vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-12-11T13:08:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4558Avoir un meilleur retour utilisateur quand il y a une requête "bloquante" à l...2020-12-11T13:08:02+01:00Mathieu GiraudAvoir un meilleur retour utilisateur quand il y a une requête "bloquante" à la dbÉvoqué ce matin à propos de !832.
La requête par défaut va être un peu plus longue, et donc on va souvent avoir 1-2 secondes de lag quand on clique quelque part depuis le client. Pour l'instant le pointeur change et le bouton devient gr...Évoqué ce matin à propos de !832.
La requête par défaut va être un peu plus longue, et donc on va souvent avoir 1-2 secondes de lag quand on clique quelque part depuis le client. Pour l'instant le pointeur change et le bouton devient grisé (!291), mais ce n'est pas suffisant (on peut toujours cliquer ailleurs, et des choses non voulues vont se produire).
On parlait par exemple de griser l'ensemble de la fenêtre ~"client-database" et de mettre un (gros ?) spinner dessus ? (éventuellement après 0,3s-0,8s pour ne pas trop charger quand cela va vite, comme ce qu'on a fait pour #XXXX ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4557Avoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?2021-04-20T10:24:36+02:00Mathieu GiraudAvoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?Évoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothoniÉvoqué ce midi, à propos de !837 : avoir un nouveau champ en BD. Que veut-on exactement ? Création, upload ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4555Fenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)2020-11-06T10:59:26+01:00Mikaël SalsonFenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```Ici https://app.vidjil.org/browser/?custom=2909 la fenêtre info ne s'ouvre pas avec l'erreur :
```
TypeError: this.diversity[key][time].toFixed is not a function
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4554Fuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 nt2020-11-06T11:01:24+01:00Thonier FlorianFuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 ntUne question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?...Une question me vient. En routine il y a de cela un temps fort fort lointain, on avait des windows de taille 50, et maintenant nous sommes passé à 60.
Dans ce cas, les nouvelles analyses ne devrait pas être compatible lors du fuse non ?
De plus, est-ce que l'on test réellement ces comportements de mix inter-version ? Dans le cadre des tests COFRAC des hôpitaux ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4553Computation of MRD value upon clustering2020-11-26T19:23:44+01:00Joao MeidanisComputation of MRD value upon clusteringWe are experiencing an issue here in that, when clones are clustered, the MRD value of the first clone in the cluster, when opened, seems to be overestimated, sometimes even surpassing 100%. Perhaps an adjustment is needed in the way MR...We are experiencing an issue here in that, when clones are clustered, the MRD value of the first clone in the cluster, when opened, seems to be overestimated, sometimes even surpassing 100%. Perhaps an adjustment is needed in the way MRD values for individual clones inside a cluster are computed?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4551Avoir une confirmation utilisateur pour créer/uploader des données sur un ser...2020-12-04T18:21:59+01:00Mathieu GiraudAvoir une confirmation utilisateur pour créer/uploader des données sur un serveur non-HDS
En discutant de !813, suggestion de @duez : sur des serveurs non-HDS, faire que le bouton `save/upload` à la création de données potentiellement sensibles soit grisé, avec une case à cocher pour que l'usager indique que ses données sont...
En discutant de !813, suggestion de @duez : sur des serveurs non-HDS, faire que le bouton `save/upload` à la création de données potentiellement sensibles soit grisé, avec une case à cocher pour que l'usager indique que ses données sont bien autorisées à aller sur ce serveur.
Cela va clairement plus loin que #4506 mais peut être nécessaire pour mieux sensibiliser les usagers et clarifier les responsabilités de chacun.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4550task.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voir...2020-11-13T20:03:34+01:00Mathieu Giraudtask.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voire pour les process ?Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les ...Suggestion de @duez : un dictionnaire dans `defs.py`, on ne devrait pas avoir à changer `task.py` pour un nouveau pré/post-process qui est juste "une commande à trous" (possiblement avec wrapper)
Discussion avec @duez / @flothoni : les tasks demandent plus de choses... mais ne faudrait-il pas un wrapper autour de vidjil-algo ou d'autres tâches pour que ~"server-task.py" ne s'occupe que du scheduling ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4549Nouvelles variables / variables non-existentes dans defs.py2020-11-13T20:03:35+01:00Mathieu GiraudNouvelles variables / variables non-existentes dans defs.pyDepuis !813 :
> > > > Est-ce qu'il ne faudrait pas aussi qu'on vérifie (aussi) l'existence de la variable ? Cela éviterait les erreurs serveurs pour les installations courantes qui ne la renseignerait pas.
> > > Je me suis aussi posé ...Depuis !813 :
> > > > Est-ce qu'il ne faudrait pas aussi qu'on vérifie (aussi) l'existence de la variable ? Cela éviterait les erreurs serveurs pour les installations courantes qui ne la renseignerait pas.
> > > Je me suis aussi posé la question... comme pour toutes les modifications que l'on a fait à `defs.py`. Pour l'instant on n'a jamais fait cela, voir récemment !666.
> > > Garder la compatibilité peut mettre de la dette technique à la fois sur le code... mais surtout sur les `defs.py` des serveurs déployés : cela peut garder l'illusion que l'on peut ne pas mettre à jour et remettre à "plus tard' une détection de bug de configuration, alors que si on a "bientôt" un soucis dans une configuration cela reste frais.
Je préfère donc mettre ~"beware-migration" et qu'on soit plus rigoureux avec #4482 (et cette MR inclut dans ce sens e3b282d5).
> > > Pour l'instant on n'a jamais fait cela, voir récemment !666.
> > Je disconviens : 04048ecb24 ;)
> > Dans certains cas cela se justifie, par exemple pour les emails on a besoin de connaître les informations ou pour définir les sets, patients, runs mais je pense que ça ne devrait pas être systématique.
> > Dans certains cas on s'est déjà retrouvé (ou des utilisateurs) avec des erreurs serveurs parce que certaines variables n'étaient pas définies alors que ce n'est pas bloquant pour utiliser le serveur (par exemple avec `DIR_PEAR`).
> > Et là on met le poids sur les utilisateurs qui doivent mettre à jour leurs `defs.py` pour ne pas se retrouver avec une erreur serveur.
> @duez parle aussi de `DIR_PEAR`, et "ce n'est pas normal, on devrait avoir un mécanisme qui fait que tout variable non définie aie une valeur par défaut"
> @duez : "on pourrait loader le `defs.py.sample`, puis le `defs.py`, pour que toutes les variables aient une telle valeur par défaut"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4548Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons ...2020-11-03T09:37:59+01:00Mathieu GiraudPouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioin...
Avec #2135 / !836 @duez, nous serons bientôt en mesure d'afficher de manière générique n'importe quelle "feature de séquence", dont en particulier des recombinaisons "spéciales".
Donnerait-on la possibilité à l'utilisateur (ou au bioinformaticien en lien avec un utilisateur) d'éditer (de manière générique) ces choses ? Et donc de les stocker dans le `.vidjil` / les exporter dans le 'get support' ? En marquant d'une certaine manière (warning ?) que la séquence a été éditée manuellement ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4545org-babel-tangle.py et fichiers inclus2020-11-20T16:50:01+01:00Mathieu Giraudorg-babel-tangle.py et fichiers inclus
Faire que org-babel-tangle.py puisse:
- extraire tout à la suite dans un seul fichier
- suivre `\input{...}` (ou autre constructions dans d'autres langages, #4543)
Faire que org-babel-tangle.py puisse:
- extraire tout à la suite dans un seul fichier
- suivre `\input{...}` (ou autre constructions dans d'autres langages, #4543)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4543tests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rb2020-11-20T18:08:01+01:00Mathieu Giraudtests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rbSuite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important ...Suite à https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/812/diffs#note_392032 (et orthogonal à !812) :
> Probablement que l'autre sens (.tex extrait à partir du .rb) serait moins gênant
Je pense aussi qu'il est plus important d'avoir la coloration du code (et review...) en `.rb` qu'en `.tex`.
On pourrait donc extraire un .tex (ou .md #3574).
Points à regarder :
> a-t-on ce qu'il faut pour gérer proprement les inclusions (plusieurs fichiers .rb, et #4504) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4539stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set2023-03-28T16:18:06+02:00Mathieu Giraudstats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un setCertains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur ...Certains usagers, avec des runs avec 50+ échantillons, souhaiteraient visualiser ~"server-qc-stats" d'un coup. Ce n'est pas possible pour l'instant (~~limite à 10, et en plus~~ il faut cliquer sur les échantillons un par un).
Avoir sur la page d'un set un bouton "preview all samples" qui fait tout cela d'un coup ? (Derrière, le ~"server-fuse" a déjà été lancé s'ils sont dans le même set #4538)Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4538Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?2023-11-09T11:04:58+01:00Mathieu GiraudDevrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résul...Combien de temps prend un ~"server-fuse" sur 50+ échantillons qui seraient dans un même run ? Souhaite-t-on toujours le garder ? (Sinon, on ne visualise plus les résultats, mais veut-on inciter à visualiser dans le client autant de résultats ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4537Compare samples : mettre en avant les process les plus récents ?2020-10-21T09:39:47+02:00Mathieu GiraudCompare samples : mettre en avant les process les plus récents ?
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de ...
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de retrouver
- Ou afficher différement ? Par exemple griser les process qui ne sont pas les plus récents ?
C'est certes un cas très particulier (on le relance souvent L3), peut-être ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4536Rendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciens2020-12-02T14:47:15+01:00Mathieu GiraudRendre qc-stats robuste à des fichiers non présents ou trop anciensDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x ...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496#note_398601 :
```
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", getFusedStats(fuse)
(...)
basenames = [os.path.basename(x) for x in data['samples']['original_names']]
result_index = basenames.index(os.path.basename(res['sequence_file']))
ValueError: 'sequence_file.data_file.b(...)7a.gz' is not in list
```
Est-ce un fichier non dispo / trop ancien ? On suppose que original_names est bien renseigné, mais... si ce n'est pas le cas ? Par exemple ignorer ce fichier et passer à la suite ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4534Environnements de review server : rendre disponible les fichiers de séquences...2020-10-21T09:12:21+02:00Mathieu GiraudEnvironnements de review server : rendre disponible les fichiers de séquences de démo ?Typiquement L3/L4/X5... et #3788 à terme
Ne serait-ce pas l'occasion de les rendre disponible "par le réseau" ~"server-mounted-files", bref en montage/volume qui soit partagé par tous les environnements, et ainsi de pouvoir tester cette...Typiquement L3/L4/X5... et #3788 à terme
Ne serait-ce pas l'occasion de les rendre disponible "par le réseau" ~"server-mounted-files", bref en montage/volume qui soit partagé par tous les environnements, et ainsi de pouvoir tester cette fonctionnalité ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4533compare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de pa...2024-02-21T14:12:33+01:00Mathieu Giraudcompare & qc-stats depuis la page principale : un clic lorsque beaucoup de patients sont accessibles ne devrait pas bloquer le serveurAppuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500...Appuyer sur le bouton "stats" avec beaucoup de sets peut mettre à plat un serveur. Les admins ont beaucoup de sets, mais certains usagers aussi.
Si #3530 n'est vraiment pas un souci, rajouter tout de même une limite dure (50 ? 100 ? 500 dernier sets ?) pour qu'un simple clic ne bloque pas toutWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4529vmi et fenêtre serveur2020-11-13T19:34:10+01:00Mathieu Giraudvmi et fenêtre serveurLa fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.La fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4527Avoir un environnement de développement immédiat2021-10-15T17:16:06+02:00Mathieu GiraudAvoir un environnement de développement immédiat@duez, il y a quelques jours : "Cela devrait être beaucoup plus simple de se mettre à développer (que ce soit sur une nouvelle machine, ou bien sur un autre répertoire), `git clone` puis `make` ou autre commande, et tout devrait être up....@duez, il y a quelques jours : "Cela devrait être beaucoup plus simple de se mettre à développer (que ce soit sur une nouvelle machine, ou bien sur un autre répertoire), `git clone` puis `make` ou autre commande, et tout devrait être up."
Vu ce qui a été fait sur ~"server-docker" récemment, et sur les environnements de review, n'en sommes-nous pas proches ? Que faudrait-il faire ?
Voir #4210/!619.