vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:40:42+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1794Vidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?2016-11-29T14:40:42+01:00Vidjil TeamVidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
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(offline jusqu'à 14h)
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rajouté "rm -rf algo"...L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
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(offline jusqu'à 14h)
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rajouté "rm -rf algo" au début, et relancé
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hmm étrange : la case « Delete workspace before build starts » est bien cochée
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bon, c'est passé.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1795Diversity measures : Ds vaut 42 sur Demo L42016-11-29T14:40:43+01:00Vidjil TeamDiversity measures : Ds vaut 42 sur Demo L4Cela devrait être entre zéro et un.
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
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Arrive sur les gros jeux de données, pas sur nos tests. Avec démo L4 :
~/vidjil/vidjil -G ~/vidjil/germline/TRG -y 0 -z 0 L4.fastq
Ds = 21.791...Cela devrait être entre zéro et un.
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
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Arrive sur les gros jeux de données, pas sur nos tests. Avec démo L4 :
~/vidjil/vidjil -G ~/vidjil/germline/TRG -y 0 -z 0 L4.fastq
Ds = 21.791
Formule vérifiée, cela ne peut pas être supérieur à 1. Pb de stabilité numérique ou autre bug ailleurs ?
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b2d64f6
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1803Accepter plusieurs -g dans la ligne de commande2016-11-29T14:40:48+01:00Vidjil TeamAccepter plusieurs -g dans la ligne de commandemulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodymulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1812Des séquences sont en reverse dans le .vidjil2016-11-29T14:40:55+01:00Vidjil TeamDes séquences sont en reverse dans le .vidjilEffectivement.
Entre 2015.12 et 2016.02, les séquences en SEG_- ne sont pas retournées dans le .vidjil. ARGH.
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rbx repassé en 2015.12 (+ relancé sur fichiers Demo L4 et X5).
Il va falloir prévenir les utilisateurs, on faisait n'import...Effectivement.
Entre 2015.12 et 2016.02, les séquences en SEG_- ne sont pas retournées dans le .vidjil. ARGH.
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rbx repassé en 2015.12 (+ relancé sur fichiers Demo L4 et X5).
Il va falloir prévenir les utilisateurs, on faisait n'importe quoi depuis 10 jours.
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À traiter donc pour 2016.03.
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bisect... et le gagnant est... 90b8bb4e :-)
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gloups
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7829f8bd
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Au fait, j'avais oublié que j'avais changé les configs pour lancer vidjil avec "-d". En revenant à 2015.12, "-d" n'existe plus... mais merci getopt qui est laxiste, il met juste un warning.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1814split-from-imgt.py et IGHD_upstream2016-11-29T14:40:57+01:00Vidjil Teamsplit-from-imgt.py et IGHD_upstream0eccf62 : j'ai mis un test en "f1".
Il y a un vrai soucis : on a maintenant des séquences dans IGHD_upstream.fa qui n'ont rien à y faire.
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4839321
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@nobody0eccf62 : j'ai mis un test en "f1".
Il y a un vrai soucis : on a maintenant des séquences dans IGHD_upstream.fa qui n'ont rien à y faire.
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4839321
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1815Mise à jour germlines IMGT et contrôle2016-11-29T14:40:58+01:00Vidjil TeamMise à jour germlines IMGT et contrôledoc/vidjil/germline.org est bien.
Mais devrait-on systématiquement vérifier les changements sur nos fichiers ? Une règle de Makefile "make diff-against-saved" qui regarde les changements sur $(DATA) ?
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72cb07b
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@nobodydoc/vidjil/germline.org est bien.
Mais devrait-on systématiquement vérifier les changements sur nos fichiers ? Une règle de Makefile "make diff-against-saved" qui regarde les changements sur $(DATA) ?
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72cb07b
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1820annotations : Quand il n'y a qu'un point, on ne voit pas les infos du sample2016-11-29T14:41:01+01:00Vidjil Teamannotations : Quand il n'y a qu'un point, on ne voit pas les infos du samplehttp://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=1507&config=26
http://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=146&config=26
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J'ai push une correction et merge dans beta :)
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merci, parfait
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@RyanHerbhttp://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=1507&config=26
http://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=146&config=26
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J'ai push une correction et merge dans beta :)
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merci, parfait
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1821annotations: cela bouge toujours un peu quand on édite les infos du patient2016-11-29T14:41:02+01:00Vidjil Teamannotations: cela bouge toujours un peu quand on édite les infos du patientPour les infos du sample, c'est beaucoup mieux maintenant.
Par contre, quand on édite les infos du patient, le reste bouge encore un peu.
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la correction est poussée et merge dans beta
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Génial, merci !
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@RyanHerbPour les infos du sample, c'est beaucoup mieux maintenant.
Par contre, quand on édite les infos du patient, le reste bouge encore un peu.
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la correction est poussée et merge dans beta
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Génial, merci !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1822./should-to-tap.sh stanford-fuse.should_get lève une OSError, mais le test passe2016-11-29T14:41:03+01:00Vidjil Team./should-to-tap.sh stanford-fuse.should_get lève une OSError, mais le test passe! failed: ../algo/tools/similarity
### Save merged file
==> out/fused.data
Exception OSError: (2, 'No such file or directory', '/var/folders/_g/j7pg94fs1zs8q3t6x1jhs9c00000gp/T/tmpsP9OAo') in <bound method _TemporaryFileWrapper.__del__ o...! failed: ../algo/tools/similarity
### Save merged file
==> out/fused.data
Exception OSError: (2, 'No such file or directory', '/var/folders/_g/j7pg94fs1zs8q3t6x1jhs9c00000gp/T/tmpsP9OAo') in <bound method _TemporaryFileWrapper.__del__ of <closed file '<fdopen>', mode 'w+b' at 0x103d74b70>> ignored
peut-être est-ce juste parce que j'ai pas similarity.
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Ne semble plus présent chez moi. Mathieu ?
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Plus d'exception chez moi non plus
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pour mémoire, 2460d41
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1823CDR3: affichage dans le browser2016-11-29T14:41:03+01:00Vidjil TeamCDR3: affichage dans le browserOn va regarder cela précisément, mais la semaine prochaine, avec aussi le merge du travail de François.
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@magiraud @RyanHerb @flothoniOn va regarder cela précisément, mais la semaine prochaine, avec aussi le merge du travail de François.
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@magiraud @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1826annotations: menu patient2016-11-29T14:41:05+01:00Vidjil Teamannotations: menu patient?
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? aussi :-)
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@magiraud?
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? aussi :-)
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1827annotations: pas d'enregistrement dans la DB ?2016-11-29T14:41:06+01:00Vidjil Teamannotations: pas d'enregistrement dans la DB ?Sur app.vidil.org/beta, si je modifie puis "save analysis"... et bien je ne retrouve pas mes modifications dans la DB :-)
(Testé aussi avant mes commits de ce matin, même effet.)
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Le serveur rbx n'est pas a jour avec les modification...Sur app.vidil.org/beta, si je modifie puis "save analysis"... et bien je ne retrouve pas mes modifications dans la DB :-)
(Testé aussi avant mes commits de ce matin, même effet.)
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Le serveur rbx n'est pas a jour avec les modifications qui répercutent les annotations dans la base de données
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Aha... mais si on demande à Lille de tester, il faut bien que cela marche... comment fait-on ?
Proposition : faire sur rbx (dans git/vidjil, branche rbx) un "cherry-pick" des commits concernés.
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Je change d'avis : c'est peut-être trop compliqué et cela fait du travail en double.
Je leur dit que pour l'instant, ce n'est pas sauvegardé.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1833VidjilInfoWriter, close: informations sur le lancement de MiXCR2016-11-29T14:41:10+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter, close: informations sur le lancement de MiXCRcommandline, run_timestamp : il faudrait remplir correctement ces champs
producer : « miXCR » (si possible avec le numéro de version
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Ok pour commandline et run_timestamp. pour le producer, je ne sais pas trop pour la version. On po...commandline, run_timestamp : il faudrait remplir correctement ces champs
producer : « miXCR » (si possible avec le numéro de version
***
Ok pour commandline et run_timestamp. pour le producer, je ne sais pas trop pour la version. On pourra en parler demain ?
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./mixcr -v
(util/VersionInfoProvider.java)
Ce ne serait pas choquant de reprendre toute cette chaîne sur plusieurs lignes.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1834VidjilInfoWriter, close ? "log" de MiXCR2016-11-29T14:41:11+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter, close ? "log" de MiXCRCouou Ryan, avais-tu pu récupérer les deux fichiers de log de MiXCR ? Il faudrait qu'ils soient dans le champ "log" du .vidjil.
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Au temps pour moi, tu le fais dans task.py, et cela marche bien. merci !
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@RyanHerbCouou Ryan, avais-tu pu récupérer les deux fichiers de log de MiXCR ? Il faudrait qu'ils soient dans le champ "log" du .vidjil.
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Au temps pour moi, tu le fais dans task.py, et cela marche bien. merci !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1835VidjilInfoWriter, putReads : gestion des locus2016-11-29T14:41:11+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter, putReads : gestion des locus.getAllele().getName().substring(0, 3)
→ plutôt .getGeneGroup().getLocus() ?
Regarde en particulier reference/LociLibrary.java : n’y a-t-il pas déjà quelque part une liste des locus ?
Ce serait bien de ne pas avoir ici la liste des ....getAllele().getName().substring(0, 3)
→ plutôt .getGeneGroup().getLocus() ?
Regarde en particulier reference/LociLibrary.java : n’y a-t-il pas déjà quelque part une liste des locus ?
Ce serait bien de ne pas avoir ici la liste des locus en dur dans VidjilInfoWriter, mais de faire une map/array s’appuyant sur les locus existants.
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Même remarque pour le field "Export clone germline (locus)" dans VidjilExtractFields
bestHit.getAllele().getName().substring(0, 3))
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Très bonne remarque. J'étais passé à côté de l'enum Locus donc ca donne un meilleur code maintenant :)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1839VidjilInfoWriter: "total" doit être le nombre de reads d'entrée2016-11-29T14:41:14+01:00Vidjil TeamVidjilInfoWriter: "total" doit être le nombre de reads d'entréeCe qui est calculé comme somme sur les locus est "segmented".
"total" devrait être le nombre de reads en entrée.
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mergé dans dev mais pas encore a jour sur prod-server => cd34ebf164
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@RyanHerbCe qui est calculé comme somme sur les locus est "segmented".
"total" devrait être le nombre de reads en entrée.
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mergé dans dev mais pas encore a jour sur prod-server => cd34ebf164
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1846save analysis cassé2016-11-29T14:41:18+01:00Vidjil Teamsave analysis casséC'est de ma faute : je me suis mis à merger un certain nombre de choses, et le save analysis de analysis-annotaiton n'est pas rétro-compatible. Ryan est dessus.
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merci !
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@magiraud @RyanHerbC'est de ma faute : je me suis mis à merger un certain nombre de choses, et le save analysis de analysis-annotaiton n'est pas rétro-compatible. Ryan est dessus.
***
merci !
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@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1849sample_set_run : API URL cassée2016-11-29T14:41:20+01:00Vidjil Teamsample_set_run : API URL casséeOn voit des choses comme cela :
http://test.vidjil.org/browser/?sample_set_id=undefined&config=3
http://app.vidjil.org/beta/browser/?sample_set_id=undefined&config=26
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merci Marc, cela fonctionne (sur app) ! app est testable.
Sur tes...On voit des choses comme cela :
http://test.vidjil.org/browser/?sample_set_id=undefined&config=3
http://app.vidjil.org/beta/browser/?sample_set_id=undefined&config=26
***
merci Marc, cela fonctionne (sur app) ! app est testable.
Sur test, il reste un micro-truc: Vue sample_set_id/index.html, bouton en bas : renvoie une URL sample_set_id, mais devrait plutôt retourner une URL patient quand c'est le cas.
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ok, cela ira
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1851Bikeshedding : couleurs segmenter2016-11-29T14:41:21+01:00Vidjil TeamBikeshedding : couleurs segmenterHomogénéiser :
1) les couleurs des spans V / D / J
2) les couleurs des soulignés VDJ-IMGT renvoyés par IMGT
Peut-être en mettant le Green/IMGT et Yellow/IMGT, à défaut du Black/Kapoor
1) doit être lisible (hum pour Yellow), 2) = 1...Homogénéiser :
1) les couleurs des spans V / D / J
2) les couleurs des soulignés VDJ-IMGT renvoyés par IMGT
Peut-être en mettant le Green/IMGT et Yellow/IMGT, à défaut du Black/Kapoor
1) doit être lisible (hum pour Yellow), 2) = 1) plus clair ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1852"Save analysis" sur app.vidjil.org/beta donne une serveur erreur2016-11-29T14:41:21+01:00Vidjil Team"Save analysis" sur app.vidjil.org/beta donne une serveur erreurmerci Ryan, cela fonctionne parfaitement !
J'en ai profité pour commenter Demo L3
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@RyanHerbmerci Ryan, cela fonctionne parfaitement !
J'en ai profité pour commenter Demo L3
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@RyanHerb