vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-12-20T13:38:41+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5106Algo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the C...2022-12-20T13:38:41+01:00Thonier FlorianAlgo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the CDR3)A case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudA case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5095Report; Bug on grid graph splitted by locus after report generation2022-12-15T09:50:22+01:00Thonier FlorianReport; Bug on grid graph splitted by locus after report generationAfter a report generation, the locus split part on the right of the scatterplot disappear.
It reappear after a locus switch in the list panel.After a report generation, the locus split part on the right of the scatterplot disappear.
It reappear after a locus switch in the list panel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2448Utiliser e.key pour les raccourcis claviers2022-12-14T18:18:40+01:00Mathieu GiraudUtiliser e.key pour les raccourcis claviersEn étant sur #1227, je me rends compte que l'utilisation de `e.which` ne permet pas facilement d'avoir des valeurs portables, typiquement pour `#` et pour `+`. Utiliser `e.which` est deprecated selon https://developer.mozilla.org/en-US/...En étant sur #1227, je me rends compte que l'utilisation de `e.which` ne permet pas facilement d'avoir des valeurs portables, typiquement pour `#` et pour `+`. Utiliser `e.which` est deprecated selon https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/KeyboardEvent/key).
Une solution serait de passer à `e.key`, qui fonctionne au moins pour les navigateurs récents, et qui semble bien plus portable et propre :
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/KeyboardEvent/keyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2408Groupes : mettre par défaut les droits usuels2022-12-14T18:15:44+01:00Mathieu GiraudGroupes : mettre par défaut les droits usuels@mikael-s à @flothoni :
> je me suis rendu compte que les derniers groupes créés n'avaient aucun droit. Je leur en ai donc ajoutés. Pense bien à mettre les droits une fois que tu as ajouté l'utilisateur ;)
Par défaut, les groupes créé...@mikael-s à @flothoni :
> je me suis rendu compte que les derniers groupes créés n'avaient aucun droit. Je leur en ai donc ajoutés. Pense bien à mettre les droits une fois que tu as ajouté l'utilisateur ;)
Par défaut, les groupes créés pourraient avoir tous les droits, sauf `run`. Cela nous simplifiera la vie.
cc @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5104Faciliter le process de création de compte2022-12-14T18:14:29+01:00Mathieu GiraudFaciliter le process de création de compte
Création / upload accordé automatique, mais attention à la sécurité / spam.
La première analyse resterait manuelle.
Après py4web.
Création / upload accordé automatique, mais attention à la sécurité / spam.
La première analyse resterait manuelle.
Après py4web.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2667Un conf.js casse les tests fonctionnels client2022-12-14T17:33:20+01:00Mathieu GiraudUn conf.js casse les tests fonctionnels clientVu par @flothoni : problème si `conf.js` existe, a passé du temps à se rendre compte qu'il y a un problème.
Le mettre déjà dans la doc `dev.org`.
@mikael-s : "Si `conf.js` fait référence à l'extérieur, normal, cela ne passe pas"
Solut...Vu par @flothoni : problème si `conf.js` existe, a passé du temps à se rendre compte qu'il y a un problème.
Le mettre déjà dans la doc `dev.org`.
@mikael-s : "Si `conf.js` fait référence à l'extérieur, normal, cela ne passe pas"
Solutions évoquées :
- Faire planter Watir et dire explicitement qu'on ne veut pas d'un tel `conf.js`
- Écraser temporairement la variable `config.db_address`, voire `config` ? (@mikael-s : attention à `align`)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5103Sample warning : front display2022-12-14T16:53:37+01:00Mathieu GiraudSample warning : front displaySee #5102See #5102https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5100Onglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?2022-11-30T17:20:22+01:00Mikaël SalsonOnglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1441fuse.py: si le fichier .vidjil est malformé, erreur propre2022-11-30T16:53:45+01:00Vidjil Teamfuse.py: si le fichier .vidjil est malformé, erreur propre
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5012Rapport et "presets" communs entre plusieurs analyses2022-11-30T16:51:26+01:00Mathieu GiraudRapport et "presets" communs entre plusieurs analyses
@flothoni : "je fais un nouveau template, j'enregistre. Comment l'avoir pour des nouveaux samples ?"
Et même soucis en rechargeant l'analyse ?
Ou renommer en attendant "Preset" en quelque chose d'autre ?
@flothoni : "je fais un nouveau template, j'enregistre. Comment l'avoir pour des nouveaux samples ?"
Et même soucis en rechargeant l'analyse ?
Ou renommer en attendant "Preset" en quelque chose d'autre ?Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5092Rapport; false value if less than 4 samples selected2022-11-24T10:04:46+01:00Thonier FlorianRapport; false value if less than 4 samples selectedDon't know why, but their is 2 way to generate report value for clonotype depending of the number of sample (export.js; around lines 1450).
The first case with 3 samples or less include error.Don't know why, but their is 2 way to generate report value for clonotype depending of the number of sample (export.js; around lines 1450).
The first case with 3 samples or less include error.2022-11-21https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5099Ignorer des warnings pour certains clones2022-11-23T18:13:16+01:00Mathieu GiraudIgnorer des warnings pour certains clones
depuis... aligneur ? ou vue warning ?
après !1240
depuis... aligneur ? ou vue warning ?
après !1240https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5098Pouvoir mieux tester les rapports2022-11-23T17:43:54+01:00Mathieu GiraudPouvoir mieux tester les rapports
@mikael-s : "option sur les rapports pour qu'il mette cela dans un `div` en mode test"
est-ce une sorte de mock ?
@mikael-s : "option sur les rapports pour qu'il mette cela dans un `div` en mode test"
est-ce une sorte de mock ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5093report: use clone N region setting2022-11-23T17:10:52+01:00Thonier Florianreport: use clone N region settingUse the selected N region settings in the reportUse the selected N region settings in the reportWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5090shortcut; export popup loose focus and block escape action2022-11-18T13:51:27+01:00Thonier Florianshortcut; export popup loose focus and block escape actionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5089Rapport et "presets" communs entre plusieurs analyses : locus ?2022-11-17T16:22:30+01:00Mathieu GiraudRapport et "presets" communs entre plusieurs analyses : locus ?Suite à !1247
> Locus: ils sont ignorés pour l'instant. On laisse comme cela pour l'instant, on verra ensuite...
à voir après déploiement et discussion avec usagersSuite à !1247
> Locus: ils sont ignorés pour l'instant. On laisse comme cela pour l'instant, on verra ensuite...
à voir après déploiement et discussion avec usagershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5088fuse.py: --overlaps, ordre des paramètres de fuse2022-11-17T16:08:58+01:00Mathieu Giraudfuse.py: --overlaps, ordre des paramètres de fuse
@flothoni: "avec les distributions, il y a parfois des soucis dans le parse des arguments 'nargs' (distributions, fichiers). Il faut que le `-d` ne soit pas le dernier. Une manière est de mettre `--overlaps`, mais sinon on peut aussi ju...
@flothoni: "avec les distributions, il y a parfois des soucis dans le parse des arguments 'nargs' (distributions, fichiers). Il faut que le `-d` ne soit pas le dernier. Une manière est de mettre `--overlaps`, mais sinon on peut aussi juste intervertir les arguments."
==> rajouter un `--file` pour les fichiers ? (mais ~"server-task.py").https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5085Follow-up from "Feature t/fuse del temp file prefuse"2022-11-15T15:32:52+01:00Mathieu GiraudFollow-up from "Feature t/fuse del temp file prefuse"The following discussion from !1245 should be addressed:
[discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1245#note_753768):
> @mikael-s : "hum, enlever `*`"The following discussion from !1245 should be addressed:
[discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1245#note_753768):
> @mikael-s : "hum, enlever `*`"Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5069Error of the downloading of vidjil result file from bd page (configuration nu...2022-11-10T17:59:09+01:00Thonier FlorianError of the downloading of vidjil result file from bd page (configuration number not defined)Link is not correctly formatted and include `config_id=-1` by default and not the current config number.Link is not correctly formatted and include `config_id=-1` by default and not the current config number.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5063nightmare en erreur2022-11-10T17:55:25+01:00Mikaël Salsonnightmare en erreurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2373884
Quelle cause ? (version trop ancienne ?)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2373884
Quelle cause ? (version trop ancienne ?)
cc @duez