vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-20T17:02:55+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2340Des url mal formées génèrent des erreurs serveur2022-06-20T17:02:55+02:00Mathieu GiraudDes url mal formées génèrent des erreurs serveurhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2225chargement de load analysis à chaque rechargement du model2022-06-20T16:51:39+02:00Ghost Userchargement de load analysis à chaque rechargement du modelissue liée aux issues #2222 #2223 Dans le model_loader dès que le model est chargé a l'aide de loadDataUrl loadDataAnalysis est appelé meme en l'absence de fichier .analysis .
le test :
`callback = typeof callback !== 'undefined' ? ...issue liée aux issues #2222 #2223 Dans le model_loader dès que le model est chargé a l'aide de loadDataUrl loadDataAnalysis est appelé meme en l'absence de fichier .analysis .
le test :
`callback = typeof callback !== 'undefined' ? callback : function(){self.loadAnalysisUrl(url)}`
ne semble pas fonctionner .https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2210format_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profo...2022-06-20T16:43:52+02:00Mathieu Giraudformat_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profondeurPour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-im...Pour des tests, j'ai eu plusieurs fois l'envie d'avoir un pretty-print de json intermédiaire entre le `-1` et le par défaut. Typiquement avoir la liste des clones, un par ligne.
Voir http://stackoverflow.com/questions/13249415/can-i-implement-custom-indentation-for-pretty-printing-in-python-s-json-module (mais la solution semble un peu trop complexe).
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1719Analyse en profondeur du comportement du DAL web2py2022-06-20T15:47:17+02:00Vidjil TeamAnalyse en profondeur du comportement du DAL web2pyL'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du D...L'idée est de pouvoir se rendre compte de tout ce qu'il se passe au niveau du DAL lorsqu'une requête est lancée. Il semble y avoir des requêtes qui sont parfois lentes alors nous aimerions savoir si il s'agit d'un problème au niveau du DAL ou non.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/906Améliorer le style des courbes sélectionnées sur le graphe2022-06-20T15:35:48+02:00Vidjil TeamAméliorer le style des courbes sélectionnées sur le graphepointillé lors de la sélection: pas très classe. Augmenter l'épaisseur ? ou mettre un trait épais en blanc derrière ?
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@Duezpointillé lors de la sélection: pas très classe. Augmenter l'épaisseur ? ou mettre un trait épais en blanc derrière ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1695Identifiants des germlines dans germlines.js2022-06-20T15:30:34+02:00Vidjil TeamIdentifiants des germlines dans germlines.jsRemarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiq...Remarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiques.
Cela provient de `buildBrowserGermline.py` (et donc du nom des fichiers ?).
Ces identifiants ne sont pas propres, la seule référence devrait être les infos de `germline/homo-sapiens.g`
→ faudrait-il utiliser des clés TRG-5, TRG-3, IGK+-5, TRD-4 ?
→ ou même TRG / IGK+ en vrac ?
→ ou même... tout en vrac, dans une seule hashmap ? (A-t-on vraiment besoin des séquences séparées par germline ? La description des germlines est déjà faite par ailleurs)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2131Des workers meurent silencieusement2022-06-20T15:04:27+02:00Mikaël SalsonDes workers meurent silencieusementSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1842imseq2022-06-20T14:43:10+02:00Vidjil Teamimseq- est fourni avec TRA, TRB IGH, IGK, IGL (et donc pas TRG, TRD)
- on ne peut lancer qu'un locus à la fois
Rien d'urgent.
./imseq -r -ref Homo.Sapiens.IGH.fa -o output.tsv LIL-L3-0.fastq
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@nobody- est fourni avec TRA, TRB IGH, IGK, IGL (et donc pas TRG, TRD)
- on ne peut lancer qu'un locus à la fois
Rien d'urgent.
./imseq -r -ref Homo.Sapiens.IGH.fa -o output.tsv LIL-L3-0.fastq
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2017Lorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparé...2022-06-20T12:07:06+02:00Vidjil TeamLorsqu'on affiche les données d'un run, les courbes sont affichées (et séparées) par dateCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyCe n'est probablement pas pertinent pour un run (où plusieurs choses sans rapport peuvent être mélangées). Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=16349&config=25
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1950Trouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py2022-06-20T11:59:42+02:00Vidjil TeamTrouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (gr...(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (groupes de) workers à certaines tâches
2) ou 3) permettrait de lancer des choses annexes et rapides (type FineSegmenter ou compare patients ou ...) même si des gros Vidjil (ou autres) tournent
Enfin, penser tout cela dans le cadre d'un "noeud de calcul", possiblement indépendant du serveur web. Le serveur de calcul ne reçoit que des lignes de commande à exécuter et à accès aux fichiers nécessaires par un montage.
Rien d'urgent, à réfléchir posément dans les prochains mois.
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Task spooler: http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/ présente les fonctionnalités majeures que nous cherchons (tâches interdépendantes, changement d'ordre dans la file, etc), mais n'a pas d'API pour s'en servir en réseau.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1938"import analysis" s'il n'y a rien de chargé devrait être désactivé (ou erreur)2022-06-20T11:59:02+02:00Vidjil Team"import analysis" s'il n'y a rien de chargé devrait être désactivé (ou erreur)Pour l'instant, si on fait un "import analysis" qui ne fonctionne pas, on n'a pas vraiment de message d'erreur. Il faudrait désactiver l'entrée de menu quand un .vidjil n'est pas chargé et/ou mettre une erreur quelque part si le .analysi...Pour l'instant, si on fait un "import analysis" qui ne fonctionne pas, on n'a pas vraiment de message d'erreur. Il faudrait désactiver l'entrée de menu quand un .vidjil n'est pas chargé et/ou mettre une erreur quelque part si le .analysis ne correspond pas au .vidjil.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1850"upload list" : mettre "uploading icon-spin4" tant qu'il y a des uploads en c...2022-06-20T11:55:05+02:00Vidjil Team"upload list" : mettre "uploading icon-spin4" tant qu'il y a des uploads en cours
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@RyanHerb @Duez
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1809Ne pas afficher "smaller clones" quand il n'y en a pas2022-06-20T11:51:20+02:00Vidjil TeamNe pas afficher "smaller clones" quand il n'y en a pasLes smaller clones peuvent être gênants quand ils sont tous à zéro. Cas extrême : voir le nouveau jeu de Démo X5.
(Mais attention, c'est dynamique, cela peut changer en fonction du slider top.)
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Comme les 'smaller clones' ont réappa...Les smaller clones peuvent être gênants quand ils sont tous à zéro. Cas extrême : voir le nouveau jeu de Démo X5.
(Mais attention, c'est dynamique, cela peut changer en fonction du slider top.)
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Comme les 'smaller clones' ont réapparu, ping ici
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1782Indice/index de clonalité, diversité, options et clustérisation2022-06-20T11:49:02+02:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité, diversité, options et clustérisation> The diversity measures are computed before taking into account the '-r', '-y' and '-z' options
> and before any further clusterisation.
Pour les options, cela m'a l'air souhaitable.
Mais pour la clustérisation, à voir. Le problème est...> The diversity measures are computed before taking into account the '-r', '-y' and '-z' options
> and before any further clusterisation.
Pour les options, cela m'a l'air souhaitable.
Mais pour la clustérisation, à voir. Le problème est que keepInterstingWindows() a été appelé entre temps, bref ce n'est plus possible d'avoir les calculs exacts. Et justement, avec ces mesures on est intéressé par les petits clones.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1762retrieve and display in a drop-list all .analysis who share at least one samp...2022-06-20T11:41:25+02:00Vidjil Teamretrieve and display in a drop-list all .analysis who share at least one sample with the currently diplayed sample_set
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1710Envoyer des séquences à Arrest : plus joli2022-06-20T11:31:36+02:00Vidjil TeamEnvoyer des séquences à Arrest : plus joliFaire ce qu'il faut en AJAX pour que crossDomain.js : sendtoArrest mette le résultat dans une page avec un <pre>, et potentiellement d'autres choses.
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@nobodyFaire ce qu'il faut en AJAX pour que crossDomain.js : sendtoArrest mette le résultat dans une page avec un <pre>, et potentiellement d'autres choses.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/17080914-pap-IGH+.should-vdj.fa2022-06-20T11:29:49+02:00Vidjil Team0914-pap-IGH+.should-vdj.fadonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-sdonne maintenant bien deux fois la même chose, mais TODO, légèrement différent de ce qui est indiqué
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1608python, import et modules2022-06-20T11:10:58+02:00Vidjil Teampython, import et modulesDernier mail de P. Wu :
File "fuse.py", line 37, in <module>
from utils import *
ImportError: No module named utils
Je ne sais pas si cela vient de cela, mais avons-nous besoin d'une meilleure architecture python ? Actuellement, de...Dernier mail de P. Wu :
File "fuse.py", line 37, in <module>
from utils import *
ImportError: No module named utils
Je ne sais pas si cela vient de cela, mais avons-nous besoin d'une meilleure architecture python ? Actuellement, des scripts sont dans germline, tools, et algo/tests. Mais on aimerait pouvoir faire des import dans tous les sens.
Faut-il faire un module quelque part (juste un __init__.py ?) et que cela marche sans installation ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1584Makefile et make should2022-06-20T10:58:09+02:00Vidjil TeamMakefile et make shouldmake should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj)....make should lance un clean, parce qu'il fait -O0.
Ce "clean" est gênant quand on est en train de triturer le code / les tests.
Et au passage, "make test" global lance deux fois à la suite cette compilation (should_get, puis should-vdj).
- Faudrait-il définir un autre nom d'éxécutable ./vidjil-test qui serait avec -O0 ?
(mais demande à tout modifier les *should_get ?)
- Ou y-a-t-il peut-être un moyen de savoir si les flags de compil ont changé ?
- Ou, encore plus simple, on ne lance -O0 que depuis le make global, et le test/make ne touche pas à tout cela ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1326Stats sur clones sélectionnés : position2022-06-20T10:11:13+02:00Vidjil TeamStats sur clones sélectionnés : positionRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobodyRéfléchir si la position est optimale. (Les autres quantités sont à gauche, pas à droite).
De plus, quand on est en :hover sur un clone, faut-il changer ou non le comportement des stats ?
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@nobody