vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:42:49+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1977maintenir le « color by » en changeant de patient2016-11-29T14:42:49+01:00Vidjil Teammaintenir le « color by » en changeant de patientdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
***
06b78fb
***
@mikael-sdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
***
06b78fb
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1984Le -c segment devrait sortir un .vidjil2016-11-29T14:42:53+01:00Vidjil TeamLe -c segment devrait sortir un .vidjilSouhait de Mikaël, en particulier pour que app.vidjil.org/vidjil/segmenter puisse embarquer un segment.js
***
ffebf9a
***
@magiraud @mikael-s @DuezSouhait de Mikaël, en particulier pour que app.vidjil.org/vidjil/segmenter puisse embarquer un segment.js
***
ffebf9a
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1991Release 2016.092016-11-29T14:42:58+01:00Vidjil TeamRelease 2016.09- la première release avec aho (pour l'instant silencieux ou pas ?)
- max_similarity 20
- pb de représentative : à voir sérieusement, hotfix et autres
À faire au pire avant EC-NGS, donc jeudi prochain
De plus, cela fait *très* longte...- la première release avec aho (pour l'instant silencieux ou pas ?)
- max_similarity 20
- pb de représentative : à voir sérieusement, hotfix et autres
À faire au pire avant EC-NGS, donc jeudi prochain
De plus, cela fait *très* longtemps qu'on a pas communiqué/spammé tous les utilisateurs (pas fait cet été, finalement).
***
- aho : n'a pas été mergé complètement. Un merge maintenant fait pas mal de conflits
***
aho : désolé, c'est moi qui juste après 2016.08 n'a pas fait de pull incluant ton dernier boulot.
-> branche sans-aho, rebasée sur 2016.08 en enlevant juste le merge loupé.
et... aho se merge quasi-parfaitement dessus !
Proposition : on travaille sur sans-aho, on release 2016.09, puis on merge proprement aho.
***
(on pourrait même merger directement aho sur sans-aho... mais cela risque de rajouter des choses à controller pour la release de jeudi prochain ou d'avant, à voir)
***
Ok.
Il faut aussi intégrer/modifier/améliorer hotfix_evalue_incomplete_germline
***
sans-aho : Il y a 0cb9a9f, 9bac43b et 4fc1c8c qui ont un lien avec Aho. Je les avais mis dans dev, car après le merge. Cela casse les tests, qu'en fait-on ?
***
Rebasé à l'instant sans-aho en enlevant ces trois commits + poussé les trois commits sur aho.
***
+ fait la même opération pour les deux commits "chimera.should-get: We segment again on IGL by chance" et "chimera.should-get: We expect just one sequence to be ambiguous"
(à chaque fois je fais rebase -i master)
***
Il ne manque plus que
- DDJ ?
- improve_representative_sans-aho (si cela passe) ?
***
-improve-representative_sans-aho passe
- DDJ argh… je savais bien que j'avais un autre truc, ça doit être bon je vérifie.
***
Chez moi sans-aho (synchro avec origin/sans-aho, pas de modifs en plus) ne passe pas avec les shouldvdj (170 tests échoués au lieu de 168…). Je fais comment pour trouver le coupable ? ;)
***
1) Tu passes EXPECTED à 85 pour que les tests passent
2) Tu fais un "make snapshot_diff", et tu regardes en particulier le début (out/should-vdj.log)
***
Non, il y a beaucoup mieux maintenant :
Sans rien toucher, faire "make snapshot_diff_current", cela fait un shapshot du truc en cours (pas forcément réussi, donc) puis un diff avec le dernier snapshot réussi
***
Il ne reste donc que DDJ :-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1999Jenkins et SHOULD_*_EXPECTED_FAILS2016-11-29T14:43:03+01:00Vidjil TeamJenkins et SHOULD_*_EXPECTED_FAILSDéjà évoqué ensemble (je n'arrive pas à retrouver de tâche), les (actuellement) 176 failed tests n'aident pas Jenkins à s'y retrouver.
Essai pas propre : 3378b6f (make mark_failed_tests_as_todo). Mais ne fonctionne pas, Jenkins lit au f...Déjà évoqué ensemble (je n'arrive pas à retrouver de tâche), les (actuellement) 176 failed tests n'aident pas Jenkins à s'y retrouver.
Essai pas propre : 3378b6f (make mark_failed_tests_as_todo). Mais ne fonctionne pas, Jenkins lit au fur et à mesure les .tap...
En attendant de trouver mieux, j'ai décoché la case "Failed tests mark build as failure" de coverage et coverage (all slaves)
***
C'est normal que ça ne fonctionne pas : ce n'est pas la règle tests qui est lancée par Jenkins.
***
J'ai ajouté une règle
make -C algo/tests mark_failed_tests_as_todo
dans la configuration du job Vidjil-coverage. Ça passe maintenant.
***
Yeah, merci !
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2004igBlast ne fonctionne plus2016-11-29T14:43:07+01:00Vidjil TeamigBlast ne fonctionne plusAucun souci pour moi, sur ma machine ou sur rbx. Plus d'info ?
Pour info j'ai poussé hier une modif qui met IgBlast en HTTPS (car le NCBI passe en HTTPS). Serait-ce lié ?
***
Curieux. Hier cela m'était arrivé sous Safari. Ré-essayé à l'i...Aucun souci pour moi, sur ma machine ou sur rbx. Plus d'info ?
Pour info j'ai poussé hier une modif qui met IgBlast en HTTPS (car le NCBI passe en HTTPS). Serait-ce lié ?
***
Curieux. Hier cela m'était arrivé sous Safari. Ré-essayé à l'instant, sur rbx et depuis Firefox sans cache, et même error. Screenshot joint. Par contre, cela fonctionne sans soucis si je vais sur la page d'IgBlast et que je soumets des séquences.
Est-ce depuis l'université de Thessalonique serait blacklistée d'une certaine manière ? Ou est-ce ma machine qui est curieuse en ce moment ?
***
Tu sembles en HTTP, et donc ce que j'ai poussé hier soir (uniquement sur dev pour l'instant) devrait corriger ton problème (c'était un des tests fonctionnels cassés, d'ailleurs). Essaie avec le browser en local. Comme c'est une modif dans un fichier JS il faut éventuellement rafraichir ton cache.
En allant sur la page d'IgBlast la redirection vers HTTPS se fait bien (je ne sais pas pourquoi elle ne se fait pas avec la requête POST).
***
Oui, c'est cela, cela fonctionne ! Au temps pour moi, je n'avais pas vu ce coup d'HTTPS.
***
@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2008Redirection de / vers /browser en HTTPS2016-11-29T14:43:09+01:00Vidjil TeamRedirection de / vers /browser en HTTPSEn allant sur https://dev.vidjil.org je ne suis pas redirigé vers le /browser, il faut le rentrer à la main dans l'URL.
***
@RyanHerbEn allant sur https://dev.vidjil.org je ne suis pas redirigé vers le /browser, il faut le rentrer à la main dans l'URL.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2009CSS/JS manquant pour l'admin de dev.vidjil.org2016-11-29T14:43:10+01:00Vidjil TeamCSS/JS manquant pour l'admin de dev.vidjil.orgL'interface d'admin Web2py ne trouve pas ses CSS et JS : https://dev.vidjil.org/admin/default/site
Est-ce lié au HTTPS ? Si c'est spécifique à rbx (la machine), pas de souci. On va passer dev sur vda de toute façon.
***
Oui c'est le pass...L'interface d'admin Web2py ne trouve pas ses CSS et JS : https://dev.vidjil.org/admin/default/site
Est-ce lié au HTTPS ? Si c'est spécifique à rbx (la machine), pas de souci. On va passer dev sur vda de toute façon.
***
Oui c'est le passage au https qui a cassé le css de l'interface admin
***
Et c'est réparé
***
Merci :)
Pour l'historique, quel était le problème ?
***
la règle 'static' de http que j'ai migrée en https. En fait les css de admin passaient déjà en https et le nouveau routage introduisait une erreur
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2014Le merge semble ne pas fonctionner2016-11-29T14:43:14+01:00Vidjil TeamLe merge semble ne pas fonctionnerEn réalité il fonctionne, mais les bulles ne disparaissent pas et la liste affiche un – alors que le clone est « replié », ce qui donne l'impression que le merge ne fonctionne pas.
***
75e01801 c'était pour réparer les tests fonctionnels...En réalité il fonctionne, mais les bulles ne disparaissent pas et la liste affiche un – alors que le clone est « replié », ce qui donne l'impression que le merge ne fonctionne pas.
***
75e01801 c'était pour réparer les tests fonctionnels.
***
Oui mais ça ne le corrige pas dans le bon sens ;) Le clic sur le bouton merge ne provoque pas une « fusion » des bulles, ce qui est un peu contre-intuitif.
***
Le commit mentionné était à l'origine du problème, je l'ai revert, donc le merge fonctionne à nouveau, mais le test qui était réparé par le commit est de nouveau en erreur.
***
merci, super !
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
***
2998886
***
@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
***
2998886
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2025Les smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survole2016-11-29T14:43:23+01:00Vidjil TeamLes smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survoleSuite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
***
Je précise qu'ils restent bien présents physique...Suite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
***
Je précise qu'ils restent bien présents physiquement dans la liste, mais sont alors en display: none
***
Merci pour ta vigilance.
6c623048
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2029"Color by tag" ne fonctionne pas après un autre "Color by" dans la liste des ...2016-11-29T14:43:25+01:00Vidjil Team"Color by tag" ne fonctionne pas après un autre "Color by" dans la liste des cloneshttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=25
-> Color by J (ou by locus, encore mieux- -> Color by tag
On ne peut pas revenir au color by tag.
***
Pas de problème chez moi, ou je n'ai pas compris le problème.
***
J'avais mal p...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=25
-> Color by J (ou by locus, encore mieux- -> Color by tag
On ne peut pas revenir au color by tag.
***
Pas de problème chez moi, ou je n'ai pas compris le problème.
***
J'avais mal précisé : cela fonctionne bien dans le scatterplot, mais pas dans la liste des clones.
***
Ah oui. Pour préciser : la couleur par tags est bien remise mais l'ancienne couleur (par J ou locus ou …) est conservée. On a donc un mélange de deux colorations.
***
>9a3f5e59949007
getColor() renvoyait un undefined quand aucune couleur n'était défini, étrangement on ne peut pas overwrite une valeur css avec undefined.
***
Super, merci Marc !
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1527Coding practice: que met-on dans le contrôleur ?2016-11-30T20:36:26+01:00Vidjil TeamCoding practice: que met-on dans le contrôleur ?Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même...Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même ? En gros avoir des fonctions indépendantes de request.vars qui pourraient être utilisées indépendamment de requêtes POST/GET (par exemple dans les scripts).
***
“Put stuff in models if:
Have something to do with accessing db data or helpers for visualizing db data
They consist of a one single file with no dependences
The code only makes sense inside a web2py app and I would not be reusing it outside web2py
[…]
Put stuff in modules if:
The do not require access to request, response, cache, session and thus can be used with ot without web2py .
They consist of multiple files
I need them only in some (but not all) controller functions.”
https://web2py.wordpress.com/2010/04/27/web2py-zen/
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/916Bit-parallelism everywhere in the heuristics2016-11-30T20:37:20+01:00Vidjil TeamBit-parallelism everywhere in the heuristicshahaha
***
@nobodyhahaha
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1936Véracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)2016-12-06T10:22:13+01:00Vidjil TeamVéracité des causes de non segmentation (et implications du -t ou -2)Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et ...Les causes de non segmentation varient grandement en fonction des paramètres utilisés, ce qui induit en erreur.
Par exemple sur des données de LLC, ajouter un -t 0 (par défaut -t 100), conduit à considérer le V dans toute sa longueur et donc le UNSEG too few V/J passe de ~10^5 à ~10^3, les séquences passant en fait en « UNSEG only V/5' ». Cela amène d'ailleurs à se poser la question de la pertinence de -t 100 : il y a des séquences qui contiennent vraiment du V mais dont on pense qu'elles n'en ont pas à cause du -t 100.
Par ailleurs sur ces mêmes données, utiliser un -2 fait passer une très grosse partie des séquences de « UNSEG only V/5' » à « UNSEG only J/3' » pour une raison que je n'explique pas.
Les données en question : patient 1803 et 1806 (Lille).
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1704"in frame only", CDR32016-12-06T10:24:55+01:00Vidjil Team"in frame only", CDR3
***
@magiraud
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1545Résultat bizarre sur R1/R22016-12-08T11:36:57+01:00Vidjil TeamRésultat bizarre sur R1/R2Plein d'utilisateurs font du PE → comment les fusionner ? Et avant de savoir comment on fait : le fait-on ?
***
Pour mémoire, mail de Thomas (04/12/2014) :
I think that assembling the paired ends is not so dangerous since Illumina sequen...Plein d'utilisateurs font du PE → comment les fusionner ? Et avant de savoir comment on fait : le fait-on ?
***
Pour mémoire, mail de Thomas (04/12/2014) :
I think that assembling the paired ends is not so dangerous since Illumina sequencing is quite accurate and PEAR (the program I used: http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/doc.html) is conservative and should even correct for decreasing base quality reads in Illumina seq.
***
1) on pourrait avoir cette compétence, par exemple comprendre PEAR et voir s'il a des options potables, pour pouvoir nous-même nous en servir si besoin et/ou conseiller nos utilisateurs
2) par contre, savoir si on met cela dans Vidjil... cela risque de ne pas être facile, intégration à trouver avec le serveur bof bof.
***
PEAR: de toute manière on ne peut pas l'intégrer, licence restrictive
***
On a donc eu des questions à ce sujet de Alice, Thomas, Florian, et Manuel.
***
PEAR: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/5/614.long
http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/pear/
Cela a l'air solide et efficace.
***
pRESTO : http://clip.med.yale.edu/presto/
... que du pre-processing, dont un assemblage
La license est un chouia mieux que celle de PEAR (ici, c'est du CC Legal Code Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0), mais ce n'est pas l'idéal non plus (pas si libre...)
***
Même question de Marie.
***
C'est peut-être la question qui revient le plus souvent de nos utilisateurs... il faudra faire quelque chose, au moins conseiller des options.
***
Filip nous a envoyé des trucs sur pRESTO, à regarder
***
presto : licence CC NC-BY
***
Re-évoqué ce soir (Frédéric). Il faudrait planifier cela dans les prochains mois.
***
À discuter tranquillement après le workshop
***
Marc: "vendredi soir, c'est fait" ;-)
***
Simona (Monza) comme Myriam (Paris) veulent être mises au courant quand c'est bon.
***
- prod-server + prod-browser mis sur dev
- runs et pre-process mis en beta-mode, visible sur http://app.vidjil.org/beta
***
Envoyé à Bruxelles
***
Envoyé aussi à Davi/Myriam et à Simona.
***
La Pitié a essayé (patients 2262 à 2265 entre autres). On a des reads de plus de 350bp en IGH :)
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7639&config=26 et choisir « Clone average read length » pour x et mettre l'histogramme
***
Nos utilisatrices sont formidables. Jona a uploadé R1 et R2 séparément et a également testé le merge de R1 et R2 (en conservant R2). Résultat ici en IGH : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2339&config=2 ou ici en IGH + TRG : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=2339&config=32
Petit hic : en IGH il y a moins de reads analysés pour les reads mergés que sur les reads R2. Je ne comprends pas comment cela est possible. Une idée ?
***
Jona a remis des fichiers de ce genre, en testant toutes les combinaisons possibles. Pas de différence en nombre de reads (en prenant en compte les reads discardés par Pear) : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=16208&config=30
Les autres données ne sont plus accessibles. Considérons le problème résolu.
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2050Faire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `m...2016-12-08T18:05:42+01:00Ghost UserFaire une erreur propre lorsqu'on utilise un client frais, sans avoir fait `make germline`080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans ...080eb55e
en local quand j'essaie de charger un fichier .vidjil a l'aide de l'interface import/export -> import data(.vidjil) je n'ai pas de pop up qui apparait. La console produit une erreur : " ReferenceError: m is not defined " dans menu.js ligne 85 . Il semble qu'il y ait un probleme de définition de la variable m de l'objet model.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1403Griser "save" quand on fait "compare patients"2016-12-13T16:01:13+01:00Vidjil TeamGriser "save" quand on fait "compare patients"Cela me tente très fort d'appuyer...
***
j'ai essayé : rien, une erreur. Il faudrait juste le griser dans ce cas.
***
@RyanHerbCela me tente très fort d'appuyer...
***
j'ai essayé : rien, une erreur. Il faudrait juste le griser dans ce cas.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2010Erreur lors de l'annulation d'upload2016-12-13T17:46:24+01:00Vidjil TeamErreur lors de l'annulation d'uploadLorsque j'annule un upload en cours sur dev, j'ai l'erreur suivante dans la console :
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upload canceled - " + this.queue[id].filename)
Et l'upload n'est pas annulé.
***
@RyanHerbLorsque j'annule un upload en cours sur dev, j'ai l'erreur suivante dans la console :
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upload canceled - " + this.queue[id].filename)
Et l'upload n'est pas annulé.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2052Annulation impossible de l'upload2016-12-13T17:46:24+01:00Mikaël SalsonAnnulation impossible de l'uploadLorsque je clique sur le bouton cancel pour annuler un upload celui-ci se poursuit malgré tout et il y a une erreur Javascript (probableemnt responsable de la non annulation) :
```
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upl...Lorsque je clique sur le bouton cancel pour annuler un upload celui-ci se poursuit malgré tout et il y a une erreur Javascript (probableemnt responsable de la non annulation) :
```
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upload canceled - " + this.queue[id].filename)
```
L'erreur est dans le fichier (database.js)[browser/js/database.js].
@magiraud @RyanHerb