vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-19T20:14:30+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4759Installation binaire : rendre cela possible et/ou supprimer2021-04-19T20:14:30+02:00Mathieu GiraudInstallation binaire : rendre cela possible et/ou supprimer
Est-ce qu'une seule personne sur la planète a déjà utilisé les binaires distribués sur www.vidjil.org/releases ?
Peut-être dans l'équipe de dev, mais sinon j'en doute : on ne fournit *aucune* instruction pour l'installation, en particu...
Est-ce qu'une seule personne sur la planète a déjà utilisé les binaires distribués sur www.vidjil.org/releases ?
Peut-être dans l'équipe de dev, mais sinon j'en doute : on ne fournit *aucune* instruction pour l'installation, en particulier pour... récupérer les germlines, qui nécessitent d'avoir `germline/Makefile`
- Supprimer ces binaires ? Cela simplifierait nos process !
- Faire mieux, avec Debian ou autre ? #3226 Bof... personne ne s'est jamais plaint qu'il n'arrivait pas à installer from source...Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4713Pouvoir régler par conf.js le healthcare2021-04-19T18:42:09+02:00Mathieu GiraudPouvoir régler par conf.js le healthcare
Faire mieux que !925/!927 en faisant dépendre cela d'une variable dans `conf.js`.
Penser d'indiquer aussi est hébergé le serveur et qui sont les administrateurs du système
(serveurs in-lab ou VidjilNet).
Faire mieux que !925/!927 en faisant dépendre cela d'une variable dans `conf.js`.
Penser d'indiquer aussi est hébergé le serveur et qui sont les administrateurs du système
(serveurs in-lab ou VidjilNet).Web 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4758algo: -3 par défaut ?2021-04-19T18:40:00+02:00Mathieu Giraudalgo: -3 par défaut ?
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il re...
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il reste est négligeable.
Transformer cela en une option avancée `--no-cdr3` qui ferait l'inverse ? (ou bien même supprimer cela complètement et toujours le lancer ?)Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2444Customisation du client pour certains utilisateurs ou groupes2021-04-17T06:24:27+02:00Mathieu GiraudCustomisation du client pour certains utilisateurs ou groupesPour #1684 ou d'autres, on pourrait être tenté de faire des axes d'analyse pour certains utilisateurs, non visibles des autres. Plus généralement, on aimerait aussi parfois donner "certaines" fonctionnalités à certains utilisateurs, qu'e...Pour #1684 ou d'autres, on pourrait être tenté de faire des axes d'analyse pour certains utilisateurs, non visibles des autres. Plus généralement, on aimerait aussi parfois donner "certaines" fonctionnalités à certains utilisateurs, qu'elles soient en développement ou pertinentes pour quelques utilisateurs (#2043). Le `devel-mode` et le `beta-mode` peuvent être une solution, mais ce n'est pas très flexible...
On pourrait donner accès à un autre client, statique, quelque part, avec du `.js` modifié. Ou souhaite-t-on pouvoir donner un bout de `.js` en fonction de l'utilisateur ? Le ~server serait agnostique par rapport à cela, on aurait juste un `lille.js` quelque part ? ou bien en champ un base de données ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4726Recherche de séquence approchée par "search"2021-04-16T22:41:03+02:00Mathieu GiraudRecherche de séquence approchée par "search"
Avec #1693
(doublon #1702 ?)
Avec #1693
(doublon #1702 ?)Web 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2121Recherche de séquence avec positions dégénérées / regexp2021-04-16T22:40:05+02:00Mathieu GiraudRecherche de séquence avec positions dégénérées / regexpCoucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact ...Coucou @flothoni. Ce que tu as mis dans cd5a9975 peut être très intéressant : avoir des recherches dégénérées (et je comprends bien l'utilité pour les primers... #2043)... mais c'est une fonctionnalité nouvelle, qui peut avoir un impact sur les performance (des regexp partout au lieu d'un simple test), bref cela mérite un nouvelle branche `regexp` et qu'on en parle tranquillement, par exemple ici.
@mikael-s
Voir aussi #1693.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2477CORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont ...2021-04-15T20:44:25+02:00Mikaël SalsonCORS: Le lien logout ne fonctionne pas quand le client et le serveur ne sont pas au même endroitSur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Sur dev.vidjil.org se logger et cliquer sur logout.
On a alors une notification contenant du code HTML qui s'affiche (pour autant on est bien déloggé) (au lieu d'être redirigé).Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4716Supprimer les boutons logout tant qu'ils ne fonctionnent pas2021-04-15T20:44:25+02:00Mathieu GiraudSupprimer les boutons logout tant qu'ils ne fonctionnent pas
Si on n'arrive pas à résoudre #2477, et bien... supprimons les boutons logout, ils apportent de la confusion.
Si on n'arrive pas à résoudre #2477, et bien... supprimons les boutons logout, ils apportent de la confusion.Web 2021.052021-04-07https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2043Avoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux featu...2021-04-15T18:38:01+02:00Thonier FlorianAvoir la longueur d'un clone relative à un jeu de primers / ou une/deux features quelconquesDemande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait...Demande d'Elizabeth : Elle souhaite avoir la visualisation des genescan mais que les longeurs indiquées soit celles par rapport aux primers biomed utilisés.
J'ai pris le temps de réfléchir un peu à la demande d'Elizabeth. L'idée serait de replacer les positions des primers relative pour chaque segment, et donc de faire un nouveau calcul a peu près similaire à celui de la longueur des CDR3.
Pour ça il faut lister les primers pour chaque locus et leur positions relatives. Soit il y a la possibilité de faire ça dans l'algo directement (pas flexible du tout), soit il est possible de faire ça dans le browser.
L'avantage du browser repose sur la non redondance de l’information, et la possibilité de switcher à la volée entre les différents type de primers (biomed2, bientôt biomed3), et pourquoi pas imaginer des primers en dev ou tiers aussi (fourni dans ce cas par l'utilisateur dans un format adapté).
@magiraud @mikael-sWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florian2021-03-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4761Gitlab-CI : ne pas avoir de dépendance (si possible) pour les jobs manuels2021-04-15T17:10:52+02:00Mikaël SalsonGitlab-CI : ne pas avoir de dépendance (si possible) pour les jobs manuelsParfois on a des jobs manuels qui échouent parce qu'on les lance alors que les artefacts des jobs précédents n'existent plus. Or si on n'a pas besoin de ces artefacts, c'est dommage.
C'est particulièrement vrai pour l'environnement de r...Parfois on a des jobs manuels qui échouent parce qu'on les lance alors que les artefacts des jobs précédents n'existent plus. Or si on n'a pas besoin de ces artefacts, c'est dommage.
C'est particulièrement vrai pour l'environnement de review où il y a un "stop job" qui arrête l'environnement au bout de 2 mois. Le problème c'est que ce job échoue puisque les artefacts n'existent plus. Du coup nos environnements ne sont plus arrêtés.
On peut aussi avoir le problèmes pour d'autres jobs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1720installation via binaire statique et doc/algo.org2021-04-15T12:52:40+02:00Vidjil Teaminstallation via binaire statique et doc/algo.orgMême avec un binaire, on doit avoir fait make germline.
96f8eb1 explique cela (pas testé, j'espère que cela fonctionne :-)
On pourrait faire mieux, peut-être un "make static-download" qui charge ce qu'il faut.
Et/ou, dans doc/algo.org, ...Même avec un binaire, on doit avoir fait make germline.
96f8eb1 explique cela (pas testé, j'espère que cela fonctionne :-)
On pourrait faire mieux, peut-être un "make static-download" qui charge ce qu'il faut.
Et/ou, dans doc/algo.org, faire un paragraphe "quick installation" et un autre "build".
***
(fait cela pour envoyer à Michaela)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4675Afficher les raisons de non-productivité dans le client2021-04-14T19:04:45+02:00Mathieu GiraudAfficher les raisons de non-productivité dans le clientSuite à #4599 et #4674.
Déjà ~"!-reflexion" : comment veut-on l'afficher ?
cc @flothoniSuite à #4599 et #4674.
Déjà ~"!-reflexion" : comment veut-on l'afficher ?
cc @flothoniWeb 2021.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4701Non-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présent2021-04-14T17:49:49+02:00Mathieu GiraudNon-productif + warning quand le motif {WP}GxG n'est pas présentTrès lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Très lié à la discussion de #4006.
Warning qui aiderait à comprendre les différences d'évaluation #4651.Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4568Stocker 'color_by' dans les préférences2021-04-14T17:28:21+02:00Mathieu GiraudStocker 'color_by' dans les préférencesÉvoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Évoqué ce matin, serait utile pour ~"Paris-Pitié".Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4605Scatterplot : les légendes des locus sont sous les icônes2021-04-14T17:02:42+02:00Mikaël SalsonScatterplot : les légendes des locus sont sous les icônesQuand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Quand il y a beaucoup de locus, ça devient illisible.
Exemple : https://app.vidjil.org/41633-25
Ni @duez ni @flothoni n'ont souvenir de modifs dans ce sens. @magiraud ?Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4749Les tests unitaires browser ne passent plus2021-04-14T08:43:15+02:00Mathieu GiraudLes tests unitaires browser ne passent plusVu sur au moins deux MR qui n'ont rien à voir entre elles:
```
not ok 257 - function return the correct sequence for the gene J: TRGJ1*02, expected: true, got: false, test: findGermlineFromGene, module: Model, source: at Object.<anonymo...Vu sur au moins deux MR qui n'ont rien à voir entre elles:
```
not ok 257 - function return the correct sequence for the gene J: TRGJ1*02, expected: true, got: false, test: findGermlineFromGene, module: Model, source: at Object.<anonymous> (file:///home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/browser/test/QUnit/testFiles/model_test.js:490:12)
```
Et peut-être d'autre liés.
Un effet du nouvel aligneur !836 ?
Ou bien plutôt du changement de germline !885 qui fait que certaines germlines ne sont plus les mêmes ? (comme, il y a 4+ ans, #1796)
Florian, pourrais-tu y jeter un coup d'oeil ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3243Export des informations d'un clone2021-04-14T08:41:06+02:00Mikaël SalsonExport des informations d'un cloneLe tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).Le tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4733L'interface admin ne permet plus de partager des sets à d'autres groupes2021-04-13T10:13:13+02:00Mathieu GiraudL'interface admin ne permet plus de partager des sets à d'autres groupes@duez : "maintenant les permissions sont sur les sets, pas sur les patients" (cela fait probablement au moins 1 an !)
Marc voit comment changer cela.@duez : "maintenant les permissions sont sur les sets, pas sur les patients" (cela fait probablement au moins 1 an !)
Marc voit comment changer cela.Web 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3910Avoir des germline de poulet2021-04-08T16:06:18+02:00Thonier FlorianAvoir des germline de pouletUn utilisateur souhaite utilisé vidjil pour analysé des système immunitaire de poulet.
Plus particulièrement des Ig obtenues par RNAseq.
Je propose une réponse sur le pad. Mais dans ce cas, qu'elle est notre procédure ?
On donne un dé...Un utilisateur souhaite utilisé vidjil pour analysé des système immunitaire de poulet.
Plus particulièrement des Ig obtenues par RNAseq.
Je propose une réponse sur le pad. Mais dans ce cas, qu'elle est notre procédure ?
On donne un délai je présume pour le temps qu'aqcuerir ses données ?
Dans ce cas on demande à l'utilisateur des données déjà annoter pour faire une première compraison de l'algo que l'on puisse ajouter ?
Question subsidiaire : Comment on l'intègre au serveur via docker ? Il faut modifier les fichier à la main, ou bien on modifie le git, l'image et on pull ?
cc @mikael\-s @magiraudAlgo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4751Alignement suspect avec bioseq2021-04-08T15:32:56+02:00Mathieu GiraudAlignement suspect avec bioseq@flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_501806)
> Je viens de rajouter un test sur le comportement de la lib bioseq.js.
>
> Si je compare ces deux séquences, il me r...@flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/930#note_501806)
> Je viens de rajouter un test sur le comportement de la lib bioseq.js.
>
> Si je compare ces deux séquences, il me retourne un alignement parfait.
>
> ```js
> var subseq = "catcatcatgatgctacg" // clone test5; pos 6 in list
> var mismatch = "catcGtcaCgatgctacg" // 2 mismatch
> ```
>
> Je suis tombé dessus en faisant des tests pour la MR !933.