vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-23T14:01:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1631Suppression des résultats et mise à jour des fichiers fused2017-05-23T14:01:52+02:00Vidjil TeamSuppression des résultats et mise à jour des fichiers fusedIl semble n'y avoir dans la DB qu'un seul fichier fuse par fichier de séquence par config. Si on lance un nouveau run, l'ancienne entrée dans la table fused_file est-elle supprimée ?
Le problème est le suivant : j'ai lancé le même run de...Il semble n'y avoir dans la DB qu'un seul fichier fuse par fichier de séquence par config. Si on lance un nouveau run, l'ancienne entrée dans la table fused_file est-elle supprimée ?
Le problème est le suivant : j'ai lancé le même run deux fois sur le patient 531 (sur dev.vidjil.org). Une fois le 18/06, une fois le 19/06. J'ai supprimé les résultats du 19/06 mais en DB il ne reste qu'un fichier fused, celui du 19 : https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db?query=db.fused_file.patient_id==531 et le lien pour consulter les résultats est donc celui du 19/06 : http://dev.vidjil.org/browser/index.html?patient=531&config=2
Or je l'ai supprimé et la liste des résultats, sur la page info du patient, ne me montre que le fichier de résultat du 18/06.
***
Je ne sais pas si c'est lié, mais :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=612&config=25
-> 3 points, alors qu'il n'y a que.... 2 fichiers. Le troisième a été supprimé, et on n'a pas re-fusé ensuite.
***
Dans task.py l.47-57 :
## check fused_file
row2 = db( ( db.fused_file.config_id == id_config ) &
( db.fused_file.patient_id == id_patient )
).select()
if len(row2) > 0 : ## update
fuse_id = row2[0].id
else: ## create
fuse_id = db.fused_file.insert(patient_id = id_patient,
config_id = id_config)
Si un entrée fused existe déjà, elle est remplacée.
***
Ça pose la question de ce qu'on fait. Relance-t-on fuse à chaque action sur les fichiers de résultat ?
***
@Duez @mikael-s @magiraudWeb 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/903Voir le nom d'origine des clones2017-04-11T06:41:31+02:00Vidjil TeamVoir le nom d'origine des clonesSi on a renommé un clone, on n'a pas si facilement que cela accès au clone original
* une option pour toggle entre `.c_name` et `.name` ?
* afficher le nom d'origine dans la barre d'état et/ou en `:hover` ?
Si on a renommé un clone, on n'a pas si facilement que cela accès au clone original
* une option pour toggle entre `.c_name` et `.name` ?
* afficher le nom d'origine dans la barre d'état et/ou en `:hover` ?
Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2683Liste initiale de tags2020-08-27T12:04:40+02:00Mathieu GiraudListe initiale de tagsSuite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
...Suite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
```
=== oui ===
--> doc/tags.org
=== à discuter encore ===
#CDKN2 #CDKN2A #CDKN2B
#DNA #RNA #cDNA #cfDNA #ctDNA
SLL ? AML ?
=== plus tard ===
vaccine
mouse
dog
```Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2673Tags avec caractères Unicode ?2017-10-19T11:26:52+02:00Ryan HerbertTags avec caractères Unicode ?Comme évoqué dans #2671 on ne reconnait actuellement pas les caractères unicode pour les tags. Donc globalement, pas de tags en japonnais, coréen, ... français (les accents).
A savoir que cette issue pourrait présenter des incompatibili...Comme évoqué dans #2671 on ne reconnait actuellement pas les caractères unicode pour les tags. Donc globalement, pas de tags en japonnais, coréen, ... français (les accents).
A savoir que cette issue pourrait présenter des incompatibilités avec #2671 .Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2628Décalage d'un nucléotide dans les exports fasta2017-11-19T19:27:13+01:00Thonier FlorianDécalage d'un nucléotide dans les exports fastaRq de ~"Paris - St Louis" :
Il y a un décalage d'un nucléotides lors de l'export fasta.
Dans ce cas ci, la séquence fournit en insert présente le dernier nt du segment V, et il y manque le dernier nt qui se retrouve au début du J.
![...Rq de ~"Paris - St Louis" :
Il y a un décalage d'un nucléotides lors de l'export fasta.
Dans ce cas ci, la séquence fournit en insert présente le dernier nt du segment V, et il y manque le dernier nt qui se retrouve au début du J.
![interface_5](/uploads/ad542ee88089c5f8995d9ca4bd53b29d/interface_5.png)
![interface_6](/uploads/4c7859a1eec4bd37fbff207562f0458e/interface_6.png)Web 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2624Tags: tags publics ?2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudTags: tags publics ?Pas urgent, on peut déjà faire tester les tags à des utilisateurs sans cela.Pas urgent, on peut déjà faire tester les tags à des utilisateurs sans cela.Web 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2559segmenteur : au renvoi de l'aligneur, timeout causé par un "undefined" dans ...2017-10-06T14:01:55+02:00Mathieu Giraudsegmenteur : au renvoi de l'aligneur, timeout causé par un "undefined" dans une séquenceVu par @aurelBZH, cela peut bugguer même avec uniquement des clones, sans germlines
Voir aussi #2501.Vu par @aurelBZH, cela peut bugguer même avec uniquement des clones, sans germlines
Voir aussi #2501.Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2540Erreur taille de l'axe dans le preset 32017-10-06T13:59:17+02:00Thonier FlorianErreur taille de l'axe dans le preset 3Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus prè...Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus près.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2521Mettre les noms de famille dans les logs2017-07-07T15:46:09+02:00Mikaël SalsonMettre les noms de famille dans les logsDans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Dans les logs, les actions des utilisateurs sont enregistrées avec leur prénom. Mais c'est ambigu (cf. #2518 où il y avait ambiguité sur Aurélie).Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2507Délétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axe2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudDélétions Vleft / Jright : documenter, intégrer, nouvel axeEn discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire u...En discutant de ~"app-stats" avec @flothoni, on s'est dit qu'on pourrait dès maintenant visualiser dans le ~"client-grid" / ~"client-bar".
- [ ] Documenter dans `doc/format-analysis.org` les champs `delRight` et `delLeft`
- [ ] Faire une fonction d'accès dans clone.js pour récupére `seg.5.delRight` et `seg.3.delLeft`
- [ ] Créer deux axesWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2372PhantomJS n'est plus maintenu.2017-10-06T13:48:27+02:00Ryan HerbertPhantomJS n'est plus maintenu.Google ont annoncé Chrome en Headless, donc la personne qui maintenait à elle seule PhantomJS renonce au développement.
https://groups.google.com/forum/m/#!topic/phantomjs/9aI5d-LDuNEGoogle ont annoncé Chrome en Headless, donc la personne qui maintenait à elle seule PhantomJS renonce au développement.
https://groups.google.com/forum/m/#!topic/phantomjs/9aI5d-LDuNEWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2308Mise en production des sets génériques2018-02-23T10:04:51+01:00Mathieu GiraudMise en production des sets génériquesNous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] ...Nous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] info en haut à gauche
* [x] save analysis
Et la documentation `user.org` parle-t-elle bien aussi des sets ? Communique-t-on d'une manière particulière ?
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2272Analyse statique de code javascript2019-02-14T18:42:20+01:00Mathieu GiraudAnalyse statique de code javascriptJavascript n'est pas compilé... Ce serait intéressant d'avoir un jour une analyse statique de code, déjà pour voir les soucis de variables (par exemple, variables globales #2271 #2201 / est-ce que toutes les variables locales sont déclar...Javascript n'est pas compilé... Ce serait intéressant d'avoir un jour une analyse statique de code, déjà pour voir les soucis de variables (par exemple, variables globales #2271 #2201 / est-ce que toutes les variables locales sont déclarées avec `var` ?). Et il y a sûrement pleins d'autres petits bugs cachés.
cc @mikael-sWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2172Tags: modèle, recherches2017-10-06T13:41:46+02:00Mathieu GiraudTags: modèle, recherchesVoir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ic...Voir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ici mieux gérer ces tags tels que `#bla` (ou `#mrd`, en attendant #1555).
Idées en vrac, à discuter / compléter :
- (affichage d'une fiche) afficher les tags d'une certaine manière (en inline, comme ~"bio-metadata" dans gitlab ?)
- (affichage d'une liste de sample sets / samples) afficher certains tags dans la liste
- (recherche/édition) proposer une liste de tags à côté des champs de recherche
- (recherche/édition) faire de l'autocomplétion lorsqu'on saisit `#` dans ces champs
- ...
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1925Segmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...2019-02-13T08:40:03+01:00Vidjil TeamSegmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir auss...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir aussi "Créer un nouveau clone artificiel", qui permettrait de mettre autre chose).
***
@RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2927Savoir sur quel serveur on est loggué2020-11-19T12:04:30+01:00Mathieu GiraudSavoir sur quel serveur on est logguéAvec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement s...Avec le déploiement de plusieurs serveurs, certains utilisateurs peuvent avoir des comptes sur plusieurs serveurs, et, surtout dans une période de transition ou de ~"!!-crisis", utiliser l'un ou l'autre.
On devrait afficher clairement sur quel serveur on est (comme #2848). Un `lil` quelque part devrait suffire, et si on ne met rien on est sur le serveur public.
Généralisation de #2348 ?
Changer une couleur quelque part (argh, non, on la garde pour les clones)prod-server-lilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2923Mettre les germlines à l'extérieur du dock2018-10-16T11:02:04+02:00Mathieu GiraudMettre les germlines à l'extérieur du dockEn attendant #2639, on doit sortir du dock les germlines non libres.
Il y a besoin des deux fichiers :
* `germline/get-saved-germline.sh`
* `germline/germline_id`
à la décompression, cela remplit germline/ pour le ~cpp plus le `germli...En attendant #2639, on doit sortir du dock les germlines non libres.
Il y a besoin des deux fichiers :
* `germline/get-saved-germline.sh`
* `germline/germline_id`
à la décompression, cela remplit germline/ pour le ~cpp plus le `germline.js` pour le ~client .prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2760Envoyer des mails (Vidjil morning, tickets) dans le dock2020-04-23T20:09:04+02:00Mathieu GiraudEnvoyer des mails (Vidjil morning, tickets) dans le dockÀ récupérer sur le `cron` de `vda`À récupérer sur le `cron` de `vda`prod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2524Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html2017-07-05T10:46:36+02:00Mathieu GiraudFichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.htmlÉvoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce ...Évoqué avec Aurélie ce matin (qui voulait vérifier que son fichier était bien pris en compte, voir aussi #2523).
On a actuellement un 404 lorsqu'on souhaite télécharger un fichier "network".
À corriger, ou sinon retirer ce lien pour ce type de fichiers.prod-server-lilRyan HerbertRyan Herbert