vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-03-18T08:40:50+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4104N'afficher dans le graph que les clones du sample courant2020-03-18T08:40:50+01:00Mikaël SalsonN'afficher dans le graph que les clones du sample courantSolution pour éviter ce type de graph : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960
À activer automatiquement au delà d'un certain nombre de samples (mais doit être désactivable/activable à la main aussi).Solution pour éviter ce type de graph : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960
À activer automatiquement au delà d'un certain nombre de samples (mais doit être désactivable/activable à la main aussi).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4100Des clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le se...2020-02-13T11:02:57+01:00Thonier FlorianDes clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le segmenter[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nou...[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nous avons une erreur dans le fichier segmenter.js (function `computeAAseq`).
Je cherche encore le mécanisme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4094Le script tsne ne fonctionne pas toujours2021-09-29T17:14:41+02:00Thonier FlorianLe script tsne ne fonctionne pas toujoursJe viens de tester le cluster by similarity qui fait appel au serveur, et ensuite à tsne.js.
Il semble y avoir une erreur dans l'état actuel.
Voir [ici](https://app.vidjil.org/?set=25736&config=25)Je viens de tester le cluster by similarity qui fait appel au serveur, et ensuite à tsne.js.
Il semble y avoir une erreur dans l'état actuel.
Voir [ici](https://app.vidjil.org/?set=25736&config=25)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4086Améliorer l'efficacité de la liste2019-12-06T16:37:41+01:00Mikaël SalsonAméliorer l'efficacité de la liste@duez : "Lorsqu'on fait un updateElem sur la liste on consulte le DOM pour regarder s'il faut changer des choses : c'est coûteux. L'idée serait de stocker le `div` comme un attribut pour n'accéder au DOM que s'il faut réellement modifier...@duez : "Lorsqu'on fait un updateElem sur la liste on consulte le DOM pour regarder s'il faut changer des choses : c'est coûteux. L'idée serait de stocker le `div` comme un attribut pour n'accéder au DOM que s'il faut réellement modifier l'élément" [Marc n'hésite pas à corriger si j'ai fait un contre sens]https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4077Chargement des distributions trop long ?2020-06-11T15:35:13+02:00Mathieu GiraudChargement des distributions trop long ?@flothoni : "Plus long qu'avant ?"
Par exemple le dernier fichier d'exemple disponible sur les environnements de review, environ 900 clones, 250 réels, 650 de distributions@flothoni : "Plus long qu'avant ?"
Par exemple le dernier fichier d'exemple disponible sur les environnements de review, environ 900 clones, 250 réels, 650 de distributionsDéploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4073Clones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement voulu2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement vouluSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gr...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et cacher tous les clones en cliquant sur le carré gris, permettant de filtrer les tags.
La distribution reste parfaitement identique : les clones gris ont été remplacés par des clones de distribution. Est-ce vraiment ce que nous souhaitons ?
Mon avis c'est que c'est perturbant puisque d'autres filtrages (comme hide) n'ont pas cet effet-là.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4070Les valeurs de diversité sont parfois null2021-02-24T17:52:55+01:00Thonier FlorianLes valeurs de diversité sont parfois nullEn cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouv...En cherchant des valeurs dans les logs de quelques analyses ([ici](http://app.vidjil.org/index.html?set=33779&config=53)), je me suis aperçu que la valeurs pour certains indices de diversité pouvait être `null`. Dans ce cas, nous ne pouvons pas ouvrir le log du sample.
```
TypeError: this.diversity[key][time] is null model.js:583:3
```
Je ne sais pas pourquoi la valeur ici est `null`. Il s'agit de capture, donc des valeurs avec très très peu de clones. On peut imaginer que les formules ne soient pas toutes adaptées, mais il n'y a pas d'erreur sur les autres samples qui ont les mêmes critères.
2 points à corriger:
* rendre le client résilient à des valeurs `null`
* comprendre pourquoi avoir une valeur nullhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4066Couleur par nombre de samples2022-05-12T10:25:04+02:00Mikaël SalsonCouleur par nombre de samplesL'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/...L'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/dev-client.md#how-to-add-something-to-be-plotted)).
@pduroux nous a montré une coloration discrète pour les clones présents dans tous les samples et pour les clones présents dans un seul sample.
Parmi ce que nous demandent les utilisateurs il y a le contrôle de la contamination (#1744) et même si un clone n'est pas présent dans tous les échantillons, ça les intéresse.
L'intérêt d'une coloration discrète c'est qu'on peut facilement filtrer en cliquant sur la couleur qu'on ne veut pas voir. On pourrait donc avoir une coloration discrète :
* tous les samples
* plusieurs samples (mais pas tous)
* un seul sample
Si je m'intéresse à la contamination, je clique sur la couleur qui correspond à un seul sample et je vois directement tous les clones qui sont partagés par plusieurs samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4065retry: avec jobs séparés par browser2019-11-22T20:45:24+01:00Mathieu Giraudretry: avec jobs séparés par browserOn est en `retry: 2` sur `browser-functional` et `browser-functional-external`.
En général, j'aime bien les `retry`, même si ce n'est pas très rationel.
Depuis !542, est-ce que c'est toujours pertinent ? S'il y a un problème, tout va êt...On est en `retry: 2` sur `browser-functional` et `browser-functional-external`.
En général, j'aime bien les `retry`, même si ce n'est pas très rationel.
Depuis !542, est-ce que c'est toujours pertinent ? S'il y a un problème, tout va être lancé deux fois (cela dit, comme avant). S'il y a quelque chose de non reproductible, finalement cela ne va concerner qu'un seul browser, et le `retry` va être très bien utilisé. Bref, on est contents ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4060test_unit_browser échoue de manière non reproductible2019-11-22T10:46:18+01:00Mathieu Giraudtest_unit_browser échoue de manière non reproductibleJob [#464436](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/464436) failed for e491d9d2f7d0ba4fe988fbe874d43584a5930513:
`Makefile:21: recipe for target 'nightmare' failed`
Et refonctionne tout de suite ensuite (relancé manuellement).
Me...Job [#464436](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/464436) failed for e491d9d2f7d0ba4fe988fbe874d43584a5930513:
`Makefile:21: recipe for target 'nightmare' failed`
Et refonctionne tout de suite ensuite (relancé manuellement).
Mettre un `retry:` dessus ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4057Distributions : le calcul de countRealClones est faux2019-11-27T14:47:28+01:00Mikaël SalsonDistributions : le calcul de countRealClones est fauxCette fonction doit renvoyer le nombre de clones "réels" (sans les clones de distribution). Or ils ne sont pas retirés.
```js
countRealClones: function() {
return this.clones.length - this.system_available.length;
},
```
...Cette fonction doit renvoyer le nombre de clones "réels" (sans les clones de distribution). Or ils ne sont pas retirés.
```js
countRealClones: function() {
return this.clones.length - this.system_available.length;
},
```
Cela permet de faire en sorte d'avoir un `top` qui ne dépasse pas le nombre de clones réels (sinon, bug ?). Ce calcul n'est plus correct avec les clones de distribution.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4053Retour quand erreur à la création de compte2019-11-15T20:15:38+01:00Mathieu GiraudRetour quand erreur à la création de compteLa création de compte peut échouer, par exemple avec un mot de passe à <6 caractères.
Faire un retour.La création de compte peut échouer, par exemple avec un mot de passe à <6 caractères.
Faire un retour.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4047Analyse FAILED2019-11-18T12:40:44+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse FAILEDJ'ai 2 samples du dernier run pour lesquels l'analyse IGH a un problème. Le merge semble tout à fait normal.
Il s'agit des patient 34429 et 34430.
>Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/s...J'ai 2 samples du dernier run pour lesquels l'analyse IGH a un problème. Le merge semble tout à fait normal.
Il s'agit des patient 34429 et 34430.
>Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 353, in run_vidjil
run_fuse(id_file, id_config, id_data, sample_set_id, clean_before = False)
File "applications/vidjil/models/task.py", line 691, in run_fuse
stream = open(fuse_filepath, 'rb')
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/mnt/result/tmp/out-066735/066735-33789.fused'https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4046Erreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[obje...2019-11-15T20:04:17+01:00Mikaël SalsonErreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[object Object]'Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)...Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 695, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 252, in get_data
).select(db.fused_file.ALL).first()
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4045Documenter les constantes de clone.js2019-11-13T11:09:23+01:00Mikaël SalsonDocumenter les constantes de clone.jsDans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1...Dans clone.js on a maintenant des constantes pour définir ce que sait faire ou non un clone.
A-t-on quelque part une documentation de la signification des constantes ? Je suis un peu perdu pour certaines.
```js
C_CLUSTERIZABLE = 1
C_INTERACTABLE = 4
C_IN_SCATTERPLOT = 32
C_SIZE_DISTRIB = 64
C_SIZE_CONSTANT = 128
C_SIZE_OTHER = 256
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4044Le rapport monitor ne fonctionne plus2019-11-13T07:40:05+01:00Mikaël SalsonLe rapport monitor ne fonctionne plusExemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"Exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4043Les smaller clones apparaissent dans le rapport2019-11-13T07:40:06+01:00Mikaël SalsonLes smaller clones apparaissent dans le rapportExemple ici : export > report sample
http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plotExemple ici : export > report sample
http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plothttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4042Color by sample2022-04-06T14:52:31+02:00Mikaël SalsonColor by sampleAfin de visualiser la contamination il peut être intéressant de colorer en fonction du sample (tous les top clones d'un même sample ont la même couleur). Par contre se pose la question de la couleur si un même clone est dans le top de pl...Afin de visualiser la contamination il peut être intéressant de colorer en fonction du sample (tous les top clones d'un même sample ont la même couleur). Par contre se pose la question de la couleur si un même clone est dans le top de plusieurs samples.
Exemple, fait à la main : http://app.vidjil.org/index.html?set=33832&config=25
cf. #1744Web 2022.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4034Genescan gris et clones clusterisés2020-06-11T13:24:31+02:00Mikaël SalsonGenescan gris et clones clusterisésCela provoque une erreur, par exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=56
```
TypeError: cluster_clone is undefined
```
(clone.js:790)Cela provoque une erreur, par exemple ici : http://app.vidjil.org/?set=3241&config=56
```
TypeError: cluster_clone is undefined
```
(clone.js:790)