vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-10-27T09:56:49+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4885Noms plus courts pour les stages2021-10-27T09:56:49+02:00Mathieu GiraudNoms plus courts pour les stages
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans f...
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans faire le hover ? Avant nous avions `ff32-bla-bla`.
![image](/uploads/515e52bc63dae69592c6f0cde1377f55/image.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4884Undo2021-10-21T19:11:55+02:00Mathieu GiraudUndo
Suite à #1100 et plus précis.
On aimerait tout simplement avoir un bouton "Undo" (et un raccourci clavier) qui annule la dernière action, au cas où on s'est trompé ou on change d'avis:
- changement de couleur, d'axe, d'option...
- cl...
Suite à #1100 et plus précis.
On aimerait tout simplement avoir un bouton "Undo" (et un raccourci clavier) qui annule la dernière action, au cas où on s'est trompé ou on change d'avis:
- changement de couleur, d'axe, d'option...
- cluster (cela existe déjà, "revert to previous cluster")
- édition de clones
- filtre
- ?
(Cela n'annulerait pas les actions load/save.)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4883Migrer à Typescript ?2022-02-25T17:43:59+01:00Mathieu GiraudMigrer à Typescript ?cc @duez @flothonicc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4882Supported browsers, mai 2022/20242023-05-17T16:03:06+02:00Mathieu GiraudSupported browsers, mai 2022/2024Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 devi...Suite à #1077, #2427, #4860, #4862, !1041
Une proposition pour fixer un cap vers où l'on va:
- mai 2022 (reporté depuis sept 2021, on attendait #4862)
- on droppe les legacy FF32 et Chrome49
- les supported FF78 et Chrome79 deviennent les **extended support**, supportés jusqu'à au moins mai 2024 (!1051)
- les nouveaux supported deviennent FF98 ESR (ou autre si une autre sort) et Chrome XX.
- mai 2024 : nouvelle itération
Par rapport à ce qu'on avait mis l'année dernière (!802), on repousse donc les échéances de quelques mois, mais cela me semble sain, maintenant qu'il y a le warning #4862, que les utilisateurs
- aient 6 mois pour se préoccuper (et nous contacter si besoin)
- et que, en changeant vers le supported, ils savent qu'ils sont à l'abri pour plus de 2 ans (d'où !1051)
Ceci est toujours modulé par ce qu'on se rendrait compte par des stats (#2417) et/ou des retours d'usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4881Spam de initMenu sur app2021-10-20T18:15:33+02:00Thonier FlorianSpam de initMenu sur appLorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On...Lorsque l'on ouvre la page app (ou même un localhost), nous avons un warning "Files are not available".
Ce message provient de la fonction initMenu de `menu.js`. On cherche a charger des fichiers, mais sur app ce n'est pas paramétré. On a donc cette erreur fictive qui s'affiche à charque chargement de page.
Je pense que l'on doit reparamètrer app pour ne pas chercher a afficher ces fichiers, et donc ne plus lever d'erreurs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4880Report non-designated sequence outside of germline ?2021-10-16T13:01:10+02:00Mathieu GiraudReport non-designated sequence outside of germline ?Discussion dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1010#note_579356
Voir ce qu'on souhaite côté bio, et aussi comment cela apparaît dans le ~client.Discussion dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1010#note_579356
Voir ce qu'on souhaite côté bio, et aussi comment cela apparaît dans le ~client.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4879Licence et germlines2021-10-29T17:24:56+02:00Mathieu GiraudLicence et germlinesDepuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Depuis #4824:
> voire pour les germlines #2639.
Mettre aussi dans license.md un paragraphe clair pour l'utilisation de germlines non-libres.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4878validate-links.py: asynchrone ?2021-10-12T12:27:49+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: asynchrone ?
On pourrait probablement gagner du temps de build.
On pourrait probablement gagner du temps de build.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4876Si le post process échouel, les analyses sont quand même disponible pour le fuse2021-10-06T17:38:57+02:00Thonier FlorianSi le post process échouel, les analyses sont quand même disponible pour le fuseSuite à une erreur sur un scirpt de preprocess fuse, toutes les analyses sont en erreur.
En cherchant a corriger ce point, j'ai vu dans le log du fuse que l'ensemble des autres analyses était listé dans la commande fuse.
Quelque part,...Suite à une erreur sur un scirpt de preprocess fuse, toutes les analyses sont en erreur.
En cherchant a corriger ce point, j'ai vu dans le log du fuse que l'ensemble des autres analyses était listé dans la commande fuse.
Quelque part, en effet, l'analyse vidjil est disponible, mais je ne pense pas que l'on devrait les inclure.
Il s'agit probablement d'un étiquetage des process dans le serveur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4875Curseur d'attente2021-10-06T15:00:29+02:00Mathieu GiraudCurseur d'attente(pour le calcul primers, mais potentiellement pour d'autres calculs)
See [discussion in !1013](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_574004) :
> > En CSS ? https://stackoverflow.com/questions/5175740/javas...(pour le calcul primers, mais potentiellement pour d'autres calculs)
See [discussion in !1013](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_574004) :
> > En CSS ? https://stackoverflow.com/questions/5175740/javascript-cursor-change-and-change-back-again
> Sans effet. Les commandes marchent normalement. Le curseur change si je teste en dehors du switch des primers. Mais lors du switch, le client "freeze" et le curseur redevient normal directement à la fin du switch.
Ou bien #4856 (mais, en général, ce serait bien de savoir comment changer le curseur :))https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4874Pouvoir relancer uniquement le fuse/post-process2021-10-06T12:38:37+02:00Thonier FlorianPouvoir relancer uniquement le fuse/post-processEn ce moment j'ai du relancer quelques analyses pour faire évoluer le script de post-process.
Le script est assez rapide (quoique...). Mais dans ce cas, on relance aussi le vidjil avant qui lui peut-être assez long inutilement. Autant à...En ce moment j'ai du relancer quelques analyses pour faire évoluer le script de post-process.
Le script est assez rapide (quoique...). Mais dans ce cas, on relance aussi le vidjil avant qui lui peut-être assez long inutilement. Autant à l'usage courant ce n'est pas vraiment gênant, autant pour du dev ou de la mise au point, j'apprécierai de pouvoir oublié la partie vidjil lors des relancements.
Un bouton en dev-mode ? Envisageable pour la la partie serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4873usage : rajouter l'utilisation par année2021-10-05T17:10:09+02:00Mathieu Giraudusage : rajouter l'utilisation par année
Typiquement nb de patients/échantillons crées
- en 2020
- en 2021 jusqu'à maintenant
et/ou bien sur 12 mois ?
Typiquement nb de patients/échantillons crées
- en 2020
- en 2021 jusqu'à maintenant
et/ou bien sur 12 mois ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4872Release Algo 2022.022022-02-25T18:21:14+01:00Mathieu GiraudRelease Algo 2022.02Je ne sais pas à quel point l'algo est lié au soft/hard freeze de %"Web 2021.11"... mais cela serait tout de même raisonnable de traiter les principales MR d'ici la hard freeze du web :)Je ne sais pas à quel point l'algo est lié au soft/hard freeze de %"Web 2021.11"... mais cela serait tout de même raisonnable de traiter les principales MR d'ici la hard freeze du web :)Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4871Design des annotations dans l'aligneur2021-10-01T11:59:34+02:00Mathieu GiraudDesign des annotations dans l'aligneurRéflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313Réflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4870Doc "Working with primers"2021-11-03T10:52:30+01:00Mathieu GiraudDoc "Working with primers"...
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools......
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools...Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4869La recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur2021-10-08T11:25:21+02:00Mikaël SalsonLa recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.ht...```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.html", line 110, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/SampleSet.py", line 57, in get_config_urls
if c[2] is not None :
IndexError: list index out of range
```Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4868axis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labels2023-03-28T16:17:31+02:00Mikaël Salsonaxis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labelsDans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Qu...Dans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Quand on modifie un label, on ne s'attend pas à ce qu'il y ait des effets de bord
2. Il faut chercher tous les endroits où il est utilisé pour les modifier également (ex. 51c11e5f) (et puis avant cela il faut comprendre l'origine du problème… c'est du vécu)
3. Comme ces labels sont aussi des identifiants, ces labels sont aussi utilisés dans les URL. Toute modification d'un label rend donc obsolète les URL précédentes…
4. Comme les identifiants sont des chaînes de caractères, il y a toujours le risque de faire une typo à un endroit et donc d'indiquer un identifiant qui n'existe pas.
Je pense que la solution la plus propre serait que le nom des axes soient définis avec les autres propriétés des axes.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4867Gitlab-ci invalide2021-09-30T14:11:57+02:00Mikaël SalsonGitlab-ci invalideJe viens de pousser une nouvelle branche (créée depuis dev) et Gitlab me dit que le YAML du gitlab-ci est invalide (sans y avoir touché).
cc @duez @flothoniJe viens de pousser une nouvelle branche (créée depuis dev) et Gitlab me dit que le YAML du gitlab-ci est invalide (sans y avoir touché).
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4866gitlab 14: Follow-up from "gitlab-ci; replace needs declaration by extends call"2021-10-22T07:19:51+02:00Mathieu Giraudgitlab 14: Follow-up from "gitlab-ci; replace needs declaration by extends call"flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1015#note_570899): (+1 comment)
Finir ce qu'il faut une fois qu'Inria a déployé gitlab 14.flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1015#note_570899): (+1 comment)
Finir ce qu'il faut une fois qu'Inria a déployé gitlab 14.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4864Clone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianClone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples....Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples.sample_set_id`. On tombe donc dans une impasse de getHTMLinfo, sur la partie qui ajoute le bouton `get reads`.
2 solutions:
* ajouter une condition de plus pour rentrer dans ce cas de figure
* Modifier le serveur pour que le `open analysis` renvoie les valeurs `samples.sample_set_id`.
Une préférence ? Les deux n'étant pas non plus antinomique.