vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-03-14T12:07:51+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2028Merger tous les types de sample_set, ou non ?2017-03-14T12:07:51+01:00Vidjil TeamMerger tous les types de sample_set, ou non ?http://dba.stackexchange.com/questions/109210/does-an-empty-column-value-occupy-same-storage-space-as-a-filled-column-value
En résumé, une colonne de type fixe occupera sa place qu'elle soit NULL ou non, alors qu'une colonne de type v...http://dba.stackexchange.com/questions/109210/does-an-empty-column-value-occupy-same-storage-space-as-a-filled-column-value
En résumé, une colonne de type fixe occupera sa place qu'elle soit NULL ou non, alors qu'une colonne de type variable n'occupera aucune place si elle est vide.
Il y a cependant un vecteur de bits en entête de la table, qui recense les colonnes NULLABLE, et occupe un bit par colonne (arrondi à l'octet supérieur).
Web2py créé des varchar pour les string et des longtext pour les text. Les longtext n'étant pas stockés dans la table à proprement dire, occupent toujours la place d'un pointeur.
En l'occurrence, le seul longtext que nous avons pour les sample_set correspond à la colonne info, commune à nos trois types de sample_set.
La seule colonne qui occuperait donc de la place inutile serait la date.
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Donc l'enjeu serait plutôt de voir les performances de la liste. Si nous mettons tout en commun dans une table, il risque d'y avoir des performances similaires pour toutes les listes (patient, sample_set, run) quelque-soit le nombre de chaque type de sample_set.
Ce qui relève le sujet de la pagination.
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Ceci dit, le nombre de sample_sets reste le même dans tous les cas.
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merci Ryan pour ces éléments très précis !
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@RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2252Algo 2017.032017-03-16T17:10:00+01:00Mathieu GiraudAlgo 2017.03Je vise db78197. Je me suis permis de protéger `dev` le temps que les tests tournent (si on pousse, on repart au début, et on a plus de 2 heures de valgrind...). Peut-être faudra-t-il un jour lancer `release` (voire `valgrind`) sur maste...Je vise db78197. Je me suis permis de protéger `dev` le temps que les tests tournent (si on pousse, on repart au début, et on a plus de 2 heures de valgrind...). Peut-être faudra-t-il un jour lancer `release` (voire `valgrind`) sur master ou sur une branche plus protégée que `dev`.
cc @mikael-sAlgo 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
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Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
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@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2237Pas de README pour l'installation algo ?2017-03-15T16:38:40+01:00Mathieu GiraudPas de README pour l'installation algo ?Mika, de ~"Paris-Pitié" , a fait remonter ce matin que ce n'était pas facile d'installer. Quand on ouvre le `.tar.gz`, pas de `README` ?
(Je croyais qu'il venait du `doc/algo.org`)
cc @mikael-sMika, de ~"Paris-Pitié" , a fait remonter ce matin que ce n'était pas facile d'installer. Quand on ouvre le `.tar.gz`, pas de `README` ?
(Je croyais qu'il venait du `doc/algo.org`)
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4466Watir, paramètre pour laisser ouvert le navigateur après une serie de test2020-09-04T11:52:12+02:00Thonier FlorianWatir, paramètre pour laisser ouvert le navigateur après une serie de testQuand je develope une nouvelle série de test watir, je l'execute généralement en direct par watir, point par point, pour évaluer les valeurs attendues.
Pour ne pas que le navigateur se ferme et me laisser le temps d'observer ou manipule...Quand je develope une nouvelle série de test watir, je l'execute généralement en direct par watir, point par point, pour évaluer les valeurs attendues.
Pour ne pas que le navigateur se ferme et me laisser le temps d'observer ou manipuler, je commente la ligne `close_everything` et l'ajoute par inadvertance au commit. Cela bloque le pipeline de test par chrome sur gitlab.
Je propose de tester une variable d'environnement dans le makefile des tests pour laisser le navigateur ouvert.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4468Stats d'utilisation du serveur plus fins, y compris par config voire résultats2020-09-08T11:05:29+02:00Mathieu GiraudStats d'utilisation du serveur plus fins, y compris par config voire résultats
Avoir un "tableau de bord" avec les différentes ~"server-config" utilisées, et pourquoi pas... des stats (anonymes !) sur les résultats type locus ("Combien de samples sont surtout TRB ?") ?
Avoir un "tableau de bord" avec les différentes ~"server-config" utilisées, et pourquoi pas... des stats (anonymes !) sur les résultats type locus ("Combien de samples sont surtout TRB ?") ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4469tableau groupe; afficher plus d'informations2020-11-18T16:50:43+01:00Thonier Floriantableau groupe; afficher plus d'informationsJe suis en train de chercher qui utilise d'avantage le service au sein d'un groupe.
Lorsque l'on regarde son contenu, nous n'avons que les droits, les noms et mails. J'aimerai pouvoir y trouver les mêmes informations que sur la table us...Je suis en train de chercher qui utilise d'avantage le service au sein d'un groupe.
Lorsque l'on regarde son contenu, nous n'avons que les droits, les noms et mails. J'aimerai pouvoir y trouver les mêmes informations que sur la table users pour savoir qui en est l'utilisateur régulier, savoir si il y a des comptes qui n'ont pas été touché depuis longtemps aussi.
Une solution tierce serait de pouvoir filtrer les lignes de la table users en fonction d'un groupe directement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1212Messages d'information ou d'erreur en arrière plan2017-11-09T12:37:03+01:00Vidjil TeamMessages d'information ou d'erreur en arrière planQuand on est sur le serveur avec la fenêtre principale affichée, maintenant qu'elle a une dimension proportionnelle à la taille du navigateur, elle cache les notifications qui apparaissent en bas à gauche. Ce qui est évidemment problémat...Quand on est sur le serveur avec la fenêtre principale affichée, maintenant qu'elle a une dimension proportionnelle à la taille du navigateur, elle cache les notifications qui apparaissent en bas à gauche. Ce qui est évidemment problématique ;)
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d71903334f
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1851Bikeshedding : couleurs segmenter2016-11-29T14:41:21+01:00Vidjil TeamBikeshedding : couleurs segmenterHomogénéiser :
1) les couleurs des spans V / D / J
2) les couleurs des soulignés VDJ-IMGT renvoyés par IMGT
Peut-être en mettant le Green/IMGT et Yellow/IMGT, à défaut du Black/Kapoor
1) doit être lisible (hum pour Yellow), 2) = 1...Homogénéiser :
1) les couleurs des spans V / D / J
2) les couleurs des soulignés VDJ-IMGT renvoyés par IMGT
Peut-être en mettant le Green/IMGT et Yellow/IMGT, à défaut du Black/Kapoor
1) doit être lisible (hum pour Yellow), 2) = 1) plus clair ?
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1814split-from-imgt.py et IGHD_upstream2016-11-29T14:40:57+01:00Vidjil Teamsplit-from-imgt.py et IGHD_upstream0eccf62 : j'ai mis un test en "f1".
Il y a un vrai soucis : on a maintenant des séquences dans IGHD_upstream.fa qui n'ont rien à y faire.
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4839321
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@nobody0eccf62 : j'ai mis un test en "f1".
Il y a un vrai soucis : on a maintenant des séquences dans IGHD_upstream.fa qui n'ont rien à y faire.
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4839321
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4470Css dans barre des to et flex2020-09-11T11:42:04+02:00Mathieu GiraudCss dans barre des to et flex
Dans !796:
`width: calc(~"100%" - (@width_left_container + @width_stats + 60px));`
Cela fonctionne, mais voir si à terme des `flex` bien sentis ne pourraient pas simplifier l'ensemble. Et #2245.
Dans !796:
`width: calc(~"100%" - (@width_left_container + @width_stats + 60px));`
Cela fonctionne, mais voir si à terme des `flex` bien sentis ne pourraient pas simplifier l'ensemble. Et #2245.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4471Analyse fichiers Illumina R1/R22020-09-14T14:14:58+02:00Aurélie CAILLAULT-VENETAnalyse fichiers Illumina R1/R2Bonjour,
J’ai effectué un run Illumina et je voudrais analyser mes données sachant que j’ai obtenu des fichiers FastQ.gz R1 et R2. Dans la configuration actuelle de notre serveur, nous ne pouvons choisir que l’option sans pré-process. Q...Bonjour,
J’ai effectué un run Illumina et je voudrais analyser mes données sachant que j’ai obtenu des fichiers FastQ.gz R1 et R2. Dans la configuration actuelle de notre serveur, nous ne pouvons choisir que l’option sans pré-process. Qu’est-ce que je dois faire pour analyser mes fichiers ?
Merci
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4472Problème dans le calcul de la précision pour les axes du graph2020-09-22T10:16:03+02:00Thonier FlorianProblème dans le calcul de la précision pour les axes du graphProvoqué par les clones dde distributions.Provoqué par les clones dde distributions.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4473Courbes trop courbes pour identifier les contaminations2021-04-29T18:27:57+02:00Mathieu GiraudCourbes trop courbes pour identifier les contaminations
> Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de mod...
> Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de modifier cette visualisation et revenir au système précédent?
Préciser ce qui est difficile actuellement, s'il faut une option ou bien si un autre ajustement pourrait convenir
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4474clipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv dev...2020-09-22T09:48:51+02:00Mathieu Giraudclipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv devrait créer un/des patient(s)/run(s)/set(s)
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4475Tester Chrome 79 (jusqu'à juin 2023)2021-11-19T13:52:08+01:00Mathieu GiraudTester Chrome 79 (jusqu'à juin 2023)
Suite à !802, il serait bon que l'on puisse toujours tester Chrome 79, en parallèle du "dernier Chrome installé sur les slaves" qui évoluera progressivement.
@mikael-s : "slave séparé, donc goulot d'étranglement".
Fera probablement pa...
Suite à !802, il serait bon que l'on puisse toujours tester Chrome 79, en parallèle du "dernier Chrome installé sur les slaves" qui évoluera progressivement.
@mikael-s : "slave séparé, donc goulot d'étranglement".
Fera probablement partie du stage "legacy-browsers" !451 (même si on est bien d'accord que 79 n'est pas legacy, cela sera notre "stable" actuel).Tests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4476Set creation should ignore leading/trailing spaces2024-03-27T14:28:29+01:00Mathieu GiraudSet creation should ignore leading/trailing spacesSi je rentre `2020-02-15 ` dans un champ date, avec un espace à la fin, cela ne passe pas au validateur et c'est bloquant.
Cela peut arriver encore plus souvent avec !783
Plus généralement, on pourrait enlever tous les espaces, pour le...Si je rentre `2020-02-15 ` dans un champ date, avec un espace à la fin, cela ne passe pas au validateur et c'est bloquant.
Cela peut arriver encore plus souvent avec !783
Plus généralement, on pourrait enlever tous les espaces, pour les prénoms / noms aussi.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4477clipboard.js et double clic2020-09-22T09:22:14+02:00Mathieu Giraudclipboard.js et double clicThe following discussion from https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/783#note_383367 should be addressed:
Il est possible de faire un doubleclick. Il faudrait prévenir ce comportement par une désactivation temporaire du ...The following discussion from https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/783#note_383367 should be addressed:
Il est possible de faire un doubleclick. Il faudrait prévenir ce comportement par une désactivation temporaire du bouton.
> !641
> !291
@duez : "le plus simple que j'ai pu, une petite fonction antiSpam() qui joue avec la propriete css `pointer-events:none,` facile a rajouter sur tout les events js sensible."
```onclick="readClipBoard('run'); antiSpam(this, 1000)"```
@mikael-s: "Pourquoi ne pas réutiliser `temporarilyDisableClickedLink` de !641 ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4478clipboard.js et données incomplètes2020-09-22T09:18:56+02:00Mathieu Giraudclipboard.js et données incomplètesSuite à !783.
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| 42 | John | Doe | | #ALL |
| | George | Sand | 1804-02-01 | |
Si ce que je colle dans la dernière l...Suite à !783.
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|-----|---------|-------|------------|------|
| 42 | John | Doe | | #ALL |
| | George | Sand | 1804-02-01 | |
Si ce que je colle dans la dernière ligne ne va pas jusqu'au `\n`, alors le contenu de la dernière ligne est oublié.
C'est peut-être ~"priority-1-low", depuis un tableur cela n'arrive pas ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4479Réparer les tests client suite à clipboard.js2020-09-22T17:40:46+02:00Mathieu GiraudRéparer les tests client suite à clipboard.jsSuite à !783, au moins code quality ne passe plus.
cc @duez @flothoniSuite à !783, au moins code quality ne passe plus.
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4480Erreur sur le runner meccano2024-01-29T16:48:44+01:00Thonier FlorianErreur sur le runner meccano```
$ docker pull --quiet "$CODE_QUALITY_IMAGE"
unknown flag: --quiet
```
Il faut possiblement mettre à jour la version de docker présente.
cc @magiraud @mikael-s```
$ docker pull --quiet "$CODE_QUALITY_IMAGE"
unknown flag: --quiet
```
Il faut possiblement mettre à jour la version de docker présente.
cc @magiraud @mikael-sDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4482Avoir un process de déploiement / création d'images Docker2023-03-28T16:10:24+02:00Mathieu GiraudAvoir un process de déploiement / création d'images Docker
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?
En particulier, quand devons-nous éditer `docker/CHANGELOG` ?
Un MR template ?Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4483Afficher le sha1 dans le client2020-09-23T20:13:25+02:00Mathieu GiraudAfficher le sha1 dans le clientIl est déjà dans la console (!52), mais il devrait pouvoir s'afficher quelque part dans un menu aide et/ou à l'ouvertureIl est déjà dans la console (!52), mais il devrait pouvoir s'afficher quelque part dans un menu aide et/ou à l'ouverturehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4484Admin / My Account : controleur et vue pour connaître son nombre d'échantillo...2020-11-18T16:50:45+01:00Mathieu GiraudAdmin / My Account : controleur et vue pour connaître son nombre d'échantillons/patients/runs/sets avec certains tags, statsPareil que #2951, mes des stats par tag.
Cela permettrait de savoir combien on a de LAL, d'échantillons recherche, ...Pareil que #2951, mes des stats par tag.
Cela permettrait de savoir combien on a de LAL, d'échantillons recherche, ...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4485Tutorial dataset doesn't exist anymore2020-09-28T17:33:27+02:00Mikaël SalsonTutorial dataset doesn't exist anymoreExpected address: http://www.vidjil.org/seqs/tutorial_dataset.zipExpected address: http://www.vidjil.org/seqs/tutorial_dataset.ziphttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4486Tuto : parler de Genescan et des distributions2020-12-04T12:06:09+01:00Mathieu GiraudTuto : parler de Genescan et des distributionsC'est tout de même une des features majeures de cette année.
Mettre une question juste après la `4`, faire dire si le sample est mono/polyclonal ?
Les distributions, c'est naturel, pas la peine d'expliquer, ou peut-être ce qu'il se pass...C'est tout de même une des features majeures de cette année.
Mettre une question juste après la `4`, faire dire si le sample est mono/polyclonal ?
Les distributions, c'est naturel, pas la peine d'expliquer, ou peut-être ce qu'il se passe dans la questions `8`.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4487Tuto : parler de AIRR et d'export de tous les clones2020-09-28T07:34:03+02:00Mathieu GiraudTuto : parler de AIRR et d'export de tous les clonesExport ? Import ?
Probablement quelque part vers les questions `70-80`.
cc @flothoniExport ? Import ?
Probablement quelque part vers les questions `70-80`.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4488Tester par validate-links.py le tutorial2020-09-28T00:34:40+02:00Mathieu GiraudTester par validate-links.py le tutorialDeamnderait de changer la regex pour les urls / mettre une option.
Éviterait par exemple #4485.
Voir #2880.Deamnderait de changer la regex pour les urls / mettre une option.
Éviterait par exemple #4485.
Voir #2880.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4489improve cluster options - cluster by V, V*,J, J*, V+J2020-09-29T14:38:31+02:00marc duezimprove cluster options - cluster by V, V*,J, J*, V+Jmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4490Le dégradé gris cache parfois des clones qui n'ont qu'un seul read2020-09-28T16:13:42+02:00Mikaël SalsonLe dégradé gris cache parfois des clones qui n'ont qu'un seul readIci on a des clones avec un seul read dans le 1er sample, 3è sample, 4è sample, 7è sample https://app.vidjil.org/browser/40355-3
Voir aussi #4201Ici on a des clones avec un seul read dans le 1er sample, 3è sample, 4è sample, 7è sample https://app.vidjil.org/browser/40355-3
Voir aussi #4201https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4491Doc, lister tous les axes disponibles pour le graph et donner des détail dessus2021-05-05T17:41:27+02:00Thonier FlorianDoc, lister tous les axes disponibles pour le graph et donner des détail dessusDans la doc, http://www.vidjil.org/doc/user/#the-sample-graph, nous listons quelques cas de preset.
Nous pourrions en plus lister l'ensemble des axes disponibles.Dans la doc, http://www.vidjil.org/doc/user/#the-sample-graph, nous listons quelques cas de preset.
Nous pourrions en plus lister l'ensemble des axes disponibles.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4493Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process2020-09-30T10:58:25+02:00Mathieu GiraudNom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il...
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il y a des résultats, c'est que tout s'est bien passé. Plus en détail, le log du process de merge est disponible en cliquant sur "M+R2..." dans la colonne "pre-process"
Cela dit...
- en général, est-ce que le nom est celui du premier fichier ? On pourrait enlever R1/R2 ou d'autres chaînes fréquentes, et mettre "merged" quelque part ?
- ce n'est pas très clair qu'il faut cliquer dessus (~doc). Peut-être un "COMPLETED" ou un checkmark aiderait et montrerait que tout s'est bien passéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4494Avoir des tooltip sur les contenus des différents tableaux2020-09-28T17:12:28+02:00Thonier FlorianAvoir des tooltip sur les contenus des différents tableaux@mikael-s depuis #4493
>et de toute façon sur mon écran je ne vois pas R1/R2 car c'est trop court
J'ai aussi souvent ce cas justement, à plein d'endroit dans les tables. On devrait pouvoir avoir un tooltip au hover (balise `title` en f...@mikael-s depuis #4493
>et de toute façon sur mon écran je ne vois pas R1/R2 car c'est trop court
J'ai aussi souvent ce cas justement, à plein d'endroit dans les tables. On devrait pouvoir avoir un tooltip au hover (balise `title` en fait) qui indique le contenu de la colonne quand on n'a pas la place.
Ce serait déjà une amélioration mineur en attendant de faire une refont du HTML/CSS de ces colonnes (je ne me souviens pas de l'issue correspondante...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4495Erreurs lors d'un cluster by V; cluster_clone undefined2021-02-11T08:00:05+01:00Thonier FlorianErreurs lors d'un cluster by V; cluster_clone undefinedDans le tuto, si l'on fait cluster by V, nous avons une erreur `cluster_clone_undefined`.
C'est reproductible.Dans le tuto, si l'on fait cluster by V, nous avons une erreur `cluster_clone_undefined`.
C'est reproductible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4496Avoir un preset locus/size2020-09-29T12:33:01+02:00Mikaël SalsonAvoir un preset locus/sizeUtilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.Utilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4497Date de naissance qui ne passe pas bien avec la création en masse de patients...2020-10-21T08:26:04+02:00Mikaël SalsonDate de naissance qui ne passe pas bien avec la création en masse de patients depuis EthercalcJ'ai fait une démo avec Framacalc et la date de naissance est transformée en un entier ce qui n'est, du coup, pas accepté.
https://lite.framacalc.org/9j8a-q87yj1pvao
Si ce n'est qu'avec Framacalc ce n'est pas dramatique, mais je crains...J'ai fait une démo avec Framacalc et la date de naissance est transformée en un entier ce qui n'est, du coup, pas accepté.
https://lite.framacalc.org/9j8a-q87yj1pvao
Si ce n'est qu'avec Framacalc ce n'est pas dramatique, mais je crains que ce soit lorsque le tableur reconnaît qu'il s'agit d'une date et la transforme ensuite.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4498Création multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est vide2020-09-29T14:32:55+02:00Mikaël SalsonCréation multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est videJe suis dans cette situation-là
![paste](/uploads/bfe46a19a413e553ac21ea3a1c9f0522/paste.png)
Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets...Je suis dans cette situation-là
![paste](/uploads/bfe46a19a413e553ac21ea3a1c9f0522/paste.png)
Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets quelque chose sur une des lignes de la dernière colonne c'est ok.
Même problème si c'est la 1è colonne.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4499Exporter des rapports pour de nombreux patients2021-10-27T17:27:19+02:00Mikaël SalsonExporter des rapports pour de nombreux patients@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubset@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubsethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4500Vue QC : accéder au sample2022-07-26T09:44:22+02:00Mikaël SalsonVue QC : accéder au sampleLorsqu'on est sur la vue QC, on aimerait ensuite passer à la vue du patient en question.Lorsqu'on est sur la vue QC, on aimerait ensuite passer à la vue du patient en question.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4501Voir plusieurs échantillons sans les impacts croisés2020-09-29T17:26:38+02:00Mathieu GiraudVoir plusieurs échantillons sans les impacts croisés
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4502Warning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les noms2020-09-30T11:13:23+02:00Thonier FlorianWarning sur le formulaire d'upload des fichiers suivant les nomsJ'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms di...J'imagine 2 erreurs classiques qu'il serait possible d'éviter aisément par ce warning:
* Glisser deux fois le même fichier; devrait être simple à détecter. Là on met le champs en rouge très visible
* Glisser deux fichiers dont le noms diverges franchement: Je ne suis pas certain de la facilité ou de la propreté d'un tel code, mais on pourrait imaginer que des fichiers qui divergent par plus que R1/R2 ne sont pas conformes.
Ensuite dans les deux cas, ouvrir un popup/modal si l'utilisateur clique sur `submit samples`. Celui-ci listant les erreurs présentes et demandant de confirmer le choix si l'utilisateur pense que c'est bon quand même.
Pour autant que je sache, par défaut les séquenceurs appliquent déjà une politique de nommage par défaut assez strict.
Attention, j'ai déjà vu des associations de fichiers R1/R3 aussi (avec les UMI).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4503Passer le tutoriel par un test dédié2020-09-30T15:38:45+02:00Thonier FlorianPasser le tutoriel par un test dédiéLors du dernier workshop, nous avons quelques soucis au niveau du tutoriel:
* Des points qui ont bloqués des utilisateurs (#4495)
* Quelques illustrations sur des slides qui commencent à devenir vieillissantes et plus tout a fait représe...Lors du dernier workshop, nous avons quelques soucis au niveau du tutoriel:
* Des points qui ont bloqués des utilisateurs (#4495)
* Quelques illustrations sur des slides qui commencent à devenir vieillissantes et plus tout a fait représentatives (lignes courbes, bouton get reads, ...).
* Très peu d'illustrations dans la doc
Lorsque l'erreur sur les cluster est arrivée, j'ai proposé aux utilisateurs de recharger la page. Mais je n'étais pas certain que l'état de départ était compatible avec le déroulé des observations/manipulations du tuto. Dans la même veine, si je rajoute quelque chose dans le tuto suite à une nouvelle feature, je n'ai pas forcement envie de le refaire en entier pour vérifier que je suis sur le bon sample, que les clusters présent n'empêchent pas une observation, ... Le pipeline de tests me permettrait de facilement voir l'état courant quand j'ajoute la nouvelle question/observation, et que celle-ci est compatible avec le reste du déroulé du tutoriel.
Je me proposerais bien de faire deux scripts de tests: un pour la doc pour tester que l'on peut exécuter tous les points et bien voir ce qui est attendu. Il peut se faire exclusivement par watir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4504Mieux fragmenter le tutorial ?2022-05-20T11:23:13+02:00Mathieu GiraudMieux fragmenter le tutorial ?
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adapté...
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adaptés, et les référencer tels quels depuis www.vidjil.org/doc ?
Derrière, penser chacun des 2-3 tutoriaux comme indépendants, pouvant être fait sans faire le reste ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4505Is fuse.py combining mrd fields correctly?2020-10-09T10:31:19+02:00Joao MeidanisIs fuse.py combining mrd fields correctly?Dear Vidjil Team,
Using the new artificial spike-ins recently, I came across something. Below we have a section of a .vidjil file produced by the new fuse. Notice how "reads" and "_average_read_length" are arrays of five items, but "c...Dear Vidjil Team,
Using the new artificial spike-ins recently, I came across something. Below we have a section of a .vidjil file produced by the new fuse. Notice how "reads" and "_average_read_length" are arrays of five items, but "copy_number" inside "mrd" is an array with just one item. Shouldn't it be a 5-item array too? Same for "R2", "family", "norm_coeff".
}
},
"reads": [
29627,
7,
0,
3,
0
],
"mrd": {
"copy_number": [
1205.5911381774217
],
"R2": [
0.9946038975948217
],
"family": [
"UNI"
],
"norm_coeff": [
0.0406923123562096
]
},
"id": "GATGTGTTTCATTGTGCCTTCCTTTAGCCAAACTCATCTTTGGAAAAGGA"
},
{
"germline": "IGH",
"_average_read_length": [
151.0,
151.0,
150.99961853027344,
0,
0
],https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1200Anonymisation des données2016-11-29T14:33:06+01:00Vidjil TeamAnonymisation des donnéesQui voit les noms/prénoms/birth ?
- soit seul le propriétaire (ceux qui ont les droits d'admin)
- soit ceux qui ont les droits d'écriture
(mais idéalement, il faudrait que le system admin ne voie pas tout cela...)
- ou bie...Qui voit les noms/prénoms/birth ?
- soit seul le propriétaire (ceux qui ont les droits d'admin)
- soit ceux qui ont les droits d'écriture
(mais idéalement, il faudrait que le system admin ne voie pas tout cela...)
- ou bien faire un autre droit (lourd, on risque de ne plus s'y retrouver)
$Pour tous les autres :
- pour l'instant 3 lettres prénom / 3 lettres nom
- et par la suite on fera quelque chose de mieux. Identifiant hopital ? Hash ? id vidjil ?
***
Pour l'instant trop flou, en rediscuter ensemble avant d'implémenter
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1927Sécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamSécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (al...En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (alors que le droit n'est que de "read" normalement).
***
Ca va meme plus loin, en creusant un peu, je m'apperçois que lancer un db.call avec les bons parametres dans la console affiche la page meme si on n'est pas connecté.
ex: db.call('sample_set/index', {'id' :'62' , 'config_id' : 5 } )
De là, je peux même télécharger le fichier results.
***
J'ai rajouté des vérifications avec la méthode existante dans auth: can_modify_config et j'ai caché les boutons pour les personnes non-admin.
***
Rando 2016: ok pour Ryan. merci !
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1030Tests .should-get ne concernant pas l'algo2017-05-18T11:17:57+02:00Vidjil TeamTests .should-get ne concernant pas l'algoil y a maintenant des .should_get qui concernent autre chose que l'algo
- md5 data/germlines
- fuse.py
Où devraient-ils être ? Et où doit être le test d'intégration continue (vidjil-data) ?
***
toujours d'actualité
***
De plus, c'e...il y a maintenant des .should_get qui concernent autre chose que l'algo
- md5 data/germlines
- fuse.py
Où devraient-ils être ? Et où doit être le test d'intégration continue (vidjil-data) ?
***
toujours d'actualité
***
De plus, c'est le bazar dans algo/tests/... on devrait ranger, par exemple :
./unit-tests/
./should-vdj-tests/
./should_get-tests/
./logs/
***
55b80e0, rangement.
La tâche reste ouverte pour la question initiale : que fait-on des .should-get qui concernent autre chose que l'algo ?
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1627should-to-tap devrait tester le code de sortie2016-11-29T14:38:44+01:00Vidjil Teamshould-to-tap devrait tester le code de sortiePar défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il...Par défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il pourrait y avoir presque une ligne de plus dans le .tap pour témoigner du résultat.
***
f8f89bb, 4187277
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1343(Check commit) Pas de droits pour le groupe par défaut2016-11-29T14:35:02+01:00Vidjil Team(Check commit) Pas de droits pour le groupe par défautMarc, peux-tu vérifier 1efdee9 et modifier si je me suis trompé ?
Jusqu'à maintenant, il y avait "share rights with users of the same group"... et effectivement, j'ai testé la création d'un patient de Lille, et il était visible par publ...Marc, peux-tu vérifier 1efdee9 et modifier si je me suis trompé ?
Jusqu'à maintenant, il y avait "share rights with users of the same group"... et effectivement, j'ai testé la création d'un patient de Lille, et il était visible par public, ce qui n'est pas souhaité.
Ce que je ne comprends pas, c'est que ces lignes proviennent de bb4faa7b, en juin. Or, depuis le temps, on a eu plusieurs utilisateurs qui ont créé des patients, et public n'avait pas le droit ?
merci
***
le groupe public pour tous n'est mis en place que depuis 9c67823f43a3
***
ok, merci
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2294API : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-mode2018-04-13T12:36:06+02:00Ghost UserAPI : La modification de l'URL est prise en compte même sans devel-model'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-sl'ajout manuel de clone ou de plot dans l'url est disponible en mode normal et non pas uniquement en dev mod. D'autant plus que le dev mode ne semble pas etre détecté au chargement de la page.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1529should_get : * est parfois shell-étendu2016-11-29T14:37:30+01:00Vidjil Teamshould_get : * est parfois shell-étendu$ ok
1: bla.* 0
$ fait une extension (shell) du .*
1: bla .* 0
est-ce normal ?
***
Tu l'as corrigé par 83167c9 ?
***
Oui, d'ailleurs c'était une extension uniquement dans l'output (ça n'impactait pas la regex).
***
@mikael-s$ ok
1: bla.* 0
$ fait une extension (shell) du .*
1: bla .* 0
est-ce normal ?
***
Tu l'as corrigé par 83167c9 ?
***
Oui, d'ailleurs c'était une extension uniquement dans l'output (ça n'impactait pas la regex).
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4506Pouvoir signaler des avertissements sur des serveurs non habilités2020-12-04T18:23:40+01:00Mathieu GiraudPouvoir signaler des avertissements sur des serveurs non habilitésCertains serveurs ne sont pas habilités à avoir des données de santé.
Un avertissement doit pouvoir figurer sur la page de création de sets / d'upload, en fonction d'une constante dans `defs.py`.Certains serveurs ne sont pas habilités à avoir des données de santé.
Un avertissement doit pouvoir figurer sur la page de création de sets / d'upload, en fonction d'une constante dans `defs.py`.Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-10-16https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1970mauvaise récupération des métadonnées sur Demo L42016-11-29T14:42:44+01:00Vidjil Teammauvaise récupération des métadonnées sur Demo L4En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?pat...En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=146&config=26 indique, dans son 'info', MiXCR ! De la même manière, celui pour X5 indique un mauvais numéro de version. Est-ce juste l'analysis qui n'est pas le bon ?
***
Peut-être est-ce la même chose que "Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichés" ?
***
Pour L4, je confirme que c'est juste un problème d'affichage de l'info : les résultats sont corrects et ont bien été obtenus avec Vidjil.
***
Oui, c'est une relique de l'analysis, comme on avait avec le champ log.
J'ai mis en place une hotfix, comme pour le champ log => 09e65aff7f32d79e53 + 7137057aa9030f8a9a00c
La solution est "hacky" mais si on devait faire proprement, ça prendrais beaucoup de temps... On peut en discuter si vous voulez :)
***
Est-ce toujours d'actualité ? La hotfix a été intégrée ?
***
Oui elle est intégrée :)
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1213Faire marcher le serveur sur IGH2016-11-29T14:33:15+01:00Vidjil TeamFaire marcher le serveur sur IGH94c0462, merci Mikaël
Python documentation tells there may have deadlocks with wait(), prefer communicate()
https://docs.python.org/2/library/subprocess.html#popen-objects
***
@magiraud @mikael-s @Duez94c0462, merci Mikaël
Python documentation tells there may have deadlocks with wait(), prefer communicate()
https://docs.python.org/2/library/subprocess.html#popen-objects
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1304Réarrangements incomplets2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamRéarrangements incompletsPatient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
***
Pour le patient MAQ en DD2/DD3 :...Patient MAQ : en lançant Vidjil en ligne de commande ./vidjil -V germline/IGK-INTRON.fa -J germline/IGK-KDE.fa -c clones data.fastq on trouve un clone en Intron-KDE qui ressort fortement (35987 reads)
***
Pour le patient MAQ en DD2/DD3 : rien. Mais ça vient des germlines. Le DD2 fait 9nt et on utilise une graine qui s'étend sur 11. Il faudrait récupérer la séquence en amont du DD2 et en aval du DD3.
***
|13+0=13| |rev-compl|
actgggggatacgcacagtgctacaaaacctacagagacctgtac
En utilisant ces séquences-là (en local) on a un clone à 44584 reads.
***
|
***
|9+0=9| |rev-compl|
tatactgatgtgtttcattgtgccttcctac
et cette séquence-là pour le DD3 :
>M22152|TRDD3*01|Homo sapiens|F|D-REGION|214..226|13 nt|1|
***
|
***
Sur bioinfo-inria on a cette séquence-là pour le DD2 :
>M22153|TRDD2*01|Homo sapiens|F|D-REGION|34..42|9 nt|1|
***
Pour récupérer automatiquement les séquences amonts on peut peut-être utiliser l'API du NCBI (pour le faire automatiquement). Sinon on peut les stocker quelque part :)
***
Pour TRDD2*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22153&rettype=fasta&retmode=text&to=42
Pour TRDD3*01 :
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=M22152&rettype=fasta&retmode=text&from=214&to=258
***
b43f867 pour récupérer les fichiers avec les séquences amont/aval
et cffcd74, 7aaa26f pour gérer les réarrangements incomplets (merci Mathieu)
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1305Sauvegarde impossible du fichier analysis2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamSauvegarde impossible du fichier analysisPour le patient MAQ : impossible de sauvegarder l'analysis en étant connecté en admin ou en lille. Message : database : id patient file needed, id config needed, you do not have permission to save changes on this patient
***
b3f0afa, mer...Pour le patient MAQ : impossible de sauvegarder l'analysis en étant connecté en admin ou en lille. Message : database : id patient file needed, id config needed, you do not have permission to save changes on this patient
***
b3f0afa, merci Marc
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1453Faire marcher fastq + '#'2016-11-29T14:36:31+01:00Vidjil TeamFaire marcher fastq + '#'Les tests should-vdj ont besoin de 13380ba7, mais 13380ba7 casse lecture de fastq.
***
0623dbf
***
@magiraudLes tests should-vdj ont besoin de 13380ba7, mais 13380ba7 casse lecture de fastq.
***
0623dbf
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1506Mathieu n'avait pas le bouton 'run'2016-11-29T14:37:14+01:00Vidjil TeamMathieu n'avait pas le bouton 'run'Au fait, quand je n'avais pas le bouton run, c'était... un manque place horizontal. Et je ne voyais pas d'ascenseur :-)
***
@magiraudAu fait, quand je n'avais pas le bouton run, c'était... un manque place horizontal. Et je ne voyais pas d'ascenseur :-)
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1610Rapport Activité SIRIC2016-11-29T14:38:33+01:00Vidjil TeamRapport Activité SIRICPour le 15 ? (MV absent avant)
***
Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
***
J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le...Pour le 15 ? (MV absent avant)
***
Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
***
J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le faire
***
aïe, toujours pas fait
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1623bug lors d'un chargement file.analysis2016-11-29T14:38:42+01:00Vidjil Teambug lors d'un chargement file.analysisLe graphique chargé par défaut est coupé à la moitié.
Le bug se resout si l'on redimensionne la fenêtre.
***
corrigé depuis un moment, c'était un problème d'ordre de chargement dans require.js
***
@nobodyLe graphique chargé par défaut est coupé à la moitié.
Le bug se resout si l'on redimensionne la fenêtre.
***
corrigé depuis un moment, c'était un problème d'ordre de chargement dans require.js
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1661Taille des bubbles quand on fait "compare two samples"2016-11-29T14:39:09+01:00Vidjil TeamTaille des bubbles quand on fait "compare two samples"http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2909&custom=3955&
Les bubbles ont une taille qui dépend du point principal. En conséquence, elles ont donc une taille 0 pour les clones absents dans le point principal.
Sur la vue "compare two sampl...http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=2909&custom=3955&
Les bubbles ont une taille qui dépend du point principal. En conséquence, elles ont donc une taille 0 pour les clones absents dans le point principal.
Sur la vue "compare two samples", c'est dommage de ne pas les voir (on voit la ligne en bas, mais on ne voit pas la ligne en haut à gauche).
***
cd0d55f, 9f9172e
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1705Vérifier comment le FineSegmenter gère les séquences en revcomp2016-11-29T14:39:41+01:00Vidjil TeamVérifier comment le FineSegmenter gère les séquences en revcompJuste pour être sûr. J'aimerais voir une fois la sortie des .should-vdj rev-compés.
***
Sur 68 tests, seulement 4 ne passent pas en revcomp :
python should-vdj-to-tap.py -r should-vdj-tests/*vdj.fa
<== should-vdj-tests/0000-nck-TRB.shou...Juste pour être sûr. J'aimerais voir une fois la sortie des .should-vdj rev-compés.
***
Sur 68 tests, seulement 4 ne passent pas en revcomp :
python should-vdj-to-tap.py -r should-vdj-tests/*vdj.fa
<== should-vdj-tests/0000-nck-TRB.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - TRBV7-2*02 0/0/3 TRBJ2-3*01 - found instead 0 200 201 257 TRBV7-2*02 159//13 TRBJ2-3*01 TRB SEG_- 1.939202e-25 0.000000e+00/1.939202e-25
<== should-vdj-tests/0119-lil-IGK+-TRA+D-TRD+-TRG.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - Intron 2/0/9 KDE - found instead 0 153 154 277 Intron 116//11 KDE IGK+ SEG_- 0.000000e+00 0.000000e+00/0.000000e+00
<== should-vdj-tests/0122-lil-TRG.should-vdj.fa.rc
not ok 1 - TRGV5*01 4/2/5 TRGJP2*01 - found instead 0 175 177 235 TRGV5*01 104/G/24 TRGJP2*01 TRG SEG_- 1.196297e-29 0.000000e+00/1.196297e-29
<== should-vdj-tests/0169-lil-TRA+D.should-vdj.fa.rc
not ok 2 - TRDD2*01 13//8 TRAJ29*01 - found instead 0 70 72 211 TRDD2*01 21/A/6 TRAJ29*01 TRA+D SEG_- 2.796024e-13 2.796024e-13/7.091547e-23
***
Le D fonctionnait bien (ainsi que les overlap potentiels V/D et D/J), et j’ai retrouvé pourquoi : FineSegmentD travaille sur
string str = getSequence().sequence.substr(l, r-l);
getSequence() renvoyant déjà la séquence éventuellement rev-comp.
Le bug ne portait donc que sur l’overlap V/J, c’est corrigé par cd28a56
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1794Vidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?2016-11-29T14:40:42+01:00Vidjil TeamVidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
***
(offline jusqu'à 14h)
***
rajouté "rm -rf algo"...L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
***
(offline jusqu'à 14h)
***
rajouté "rm -rf algo" au début, et relancé
***
hmm étrange : la case « Delete workspace before build starts » est bien cochée
***
bon, c'est passé.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1827annotations: pas d'enregistrement dans la DB ?2016-11-29T14:41:06+01:00Vidjil Teamannotations: pas d'enregistrement dans la DB ?Sur app.vidil.org/beta, si je modifie puis "save analysis"... et bien je ne retrouve pas mes modifications dans la DB :-)
(Testé aussi avant mes commits de ce matin, même effet.)
***
Le serveur rbx n'est pas a jour avec les modification...Sur app.vidil.org/beta, si je modifie puis "save analysis"... et bien je ne retrouve pas mes modifications dans la DB :-)
(Testé aussi avant mes commits de ce matin, même effet.)
***
Le serveur rbx n'est pas a jour avec les modifications qui répercutent les annotations dans la base de données
***
Aha... mais si on demande à Lille de tester, il faut bien que cela marche... comment fait-on ?
Proposition : faire sur rbx (dans git/vidjil, branche rbx) un "cherry-pick" des commits concernés.
***
Je change d'avis : c'est peut-être trop compliqué et cela fait du travail en double.
Je leur dit que pour l'instant, ce n'est pas sauvegardé.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1852"Save analysis" sur app.vidjil.org/beta donne une serveur erreur2016-11-29T14:41:21+01:00Vidjil Team"Save analysis" sur app.vidjil.org/beta donne une serveur erreurmerci Ryan, cela fonctionne parfaitement !
J'en ai profité pour commenter Demo L3
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@RyanHerbmerci Ryan, cela fonctionne parfaitement !
J'en ai profité pour commenter Demo L3
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1866Le segmenteur n'affiche plus les séquences alignées2016-11-29T14:41:30+01:00Vidjil TeamLe segmenteur n'affiche plus les séquences alignéesJe ne sais pas à quoi c'est dû mais sur app.vidjil.org/beta, lorsqu'on aligne des séquence, le cgi renvoie bien la réponse mais elle n'est pas affichée dans le segmenteur. Il y a une erreur :
span.addAttibute is not a function
span.ad...Je ne sais pas à quoi c'est dû mais sur app.vidjil.org/beta, lorsqu'on aligne des séquence, le cgi renvoie bien la réponse mais elle n'est pas affichée dans le segmenteur. Il y a une erreur :
span.addAttibute is not a function
span.addAttibute('other', other + '-' + segment.first_clone);
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2e1e98d
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Argh tu m'as devancé :)
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bonus: on ne voyait plus les mutations depuis bien longtemps, un bug qui se cachait. On les voit maintenant...
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1868N length complètement absurde2016-11-29T14:41:31+01:00Vidjil TeamN length complètement absurdeSur ce patient : http://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=1612&config=25
En faisant un plot « N length distribution » il y a un gros pic à 93. Or il s'agit de séquences qui n'ont pas de N et qui ne devraient donc pas être ici.
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Je ...Sur ce patient : http://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=1612&config=25
En faisant un plot « N length distribution » il y a un gros pic à 93. Or il s'agit de séquences qui n'ont pas de N et qui ne devraient donc pas être ici.
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Je suis dessus
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Corrigé. Les N de 0 nucléotide étaient considérés comme non définis et placés à la fin du graph. Maintenant les N de 0 nucléotides sont bien plottés comme tels et la légende précise bien quand il s'agit de undefined (à la fin). Notamment 65eefa49 et bdd9c9
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1870CBP/Chrome : analysis_annotations ne passe pas2016-11-29T14:41:33+01:00Vidjil TeamCBP/Chrome : analysis_annotations ne passe pasAu CBP, Aurélie arrive à voir beta (pas vu son ordinateur).
Mais pour Nicolas et Nathalie, sous Chrome, tout le bloc en haut à gauche est vide.
La console dit (de tête, je n'étais pas connecté) :
builder.js 271 : update_model_data(fiel...Au CBP, Aurélie arrive à voir beta (pas vu son ordinateur).
Mais pour Nicolas et Nathalie, sous Chrome, tout le bloc en haut à gauche est vide.
La console dit (de tête, je n'étais pas connecté) :
builder.js 271 : update_model_data(fieldName, value, parent)
SyntaxError, builder not defined
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Ryan, peux-tu regarder ? Ils sont prêts à tester au CBP si on corrige.
merci !
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Si je devais deviner, je dirais que c'est le mot "parent" en guise de parametre qui ne passe pas. Je vais tester ce weekend avec windows pour etre sûr, mais en attendant je change le nom du parametre.
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Sous Chrome avec Windows XP (on ne dit rien, merci), je n'ai pas de problème
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Cela fonctionne pour Nicolas maintenant (mais pas sous le même ordinateur). En attente de la confirmation pour Nathalie.
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Tout le monde était content hier
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1873Mise en production server: server error pour 'save analysis'2016-11-29T14:41:35+01:00Vidjil TeamMise en production server: server error pour 'save analysis'J'ai mis prod-browser sur dev. Tout fonctionne.
Par contre, j'ai essayé de mettre prod-server sur dev, et...
1) ... le "save patient" provoque une erreur serveur :
https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/88.160.126.149.2016-0...J'ai mis prod-browser sur dev. Tout fonctionne.
Par contre, j'ai essayé de mettre prod-server sur dev, et...
1) ... le "save patient" provoque une erreur serveur :
https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/88.160.126.149.2016-03-13.09-03-16.9c9d50a5-71c2-4853-ada3-5f13215988c2
2) le "open patient" ne me semblait pas fonctionner.
J'ai donc remis prod-server sur prod-server (a4a1a58).
Il faut aussi voir les 5 commits faits par Ryan sur prod-server : est-ce qu'on en a encore besoin ? En tout cas ils ne s'appliquent pas sur dev.
* a4a1a58 default.py changed save_analysis request var patient_info to info in
* cd96c89 default.py fixed error in parenthesis placement that broke sample info saving
* e2aa483 file.py, views/file/edit.html removed spaces in date field and added error logging for edit
* 92598de default.py added further data checks for save_analysis
* 2ec94c1 default.py save_analysis retro-compatibility
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ok, merci
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1875Server error sur compare patients2016-11-29T14:41:36+01:00Vidjil TeamServer error sur compare patientsmerci
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@RyanHerb @Duezmerci
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1914Récupérer certaines erreurs js et les logguer sur le serveur2016-11-29T14:42:05+01:00Vidjil TeamRécupérer certaines erreurs js et les logguer sur le serveurOn en a parlé les derniers jours : ce serait bien d'avoir un mécanisme pour logeur sur le serveur certaines erreurs javascript.
Il suffit d'utiliser db.error() ou warn(), ou ..., (voir database.js:947)
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On pourrait tout de suit...On en a parlé les derniers jours : ce serait bien d'avoir un mécanisme pour logeur sur le serveur certaines erreurs javascript.
Il suffit d'utiliser db.error() ou warn(), ou ..., (voir database.js:947)
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On pourrait tout de suite faire cela avec un try/catch au "bon endroit" qui crée la boîte en haut à gauche, puis rappeler browsershots ou Aurélie...
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Avec cette methode on peut envoyer le stacktrace complet au serveur. Ce n'est pas très esthétique, mais ca permet de mettre le try/catch à un niveau élevé dans le code (par exemple dans les fonctions init et update de chaque classe).
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merci
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4507À la création d'un serveur, demander deux fois le mot de passe admin2020-10-06T09:24:48+02:00Mathieu GiraudÀ la création d'un serveur, demander deux fois le mot de passe adminSinon on peut se tromper et ensuite avoir à relancer un serveur ;)
cc @duezSinon on peut se tromper et ensuite avoir à relancer un serveur ;)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4508Dans la table groupe, afficher une colonne `group_id`2021-01-04T09:59:38+01:00Mathieu GiraudDans la table groupe, afficher une colonne `group_id`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4509Documenter la migration de données par migrator.sh2021-02-09T17:32:21+01:00Mathieu GiraudDocumenter la migration de données par migrator.sh
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la...
@duez est en train de travailler sur la migration des données, et fera au passage de la ~doc pour cela vdj#1085
Approche doc-first : ces instructions iront dans http://www.vidjil.org/doc/server/#migrating-data, est-ce probablement à la place du paragraphe "Filtering data" ? Marc, dès que tu as des choses dessus, on testera/affinera cela
cc @flothoni2020-10-08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4510docker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sample2021-10-06T17:32:00+02:00Mathieu Girauddocker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sampleLe `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'e...Le `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'est pas vraiment testé, et rend plus difficile le suivi des changements Docker #XXXX.
Ne devrait-on pas plutôt conserver dans `docker/` un patch de `defs.py.sample` et l'appliquer pour générer `docker/.../defs.py` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4511Utiliser un framework javascript ?2022-02-19T14:21:20+01:00Mathieu GiraudUtiliser un framework javascript ?Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstra...Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstrap (a priori non)
- Angular
- React
- Vue
- ...
Pourquoi pas, mais décision lourde à débattre / comparer les possibilités / ...
Les choses déjà actées :
- chart.js est en cours d'évaluation par ~"app-stats", on verra si on l'utilise plus largement
- pour le côté responsive/gestion des vues, en ce moment ~"vmi-responsive"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4512Mise en prod de vmi / TABLET2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / TABLETSuite à !624/#4195 (et indépendant de #4513) :
> - En TABLET (et ailleurs), faire qu'un simple clic sur les boutons affiche ce qu'il faut.
Et aussi
- cohérence/ordre des vues en TABLET (fixer un ordre ?) Pour l'instant c'est un peu en...Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4513) :
> - En TABLET (et ailleurs), faire qu'un simple clic sur les boutons affiche ce qu'il faut.
Et aussi
- cohérence/ordre des vues en TABLET (fixer un ordre ?) Pour l'instant c'est un peu en bazar.
Dépend aussi de #4514.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4513Mise en prod de vmi / WIDE et visu3/sp22021-08-10T16:40:51+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / WIDE et visu3/sp2Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4512)
> - Pour NORMAL et WIDE, pour l'instant le `visu3` ne semble pas fonctionner et/ou est lent.
Vérifier d'ailleurs aussi que cela fonctionne avec un graphe (> 1 sample) ou sans.
#2810 toujou...Suite à !624/#4195 (et indépendant de #4512)
> - Pour NORMAL et WIDE, pour l'instant le `visu3` ne semble pas fonctionner et/ou est lent.
Vérifier d'ailleurs aussi que cela fonctionne avec un graphe (> 1 sample) ou sans.
#2810 toujours d'actualité ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4514Mise en prod de vmi / joli menu2020-10-13T17:43:31+02:00Mathieu GiraudMise en prod de vmi / joli menuSuite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.Suite à !624/#4195.
Quel design du menu ? Icônes ?
Indispensable en TABLET, facultatif en NORMAL/WIDE.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4516visu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bo...2020-10-13T18:40:31+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : cliquer sur les locus en preset 0/1 ne change pas les axes du bon spFait partie de #4513Fait partie de #4513https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4517visu3/sp2 et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:40+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 et raccourcis claviersÀ propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?À propos de #4513, mais ~"priority-1-low"
Les raccourcis claviers n'affectent pas visu3/sp2.
- Pourquoi pas, enlever alors les `[x]` devant les presets ?
- Ou bien avoir un raccourci type Alt + 3 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4518vmi et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu Giraudvmi et raccourcis claviers
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4519visu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélection2020-10-13T18:57:05+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 devrait réagir au "color by" et à la sélectionBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezBloquant pour #4513.
Pour l'instant, changer le "color by" n'a pas d'impact immédiat sur visu3/sp2. L'impact n'arrive que par exemple on change les axes sur visu3/sp2.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4520visu3/sp2 : quels presets ?2020-10-13T18:51:49+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : quels presets ?Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x dis...Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x disponible, c'est plus dur d'avoir des choses pertinentes ?
Ou prévoir des presets adaptés ? (Ou d'autres vues :imp:)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4521vmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?2020-10-13T19:12:03+02:00Mathieu Giraudvmi : supprimer/adapter switch_visu2 ?
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue ...
`menu.js:switch_visu2` (qui au passage fait un `new ScatterPlot` probablement indésirable) pourrait probablement être supprimé/adapté (et déplacé dans `vidjil_vmi.js`) pour quelque chose de plus régulier avec ~"vmi-responsive" : la vue sp2 comme la vue graphe sont toujours disponibles, c'est juste la bonne qui vient au bon endroit quand on en a besoin.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4522Affichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneur2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAffichage de D ou de features suivant leur e-valeur dans l'aligneurEn lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pou...En lien avec #1879/#2002 et autres tâches ~"cpp-finesegmenter-D" qui reviennent souvent et la discussion générale dans #2162.
Ici, côté ~"client-aligner" : on suppose qu'on a l'info de e-valeur pour chaque D, ou, plus généralement, pour une feature de séquences.
Comment l'affiche-t-on pour souligner le côté e-valeur ? Slider/checkbox ?
Similaire à #2664 #2136 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4524Erreur à l'ouverture d'une analyse MixCR2021-01-14T14:54:05+01:00Anne de SeptenvilleErreur à l'ouverture d'une analyse MixCRJe sais que ce n'est probablement pas votre priorité mais j'aurais aimé faire quelques analyses MixCR via Vidjil et j'obtiens un message d'erreur quand je tente d'ouvrir l'analyse :
Error – error in parsing the .vidjil file
The .v...Je sais que ce n'est probablement pas votre priorité mais j'aurais aimé faire quelques analyses MixCR via Vidjil et j'obtiens un message d'erreur quand je tente d'ouvrir l'analyse :
Error – error in parsing the .vidjil file
The .vidjil file seems broken, please check it or send us the filehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4525Récupérer par API des .vidjil ou .analysis sans être loggué2020-10-16T11:50:51+02:00Mathieu GiraudRécupérer par API des .vidjil ou .analysis sans être logguéÉvoqué avec @flothoni : pouvoir récupérer le dernier vidjil/analysis sur L4 ou autre sans être loggué
Servirait pour le tutorial, mais aussi pour remplacer certains `wget` sur L4 dans les tests.Évoqué avec @flothoni : pouvoir récupérer le dernier vidjil/analysis sur L4 ou autre sans être loggué
Servirait pour le tutorial, mais aussi pour remplacer certains `wget` sur L4 dans les tests.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4526Client Vidjil standalone2021-01-22T12:46:56+01:00Mathieu GiraudClient Vidjil standalonePar @duez :
> Navigateur chromium bidouille pour pointer sur un vidjil serveur
- mettre vidjil en page d'acceuil
- supprimmer toute les features inutiles (barre d'adresse/settings/favoris/...)
- restreindre les connections au maximum (...Par @duez :
> Navigateur chromium bidouille pour pointer sur un vidjil serveur
- mettre vidjil en page d'acceuil
- supprimmer toute les features inutiles (barre d'adresse/settings/favoris/...)
- restreindre les connections au maximum (uniquement vidjil server)
- ajouter des features utiles ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1Vidjil, an open-source platform for Repertoire Sequencing data2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudVidjil, an open-source platform for Repertoire Sequencing dataWe develop an open-source platform for the interactive analysis of high-throughput sequencing data from lymphocyte recombinations (RepSeq). The Vidjil algorithm gathers reads into clonotypes according to their V(D)J junctions (#2). The ...We develop an open-source platform for the interactive analysis of high-throughput sequencing data from lymphocyte recombinations (RepSeq). The Vidjil algorithm gathers reads into clonotypes according to their V(D)J junctions (#2). The Vidjil web application contains a client enabling visualization and interaction with clonotypes populations (#3) and a server launching RepSeq software on a sample, experiment and patient database (#4). We design the web application to work in an open ecosystem of RepSeq software, exchanging data and services with other RepSeq software (#5). We are agile (#6).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2Algorithm2024-01-30T19:18:22+01:00Mathieu GiraudAlgorithmWe develop an algorithm to process high-throughput sequencing data to detect sequences with V(D)J recombinations as well as incomplete or uncommon recombinations. We gather these sequences into clonotypes.
We use and improve state-of-...We develop an algorithm to process high-throughput sequencing data to detect sequences with V(D)J recombinations as well as incomplete or uncommon recombinations. We gather these sequences into clonotypes.
We use and improve state-of-the-art text algorithms (spaced seeds, automata, bit parallelism, indexing structures...) to provide efficient analytical methods. As fat as possible, we do not compute full alignments. We always plan to improve the algorithm, improving accuracy and speed and providing more pertinent analysis for immunology and hematology. We benchmark and improve the algorithm on carefully curated sequences.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3Web application - Client2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudWeb application - ClientWe develop a client to visualize, inspect and analyze clonotypes and their tracking along the time in a MRD setup or in a immunological study. We favor useability. We show data processed by the Vidjil algorithm or by any RepSeq clonotype...We develop a client to visualize, inspect and analyze clonotypes and their tracking along the time in a MRD setup or in a immunological study. We favor useability. We show data processed by the Vidjil algorithm or by any RepSeq clonotype gathering software. We want to give some modularity to users if they need to combine Vidjil results with other data, coming from either personal analysis or other software or scripts.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5Interacting with RepSeq software2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudInteracting with RepSeq softwareWe develop the web application (both client and server) to be independent from the Vidjil algorithm. We try to include or to link several software to pre-process, process, or post-process RepSeq data. We both use and propose APIs to work...We develop the web application (both client and server) to be independent from the Vidjil algorithm. We try to include or to link several software to pre-process, process, or post-process RepSeq data. We both use and propose APIs to work within a ecosystem of RepSeq software. We contribute to open formats to exchange RepSeq data.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/6Agile development, continuous integration and delivery2019-04-03T07:49:46+02:00Mathieu GiraudAgile development, continuous integration and deliveryWe develop with systematic testing and continuous integration. We always want to extend the test coverage and to improve our development policy. We aim to provide regular releases and to deliver continuously.We develop with systematic testing and continuous integration. We always want to extend the test coverage and to improve our development policy. We aim to provide regular releases and to deliver continuously.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/861Doc clinicien2016-11-29T14:20:41+01:00Vidjil TeamDoc clinicienA destination des utilisateurs de l'interface/bdd
définir la forme pdf/tooltip
***
ok, une première version dans doc/browser.org et http://vidjil.org/browser/help
Sera à améliorer par la suite + réflexion si tooltip pertinent ou pas
***
...A destination des utilisateurs de l'interface/bdd
définir la forme pdf/tooltip
***
ok, une première version dans doc/browser.org et http://vidjil.org/browser/help
Sera à améliorer par la suite + réflexion si tooltip pertinent ou pas
***
Ce n'est pas une tâche précise, on sait maintenant où c'est et ou on doit améliorer
***
@mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/862Documentation technique2016-11-29T14:20:41+01:00Vidjil TeamDocumentation techniqueA destination des codeurs
-harmonisation
-nom des fonctions/commentaires
-deploiement
***
oui... à décliner suivant algo / browser / server ? à voir
***
C'est clairement un point qui remontera dans les semaines à venir.
- doc/*.org : d...A destination des codeurs
-harmonisation
-nom des fonctions/commentaires
-deploiement
***
oui... à décliner suivant algo / browser / server ? à voir
***
C'est clairement un point qui remontera dans les semaines à venir.
- doc/*.org : des infos génériques
- des commentaires dans le code !
- et on a aussi bcp de doc qui traîne dans les messages de commit :)
***
J'ai fait une passe de réorganisation de la doc :
admin.org / server.org / dev.org
à continuer...
***
Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
***
@mikael-s @RyanHerb @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/863Doc bioinformaticien2016-11-29T14:20:42+01:00Vidjil TeamDoc bioinformaticien- doc/README
- (idéalement, s'il n'est pas trop tard) dans l'article
- browser: ce qui apparait, ce qu'on met dans le .pdf
- algo: ce qu'on met dans stdout et autres
***
à voir par rapport aux autres doc
doc/algo.org ?
***
C'est bon,...- doc/README
- (idéalement, s'il n'est pas trop tard) dans l'article
- browser: ce qui apparait, ce qu'on met dans le .pdf
- algo: ce qu'on met dans stdout et autres
***
à voir par rapport aux autres doc
doc/algo.org ?
***
C'est bon, doc/algo.org
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/864Nomenclature Intron/KDE ?2018-11-20T12:15:33+01:00Vidjil TeamNomenclature Intron/KDE ?avoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
***
CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
***
Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEavoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
***
CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
***
Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/865nomenclature IMGT exacte de CDR3-IMGT / JUNCTION / V-GENE2018-11-20T12:17:00+01:00Vidjil Teamnomenclature IMGT exacte de CDR3-IMGT / JUNCTION / V-GENE
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#864
***
#864https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/866nomenclature clntab2018-11-20T12:14:52+01:00Vidjil Teamnomenclature clntab
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#864
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#864