vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-07-27T10:15:07+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4820Pouvoir changer le nombre de workers2021-07-27T10:15:07+02:00Mathieu GiraudPouvoir changer le nombre de workers
Discuté avec @flothoni et @duez :
Ce n'est même pas dans `defs.py` (c'est normal, passé au démarrage de web2py), mais à changer dans un script obscur et non documenté.
Par contre, à la volée, on fait ce qu'on veut en changeant la table.
Discuté avec @flothoni et @duez :
Ce n'est même pas dans `defs.py` (c'est normal, passé au démarrage de web2py), mais à changer dans un script obscur et non documenté.
Par contre, à la volée, on fait ce qu'on veut en changeant la table.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4819Supprimer toutes les données d'un utilisateur2021-07-22T15:26:46+02:00Mikaël SalsonSupprimer toutes les données d'un utilisateurPour vdj#1170 il serait utile d'avoir un contrôleur qui permet de supprimer toutes les données d'un utilisateur (à partir du moment où elles ne sont pas partagées avec un autre compte).
Le compte utilisateur pourrait rester (tout en sup...Pour vdj#1170 il serait utile d'avoir un contrôleur qui permet de supprimer toutes les données d'un utilisateur (à partir du moment où elles ne sont pas partagées avec un autre compte).
Le compte utilisateur pourrait rester (tout en supprimant les infos identifiantes) mais ajouter un booléen pour savoir que le compte est désactivé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4818"Possibly IGH": Mettre en locus "unexpected" les séquences détectées non dési...2021-10-16T08:27:56+02:00Mathieu Giraud"Possibly IGH": Mettre en locus "unexpected" les séquences détectées non désignées
Orthogonalement à #4188, on pourrait facilement mettre en locus `xxx` ces séquences.
Cela permettrait de ne pas polluer les locus tout en n'oubliant pas ces séquences... et sémantiquement c'est correct: si le FineSegmenter n'arrive pas...
Orthogonalement à #4188, on pourrait facilement mettre en locus `xxx` ces séquences.
Cela permettrait de ne pas polluer les locus tout en n'oubliant pas ces séquences... et sémantiquement c'est correct: si le FineSegmenter n'arrive pas à certifier qu'une séquence est en IGH, cela n'a pas beaucoup de sens de la laisser en IGH.Algo 2022.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4817Les tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxe2021-11-18T10:14:34+01:00Mikaël SalsonLes tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4816Se rendre compte qu'on a vraiment un Dh-Jh2021-07-13T11:06:17+02:00Mathieu GiraudSe rendre compte qu'on a vraiment un Dh-JhComment les usagers peuvent se rendre compte qu'on a un beau Dh-Jh, y compris avec de l'upstream ?
cc @flothoniComment les usagers peuvent se rendre compte qu'on a un beau Dh-Jh, y compris avec de l'upstream ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4815Gethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segm...2021-07-13T10:22:12+02:00Thonier FlorianGethtmlinfo, pouvoir afficher les positions, ou la taille des matchs des segmentsCe matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on reg...Ce matin, on se demandait comment était réparti les matchs dans le V ou le J. On n'a aucune info depuis cette fenêtre (`gethtmlinfo`) sur ces positions, sur la taille en nombre entre start/pos.
Quelque part, l'info se retrouve si on regarde dans le segmenteur, on peut avoir aisément une estimation rapide, mais pas la taille. Par exemple, pour savoir combien de bases du V sont disponibles dans le cadre des hypermutations en LLC.
Je ne pense pas que créer une nouvelle ligne soit pertinent pour cette donnée car au bout d'un moment cela deviendrait illisible (à moins d'avoir des presets par maladie par exemple).
Cette issue demande réflexion.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4814Axes; rajouter les evalues2023-06-14T17:24:04+02:00Thonier FlorianAxes; rajouter les evaluesAujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.Aujourd'hui on aurait aimé afficher une evalue comme axe. Pour rappel, il y en a 3 par clone: evalue, et evalue_right/left.
On a un mécanisme assez simple pour rajouter ces axes en dur et ce serait probablement intéressant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4813Erreur sur la segmenter page2021-09-17T16:15:24+02:00Mikaël SalsonErreur sur la segmenter pageOn nous a remonté une erreur sur la segmenter page. J'ai essayé et en effet le contrôleur `vidjil/segmenter` renvoie `Error while processing the file`.
Cela pose aussi souci pour les tests external qui utilisent aussi ce contrôleur il m...On nous a remonté une erreur sur la segmenter page. J'ai essayé et en effet le contrôleur `vidjil/segmenter` renvoie `Error while processing the file`.
Cela pose aussi souci pour les tests external qui utilisent aussi ce contrôleur il me semble.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4812Pouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)2021-11-22T16:38:41+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer les amorces (avant envoi vers service tiers)Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur s...Une utilisatrice me demande si on peut supprimer les séquences d'amorces avant envoie vers IMGT par exemple.
Avec le travail qui a été fait pour le genescan, on devrait pouvoir imaginer la détection automatique des amorces, puis leur soustraction au besoin. Cela devrait être testé, voir comment ça fonctionne par exemple avec les séquences consensus par exemple.
On peut déjà faire quelques tests avec même temps que #3152.
Il faudrait proposer ça comme une option ? Le faire de manière automatique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4811Cypress et versions exactes de navigateurs2021-08-13T11:54:14+02:00Mathieu GiraudCypress et versions exactes de navigateurs
Legacy = FF XX et Chrome XX
Supported = FF 78 et Chrome 79
Latest = ...
Legacy = FF XX et Chrome XX
Supported = FF 78 et Chrome 79
Latest = ...Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4810Passer le runner cypress via docker directement2024-01-18T10:15:25+01:00Thonier FlorianPasser le runner cypress via docker directementThe following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner D...The following discussion from !964 should be addressed:
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/964#note_535173): (+1 comment)
> Discuté ensemble: on aimerait avoir un runner Docker, au moins pour le côté client. Mais bon, cela pourrait être dans une prochaine MR.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4809Slider des bornes axe X2021-09-15T17:30:35+02:00Mathieu GiraudSlider des bornes axe X
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)
Voir aussi #4808 (un focus modifie automatiquement le slider, sauf si cadenas)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4808Focus ne doit pas sélectionner les clones non-visibles2021-09-15T19:34:58+02:00Mathieu GiraudFocus ne doit pas sélectionner les clones non-visiblesDiscuté ensemble à l'occasion de #4376.
En faisant cela, on va perdre la possibilité "focus puis plus de clones", mais sinon ce sera plus prévisible et on aura du zoom quand il le faut.Discuté ensemble à l'occasion de #4376.
En faisant cela, on va perdre la possibilité "focus puis plus de clones", mais sinon ce sera plus prévisible et on aura du zoom quand il le faut.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4807Mieux documenter le lien algo > client2021-06-22T19:15:28+02:00Mathieu GiraudMieux documenter le lien algo > client
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too lar...
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too large. What we have on the server is that the files are first post-processed with tools/fuse.py) You can also send us a few of these files, we will check with you whether everything worked.
> We advise you to go through the main tutorial, that covers most of the features → http://www.vidjil.org/doc/tutorial/mastering-vidjil.pdf
Voir aussi si l'on documente le dépôt de .vidjil sur le compte (la config existe-t-elle toujours ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4806Les icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un cluster2021-07-01T12:17:40+02:00Thonier FlorianLes icones +/- reste même après la suppression de tous les clones d'un clusterhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4805Le lien assign subset n'a pas d'event lié2022-05-12T09:58:29+02:00Thonier FlorianLe lien assign subset n'a pas d'event liéLe bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.Le bouton "assign subset" n'aspas d'action associée, donc on n'a aucun effet.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4804Simplification du job de CI sur les tests serveurs2024-01-18T12:13:32+01:00Mikaël SalsonSimplification du job de CI sur les tests serveurs@duez et @flothoni ont discuté ensemble de la construction des images Docker pour les tests serveurs. C'est inutilement coûteux pour des changements minimes. Dans le cas général, il n'y a pas de modification du Docker (ou des configurati...@duez et @flothoni ont discuté ensemble de la construction des images Docker pour les tests serveurs. C'est inutilement coûteux pour des changements minimes. Dans le cas général, il n'y a pas de modification du Docker (ou des configurations associées), il n'est donc pas utile de tout reconstruire.
Il est aussi question d'utiliser des fichiers override pour la configuration Docker (sur ce point, voir !614).
J'ai par contre un peu de mal à voir ce qui se passe quand on pousse des modifs dans le répertoire `docker/`. On pourrait donc avoir un nom de branche à part pour générer une nouvelle image, mais quel est ensuite le statut de l'image construite ? Devient-elle directement après merge la nouvelle image par défaut ? Est-ce que ça ne pourrait pas poser des problèmes de compatibilité avec les autres branches en cours ?Dev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4803Test segmenter page2023-03-28T16:25:28+02:00Mathieu GiraudTest segmenter pageSuite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou...Suite à [!967](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/967#note_527043):
> @duez : "Nouveau test. Cela passe chez moi... mais pas sur ~"dev-gitlab" "
@mikael-s : "il faut compiler vidjil-algo"
==> test fonctionnel ? ou test unitaire avec mock ?Web 2023.10marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4802Pouvoir affiché plus de clones pour les données de capture2021-05-27T18:07:20+02:00Thonier FlorianPouvoir affiché plus de clones pour les données de captureUn utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-a...Un utilisateur avec des données de capture demande à afficher plus de clones. Cela lui est utile puisque dans son cas, il a 390 reads , mais avec 320 clones. On a donc beaucoup de clones avec 1 seul read qui sont cachés de manière semi-aléatoire (reproductible entre 2 lancement; ou entre 2 séquençages ? A priori oui puisque conservé de par la fenêtre).
Une possibilité que je vois est de modifier dans la configuration le top du fuse pour en afficher un seuil plus haut de clonotype. On pourrait utilisé un hack que j'ai déjà testé: on donne un top ex æquo, avec plusieurs occurrence pour un top donné. Ça fonctionne, mais ça n'empêchera pas que beaucoup de clones détériore quand même les performances. (mais moins que par exemple une analyse avec 30 samples).
L'autre point est la limite côté client. Est-il possible d'ajouter une variable dans le fichier vidjil pour repousser le limite de 100 clonotypes ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4801Impossible d'ouvrir un clone en passant par l'ouverture custom détachée2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianImpossible d'ouvrir un clone en passant par l'ouverture custom détachéeLe problème vient de la variable `m.samples.sequence_file_id` qui n'est pas définie dans ce cas.Le problème vient de la variable `m.samples.sequence_file_id` qui n'est pas définie dans ce cas.