vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-02-25T18:21:14+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4872Release Algo 2022.022022-02-25T18:21:14+01:00Mathieu GiraudRelease Algo 2022.02Je ne sais pas à quel point l'algo est lié au soft/hard freeze de %"Web 2021.11"... mais cela serait tout de même raisonnable de traiter les principales MR d'ici la hard freeze du web :)Je ne sais pas à quel point l'algo est lié au soft/hard freeze de %"Web 2021.11"... mais cela serait tout de même raisonnable de traiter les principales MR d'ici la hard freeze du web :)Algo 2022.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4871Design des annotations dans l'aligneur2021-10-01T11:59:34+02:00Mathieu GiraudDesign des annotations dans l'aligneurRéflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313Réflexion globale sur couleurs/formes/...
- primers [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1013#note_570430)
- qualité #2313https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4870Doc "Working with primers"2021-11-03T10:52:30+01:00Mathieu GiraudDoc "Working with primers"...
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools......
Working with primers
There can be various primers See locus.md
Primers can be displayed
Primers can be trimmed before being sent to external tools...Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4869La recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur2021-10-08T11:25:21+02:00Mikaël SalsonLa recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.ht...```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.html", line 110, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/SampleSet.py", line 57, in get_config_urls
if c[2] is not None :
IndexError: list index out of range
```Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4868axis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labels2023-03-28T16:17:31+02:00Mikaël Salsonaxis_conf.js : ne pas mélanger identifiants et labelsDans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Qu...Dans `axis_conf.js` les identifiants d'axes servent aussi de labels (par exemple `V/5' gene`).
C'est embêtant parce que les identifiants sont utilisés à plusieurs endroits (pour définir quels axes sont utilisés à quel endroit).
1. Quand on modifie un label, on ne s'attend pas à ce qu'il y ait des effets de bord
2. Il faut chercher tous les endroits où il est utilisé pour les modifier également (ex. 51c11e5f) (et puis avant cela il faut comprendre l'origine du problème… c'est du vécu)
3. Comme ces labels sont aussi des identifiants, ces labels sont aussi utilisés dans les URL. Toute modification d'un label rend donc obsolète les URL précédentes…
4. Comme les identifiants sont des chaînes de caractères, il y a toujours le risque de faire une typo à un endroit et donc d'indiquer un identifiant qui n'existe pas.
Je pense que la solution la plus propre serait que le nom des axes soient définis avec les autres propriétés des axes.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4867Gitlab-ci invalide2021-09-30T14:11:57+02:00Mikaël SalsonGitlab-ci invalideJe viens de pousser une nouvelle branche (créée depuis dev) et Gitlab me dit que le YAML du gitlab-ci est invalide (sans y avoir touché).
cc @duez @flothoniJe viens de pousser une nouvelle branche (créée depuis dev) et Gitlab me dit que le YAML du gitlab-ci est invalide (sans y avoir touché).
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4866gitlab 14: Follow-up from "gitlab-ci; replace needs declaration by extends call"2021-10-22T07:19:51+02:00Mathieu Giraudgitlab 14: Follow-up from "gitlab-ci; replace needs declaration by extends call"flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1015#note_570899): (+1 comment)
Finir ce qu'il faut une fois qu'Inria a déployé gitlab 14.flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1015#note_570899): (+1 comment)
Finir ce qu'il faut une fois qu'Inria a déployé gitlab 14.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4864Clone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianClone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples....Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples.sample_set_id`. On tombe donc dans une impasse de getHTMLinfo, sur la partie qui ajoute le bouton `get reads`.
2 solutions:
* ajouter une condition de plus pour rentrer dans ce cas de figure
* Modifier le serveur pour que le `open analysis` renvoie les valeurs `samples.sample_set_id`.
Une préférence ? Les deux n'étant pas non plus antinomique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4863Visualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?2021-09-24T15:01:03+02:00Mathieu GiraudVisualiser les primers à l'extérieur de la séquence ?Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il e...Depuis !1013:
> Il reste maintenant le cas des primers retrouvés à des positions en dehors de la séquence. Typiquement, le clone de test qunit `test4`:
> * en ec-ngs, ses primers sont inclut dans la séquence.
> * en biomed2, ce qu'il est probablement, son primer3 est dans la séquence (à l’extrémité 3'), mais le primer5 est en dehors, juste avant la séquence (de -20 à -1).
On en reparle donc dans quelque temps quand on aura déjà le retour des usagers sur leur utilisation !1013.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4862Ajouter un warning pour les Chrome et FF legacy2021-10-21T15:11:04+02:00Mathieu GiraudAjouter un warning pour les Chrome et FF legacy
avec lien sur la doc et "contact us" si besoin
avec lien sur la doc et "contact us" si besoinWeb 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4861Needs, optimisation2021-10-18T17:27:00+02:00Thonier FlorianNeeds, optimisationSi un job dépend de la branche server, il bloque une feature-c puisqu'il n'est pas trouvé.
idem pour la version browser
Il faut donc splitter probablement un peu plus les needs.Si un job dépend de la branche server, il bloque une feature-c puisqu'il n'est pas trouvé.
idem pour la version browser
Il faut donc splitter probablement un peu plus les needs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4860Adopter ES62022-04-22T16:53:26+02:00Thonier FlorianAdopter ES6J'ai parfois des erreur de qualité par le linter js. Ça arrive avec des paramètres par défaut, des formatages de strings ou des boucles sur des objets (ou même #2804).
ES6 est maintenant validé dans les versions des navigateurs depuis 2...J'ai parfois des erreur de qualité par le linter js. Ça arrive avec des paramètres par défaut, des formatages de strings ou des boucles sur des objets (ou même #2804).
ES6 est maintenant validé dans les versions des navigateurs depuis 2016 (https://caniuse.com/?search=es6), soit des navigateurs qui ne sont plus supportés.
Je pense que l'on peut relever le linter à ce niveau ES6 non ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4859.gitlab-ci-compilers: rules pour manual / release2021-10-19T17:57:07+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci-compilers: rules pour manual / releaseLes seules différence entre manual et release sont des `when`/`only`.
C'est probablement factorisable avec [`rules`](https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/index.html#rules).
Orthogonal à #4858 ?Les seules différence entre manual et release sont des `when`/`only`.
C'est probablement factorisable avec [`rules`](https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/index.html#rules).
Orthogonal à #4858 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4858.gitlab-ci.yml: needs pour algo2021-09-22T16:38:58+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml: needs pour algoAprès #4462 / !1015Après #4462 / !1015https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4857Doc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorces2021-09-22T11:09:27+02:00Thonier FlorianDoc; Indiquer de charger les fichier sans les index/amorcesEn faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.En faisant quelque tests sur l'option de trimming des amorces, je me suis rendu compte que nous avons parfois des données avec les amorces ET les indexs.
On peut déja indiquer dans la doc l'impact des amorces et des indexs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4856Primers; rendre la fonction de positionnement asynchrone2021-10-06T14:13:11+02:00Thonier FlorianPrimers; rendre la fonction de positionnement asynchroneC'est parfois long, et frustrant de bloquer entièrement le client sur l'appel de cette fonction.
On devrait pouvoir rendre son appel asynchrone.C'est parfois long, et frustrant de bloquer entièrement le client sur l'appel de cette fonction.
On devrait pouvoir rendre son appel asynchrone.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4855Index/barcodes2021-10-20T17:56:41+02:00Mathieu GiraudIndex/barcodesDire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.Dire à nos usagers dnas `locus.md qu'on conseille de mettre des séquences sans index. C'est probablement déjà le cas pour la très grande majorité d'entre eux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4854Plusieurs -g avec des espèces différentes ?2021-09-21T08:28:54+02:00Mathieu GiraudPlusieurs -g avec des espèces différentes ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4853Avoir un slave OS X ?2021-09-20T16:44:16+02:00Mathieu GiraudAvoir un slave OS X ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4851Un test cypress non reproductible, timeout 4/6 secondes ?2021-10-08T11:46:54+02:00Mathieu GiraudUn test cypress non reproductible, timeout 4/6 secondes ?Sur !963 (mais indépendant j'imagine), plus précisément sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/294970 :
- https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1371258 est passé
- mais pas https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jo...Sur !963 (mais indépendant j'imagine), plus précisément sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/294970 :
- https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1371258 est passé
- mais pas https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1366474
Pour l'instant c'est très rare ces non-reproductibilités, il faut probablement enquêter sans trop tarder pour ne pas se retrouver dans une situation comme pour ~"dev-tests-watir" :)