vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-03-30T11:39:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3001Rajouter "real info" pour les permissions par défaut lors de la création des ...2021-03-30T11:39:36+02:00Mathieu GiraudRajouter "real info" pour les permissions par défaut lors de la création des utilisateurshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4647Nouvelles germlines ne détectent pas IGHD7-27/J1, collision up/down avec IGHJ1P2021-03-30T11:03:27+02:00Mathieu GiraudNouvelles germlines ne détectent pas IGHD7-27/J1, collision up/down avec IGHJ1PSur !885, on ne détecte plus le colinéaire `should-get-tests/colinear-D7-27--J1.should` #2232 (et #1664).
On a aussi deux `.should-vdj.fa` sur D7-27 qui plantent, mais non liés à J1.
Cependant, la très courte séquence `D7-27` (11 bp) n'...Sur !885, on ne détecte plus le colinéaire `should-get-tests/colinear-D7-27--J1.should` #2232 (et #1664).
On a aussi deux `.should-vdj.fa` sur D7-27 qui plantent, mais non liés à J1.
Cependant, la très courte séquence `D7-27` (11 bp) n'a pas changé, au contraire de... notre upstream !606
```
>J00256|IGHD7-27*01|Homo sapiens|F|D-REGION|621..631|11 nt|1| | | | |11+0=11| | |
-TACCAGCCGCAGGGTTTTGGCTGAGCTGAGAACCACTGTG
+GTGTTTTGGGGCTAACAGCGGAAGGGAGAGCACTGGCAAAGGTGCTGGGGGCCCCTGGACCCGACCCGCC
+CTGGAGACCGCAGCCACATCAGCCCCCAGCCCCACAGGCCCCCTACCAGCCGCAGGGTTTTGGCTGAGCT
+GAGAACCACTGTG
ctaactgggga
```
Est-ce que cela signifie que la séquence `data/D7-27--J1.fa` a un soucis ? Autre chose ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2591sample_set.delete() ne devrait généralement pas supprimer les samples et les ...2021-03-30T10:20:33+02:00Mathieu Giraudsample_set.delete() ne devrait généralement pas supprimer les samples et les résultatsActuellement, un `delete()` supprime les `results_file` et les `sequence_file`.
Or un sample peut être dans plusieurs sample sets : si un patient et un run ont un même sample, supprimer le sample le fait perdre pour tout le monde.
La su...Actuellement, un `delete()` supprime les `results_file` et les `sequence_file`.
Or un sample peut être dans plusieurs sample sets : si un patient et un run ont un même sample, supprimer le sample le fait perdre pour tout le monde.
La suppression d’un sample set ne devrait donc pas effacer le sample et les résultats... ou, à la limite, seulement quand il n'y a plus qu'un seul sample set le référençant.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2665Highlights : afficher "CDR3 ☐ blabla ☐" au lieu de "highlight"2021-03-24T23:56:05+01:00Mathieu GiraudHighlights : afficher "CDR3 ☐ blabla ☐" au lieu de "highlight"Discuté en audioDiscuté en audiohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3988Saturation / Peu de place dans la barre des "to"2021-03-24T23:46:11+01:00Mathieu GiraudSaturation / Peu de place dans la barre des "to"@mikael-s, dans #3917 :
> il va falloir qu'on fasse un choix dans les différents boutons car on commence à manquer de place.
> Exemple (où le nombre de clones et de reads se retrouve poussé vers le bas) ![vidjil-place](https://gitlab.i...@mikael-s, dans #3917 :
> il va falloir qu'on fasse un choix dans les différents boutons car on commence à manquer de place.
> Exemple (où le nombre de clones et de reads se retrouve poussé vers le bas) ![vidjil-place](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/2a26b0b425a65962053def0aa0bc78c3/vidjil-place.png)
@magiraud :
> Plus généralement, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2245#note_29313 ? Un menu/cog ou on pourrait choisir les boutons à afficher (avec peut-être des "bons boutons" mis par défaut en fonction de LLC ou d'autres choses) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4655Que prendre pour les up/downstream ?2021-03-24T14:34:30+01:00Mathieu GiraudQue prendre pour les up/downstream ?J'étais tenté de réouvrir #3133, mais non, une autre issue.
Bloque !885.
Depuis !885:
> 200 d'upstream (!606) c'était peut-être un peu bourrin…
Mais que prendre alors ?
- Revenir à 40bp ? à autre chose ?
- Vu #4647, retravailler à ...J'étais tenté de réouvrir #3133, mais non, une autre issue.
Bloque !885.
Depuis !885:
> 200 d'upstream (!606) c'était peut-être un peu bourrin…
Mais que prendre alors ?
- Revenir à 40bp ? à autre chose ?
- Vu #4647, retravailler à la suite de !606 pour qu'il n'y ait pas de conflits sur l'ensemble des gènes ? Peut-être pas facile
- ... ou déjà juste *tester* si on a d'autres conflits sur l'ensemble des gènes, et ajouter des exceptions statiques ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2107Indication onlyV trompeuse sur anayse de capture2021-03-22T09:31:46+01:00Thonier FlorianIndication onlyV trompeuse sur anayse de captureSur un set issu d'analyses de Necker :
Sur 4 millions de séquences issus de capture, avec de nombreuses sondes autre que les J, on a une forte proportion de séquences faussement anotées "only V" suite à quelques Kmer éparses trouvés da...Sur un set issu d'analyses de Necker :
Sur 4 millions de séquences issus de capture, avec de nombreuses sondes autre que les J, on a une forte proportion de séquences faussement anotées "only V" suite à quelques Kmer éparses trouvés dans la séquence ( ~25% des reads sont concernés).
En détails, ceux-ci ne sont composés que de 5 ou 6 kmer répartis sur toute la longueur du read.
@magiraud @mikael-s Algo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4421Pertinence / bon usage des tooltips2021-03-19T14:59:07+01:00Mathieu GiraudPertinence / bon usage des tooltipsPapoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant ...Papoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant qu'il y ait plus d'infos sur ordi que sur tablette", tout à fait !
Se renseigner sur les bons usages2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1579k-mers communs entre IGHV et IGHD2021-03-17T23:19:38+01:00Vidjil Teamk-mers communs entre IGHV et IGHDMikaël, à propos d'IGH : "Une partie du problème vient du fait que deux gènes D ont des k-mers partagés avec des gènes V. Cela peut être vérifié facilement :
./vidjil -G germline/IGH -K germline/IGHD.fa
Du coup cela décale la fenêtre ver...Mikaël, à propos d'IGH : "Une partie du problème vient du fait que deux gènes D ont des k-mers partagés avec des gènes V. Cela peut être vérifié facilement :
./vidjil -G germline/IGH -K germline/IGHD.fa
Du coup cela décale la fenêtre vers la droite et on a une moins bonne
spécificité."
La sotie en question :
>J00234|IGHD2-15*01|Homo
AGGATATTGTAGTGGTGGTAGCTGCTACTCC
_ _ _ _ _ _ _ _+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _
>X93616|IGHD3-22*01|Homo
GTATTACTATGATAGTAGTGGTTATTACTAC
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+X _ _
***
- modifier notre graine d'IGH pour que cela n'arrive pas ?
- prendre en compte le répertoire D pour marquer certains k-mers de V et de J ambigus ? (Finalement, jusqu'à maintenant le rep D ne sert pas du tout pour le KmerSegmenter !)
- décaler la window pour compenser ?
***
J'avais oublié, mais ton merge de voodooj me l'a rappelé : le -t 100 solutionne cela : « Interestingly with -w 100, the number of foud windows is much larger because now the window is better centered around the junction. ». Par chance les k-mers partagés avec les gènes D ne sont pas dans les 100 derniers nucléotides des V.
***
la chance est avec nous :-)
La solution 2 "prendre en compte le répertoire D pour marquer certains k-mers de V et de J ambigus" me semble tout de même raisonnable et robuste.
***
On n'était pas si chanceux que cela, même avec le -t 100 :
../../vidjil -y 0 -s '#####-#####' -K -G ../../germline/IGH -u ../../data/common-D-V.fa
+X+X+X+X+X+X+X+X+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _+X _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+x+x+x+x+x+x+x+x+x+x
en insérant aussi les D :
+X+X+X+X+X+X+X+X+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _ ?+f+f+f+f+f+f _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+x+x+x+x+x+x+x+x+x+x
ok, c'est une graine non-standard.
***
c23b5d2
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
***
Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
***
Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
***
@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4720Classement des runs suite à export/import sur nouveau serveur2021-03-17T11:17:07+01:00Mathieu GiraudClassement des runs suite à export/import sur nouveau serveurVoir vidjil/support/rennes-hemato#3.
Est-ce un artefact d'export/import, autre chose ?
Voir au passage #4573.Voir vidjil/support/rennes-hemato#3.
Est-ce un artefact d'export/import, autre chose ?
Voir au passage #4573.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3624Garder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?2021-03-17T09:35:49+01:00Mikaël SalsonGarder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver ...Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver les fichiers tels qu'ils ont été uploadés ? Au moins quelques jours pour éviter de saturer l'espace disque ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3554bouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2py2021-03-05T15:51:00+01:00Thonier Florianbouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2pyUne petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué...Une petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué que ça. Cependant, ça risque de pérenniser un problème dont on ne connaît toujours pas l'origine (il me semble).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4541Boucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachés2021-03-03T12:18:28+01:00Thonier FlorianBoucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachésUne nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où l...Une nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où la correction a été faite et si celle-ci a été correctement déployée (j'ai corrigé il me semble exactement cette erreur il y a quelques mois).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4606IMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)2021-02-26T10:34:24+01:00Thonier FlorianIMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.IMGt semble avoir changer le comportement pour la recherche d'indel. De plus, il est maintenant possible d'avoir les valeurs de subset.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4023Docker backup : récupérer et pousser celui de vdb2021-02-25T13:14:16+01:00Mikaël SalsonDocker backup : récupérer et pousser celui de vdbDans vdj#925 on avait un souci de conflit entre la conf `docker-compose.yml` et un conteneur `backup` propre à vdb.
Le conteneur qui est sur vdb permet de configurer son `cron` pour lancer les backups à l'aide d'un fichier de conf. C'es...Dans vdj#925 on avait un souci de conflit entre la conf `docker-compose.yml` et un conteneur `backup` propre à vdb.
Le conteneur qui est sur vdb permet de configurer son `cron` pour lancer les backups à l'aide d'un fichier de conf. C'est plus souple que de modifier le `docker-compose.yml` et ça va dans le sens de #3459 et vdj#767.
Il faudrait que ce soit la solution par défaut, poussée sur notre git.
À intégrer, donc.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4070Les valeurs de diversité sont parfois null2021-02-24T17:52:55+01:00Thonier FlorianLes valeurs de diversité sont parfois nullEn cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouv...En cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouvons pas ouvrir le log du sample.
```
TypeError: this.diversity[key][time] is null model.js:583:3
```
Je ne sais pas pourquoi la valeur ici est `null`. Il s'agit de capture, donc des valeurs avec très très peu de clones. On peut imaginer que les formules ne soient pas toutes adaptées, mais il n'y a pas d'erreur sur les autres samples qui ont les mêmes critères.
2 points à corriger:
* rendre le client résilient à des valeurs `null`
* comprendre pourquoi avoir une valeur nullhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4578Warnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur d...2021-02-23T10:33:35+01:00Thonier FlorianWarnings, avoir un nouveau warning si un clone a plusieurs productivité sur différents samplesEn lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais...En lien avec #4566. Nous avons d'autre cas pour lequel c'est la productivité qui varie.
D'une manière générale, quels sont les champs pour lesquels nous devons lever une alerte ? Quel niveau ? Pour l'instant j'ai mis `warn/jaune`, mais il faudrait possiblement mettre un niveau plus élevé pour le faire ressortir (en attendant une meilleur gestion du bruit des warnings).
De plus, comment faire ressortir que c'est le sample 3 qui présente la divergence sur les XXX présent ? E tque c'est les samples 3 et 5 sur les YYY présent ?
Il faudrait faire des fusions des warning pour permettre d'extraire l'information et la fusionner au besoin au sein d'une seule entrée plus lisible.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4632Analyse avec MiXCR ne fonctionne pas avec les distributions2021-02-23T10:10:25+01:00Thonier FlorianAnalyse avec MiXCR ne fonctionne pas avec les distributionsSur le serveur de test, les analyses avec la config mixcr ne s'ouvre pas.
Cela est provoqué par la fonction `loadAllDistribClones` qui échoue sur une variable qui peut être non définie.
Les clones mixcr n'ont pas de valeur `lenSeqAvera...Sur le serveur de test, les analyses avec la config mixcr ne s'ouvre pas.
Cela est provoqué par la fonction `loadAllDistribClones` qui échoue sur une variable qui peut être non définie.
Les clones mixcr n'ont pas de valeur `lenSeqAverage`.
Il y aurait possiblement besoin d'un hotfix.
Dans le pire des cas, en attendant nous pouvons retirer sur le serveur les distributions du fuse lors des configuration mixcr.
Ps: Prévenir l'utilisateur 66.2021-01-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4692-u/-U + --gz : sortir des fichiers .fa.gz2021-02-17T20:18:08+01:00Mathieu Giraud-u/-U + --gz : sortir des fichiers .fa.gzVenant d'une remarque de @flothoni (vdj#1200)
> met-on les options pour la compression ?
Pour l'instant `--gz` n'a pas d'impact sur `-u` /`-U`.
Pour `--filter-reads`, ce n'est pas critique dans les cas où l'on a "que" quelques centaine...Venant d'une remarque de @flothoni (vdj#1200)
> met-on les options pour la compression ?
Pour l'instant `--gz` n'a pas d'impact sur `-u` /`-U`.
Pour `--filter-reads`, ce n'est pas critique dans les cas où l'on a "que" quelques centaines/milliers de reads. Mais en général cela pourrait être intéressant.Web 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraud