitions de navigateurs:
`{ff32,ff45,chrome,old-chrome}-{browser-functional,browser-functional-external,browser-tutorial,server-functional}`
Et on aimerait rajouter des choses (#4475).
Peut-on factoriser cela dans le `.gitlab-ci.yml` ?
[`matrix`](https://docs.gitlab.com/ce/ci/yaml/#parallel-matrix-jobs) ? et #3630 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4810Passer le runner cypress via docker directement2024-01-18T10:15:25+01:00Thonier FlorianPasser le runner cypress via docker directementThe following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner D...The following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner Docker, au moins pour le côté client. Mais bon, cela pourrait être dans une prochaine MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5213py4web; loading analysis is not working2024-01-18T08:10:49+01:00THONIER Florianpy4web; loading analysis is not workingWhen we try to load an analysis from a py4web server, we got an error.
It seem to be some minor change between python 2.7 and python3 (`AttributeError: 'dict' object has no attribute 'iterkeys'`).
I take a look to fix that.When we try to load an analysis from a py4web server, we got an error.
It seem to be some minor change between python 2.7 and python3 (`AttributeError: 'dict' object has no attribute 'iterkeys'`).
I take a look to fix that.Server - py4webTHONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5170API; settable groups for creations of sets2024-01-15T16:40:49+01:00THONIER FlorianAPI; settable groups for creations of setsBy default, set are created with a link with group 1 and this value is not settable.
With this, creation success, but new set are not associated with a group because user have no right on group 1 (admin).
We need to add a way to give a...By default, set are created with a link with group 1 and this value is not settable.
With this, creation success, but new set are not associated with a group because user have no right on group 1 (admin).
We need to add a way to give a group number at the creation (easy) and to allow user to get list of his groups to use it for creation (need to modify controller).
Good news, some functions already exist in web2py and probably py4web to get this values, but are not linked to a controller to expose it.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5191py4web; return that a server error occured when it is2024-01-15T09:39:47+01:00THONIER Florianpy4web; return that a server error occured when it isFor the moment, when an `internal server error` occur, a modal with text about ssl is open.
This is false and we should show a flash message to say that an error occured.
Maybe use code error 500 to detect it with ajax.
As with py4web ...For the moment, when an `internal server error` occur, a modal with text about ssl is open.
This is false and we should show a flash message to say that an error occured.
Maybe use code error 500 to detect it with ajax.
As with py4web migration these types of error can occure more than usual, it can be important to return a correct message to user and that they don't waste time to search about ssl error.Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5209py4web : when the server is not responding, we get an error regarding ssl ins...2024-01-11T16:53:55+01:00CHESNIN Clementpy4web : when the server is not responding, we get an error regarding ssl instead of a more significant error![Screenshot from 2024-01-09 16-32-12.png](/uploads/ef1c0e71c72d0f5685ba18b1883d5dee/Screenshot_from_2024-01-09_16-32-12.png){width=775 height=397}![Screenshot from 2024-01-09 16-32-12.png](/uploads/ef1c0e71c72d0f5685ba18b1883d5dee/Screenshot_from_2024-01-09_16-32-12.png){width=775 height=397}Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5208py4web: design and link is messed up with 500 error2024-01-11T16:53:17+01:00CHESNIN Clementpy4web: design and link is messed up with 500 errorWhen getting a 500 error, the design is quite messed up, and we get a link to the ticket (not displayable unless you get the dashboard password but...
Note that with the dark palette, display seems to be a bit better (see capture under)...When getting a 500 error, the design is quite messed up, and we get a link to the ticket (not displayable unless you get the dashboard password but...
Note that with the dark palette, display seems to be a bit better (see capture under)
![Screenshot from 2024-01-09 16-24-34.png](/uploads/dafea2fe31b88dd53eda7eb5437cf49b/Screenshot_from_2024-01-09_16-24-34.png){width=579 height=297}
![Screenshot from 2024-01-09 16-24-40.png](/uploads/38be39d2653c8fcbfa77fdfe0eea25ed/Screenshot_from_2024-01-09_16-24-40.png){width=581 height=298}
![Screenshot from 2024-01-09 16-29-45.png](/uploads/3b40e6072b2e2a3418f131db1b0c2571/Screenshot_from_2024-01-09_16-29-45.png){width=638 height=327}Server - py4web