vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-08-13T10:04:51+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4772Pouvoir choisir par le réseau des fichiers avant pre-process2021-08-13T10:04:51+02:00Mathieu GiraudPouvoir choisir par le réseau des fichiers avant pre-process
@duez : "doute: où stocke-t-on le résultat du pre-process ? Dans le meilleur des cas, juste le formulaire à changer, dans le pire, aussi un peu de ~"server-task.py" "
@duez : "doute: où stocke-t-on le résultat du pre-process ? Dans le meilleur des cas, juste le formulaire à changer, dans le pire, aussi un peu de ~"server-task.py" "marc duezmarc duez2021-05-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4771Environnements de review et fuse server2021-05-19T12:33:05+02:00Mathieu GiraudEnvironnements de review et fuse serverThe following discussion from [!942](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/942#note_505052):
> Testé ensemble: 'connection refused' sur app de review serveur
> @duez: Je soupconne la ligne 763 dans task.py:custom_fuse ...The following discussion from [!942](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/942#note_505052):
> Testé ensemble: 'connection refused' sur app de review serveur
> @duez: Je soupconne la ligne 763 dans task.py:custom_fuse mais je sais pas trop comment contourner ca `proc_srvr = xmlrpclib.ServerProxy("http://%s:%d" % (defs.FUSE_SERVER, defs.PORT_FUSE_SERVER))`
> @mikael-s : Pourquoi tu soupçonnes cette ligne ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4770Tester l'installation binaire comme source2021-04-19T19:00:03+02:00Mathieu GiraudTester l'installation binaire comme sourcehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4769Message plus explicite quand un pre-process est cours2021-09-21T18:42:14+02:00Mathieu GiraudMessage plus explicite quand un pre-process est cours
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le l...
@mikael-s (https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/34) :
> C'est néanmoins le déroulement normal quand il y a des fichiers à fusionner : d'abord la fusion est en cours et en attendant que la fusion soit faite le lancement de Vidjil est mis en pause (indiqué comme STOPPED). Une fois les fichiers fusionnés, cela reprend son cours normal : QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED.
Affiche-t-on déjà clairement que le ~"server-fuse" est en cours ?
Renommer le `STOPPED` dans ces cas-là ?Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4768beta: avoir dev déployé quelque part par ci2023-03-28T16:17:44+02:00Mathieu Giraudbeta: avoir dev déployé quelque part par ci(je pensais qu'il y avait déjà une issue, pas trouvé)
On a pour l'instant un serveur de dev où on change manuellement les branches et où on fait des essais. C'est utile mais pas très systématique.
Avoir donc toujours un serveur déployé...(je pensais qu'il y avait déjà une issue, pas trouvé)
On a pour l'instant un serveur de dev où on change manuellement les branches et où on fait des essais. C'est utile mais pas très systématique.
Avoir donc toujours un serveur déployé quelque part qui soit notre version de référence pour le dev. Cela servirait pour
- discuter de dev entre nous, notamment en audio
- pouvoir pointer dans des issues ou autre vers des URLs sur ce serveur
- montrer à des usagers les features arrivant
Vu tous les environnements de review qu'on déploie par ~"dev-ci"... on n'en est pas à un près :)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4767Tests web / screenshots : décider si l'on utilise autre chose à côté de Watir2023-01-25T13:50:48+01:00Mathieu GiraudTests web / screenshots : décider si l'on utilise autre chose à côté de WatirIci discussion comparative :
- Watir (vu notre historique, même si on décide d'utiliser autre chose, on gardera encore)
- Cypress #3655 #4440 !671 (qu'on mentionne/évalue depuis... 2+ ans !)
- Puppeeter #3659
- Playwright #4766
Buts:...Ici discussion comparative :
- Watir (vu notre historique, même si on décide d'utiliser autre chose, on gardera encore)
- Cypress #3655 #4440 !671 (qu'on mentionne/évalue depuis... 2+ ans !)
- Puppeeter #3659
- Playwright #4766
Buts:
- Screenshots/doc #4224
- Un jour complémenter ou remplacer Watir ?
- Idéalement tester FF 32+78 / Chrome 49+79
@flothoni a désormais une grosse habitude à utiliser Watir... et apprécie beaucoup CypressTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4766Évaluer Playwright2021-04-29T18:23:09+02:00Mathieu GiraudÉvaluer Playwright
À côté de Cypress #3655 (et de Puppeteer #3659), une étoile montante est https://playwright.dev/
Deux liens pro-Playright:
- https://medium.com/sparebank1-digital/playwright-vs-cypress-1e127d9157bd
- https://medium.com/uk-hydrographic-...
À côté de Cypress #3655 (et de Puppeteer #3659), une étoile montante est https://playwright.dev/
Deux liens pro-Playright:
- https://medium.com/sparebank1-digital/playwright-vs-cypress-1e127d9157bd
- https://medium.com/uk-hydrographic-office/why-we-chose-playwright-over-cypress-db4770cf5204
cc @flothoniTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4765.gitlab-ci.yml et tests server tutorial2023-03-28T16:35:25+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml et tests server tutorialThe following discussion from !913 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/913#note_470289):
> Attention, le job de déploiement du review serveur n'est pas...The following discussion from !913 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/913#note_470289):
> Attention, le job de déploiement du review serveur n'est pas lancé pour ces branches. D'ailleurs pourquoi `prod-client` ?Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4764Interdire -3 le jour où on change d'autres options en ligne de commande2021-04-16T16:45:12+02:00Mathieu GiraudInterdire -3 le jour où on change d'autres options en ligne de commandeSuite à !947Suite à !947https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4763Mettre le répertoire browser/addons accessible à l'extérieur du Dock pour les...2021-04-16T07:48:01+02:00Mathieu GiraudMettre le répertoire browser/addons accessible à l'extérieur du Dock pour les addonsPour rendre possible !949Pour rendre possible !949https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4762Docker vidjil-algo2021-04-19T20:24:42+02:00Mathieu GiraudDocker vidjil-algoFaire une image autonome et prête à l'emploi, avec germlines et séquences de démo.
(Pendant qu'on y est, mettre aussi `-alpha` dedans ?)Faire une image autonome et prête à l'emploi, avec germlines et séquences de démo.
(Pendant qu'on y est, mettre aussi `-alpha` dedans ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4761Gitlab-CI : ne pas avoir de dépendance (si possible) pour les jobs manuels2021-04-15T17:10:52+02:00Mikaël SalsonGitlab-CI : ne pas avoir de dépendance (si possible) pour les jobs manuelsParfois on a des jobs manuels qui échouent parce qu'on les lance alors que les artefacts des jobs précédents n'existent plus. Or si on n'a pas besoin de ces artefacts, c'est dommage.
C'est particulièrement vrai pour l'environnement de r...Parfois on a des jobs manuels qui échouent parce qu'on les lance alors que les artefacts des jobs précédents n'existent plus. Or si on n'a pas besoin de ces artefacts, c'est dommage.
C'est particulièrement vrai pour l'environnement de review où il y a un "stop job" qui arrête l'environnement au bout de 2 mois. Le problème c'est que ce job échoue puisque les artefacts n'existent plus. Du coup nos environnements ne sont plus arrêtés.
On peut aussi avoir le problèmes pour d'autres jobs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4760Germlines custom -V / -J et findCDR3()2021-04-15T12:49:44+02:00Mathieu GiraudGermlines custom -V / -J et findCDR3()
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular...
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular ? PHE118_TRP118_IN_GAPPED_J : 0) ;
```
(mais nous n'avons pas cela pour une des méthodes).
En tout cas, le `code` vau `custom` et ne permet pas de différencier si on cherche ou pas des CDR3. À vérifier, il n'est pas impossible que l'on cherche toujours ou jamais des CDR3 (avec `-3`), indépendamment du fait que la germline le permette ou pas.
Mais bon, on ne peut pas y faire grand chose...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4759Installation binaire : rendre cela possible et/ou supprimer2021-04-19T20:14:30+02:00Mathieu GiraudInstallation binaire : rendre cela possible et/ou supprimer
Est-ce qu'une seule personne sur la planète a déjà utilisé les binaires distribués sur www.vidjil.org/releases ?
Peut-être dans l'équipe de dev, mais sinon j'en doute : on ne fournit *aucune* instruction pour l'installation, en particu...
Est-ce qu'une seule personne sur la planète a déjà utilisé les binaires distribués sur www.vidjil.org/releases ?
Peut-être dans l'équipe de dev, mais sinon j'en doute : on ne fournit *aucune* instruction pour l'installation, en particulier pour... récupérer les germlines, qui nécessitent d'avoir `germline/Makefile`
- Supprimer ces binaires ? Cela simplifierait nos process !
- Faire mieux, avec Debian ou autre ? #3226 Bof... personne ne s'est jamais plaint qu'il n'arrivait pas à installer from source...Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4758algo: -3 par défaut ?2021-04-19T18:40:00+02:00Mathieu Giraudalgo: -3 par défaut ?
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il re...
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il reste est négligeable.
Transformer cela en une option avancée `--no-cdr3` qui ferait l'inverse ? (ou bien même supprimer cela complètement et toujours le lancer ?)Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4757axes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longues2021-06-11T14:47:03+02:00Mathieu Giraudaxes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longuesSuite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)Suite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4756Axes dans un ordre arbitraire ?2021-09-02T16:14:45+02:00Mathieu GiraudAxes dans un ordre arbitraire ?Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/940#note_505134:
@flothoni : "L'ordre est alphabétique. Je n'ai pas vu d'options possible pour fixer un ordre prédéfini."
cc @duezThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4755Mieux documenter les raisons de non-productivité2021-04-19T20:14:32+02:00Mathieu GiraudMieux documenter les raisons de non-productivité
Et parler aussi du WPGxG !937.
Suite à !901.
Et parler aussi du WPGxG !937.
Suite à !901.Algo 2021.04Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4754Pouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)2021-04-14T11:35:00+02:00Mathieu GiraudPouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut c...Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut conserver ce mécanisme (et restaurer les tests sur `findPotentialField` et autres), à savoir pouvoir afficher des choses même si elles ne pas décrites dans
`aligner_layer.js`.
Même question pour les axes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4753Warning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage p...2021-04-08T18:56:34+02:00Mikaël SalsonWarning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage pris par fuseSur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en er...Sur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en erreur.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0