vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T12:29:59+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3750Compare sample ne montre pas l'ensemble des données disponibles2019-02-28T12:29:59+01:00Thonier FlorianCompare sample ne montre pas l'ensemble des données disponiblesPour comparer des résultats sur diverses configurations, j'ai voulu faire un compare sample depuis un patient.
Je me suis rendu compte que la liste ne montrait que la dernière configuration lancée (patient 28977).
Je fais un test pou...Pour comparer des résultats sur diverses configurations, j'ai voulu faire un compare sample depuis un patient.
Je me suis rendu compte que la liste ne montrait que la dernière configuration lancée (patient 28977).
Je fais un test pour comparer, mais il y a beaucoup d'attente sur le serveur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3713Champs ajout patient/run/sample bloqué lors de l'ajout d'échantillon2019-02-08T17:09:07+01:00Thonier FlorianChamps ajout patient/run/sample bloqué lors de l'ajout d'échantillonJe me suis rendu compte aujourd'hui qu'il n'est plus possible de cliquer sur la dernière zone d'input à l'ajout des samples.
Cette zone est celle qui permet d'associer les patients, run ou sets.
Je n'ai pas d'explication.Je me suis rendu compte aujourd'hui qu'il n'est plus possible de cliquer sur la dernière zone d'input à l'ajout des samples.
Cette zone est celle qui permet d'associer les patients, run ou sets.
Je n'ai pas d'explication.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3711Test fonctionnel en echec pourtant validé2024-01-18T10:56:46+01:00Thonier FlorianTest fonctionnel en echec pourtant validéJ'ai une erreur dans mon test, et pourtant, le résultat apparaît comme ok. (test fonctionnel multilocus).
Il s'agit de ce [test](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/254737).J'ai une erreur dans mon test, et pourtant, le résultat apparaît comme ok. (test fonctionnel multilocus).
Il s'agit de ce [test](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/254737).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3705Erreur lors de l'export monitor2019-02-05T14:18:04+01:00Thonier FlorianErreur lors de l'export monitor```
polyline is undefined (from export.js)
```
Visiible sur le set [demo X5](https://app.vidjil.org/browser/?set=4845&config=25&clone=5,6,7&plot=v,j,plot).
Dans ce cas, la fonction s’arrête et la page vidjil est "bloquée" avec le message...```
polyline is undefined (from export.js)
```
Visiible sur le set [demo X5](https://app.vidjil.org/browser/?set=4845&config=25&clone=5,6,7&plot=v,j,plot).
Dans ce cas, la fonction s’arrête et la page vidjil est "bloquée" avec le message `generating report`.
Plus généralement, nous devrions avoir un try/catch sur cette fonction; avec aussi le retour sous forme de flash si il y a une erreur à la génération.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3699Chrome : l'export du rapport en offline ne fonctionne pas2023-06-21T14:11:57+02:00Mikaël SalsonChrome : l'export du rapport en offline ne fonctionne pasEn étant sur #3695 je constate que l'export du rapport sous Chrome ne fonctionne pas (en offline seulement, c'est-à-dire en chargeant un .vidjil) : je n'ai qu'une page vide.
Je n'ai pourtant aucune erreur dans la console.
Quelqu'un peut...En étant sur #3695 je constate que l'export du rapport sous Chrome ne fonctionne pas (en offline seulement, c'est-à-dire en chargeant un .vidjil) : je n'ai qu'une page vide.
Je n'ai pourtant aucune erreur dans la console.
Quelqu'un peut confirmer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3669Impossible de modifier les permissions d'un groupe2020-02-11T18:19:59+01:00Mikaël SalsonImpossible de modifier les permissions d'un groupeDans la page des groupes, lorsque je clique sur une icône des permissions (la clé), une requête est envoyée au contrôleur `group/permissions` qui produit une erreur 404. Le contrôleur existe bien, en revanche il n'y a pas de vue `views/g...Dans la page des groupes, lorsque je clique sur une icône des permissions (la clé), une requête est envoyée au contrôleur `group/permissions` qui produit une erreur 404. Le contrôleur existe bien, en revanche il n'y a pas de vue `views/groups/permissions.html`. J'ignore si c'est cela qui produit l'erreur 404, mais il ne semble pas y avoir eu de modifications récentes dans `views/`.
@flothoni je vois que tu as attribué des permissions début décembre, est-ce que cela fonctionnait correctement ? Comment as-tu fait ? Est-ce que cela fonctionne toujours pour toi ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3665Mauvaise position des clones dans le rapport exporté2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudMauvaise position des clones dans le rapport exportéhttp://app.vidjil.org/index.html?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
"Export sample"
Dans le rapport exporté, les clones sur la ~"client\-grid" IGH tout à droite (IGHV7-4-1) sont mal positionnés : on dirait qu'ils sont sur IGHV5-51.
Vu ...http://app.vidjil.org/index.html?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
"Export sample"
Dans le rapport exporté, les clones sur la ~"client\-grid" IGH tout à droite (IGHV7-4-1) sont mal positionnés : on dirait qu'ils sont sur IGHV5-51.
Vu sous FF comme sous Chromium.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3637sucess si pear assemble des fichiers de tailles différentes2018-11-27T16:56:56+01:00Thonier Floriansucess si pear assemble des fichiers de tailles différentesPour tester la nouvelle release, j'ai créé un patient, ajouté de nombreux fichiers, et testé d'en ajouter qui seront assemblés avec pear.
J'ai pioché dans un set de fichiers qui sont des résultats de `head -n` de différentes tailles qu...Pour tester la nouvelle release, j'ai créé un patient, ajouté de nombreux fichiers, et testé d'en ajouter qui seront assemblés avec pear.
J'ai pioché dans un set de fichiers qui sont des résultats de `head -n` de différentes tailles que j'utilise souvent pour ce genre d'occasions.
Aujourd'hui, j'ai voulu tester de mixer 2 fichiers de tailles différentes.
Je m'attendais à avoir un échec. Pourtant, nous avons vu un success et le processus vidjil a continuer normalement.
L'erreur de pear:
```
Computing empirical frequencies....: 1 Problem, number of reads does not match! n1 = 1000 n2 = 0
```
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3626`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone2018-11-13T18:11:20+01:00Mikaël Salson`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in...```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in run_vidjil
compute_extra(id_file, id_config, 5)
File "applications/vidjil/models/task.py", line 111, in compute_extra
for clone in d["clones"]:
TypeError: 'NoneType' object is not iterable
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3622set_token est présent à trop d'endroits2018-11-13T17:09:41+01:00Mikaël Salsonset_token est présent à trop d'endroitsDepuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui do...Depuis #3533 `set_token` est utilisé plus largement. Mais un peu trop car certains endroits ne sont pas adaptés pour recevoir un span.
Il est notamment présent sur la page d'un sample set, au niveau du lien “See results”, ce qui lui donne une tête bizarre. Il est également présent dans le lien de téléchargement du `.vidjil`, ce qui donne au fichier un nom non désiré. Il est également présent dans le menu *patients* (tout en haut), si jamais on a visité plusieurs patients différents.
J'imagine qu'il y a peut-être d'autres endroits.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3620Erreur uwsgi_max_temp_file_size dans l'image client produite par le pipeline CI2019-11-22T12:01:56+01:00Ryan HerbertErreur uwsgi_max_temp_file_size dans l'image client produite par le pipeline CIQuand on créé une image avec notre pipeline CI, il semblerait que nous ayons un soucis avec notre config NGINX. On a une erreur `"uwsgi_max_temp_file_size" directive invalid value in /etc/nginx/conf.d/web2py.conf:26`
L'erreur semble êtr...Quand on créé une image avec notre pipeline CI, il semblerait que nous ayons un soucis avec notre config NGINX. On a une erreur `"uwsgi_max_temp_file_size" directive invalid value in /etc/nginx/conf.d/web2py.conf:26`
L'erreur semble être présente dans les images `2018-10-18-f959661a` et `2018-11-07-9e578b34` (produites par le CI) mais pas dans `2018-10-26-3a690203` (produite sur ma machine).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3606Si les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUED2018-11-07T13:21:52+01:00Mikaël SalsonSi les pre-process échouent, les jobs du process restent QUEUEDÀ l'inverse les jobs devraient échouer.À l'inverse les jobs devraient échouer.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3602Compilation sur Fedora et Freebsd2018-11-23T17:22:35+01:00Mathieu GiraudCompilation sur Fedora et FreebsdRégression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129515Régression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129515Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3601Compilation avec clang et 'std::length_error' sur sortie AIRR2018-11-21T16:06:53+01:00Mathieu GiraudCompilation avec clang et 'std::length_error' sur sortie AIRRRégression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129537Régression de 2018.10 par rapport à 2018.07.2.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3571#note_129537Algo 2018.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3562No horizontal scroll bar in the information panel2019-06-24T18:03:04+02:00Mathieu GiraudNo horizontal scroll bar in the information panelSeen by @meidanis.Seen by @meidanis.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3561Export fasta non fonctionnels pour des données hors des germlines par défaut ...2018-10-16T14:49:46+02:00Thonier FlorianExport fasta non fonctionnels pour des données hors des germlines par défaut (ex: IKZF1/ERG)Dans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il f...Dans la même veine que #3512; les export fasta ne marche pas sur des configurations particulières, comme par exemple les IKZF1 et ERG, car ces données ne sont pas existantes dans le germline.
Il s'agit encore d'un cas particulier, Il faut donc au moins avoir un système de résilience pour récupérer les clones au format fasta, et un second pour trouver les séquences particulières.
Cette issue va de pair avec #3560 et s'attache aux mécanismes pour retrouver ces séquences germlines particulièreshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3558Scheduler : Error cleaning up2019-08-22T13:37:33+02:00Ryan HerbertScheduler : Error cleaning upOn a des erreurs régulières dans nos workers de la forme `ERROR:web2py.scheduler.28fe17984f96#17:Error cleaning up`.
De ce que j'ai compris [ici](https://groups.google.com/d/msg/web2py/opWFUcDMCyc/pMD0wFPkz9UJ), celà veut dire que le sc...On a des erreurs régulières dans nos workers de la forme `ERROR:web2py.scheduler.28fe17984f96#17:Error cleaning up`.
De ce que j'ai compris [ici](https://groups.google.com/d/msg/web2py/opWFUcDMCyc/pMD0wFPkz9UJ), celà veut dire que le scheduler n'arrive pas à agir sur ses propre tables.
Se pourrait-il que cette erreur de se produise sur une partie des workers de manière quasi-continue, et de temps en temps sur la totalité des workers (ce qui entraine l'erreur avec tous les jobs en `QUEUED`).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3555Erreur si clones null dans un fichier vidjil côté serveur2020-02-03T12:06:27+01:00Thonier FlorianErreur si clones null dans un fichier vidjil côté serveurLorsqu'un fichier ne retourne aucun clone, on a une valeur `null` au lieu d'une liste vide.
Cela pose problème du côté du server, et notamment dans `task.py` qui recherche la contamination.Lorsqu'un fichier ne retourne aucun clone, on a une valeur `null` au lieu d'une liste vide.
Cela pose problème du côté du server, et notamment dans `task.py` qui recherche la contamination.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3531Le spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondes2018-11-12T13:50:39+01:00Mikaël SalsonLe spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondesSur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela ...Sur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela peut avoir un lien avec !291 ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3524Stats et affichage des sample sets : valeurs dupliquées2018-10-05T19:17:50+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : valeurs dupliquéesDepuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon c...Depuis #3496, vu par @flothoni
> > Oui, exactement. Le but est d'avoir, par exemple quand on compare les samples d'un patient, l'info sur les runs et autres sets auxquels il appartient. Est-ce que ce n'est pas clair ?
> Non, dans mon cas, j'ai fait le compare depuis le run, qui contient 3 fichiers. J'ai pour un sample son patient de ratacchement, et 3 fois le run (en répétition). Il doit s'agir d'une bug dasn uen itération.
Oui, confirmé. dev, runs, premier run, on compare tout, les samples apparaissent trois fois.Ryan HerbertRyan Herbert