vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-24T12:29:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1941Index/diversité et fuse.py2018-07-24T12:29:52+02:00Vidjil TeamIndex/diversité et fuse.pyEn ce moment, les index ne sont pas affiché quand on a >= 2 points.
Ok pour 1 point : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=8428&config=25
Corrigé par Marc dans 031d1a3... mais dans vidjil.cpp. Il faut une nouvelle release
pour...En ce moment, les index ne sont pas affiché quand on a >= 2 points.
Ok pour 1 point : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=8428&config=25
Corrigé par Marc dans 031d1a3... mais dans vidjil.cpp. Il faut une nouvelle release
pour avoir cela.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1940Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers ...2016-11-29T14:42:23+01:00Vidjil TeamLorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichésJ'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En reva...J'ai lancé le 2è et le 3è fichier (R2 et fichier mergé) mais les infos affichées (commentaires sur le fichier plus nom des fichiers) sont celles de R1 et R2 : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=7859&config=34
En revanche les résultats sont bien ceux de R2 et du fichier mergé. C'est donc un problème postérieur au lancement de Vidjil (fuse ou récupération des infos).
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Ryan, Martin ne t'avait pas parlé d'un bug de ce genre ?
Confirmé par Jona. Ce sont les métadonnées des premiers fichiers qui sont affichés, alors que ce sont les derniers fichiers qui ont été analysés :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3447&config=30
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Si ! Et Marc l'a corrigé, mais on dirait que ce n'est pas encore dans prod-server.
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C'est bon, merci.
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1937representative-N.should-get2016-11-29T14:42:21+01:00Vidjil Teamrepresentative-N.should-getNom bizarre du clone 001 dans representative-N.should-get
(vu en regardant le diff sur les tests réussis comparé aux derniers tests de release). Bug ou pas ? Pb dans l'export AlignBox ?
-should-get-tests/representative-N.log:>clone-001...Nom bizarre du clone 001 dans representative-N.should-get
(vu en regardant le diff sur les tests réussis comparé aux derniers tests de release). Bug ou pas ? Pb dans l'export AlignBox ?
-should-get-tests/representative-N.log:>clone-001--TRG--0000001--100%--TRGV1*01_0//0_TRGJ1*01__TRG-[0,65]-#1 - 66 bp (100% of 66.0 bp) + VJ 0 32 33 65
TRGV1*01 0//0 TRGJ1*01 TRG SEG_+ 4.329418e-09 4.072054e-09/2.573640e-10
+should-get-tests/representative-N.log:>clone-001--TRG--0000001--100%--TRGV1*01-[0,65]-#1 - 66 bp (100% of 66.0 bp) + VJ 0 32 33 65 TRGV1*01 0//0 TRGJ1*01 TRG SEG_+ 4.329418e-09 4.072054e-09/2.573640e-10
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Je délire, le nom est normal, il avait été changé dans le header fasta. Pas de bug.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1935IndexError: list index out of range dans le contrôleur get_data2016-11-29T14:42:19+01:00Vidjil TeamIndexError: list index out of range dans le contrôleur get_dataPas seulement pour l'utilisateur demo, mais accessible pour demo :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1507&config=25
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Je ne sais pas pourquoi mais il y a des champs à NULL dans sample_set_membership (par exemple pour le...Pas seulement pour l'utilisateur demo, mais accessible pour demo :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=1507&config=25
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Je ne sais pas pourquoi mais il y a des champs à NULL dans sample_set_membership (par exemple pour les éléments db.sample_set_membership.sample_set_id == 4845
Du coup on n'accède pas non plus aux résultats de MiXCR (pas accessible à demo, par contre).
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Les champs à NULL sont les sequence_file_id
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Pour le patient demo X5, il n'y a pas de runs pour la config multi+inc+xxx (sequence_file supprimé après un run ?). Donc le fused_file est chargé, mais aucune donnée de correspond dans la base de données et la requête du contrôleur ne fournit pas suffisamment de résultats (içi 0 ?) et entraîne un débordement d'index en essayant de faire correspondre le contenu du fused_file avec la BDD.
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Ça continue à arriver épisodiquement à des utilisateurs : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/82.115.175.156.2016-05-23.09-19-14.93a81edc-3c60-458f-9caa-86430525fa87
(titre de la tâche changé, précédemment : Compte démo : erreur lors de l'accès à la config multi+inc+xxx sur demo X5)
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hotfix: 6127ab44778 (99dcbf89e4 sur dev)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1934file/add.html: Server error sur le auto-complete patient/run2016-11-29T14:42:19+01:00Vidjil Teamfile/add.html: Server error sur le auto-complete patient/runMarc, il y a une serveur error si je commence à taper quelque chose et si on appuie sur "Entrée" avant de sélectionner un patient / run.
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Était-ce 15989d1, uniquement côté serveur ? C'est bien déployé sur rbx, mais le bug est toujour...Marc, il y a une serveur error si je commence à taper quelque chose et si on appuie sur "Entrée" avant de sélectionner un patient / run.
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Était-ce 15989d1, uniquement côté serveur ? C'est bien déployé sur rbx, mais le bug est toujours présent sur http://app.vidjil.org/beta/browser/
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Au passage, une question très naïve : on est bien garantis que le auto-complete ne renvoie que les patients auquel le compte a le droit d'accéder ? Apparament oui, juste pour confirmer...
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Corrigé, non ?
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Oui, Aurélie a du dire que c'était bon.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1932Liste d'upload cachée par la fenêtre du serveur2016-11-29T14:42:17+01:00Vidjil TeamListe d'upload cachée par la fenêtre du serveurProblème de z-index ?
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1d849ec75c6e9b597
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Merci ! J'avais essayé de juste changer le z-index, mais cela ne suffisait pas... bravo pour la solution.
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@RyanHerbProblème de z-index ?
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1d849ec75c6e9b597
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Merci ! J'avais essayé de juste changer le z-index, mais cela ne suffisait pas... bravo pour la solution.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1931Pre-process is still pending, re-schedule2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamPre-process is still pending, re-scheduleToute la nuit, un (des ?) pre-process ont été re-schédulés : cf. la table db.scheduler_run de dev.vidjil.org (https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db). Donc ça a l'air de tourner en boucle. Ça me semble bloquant avant de mettre ...Toute la nuit, un (des ?) pre-process ont été re-schédulés : cf. la table db.scheduler_run de dev.vidjil.org (https://dev.vidjil.org/vidjil/appadmin/select/db). Donc ça a l'air de tourner en boucle. Ça me semble bloquant avant de mettre cela en prod.
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Mikaël, tu confirmes qu'il n'y a plus de problème ?
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apparemment
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soyons généreux alors, fermons les tâches :-)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1927Sécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamSécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (al...En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (alors que le droit n'est que de "read" normalement).
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Ca va meme plus loin, en creusant un peu, je m'apperçois que lancer un db.call avec les bons parametres dans la console affiche la page meme si on n'est pas connecté.
ex: db.call('sample_set/index', {'id' :'62' , 'config_id' : 5 } )
De là, je peux même télécharger le fichier results.
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J'ai rajouté des vérifications avec la méthode existante dans auth: can_modify_config et j'ai caché les boutons pour les personnes non-admin.
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Rando 2016: ok pour Ryan. merci !
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1918Labels du scatterplot sont à ? pour les gènes2016-11-29T14:42:08+01:00Vidjil TeamLabels du scatterplot sont à ? pour les gènessolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
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@RyanHerbsolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1917Taille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)2016-11-29T14:42:07+01:00Vidjil TeamTaille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ...Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ;-)
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hotfix appliquée: 92e703cc18712c2786880
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1913Affichage de la boîte d'information en haut à gauche2016-11-29T14:42:04+01:00Vidjil TeamAffichage de la boîte d'information en haut à gaucheProblème au CBP, confirmé par browsershots : p. ex. Chrome 41 : http://browsershots.org/screenshots/3e0bba803645e2ec0a3079701ddd5e24 D'anciennes versions de Firefox semblent aussi avoir le souci : http://browsershots.org/http://rbx.vidji...Problème au CBP, confirmé par browsershots : p. ex. Chrome 41 : http://browsershots.org/screenshots/3e0bba803645e2ec0a3079701ddd5e24 D'anciennes versions de Firefox semblent aussi avoir le souci : http://browsershots.org/http://rbx.vidjil.org/browser/?data=test.vidjil
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J'appliqué une correction avec l'aide d'Aurélie au téléphone
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1912Browser help : 4042016-11-29T14:42:04+01:00Vidjil TeamBrowser help : 404http://rbx.vidjil.org/browser/help
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Disparu à cause de la scission entre prod-server et prod-browser
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@magiraud @mikael-shttp://rbx.vidjil.org/browser/help
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Disparu à cause de la scission entre prod-server et prod-browser
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1909CI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouent2016-11-29T14:42:02+01:00Vidjil TeamCI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouentPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
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@mikael-sPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1908Suppression de patients : mauvais nombre de fichier indiqué2016-11-29T14:42:01+01:00Vidjil TeamSuppression de patients : mauvais nombre de fichier indiquéErr:508
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@RyanHerb @DuezErr:508
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1907Suppression et modification impossible des patients sur rbx2016-11-29T14:42:00+01:00Vidjil TeamSuppression et modification impossible des patients sur rbxLes icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
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A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
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Ce problème est r...Les icones n'apparaissent pas dans la liste patient, alors qu'elles apparaissent sur test.vidjil.org (quelque chose qui a été corrigé récemment ?)
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A priori ce code n'a pas été changé depuis longtemps => 5cc32d7e
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Ce problème est résolu, il me semble. Au moins depuis la mise en prod des nouvelles permissions
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1906Un utilisateur standard ne peut pas supprimer un fichier qu'il a uploadé2016-11-29T14:41:59+01:00Vidjil TeamUn utilisateur standard ne peut pas supprimer un fichier qu'il a uploadéOn a l'erreur : « you need admin permission to delete this file » mais l'utilisateur ne voit pas cela puisque les notifications sont cachées par la fenêtre du serveur (voir autre bug).
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J'ai appliqué une hotfix sur prod-server (qui a ...On a l'erreur : « you need admin permission to delete this file » mais l'utilisateur ne voit pas cela puisque les notifications sont cachées par la fenêtre du serveur (voir autre bug).
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J'ai appliqué une hotfix sur prod-server (qui a ensuite été merge dans dev par Mathieu lors de son nettoyage :) )
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1905Les notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveur2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamLes notifications (en bas à droite) sont cachées par la page serveurDu coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
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Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window:...Du coup on peut avoir l'impression qu'il ne se passe rien alors qu'il y a un message d'erreur ou une notification informant d'une action en cours (p. ex. un upload).
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Il semblerait que les messages ne soient pas cachés (server window: z-index = 5; notification: z-index = 100) et copier le html brut dans le flash-container s'affiche bien par dessus la fenêtre serveur.
En revanche, le flash-container n'est même plus remplit avec le message en question lorsque la fenêtre serveur est ouverte.
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fixed => d5a1f3a8ec88
***
ok
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1904multi sélection : bug affichage dans le segmenteur2018-04-16T15:56:34+02:00Vidjil Teammulti sélection : bug affichage dans le segmenteurLorsqu'on fait une multi section avec ctrl+click à partir de la liste de clone à gauche, il arrive souvent au troisième clone de ne pas bien s'afficher. Le nom du clone n'apparait pas et la sequence s'aligne à gauche.
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C'est un problè...Lorsqu'on fait une multi section avec ctrl+click à partir de la liste de clone à gauche, il arrive souvent au troisième clone de ne pas bien s'afficher. Le nom du clone n'apparait pas et la sequence s'aligne à gauche.
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C'est un problème de superposition : scroll sur le coté résoud le problème. (Ryan)
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1903Le log est celui d'analysis et pas celui du fuse2016-11-29T14:41:57+01:00Vidjil TeamLe log est celui d'analysis et pas celui du fuseJe ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
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Reproduit : j'ai lancé, avec un...Je ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
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Reproduit : j'ai lancé, avec une nouvelle config, mais le log affiché n'est pas celui du nouveau run mais d'un ancien. C'est très gênant (informations non pertinente affichées).
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3314&config=2
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Ryan, pourrais-tu regarder cela s'il te plaît ? Merci.
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bd90e00102bb7e4
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@nobody @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1894Demande de confirmation avant de changer de patient2018-04-16T16:01:50+02:00Vidjil TeamDemande de confirmation avant de changer de patientDans le cas de changements effectués : la fenetre ne se ferme pas en confirmant
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudDans le cas de changements effectués : la fenetre ne se ferme pas en confirmant
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraud