vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-21T14:37:17+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2725Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et nom...2022-06-21T14:37:17+02:00Ryan HerbertPre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le logAnne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir ...Anne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir voir le nom des fichiers dans l'output du pré-process.
Je sais que c'est relativement facile à faire, je me posais la question de si ou non celà pouvait ouvrir une faille de sécurité. A priori, je pense que non, car les noms des fichiers sont chiffrés et "salés", mais ne sait on jamais.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1510Pouvoir facilement faire un 'compare' sur toutes les configs d'un même patient2022-06-21T14:20:23+02:00Vidjil TeamPouvoir facilement faire un 'compare' sur toutes les configs d'un même patient
***
@nobody
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2609ajouter information sur les patients ouvert par un utilisateur dans la database2022-06-21T14:05:14+02:00Thonier Florianajouter information sur les patients ouvert par un utilisateur dans la databasePour faire suite aux remarques en #2605, # 2606 et #2607, voici mes petites réflexions initiales :
Il faut pour pouvoir effectuer ces tâches que l’information soit présente dans la base de données.
En y réfléchissant un peu plus, je p...Pour faire suite aux remarques en #2605, # 2606 et #2607, voici mes petites réflexions initiales :
Il faut pour pouvoir effectuer ces tâches que l’information soit présente dans la base de données.
En y réfléchissant un peu plus, je pense que le mieux serait d’avoir l' information pour chaque utilisateur et non pas sur les fichiers, comme ça même si plusieurs membres d'une équipe consulte le même patient (par exemple le tech qui lance le run et vérifie son bon déroulement, et le praticien qui consulte les résultat pour les interpréter) ne se croiserait pas.
Il faut donc que lorsqu'un job se met en attente, tourne ou se termine, il mette à jours ses entrée pour l'ensemble des membre du groupe dans le DB.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2607ajouter une colonne statut dans le vue patient2022-06-21T13:56:48+02:00Thonier Florianajouter une colonne statut dans le vue patientUne idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris,...Une idée saugrenue serait d’afficher dans la liste des patients (ou runs/sets) une colonne avec une petite gomette qui indiquerait l'état d'analyse du patient.
Par exemple :
* rond blanc : patient crée mais pas de données dispo
* gris, pas d'analyse lancée, mais des fichiers déposés
* orange : des jobs sont en attente/cours
* vert : tous les jobs du patient sont terminées.
* autre couleur (sur la ligne cette fois) : le patient a été ouvert par l'utilisateur depuis les dernières analyses. Permettrait de faire ressortir directement les patients ayant été récemment mis à jours.
Ps: comme pour l'autre nécessiterait un ajout dans la DB.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2588Documentation responsive2022-06-21T13:55:10+02:00Mathieu GiraudDocumentation responsivehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2435Mise à jour du menu par javascript et boutons radio sélectionnés2022-06-21T13:40:19+02:00Ghost UserMise à jour du menu par javascript et boutons radio sélectionnésCertaines options du menu sont modifiées dans le code javascript sans passer justement par un clic dans le menu (`model.changeTimeFormat` par exemple). Cela peut mener à des incohérences, typiquement un input radio sélectionné qui n'est ...Certaines options du menu sont modifiées dans le code javascript sans passer justement par un clic dans le menu (`model.changeTimeFormat` par exemple). Cela peut mener à des incohérences, typiquement un input radio sélectionné qui n'est pas le bon / qui ne correspond pas à l'état actuel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2437V Identity par IMGT: avec ou sans indels ?2022-06-21T13:38:39+02:00Mathieu GiraudV Identity par IMGT: avec ou sans indels ?La raison de 605e9d5 est qu'au moins la séquence IGH de Demo-X5 renvoyait via IMGT un "V identity" uniquement sans indels.
Voir #2396.
cc @flothoniLa raison de 605e9d5 est qu'au moins la séquence IGH de Demo-X5 renvoyait via IMGT un "V identity" uniquement sans indels.
Voir #2396.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4989% V identity depuis IMGT : avec indel2022-06-21T13:38:39+02:00Mathieu Giraud% V identity depuis IMGT : avec indel
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"
@Anne : "La bonne pratique (ERIC, à vérifier) demande de prendre le % en prenant en compte les indels. C'est normalement donné par IMGT"Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2401Intégration de Axes() dans m (Model)2022-06-21T13:35:39+02:00Ghost UserIntégration de Axes() dans m (Model)Avec le temps, on sera sans doute de plus en plus amené à utiliser les axes fournis par `Axes.available`.
Mais il faut pour cela écrire quelque chose comme
```js
(new Axes(this.m)).available()
```
(avec souvent d'autres choses derrière...Avec le temps, on sera sans doute de plus en plus amené à utiliser les axes fournis par `Axes.available`.
Mais il faut pour cela écrire quelque chose comme
```js
(new Axes(this.m)).available()
```
(avec souvent d'autres choses derrière qui plus est). Ou bien la stocker dans une variable, mais qui ne sert pas vraiment.
Devoir créer une instance de `Axes` à la volée de cette façon à chaque fois ne me paraît pas très pertinent/élégant, notamment dans la mesure où elle peut tout à fait être unique, comme pour les vues.
Je me demande donc si il ne serait pas intéressant d'en faire un attribut de `Model`, `m.ax` par exemple, pour pouvoir la récupérer facilement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2464Dead code scatterPlot.js, retirer les mention active_move2022-06-21T13:22:16+02:00Mathieu GiraudDead code scatterPlot.js, retirer les mention active_moveUniquement si `sp.reinit` (qui ne devrait pas arriver ?)
Le retirer ?Uniquement si `sp.reinit` (qui ne devrait pas arriver ?)
Le retirer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4276Détecter le dead code2022-06-21T13:21:25+02:00Mathieu GiraudDétecter le dead codeLe ~"dev-dead-code" devrait être supprimé, en tout cas au minimum c'est bien d'en être informé au moment où on le "crée".
Y aurait-il un moyen de détecter cela et le mettre dans le ~"dev-ci" ?Le ~"dev-dead-code" devrait être supprimé, en tout cas au minimum c'est bien d'en être informé au moment où on le "crée".
Y aurait-il un moyen de détecter cela et le mettre dans le ~"dev-ci" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1792VDDJ et sortie json2022-06-21T11:40:21+02:00Vidjil TeamVDDJ et sortie jsonLa release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ...La release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ? Idem pour les N1/N2, sont-ils vraiment nécessaires dans le json ?
***
Très bonne question.
Disons que pour l'utilisateur, l'information sur le premier D trouvé n'a que peu d'intérêt, mais d'un point de vue technique, il s'agit pourtant du plus fiable non ?
Pour une question d'interopérabilité entre différents logiciels, il serait bon de simplement les nommer 4a,b , c... (pour les cas extrêmes). On aurait ainsi plus de flexibilité.
Pour les N, la question c'est de savoir si on continue sur N1, N2, et Nxx ensuite. N1 peut passer, mais N2 devient obsolète. Est-il possible de faire Nx-y ? Ça donnerait Nv-j, Nv-a, Na-b, ... Ce n'est pas très esthétique, mais plus parlant pour quelqu'un d'extérieur.
Ensuite il reste les cas des ddj. Le premier d est toujours considéré comme un 5 ? Ça donnerait quoi dans ce cas ? il faudrait empêcher les N1 pour aller directement au "Na-b", ou autre solution retenue.
***
On parlera de cela tranquillement en mars voire avril, rien d'urgent.
Pour les N, une solution est tout simplement de .... supprimer cette sortie, comme c'est redondant avec les coordonnées.
(Les DDJ sont pour l'instant toujours mis comme 5-4-3.)
***
Fait. 4a, 4b, etc.
***
Non, ce n'est pas fait. "4a" / "4" / "4b" sont codés en dur dans core/segment.cpp.
Voir par exemple la sortie de should-vdj-tests/0000-nck-TRD+-VDDJ.should-vdj.fa
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1968Fichiers avec plus de 2G reads et int overflow2022-06-20T18:18:26+02:00Vidjil TeamFichiers avec plus de 2G reads et int overflowRayan a testé un jeu de 150M reads (fichier de ~40 GB), ce qui a mené à 37c5597e pour corriger un int overflow.
Le C++ actuel devrait pouvoir tenir jusqu'à 2^31 ~ 2G reads (quand "int" se compile comme "long"). Vu l'évolution des séquen...Rayan a testé un jeu de 150M reads (fichier de ~40 GB), ce qui a mené à 37c5597e pour corriger un int overflow.
Le C++ actuel devrait pouvoir tenir jusqu'à 2^31 ~ 2G reads (quand "int" se compile comme "long"). Vu l'évolution des séquenceurs, on devrait tenir quelques mois, mais pas plus :-) Après, il faudra mettre en `unsigned long long` un certain nombre de `int` dans `fasta.{h,c}`, `stats.{h,c}` et ailleurs...
Au passage, c'est désagréable à tester :-)
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1676Séparateurs milliers/décimal2022-06-20T18:16:57+02:00Vidjil TeamSéparateurs milliers/décimalActuellement nous sommes incohérents :
- séparateur décimal : "." (car javascript)
- mais model.js: toStringThousands : séparateur milliers " "
Cela me fait mal au coeur à mettre "," comme séparateur de milliers, mais ce serait plus...Actuellement nous sommes incohérents :
- séparateur décimal : "." (car javascript)
- mais model.js: toStringThousands : séparateur milliers " "
Cela me fait mal au coeur à mettre "," comme séparateur de milliers, mais ce serait plus cohérent à court terme
Et on peut faire une vrai i18n un jour.
***
J'ai essayé le "," comme séparateur de milliers, argh, l'européen continental que je suis n'aime pas :
segmented 519,680 reads (89.39%)
2 clones, 1,212,434 reads
Bref, je préfère mettre pour l'instant cela sous le tapis... on verra si les Anglais s'en aperçoivent un jour :)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1764Nomenclature originale, PMC27063712022-06-20T18:15:41+02:00Vidjil TeamNomenclature originale, PMC2706371Florian:
Sinon, j'étais tombé sur ça il y a déjà quelques temps. Pour un humain, c'est complètement illisible, et ça demande des transformations. Ça a déjà 6 ou 7 ans, et j'ai l'impression que personne ne l'utilise non ? Des fois que ça ...Florian:
Sinon, j'étais tombé sur ça il y a déjà quelques temps. Pour un humain, c'est complètement illisible, et ça demande des transformations. Ça a déjà 6 ou 7 ans, et j'ai l'impression que personne ne l'utilise non ? Des fois que ça vous donne des idées. (PMC2706371)
Mathieu:
Rigolo, merci ! Effectivement, cela n'a pas l'air d'être utilisé, mais on devrait le regarder de plus près.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1911Le bouton back n'est pas toujours intuitif2022-06-20T18:13:19+02:00Vidjil TeamLe bouton back n'est pas toujours intuitifLe bouton back charge systématiquement le dernier appel db ce n'est pas très intuitif lorsqu'il y a des appels db cachés (chargement configs par ex.)
***
@RyanHerbLe bouton back charge systématiquement le dernier appel db ce n'est pas très intuitif lorsqu'il y a des appels db cachés (chargement configs par ex.)
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2012should-to-tap.sh / should-vdi-to-tap.py : option verbose, -v/-vv ?2022-06-20T18:12:36+02:00Vidjil Teamshould-to-tap.sh / should-vdi-to-tap.py : option verbose, -v/-vv ?Il m'arrive très souvent, pour enquêter sur un test, d'aller voir le .log pour retrouver la commande vidjil et la lancer, éventuellement modifiée.
Avec should-to-tap.sh, on voit la commande lancée. Ce serait bien d'avoir une option dans...Il m'arrive très souvent, pour enquêter sur un test, d'aller voir le .log pour retrouver la commande vidjil et la lancer, éventuellement modifiée.
Avec should-to-tap.sh, on voit la commande lancée. Ce serait bien d'avoir une option dans should-vdj-to-tap.py pour voir cela ou de le mettre par défaut (mais encombre la sortie)
Et ce serait bien, pour les deux, d'avoir une option pour voir directement le log. Je pinaille, peut-être est-ce du confort juste pour moi.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1930Tout ce qui est dans task.py devrait être lancé par un autre utilisateur2022-06-20T18:11:04+02:00Vidjil TeamTout ce qui est dans task.py devrait être lancé par un autre utilisateurDiscussion à l'instant: dans task.py, il peut y avoir des choses méchantes de faites, que ce soit via les configs ou les pre-process.
On pourrait échapper des choses, faire un chroot...
Le plus simple semble de faire tous les lancements...Discussion à l'instant: dans task.py, il peut y avoir des choses méchantes de faites, que ce soit via les configs ou les pre-process.
On pourrait échapper des choses, faire un chroot...
Le plus simple semble de faire tous les lancements par un *autre utilisateur*, qui n'aurait des droits en écriture que sur tmp/. Cela devrait passer tout seul pour vidjil / mixcr (le fichier de résultat étant copié), à voir pour les pre-process.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2366Environnement pour développer les tests QUnit2022-06-20T17:14:16+02:00Mathieu GiraudEnvironnement pour développer les tests QUnit@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigat...@heto, dans #2093 :
> Je me permets de glisser ici quelques informations relatives à un point évoqué ce matin, elles sont assez simples mais autant les noter car elles pourront être utiles dans le futur : comment obtenir dans le navigateur une visualisation des données utilisées pour les tests unitaires (`data_test.js`).
>
> - charger les données de test dans la console d'une page vidjil (`json_data = {...}`)
> - lancer les instructions suivantes :
> - `m.parseJsonData(json_data, 100)`
> - `m.loadGermline()`
> - `m.initClones()`
>
> (ces fonctions sont en fait appelées au début d'une bonne partie des tests QUnit)
>
> Le scatterplot devrait faire apparaître les 5 clones de `json_data`.
Merci pour ces infos !
Ne pourrait-on pas créer une fonction `m.setupTests()` qui ferait tout cela tout seul ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2327Export csv : autres infos2022-06-20T17:03:49+02:00Mathieu GiraudExport csv : autres infosOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-sOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-s