vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-05-10T10:22:21+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4366Verifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyse2022-05-10T10:22:21+02:00Thonier FlorianVerifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyseAprès avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aus...Après avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aussi présente sur les choix de settings (verifier à l'instant avec le choix fait de `sample key`).
Il s'agit de répercuter des resets fait sur le modèle lors du chargement d'une nouvelle analyse avec les choix correspondant sur le html.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4365clone getHTMLinfo; avoir une meilleur organisation2021-07-12T14:59:28+02:00Thonier Florianclone getHTMLinfo; avoir une meilleur organisation![Screenshot_20200622_095927](/uploads/786bbe3aa7c26e5bf0f36252abd7d86e/Screenshot_20200622_095927.png)
Voici un exemple du rendu de getHTMLinfo. Ici, on présente les vdj, puis après c'est un mix qui ne me semble plus avoir de sens avec...![Screenshot_20200622_095927](/uploads/786bbe3aa7c26e5bf0f36252abd7d86e/Screenshot_20200622_095927.png)
Voici un exemple du rendu de getHTMLinfo. Ici, on présente les vdj, puis après c'est un mix qui ne me semble plus avoir de sens avec les N, les 4x, ... Avoir les VDJ en priorité a du sens, mais ce n'est pas pratique ensuite de devoir recomposer l'ordre des N, des 4x avec les lignes qui sont tout en bas du tableau.
Nous n'avons pas non plus l'information productive qui apparaît et je ne sais pas pourquoi (alors qu'elle existe pour le clone et cette config).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4363Problème de chargement des analysis en cas de modification des samples2020-07-10T17:35:17+02:00Thonier FlorianProblème de chargement des analysis en cas de modification des samplesSuite à !737 : Il nous faut une meilleur gestion en cas d'ajout ou de suppression de sample.Suite à !737 : Il nous faut une meilleur gestion en cas d'ajout ou de suppression de sample.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4362Fichiers dans /results/tmp2020-07-03T19:13:46+02:00Mathieu GiraudFichiers dans /results/tmpMême remarque que pour #4333 : on a, sur un serveur de prod, beaucoup de sous-répertoires dans le même répertoire.
La différence avec #4333 est que ces fichiers ne sont pas dans la DB, c'est probablement plus facile de les stocker dans ...Même remarque que pour #4333 : on a, sur un serveur de prod, beaucoup de sous-répertoires dans le même répertoire.
La différence avec #4333 est que ces fichiers ne sont pas dans la DB, c'est probablement plus facile de les stocker dans un sous -répertoire par lots.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4360Optimisation de la gestion de la pagination côté client2021-01-07T17:39:43+01:00Thonier FlorianOptimisation de la gestion de la pagination côté clientUne petite feature qui ne mange pas de pain et qui fera gagné pas mal de temps lorsque l'on cherche un ancien patient, ou a remonté le fil des pages.
Avoir une zone input qui permette dechoisir directement la page qui nous intérésse.Une petite feature qui ne mange pas de pain et qui fera gagné pas mal de temps lorsque l'on cherche un ancien patient, ou a remonté le fil des pages.
Avoir une zone input qui permette dechoisir directement la page qui nous intérésse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4358Avoir un historique des sha1 de prod-client, prod-server (et des déploiements)2020-09-23T17:14:18+02:00Mathieu GiraudAvoir un historique des sha1 de prod-client, prod-server (et des déploiements)Entre le moment où quelque chose est mergé dans `dev` et passe en prod, il peut y avoir du temps, et ces temps sont différents suivant algo/client/serveur. En cas de bug, on aimerait savoir "depuis quand est cette version sur tel déploie...Entre le moment où quelque chose est mergé dans `dev` et passe en prod, il peut y avoir du temps, et ces temps sont différents suivant algo/client/serveur. En cas de bug, on aimerait savoir "depuis quand est cette version sur tel déploiement".
Avoir quelque part un historique des sha1 des branches de prod (voire des déploiements quand ce n'est pas ~"dev-cd" automatique) ? N'a-t-on pas déjà cela avec les paquets ~"server-docker" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4356URL courte pour lien depuis la page patient2020-12-02T22:16:05+01:00Mathieu GiraudURL courte pour lien depuis la page patientSuite à #2792.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/720#note_350431, j'ai toujours (sur les environnements de review de !720) un `sample_set=...` sur
- la page des samples
- le lien "multi+inc+xxx" sur un patien...Suite à #2792.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/720#note_350431, j'ai toujours (sur les environnements de review de !720) un `sample_set=...` sur
- la page des samples
- le lien "multi+inc+xxx" sur un patient
(mais quand on clique dessus, c'est ensuite bien réécrit)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4355"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même...2020-06-18T14:34:02+02:00Mathieu Giraud"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même dateEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4352Rendre plus conscient qu'on soit les locus DJ2020-06-16T11:27:39+02:00Mathieu GiraudRendre plus conscient qu'on soit les locus DJDiscuté avec @flothoni et @mikael-s : on n'explicite pas le fait que les locus sont DJ...
- pour les couleurs dans ~"client-aligner", ce serait beau d'avoir la couleur D quand c'est un DJ (mais comment voit-on DDJ ? plus généralement ...Discuté avec @flothoni et @mikael-s : on n'explicite pas le fait que les locus sont DJ...
- pour les couleurs dans ~"client-aligner", ce serait beau d'avoir la couleur D quand c'est un DJ (mais comment voit-on DDJ ? plus généralement #2135 ?)
- nos ~"client-axis" "V / 5'" ? Sur les noms des étiquettes, on voit les D, bref ~"priority-1-low"
Mettre les 'D' en '4' ?
@mikael-s et @flothoni: probablement très difficile ~"dev-refactor" , le client risque de sentir mal sans `5` !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4351Auto-logguer Démo ?2020-06-16T11:29:47+02:00Mathieu GiraudAuto-logguer Démo ?
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4350Clones de distribution trop abondants ?2020-07-09T14:14:01+02:00Mikaël SalsonClones de distribution trop abondants ?Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu d...Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu de clones (71 clones).
Ça me semble surprenant car cela fait environ 1700 reads par clone en moyenne (avec des clones probablement plus abondants parmi cela). Or avec de telles abondances les clones ne devraient-ils pas être normalement affichés ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4349Avoir les environnements de review sur prod_server2020-06-15T18:17:21+02:00Mathieu GiraudAvoir les environnements de review sur prod_serverhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4348Le web2py trackè_changes peut-il dégrader les performances en prod ?2020-06-15T18:14:45+02:00Mathieu GiraudLe web2py trackè_changes peut-il dégrader les performances en prod ?
dans `models/db.py`: `from gluon.custom_import import track_changes; track_changes(True)`
introduit par de7ce3c7e
@mikael-s : "On a aussi, dans `docker/vidjil-server/conf/uwsgi.ini`
```
touch-reload = /usr/share/vidjil/server/web2py/...
dans `models/db.py`: `from gluon.custom_import import track_changes; track_changes(True)`
introduit par de7ce3c7e
@mikael-s : "On a aussi, dans `docker/vidjil-server/conf/uwsgi.ini`
```
touch-reload = /usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/modules/defs.py
```
@duez : "sur doc de web2py, disent que pas de soucis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4346http://www.vidjil.org/releases/vidjil-algo-latest.tar.gz2022-03-16T11:25:53+01:00Mathieu Giraudhttp://www.vidjil.org/releases/vidjil-algo-latest.tar.gz
Sur www.vidjil.org/releases, les `-latest` dataient de 2019.05. Je les ai modifié à la main, mais mettre cela dans ~"dev-cd".
Sur www.vidjil.org/releases, les `-latest` dataient de 2019.05. Je les ai modifié à la main, mais mettre cela dans ~"dev-cd".Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4345Suggérer de recharger le client2020-06-12T20:08:49+02:00Mikaël SalsonSuggérer de recharger le clientLe client devrait détecter qu'il n'est plus à jour et suggérer à l'utilisateur de recharger la page. Mattermost le fait par exemple.
Cela éviterait qu'une utilisatrice se retrouve avec un client vieux de 4 mois car n'ayant pas eu à rech...Le client devrait détecter qu'il n'est plus à jour et suggérer à l'utilisateur de recharger la page. Mattermost le fait par exemple.
Cela éviterait qu'une utilisatrice se retrouve avec un client vieux de 4 mois car n'ayant pas eu à recharger la page depuis (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4265#note_350767).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4344validate-links: code d'erreur2020-06-12T12:40:46+02:00Mathieu Giraudvalidate-links: code d'erreurQuand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.Quand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4343Blancs dans .vidjil ?2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu GiraudBlancs dans .vidjil ?Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4342problème d'échelle sur les axes2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier Florianproblème d'échelle sur les axesEn testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
...En testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
En voici un exemple:
![Screenshot_20200611_180027](/uploads/0c6be42524f2cebc8a4621f42fa5f573/Screenshot_20200611_180027.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4341Vocabulaire "detected", choses restantes2020-06-12T09:30:33+02:00Mathieu GiraudVocabulaire "detected", choses restantesDepuis #3413 :
> Ce qui n'est pas encore changé:
>
> * les champs `segmented` et `seg` dans les `.vidjil` (ne changera probablement pas à moins de casser le format) #4317
> * les constantes `SEG*`, `UNSEG*`: on peut les laisser...Depuis #3413 :
> Ce qui n'est pas encore changé:
>
> * les champs `segmented` et `seg` dans les `.vidjil` (ne changera probablement pas à moins de casser le format) #4317
> * les constantes `SEG*`, `UNSEG*`: on peut les laisser...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4340Clones sans `sequence` dans le .vidjil et client2020-06-11T19:48:10+02:00Mathieu GiraudClones sans `sequence` dans le .vidjil et clientSuite à !724, discussions
- à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349980
- et à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349686
@flothoni a déjà vu qu'on peut ouv...Suite à !724, discussions
- à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349980
- et à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349686
@flothoni a déjà vu qu'on peut ouvrir des .vidjil avec des clones sans séquences. Mais
> Est-ce qu'il se visualise bien dans le reste du ~client ? Dans la ~"client-cloneList" et dans la
~"client-grid" ?
> Le ~"client-rapport" se génère correctement (y compris s'il est sélectionné) ?
> Est-ce qu'il y a des erreurs dans la console ? Si oui sont-elles bloquantes après ? Cela arrive qu'une erreur à un moment donné empêche ensuite d'interagir avec d'autres clones.
En fonction de la réponse, mettre à jour ou pas la ~doc et `vidjil-format.md` #4317