vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-10T09:41:29+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4404Pouvoir donner des dates relatives entre timepoint2020-07-10T09:41:29+02:00Thonier FlorianPouvoir donner des dates relatives entre timepointJ'ai voulu manipuler des données de publications. Je n'ai pas les dates exactes d’échantillonnage, mais juste les dates relatives entre les samples (T0; t0+7j; ...)
Pour le moment nous n'avons pas moyen d'indiquer de tel informations. J...J'ai voulu manipuler des données de publications. Je n'ai pas les dates exactes d’échantillonnage, mais juste les dates relatives entre les samples (T0; t0+7j; ...)
Pour le moment nous n'avons pas moyen d'indiquer de tel informations. J'ai donc mis des dates fictives en commençant t0 au 1er janvier 2000, et essayer de calculer les autres dates en fonction de ce repère.
Je ne sais pas comment faire pour rentrer cette information. Un format spécial, un nouveau champ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4403ajouter des traitements dans la base de données2020-07-10T09:31:38+02:00Thonier Florianajouter des traitements dans la base de donnéesJe suis en train de regarder des données de vaccination. J'aurais aimé voir les indications sur la timeline des différents points de traitement pour mieux intégrer l'effet sur ce que l'on voit.Je suis en train de regarder des données de vaccination. J'aurais aimé voir les indications sur la timeline des différents points de traitement pour mieux intégrer l'effet sur ce que l'on voit.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4402Pouvoir modifier les samples en lot2020-07-10T09:29:33+02:00Thonier FlorianPouvoir modifier les samples en lotJ'ai chargé les données d'une publication contenant 7 samples.
Après lecture de la publication, j'ai décidé de rajouter des informations qui n'étaient pas présentes dans la description des données. Malheureusement, j'ai du ouvrir un pa...J'ai chargé les données d'une publication contenant 7 samples.
Après lecture de la publication, j'ai décidé de rajouter des informations qui n'étaient pas présentes dans la description des données. Malheureusement, j'ai du ouvrir un par un les samples pour ajouter cette information. Une version ou l'on pourrait mettre à jour un ensemble de sample aurait été plus rapide.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4400Cacher les clones de distribution dans un "compare two samples"2020-07-27T10:40:38+02:00Mathieu GiraudCacher les clones de distribution dans un "compare two samples"Le preset "compare two samples" permet de mettre en valeur des clones communs à la fois dans l'échantillon A et l'échantillon B,
Il semble que les clones de distribution apparaissent, mais donnent une image faussée de la comparaison: le...Le preset "compare two samples" permet de mettre en valeur des clones communs à la fois dans l'échantillon A et l'échantillon B,
Il semble que les clones de distribution apparaissent, mais donnent une image faussée de la comparaison: les clones communs sont alors juste ceux qui ont la même longueur... c'est trompeur.
#4375 est une possibilité, mais les cacher par défaut dans ce mode ?
Y a-t-il d'autres plots où ces clones pourraient être trompeurs ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4399cluster by size2020-07-09T13:35:33+02:00Mathieu Giraudcluster by sizeEn particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1...En particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1%, 1%[`, `[0.01%, 0.1%[`, ... ? Ceux au-dessus de 1%, il y en a peu, on pourrait les laisser seuls.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4393Procedure pour transferer les patients d'un groupe à un autre2020-07-01T13:33:22+02:00Thonier FlorianProcedure pour transferer les patients d'un groupe à un autreJ'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques test...J'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques tests avant de décrire la procédure dans la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4392Sample apparaissant en double dans la vue database2020-07-01T11:32:05+02:00Thonier FlorianSample apparaissant en double dans la vue databaseJ'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (...J'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (`default` par exemple), je me retrouve alors avec une seule occurrence de chaque sample.
Le nombre de fois ou un sample est visible n'est pas constant non plus. Certain apparaissent 2 fois, d'autre 3 et enfin un 4fois.
![Screenshot_20200701_105823](/uploads/db698ee347b8f5b24b250f263471905f/Screenshot_20200701_105823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4391Effet nul du changement de permission sur un patient2020-07-01T11:22:58+02:00Thonier FlorianEffet nul du changement de permission sur un patientJ'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lect...J'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lecture). La procédure c'est bien passé, j'ai eu le bon retour du serveur (`access 'access' granted to GROUP`). Cependant, lorsque j'ouvre en impersonate d'un autre membre de ce groupe, je ne peux pas voir ce patient.
Au passage, dans la colonne groups de la page patient, je vois bien maintenant ce groupe apparaître (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174#note_358690).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4390MySQL error: Access denied for user root@localhost2020-07-01T16:34:59+02:00Mikaël SalsonMySQL error: Access denied for user root@localhostErreur notée par @Nordine-Feddal sur le conteneur MySQL. Revient toutes les 30 secondes. Ce n'est pas bloquant, mais c'est juste intriguant. Qu'est-ce qui essaie de se connecter toutes les 30 secondes à la base de données ?
On a stoppé ...Erreur notée par @Nordine-Feddal sur le conteneur MySQL. Revient toutes les 30 secondes. Ce n'est pas bloquant, mais c'est juste intriguant. Qu'est-ce qui essaie de se connecter toutes les 30 secondes à la base de données ?
On a stoppé le conteneur `workers` et les tentatives de connexion se sont poursuivies.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4383Avoir une vue sur les classifications2020-06-25T20:33:35+02:00Mathieu GiraudAvoir une vue sur les classificationsQui montre les classifications, le nombre de configs dedans ?Qui montre les classifications, le nombre de configs dedans ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4382Ajout de configurations "par locus"2020-06-26T15:18:48+02:00Thonier FlorianAjout de configurations "par locus"Dites moi, la config IGH ne sort pas les IGH+ ?
J'ai quelqu'un qui souhaite voir ses IGH+, mais comme ils sont mineurs dans le fichier, en multi ca ne les ressort pas.
Il faudrait ajouter une nouvelle configuration dédiée. MAis tant q...Dites moi, la config IGH ne sort pas les IGH+ ?
J'ai quelqu'un qui souhaite voir ses IGH+, mais comme ils sont mineurs dans le fichier, en multi ca ne les ressort pas.
Il faudrait ajouter une nouvelle configuration dédiée. MAis tant qu'à faire, on pourrait imaginer une classification `splitted locus` ou quelque chose de ce genre là ? On y deplacerait la config IGH simple ?
Je crée la config (sur la base de multi), vous me confirmer avant de la mettre en accès à cet utilisateur (ou à tous).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4380Ameliorer le chargement de données par network2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianAmeliorer le chargement de données par networkJe viens de tester sur une serveur le chargement de données depuis un run disponible sur le network.
Voici quelques pistes en vrac d'amélioration:
* pouvoir ajouter directement un dossier et non pas avoir à faire chaque sous fichier à ...Je viens de tester sur une serveur le chargement de données depuis un run disponible sur le network.
Voici quelques pistes en vrac d'amélioration:
* pouvoir ajouter directement un dossier et non pas avoir à faire chaque sous fichier à la main
* pouvoir valider par entrée la sélection et ne pas avoir à bouger la souris à chaque fois sur le bouton `ok`
* Pouvoir valider un choix de fichier en double cliquant (en plus du entrée/ok)
* Pouvoir voir directement le nombre de fichiers présent dans le dossier, pour s'assurer à la fin que l'on n'en a pas oublié un en cours de route (là il y en avait près de 30. Il a fallu créer à la main les entrées par le clique sur le bouton `add sample` le bon nombre de fois pour ne pas provoquer l'erreur de #3972
* élargir la taille de la div `tree`
* élargir les div affichant les noms de dossiers/fichiers qui sont limité à peu de caractère et ne permette pas de le lire en entier (on a quand même la balise `title` qui permet de rattraper le coup)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4378Avoir un déploiement automatique de dev2020-06-25T20:35:54+02:00Mathieu GiraudAvoir un déploiement automatique de dev
Parfois certaines MR sont faites si rapidement (!742 ;-)) qu'on peut ne pas avoir eu le temps de passer sur l'environnement de review. Et même pour des MR qui prennent leur temps, cela m'arrive assez fréquemment, après merge, de re-pous...
Parfois certaines MR sont faites si rapidement (!742 ;-)) qu'on peut ne pas avoir eu le temps de passer sur l'environnement de review. Et même pour des MR qui prennent leur temps, cela m'arrive assez fréquemment, après merge, de re-pousser `feature-c/dev` uniquement pour avoir accès à l'envrionnement de review (ou de faire un pull chez moi, bien sûr).
Bref, serait-il pertinent d'avoir un déploiement complètement automatique de `dev` quelque part, qu'on ne touche pas (`vdd` joue un autre rôle) ? Il pourrait d'ailleurs être complet, serveur, client, et algo. Environnement de review ou pas, je ne sais pas quelle est la meilleure solution.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4377Focus des clones : les clones supérieurs au top sont également focus2020-06-25T17:04:58+02:00Mikaël SalsonFocus des clones : les clones supérieurs au top sont également focushttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas...http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas logique : on a focus sur les clones visibles uniquement, il n'y a pas de raison que d'autres clones apparaissent quand on augmente le top.
Ce bug gêne pour avoir une bonne adaptation de l'axe des X en fonction des clones sélectionnés (cf. #4376).
Il faudra ajouter des tests pour vérifier que le comportement est correct.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4373Prendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?2020-06-23T10:58:15+02:00Mathieu GiraudPrendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi m...
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi mettre un ~"client-warning".
Sur la position des gènes, voir aussi #3192 #4180https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4372self.user non défini alors que l'utilisateur est loggé2020-06-23T11:03:26+02:00Mikaël Salsonself.user non défini alors que l'utilisateur est loggéOn a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](ht...On a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/131.254.15.191.2020-06-23.10-21-33.239d60b6-68f2-42f5-b398-9e0f6ed1fa15) montre que `self.user` vaut `None`, ce qui est étonnant puisqu'il est bien loggé.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 182, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/cache.py", line 645, in wrapped_f
rtn = func()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 120, in download
if auth.can_view_sample_set(sample_set_id) and not '..' in request.vars['filename']:
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 466, in can_view_sample_set
perm = self.get_permission(PermissionEnum.read.value, 'sample_set', sample_set_id, user)\
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 180, in get_permission
perm_groups = self.get_permission_groups(action, user)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 118, in get_permission_groups
user = self.user.id
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'id'
```marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4371Pouvoir figer ou versionner les configs pour qualification2021-02-24T16:54:53+01:00Mathieu GiraudPouvoir figer ou versionner les configs pour qualificationQuelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est un...Quelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est une action manuelle, par les ~"server-admin", de figer une config. Une config figée est... figée, elle ne peut plus être modifiée dans l'interface. On pourrait toujours la dupliquer pour modifier quelque chose. Une config figée apparaît avec par exemple avec un "*" dans la liste.
Une config figée ne peut pas se supprimer dans l'interface, mais elle peut se désactiver: elle n'apparaît plus dans la liste des configs, ou en tout cas pas dans la liste principale. Concrètement, cela peut juste vouloir changer la *classification* de la config, qui elle n'est pas figée. (Et permettre d'accéder à des résultats de config, même si on ne peut plus relancer, avoir un booléen "désactivé" sur une classification, ou sur une config ?)
Peut-être peut-on tout de même renommer la config (genre "Human default (2019.05)" pour suivre les anciennes versions ?)
Autre solution évoquée: *versionner* les ~"server-config": ajouter un champ "date", un champ "previous_id", et, à chaque modification, ne pas écraser mais dupliquer. Aussi possible (génère un peu plus d'entrées quand on fait des tests)... mais ne me semble pas aussi fort que de figer (et l'usager ne se rend pas compte si on modifie quelque chose sans le prévenir).
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4369Ouvrir un clone si on effectue un double click dans les graph et scatterplot;2021-11-22T14:35:37+01:00Thonier FlorianOuvrir un clone si on effectue un double click dans les graph et scatterplot;De nombreuses fois, je double click sur des clones séléctionné dans les vues graph. Pourtant ça ne mène à rien. Je ne sais pas si je suis le seul, mais je susi souvent frustré que ça n'affiche pas la fenêtre d'information d'un clone...De nombreuses fois, je double click sur des clones séléctionné dans les vues graph. Pourtant ça ne mène à rien. Je ne sais pas si je suis le seul, mais je susi souvent frustré que ça n'affiche pas la fenêtre d'information d'un clone...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4368Vidjil-algo; rendre le path du germline optionel2021-02-18T23:02:54+01:00Thonier FlorianVidjil-algo; rendre le path du germline optionelLorsque je lance des scripts en local, j'ai toujours besoin d'ajouté le path vers les germlines et le fichier `.g` aussi.
Serait-il envisageable de le rendre accessoire et qu'il aille le chercher par defaut à l'endroit où se situe l'alg...Lorsque je lance des scripts en local, j'ai toujours besoin d'ajouté le path vers les germlines et le fichier `.g` aussi.
Serait-il envisageable de le rendre accessoire et qu'il aille le chercher par defaut à l'endroit où se situe l'algo, avec `homo-sapiens.g` aussi par defaut ?
PS: C'est un minuscule point de détail.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4367Ouvrir un seul sample; lien dans le menu pour revenir aux sets parents2020-06-23T10:41:23+02:00Thonier FlorianOuvrir un seul sample; lien dans le menu pour revenir aux sets parentsEn mix avec #2728 et #2442: Serait-il envisageable d'avoir dans le menu de l'analyse (celui qui s'affiche sous le nom du patient une fois une analyse ouverte) les liens menant aux sets le comprenant.
Pour l'instant, la meilleur solutio...En mix avec #2728 et #2442: Serait-il envisageable d'avoir dans le menu de l'analyse (celui qui s'affiche sous le nom du patient une fois une analyse ouverte) les liens menant aux sets le comprenant.
Pour l'instant, la meilleur solution que nous proposons pour #2442 est de faire un compare sample avec un seul sample. @anne nous faisait la remarque que dans ce cas, nous ne pouvons retourner au set parent, et que pire, elle perdait aussi les informations sur le patients. Si nous mettons des liens à cet endroit, on simplifierait la démarche pour remonter à son/ses sets tout en permettant d'améliorer une peu l'identitovigilance.
Cela n'empêche pas aussi de corriger ce qui est affiché dans ce menu dans le cas d'un compare samples, avec un ou plusieurs samples. Si il n'y a qu'un seul sample, l'emplacement me semble idéal. Si il y en a plusieurs je n'en suis pas aussi certain. des lignes de plus dans le log me semble plus approprié par exemple.