vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:38:26+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1601Changer les gènes V(D)J d'un clone2016-11-29T14:38:26+01:00Vidjil TeamChanger les gènes V(D)J d'un cloneImportant pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
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Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroula...Important pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
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Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroulante pour choisir le bon V et le bon J)
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Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
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Fait; Voir le changement de stats induit
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super !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1602Sauvegarder les changements de germline et gènes dans le fichier .analysis2016-11-29T14:38:27+01:00Vidjil TeamSauvegarder les changements de germline et gènes dans le fichier .analysisLorsque les tâches « changer les gènes V/D/J d'un clone », « changer le germline d'un clone » seront faites il faudra conserver les modifications dans le fichier .analysis pour les rejouer lors du rechargement du fichier.
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=== save
mo...Lorsque les tâches « changer les gènes V/D/J d'un clone », « changer le germline d'un clone » seront faites il faudra conserver les modifications dans le fichier .analysis pour les rejouer lors du rechargement du fichier.
***
=== save
model_loader: strAnalysis()
=== load
model_loader: parseJsonAnalysis() -> appelle initClones(), puiis model:
===> applyAnalysis() (devrait être renommé applyCloneAnalysis)
***
=== save
model_loader: strAnalysis() : fait; utilisation de la var manuallyChanged pour identifier les clones concernés.
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Si c'est bon, tu peux fermer la tâche :-)
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1603top n'affiche pas le nombre de clones attendu2016-11-29T14:38:28+01:00Vidjil Teamtop n'affiche pas le nombre de clones attenduExemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2
Si on diminue le nombre de clones au minimum (top 5), au diag on a seulement deux clones affichés (mais le fichier .vidjil est correct et dans les top 5 on a bien 5 ...Exemple : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=609&config=2
Si on diminue le nombre de clones au minimum (top 5), au diag on a seulement deux clones affichés (mais le fichier .vidjil est correct et dans les top 5 on a bien 5 clones pour chacun des points de suivi).
Cela ne semble pas être un problème du fuse.py mais de la visu.
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Euh, pas reproductible ? (Ou l'exemple a changé ?) L'exemple a plein de clones mergés, c'est dur d'y voir clair, mais au Diag on voit bien plein de clones.
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Au 4è point, on a que deux clones majoritaires et trois clones au total (en mettant le filter à 5).
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ok
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J'insiste : au 4è point, après un "reset user clones" et un top à 5, je vois bien... 5 clones, le dernier faisant 1.442%.
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Ah oui… le reset user clones. On va dire que c'est bon alors.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1606Supprimer delta_max (et delta_min ?)2016-11-29T14:38:30+01:00Vidjil TeamSupprimer delta_max (et delta_min ?)Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-...Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-value pour le Fine.
On peut déjà le supprimer pour le Kmer.
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Je serais partant de ne garder que le delta_min pour le Fine. Si on a KmerSegmenté avec de grosses insertions, c'est bizarre d'empêcher le Fine de trouver le bon alignement.
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oui, ok (mais peut-être que le Fine actuel ne va pas bien se comporter, on verra...)
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fait il y a un certain temps...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1610Rapport Activité SIRIC2016-11-29T14:38:33+01:00Vidjil TeamRapport Activité SIRICPour le 15 ? (MV absent avant)
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Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
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J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le...Pour le 15 ? (MV absent avant)
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Le 15, c'est la DL pour l'appel, on n'est plus à un dossier près.
Pfff, plusieurs pages à faire en anglais...
***
J'ai dit "demain soir" à MV... bon, on n'est pas à un jour ou deux près, mais il faut le faire
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aïe, toujours pas fait
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1613Sélection IJD2016-11-29T14:38:35+01:00Vidjil TeamSélection IJD
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@magiraud @mikael-s
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1617Changer germline/genes et tests2016-11-29T14:38:37+01:00Vidjil TeamChanger germline/genes et tests- encore un petit truc à corriger pour le test getHTMLinfo
- et idéalement, il faudrait quelque part un test direct pour changeLocus et ...
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note pour le test getHTMLinfo : on n'a pas besoin de mettre tout le div... en général, un gr...- encore un petit truc à corriger pour le test getHTMLinfo
- et idéalement, il faudrait quelque part un test direct pour changeLocus et ...
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note pour le test getHTMLinfo : on n'a pas besoin de mettre tout le div... en général, un gros bloc de code HTML vérifié tel quel n'est pas une bonne idée (dur à comprendre et dur à maintenir)
-> Faire un plus petit test (il peut par exemple s'arrêter après 1 ou 2 éléments de la liste)
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super !
Note que tu peux fermer toi-même les tâches quand c'est fait.
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1619Bug 20150604, une séquence de S22 non segmentée sur certaines archis2016-11-29T14:38:39+01:00Vidjil TeamBug 20150604, une séquence de S22 non segmentée sur certaines archisÉvidemment, cela bloque la release... mais c'est rigolo, c'était non testé avant :-)
Les affects sont les même, mais, sur CentOS, on a "too few V inf inf"
Un calcul d'e-valeur qui se passe mal ?
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Le souci vient de l'index_load, mal...Évidemment, cela bloque la release... mais c'est rigolo, c'était non testé avant :-)
Les affects sont les même, mais, sur CentOS, on a "too few V inf inf"
Un calcul d'e-valeur qui se passe mal ?
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Le souci vient de l'index_load, mal calculé.
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33188375.
Au passage, j'ai vérifié qu'il n'y a pas d'autre (1 << k) dans le code.
Les seuls autres shifts sont dans tools.h/cpp et ne sont pas dangereux.
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et je ne sais pas si c'est bien de le faire, mais le "git push" depuis un slave CI fonctionne très bien :-)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1621freebsd, pb avec Makefile, gmake ?2016-11-29T14:38:40+01:00Vidjil Teamfreebsd, pb avec Makefile, gmake ?Il n'y a plus que freebsd qui ne passe pas. Apparament utiliser gmake solutionnerait, mais est-ce que cela vient d'un changement récent sur freebsd ? Peut-être la mise à jour de freebsd ?
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Je vois qu'il y a déjà "alias make=gmake" dan...Il n'y a plus que freebsd qui ne passe pas. Apparament utiliser gmake solutionnerait, mais est-ce que cela vient d'un changement récent sur freebsd ? Peut-être la mise à jour de freebsd ?
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Je vois qu'il y a déjà "alias make=gmake" dans la config
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oui, mais le alias ne marche pas sur Jenkins, j'avais effectivement bidouillé un truc (genre un lien symbolique bourrin entre make et gmake) qui a dû sauter avec la mise à jour. Je peux peut-être essayer de faire un truc plus robuste…
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fef236d il suffit de passer ensuite MAKE=gmake quand on lance le make
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1623bug lors d'un chargement file.analysis2016-11-29T14:38:42+01:00Vidjil Teambug lors d'un chargement file.analysisLe graphique chargé par défaut est coupé à la moitié.
Le bug se resout si l'on redimensionne la fenêtre.
***
corrigé depuis un moment, c'était un problème d'ordre de chargement dans require.js
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@nobodyLe graphique chargé par défaut est coupé à la moitié.
Le bug se resout si l'on redimensionne la fenêtre.
***
corrigé depuis un moment, c'était un problème d'ordre de chargement dans require.js
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1625Dans le browser, cluster by ne fonctionne plus2016-11-29T14:38:43+01:00Vidjil TeamDans le browser, cluster by ne fonctionne plusPar exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=724&config=2
TypeError: m.clone(...).getV is not a function
TypeError: this.m.clusters[this.index] is undefined
TypeError: this.clusters[i] is undefined
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> 366f6a323
...Par exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=724&config=2
TypeError: m.clone(...).getV is not a function
TypeError: this.m.clusters[this.index] is undefined
TypeError: this.clusters[i] is undefined
***
> 366f6a323
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1626En offline le nom des points est celui des original filenames (dans le .data)...2016-11-29T14:38:43+01:00Vidjil TeamEn offline le nom des points est celui des original filenames (dans le .data) pas celui des names (dans le .analysis)Quand on télécharge un .data les noms des points sont forcément sequence_file. Et si on modifie les noms des points et qu'on enregistre le fichier analysis, ceux-ci sont bien enregistrés mais ils ne sont pas utilisés lors d'un rechargeme...Quand on télécharge un .data les noms des points sont forcément sequence_file. Et si on modifie les noms des points et qu'on enregistre le fichier analysis, ceux-ci sont bien enregistrés mais ils ne sont pas utilisés lors d'un rechargement des 2 fichiers.
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39e0d29
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1627should-to-tap devrait tester le code de sortie2016-11-29T14:38:44+01:00Vidjil Teamshould-to-tap devrait tester le code de sortiePar défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il...Par défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il pourrait y avoir presque une ligne de plus dans le .tap pour témoigner du résultat.
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f8f89bb, 4187277
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1635Renommer le clone "other"2016-11-29T14:38:50+01:00Vidjil TeamRenommer le clone "other"other ne veut pas dire grand chose et est parfois mal compris : est-ce que c'est autre chose que du VDJ ? d'autres locus ? du bruit ?
On pourrait mettre :
1. clones 101...xxx
2. clones < xxx %
3. lower/lowest clones
Dans les cas 1 et 2 l...other ne veut pas dire grand chose et est parfois mal compris : est-ce que c'est autre chose que du VDJ ? d'autres locus ? du bruit ?
On pourrait mettre :
1. clones 101...xxx
2. clones < xxx %
3. lower/lowest clones
Dans les cas 1 et 2 les nombres doivent être mis à jour automatiquement quand on modifie le nombre de clones affichés.
Il y a aussi une tâche pour séparer le clone other, mais déjà on peut renommer le clone actuel, ce n'est pas très compliqué :)
***
Oui, bonne idée !
> 1. clones 101...xxx
> 2. clones < xxx %
"clones below 0.02%" serait vraiment classe. Mais le soucis est que le % dépend des locus affichés... (ou même "TRG clones below 0.02%", tâche "other par locus")
2bis. clones < 4 reads ?
> 3. lower/lowest clones
ou bien "other clones" :-)
(un jour, on fera un top par système, mais c'est quasi orthogonal)
***
mmm... tout est fait dans le browser, avec plusieurs tests .id = "other", cela va être l'occasion de rendre cela plus propre :-)
***
Cela a été rendu plus propre... mais c'est orthogonal.
Pour afficher ce que l'on veut, il suffit de jouer sur le "name".
Pb: c'est en fait les clones qui ne sont pas affichés.
Si on fait un "search", un "filter by tag", le other récupère tous les autres.
La description "clones below ...." n'est pas suffisante.
Dans ce cas, il faudrait vraiment séparer, "clones below..." d'un côté et "hidden/filtered clones" de l'autre.
***
cd03a46. Renommé. Un jour, on pourra séparer mieux.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1636fuse.py, similarity et chemins relatifs2016-11-29T14:38:51+01:00Vidjil Teamfuse.py, similarity et chemins relatifs2460d41: les tests ne passaient plus parce que fuse.py ne trouvait pas similarity.
Du coup, je me demande si cela va passer sur le serveur: j'imagine que fuse.py n'est pas lancé du bon répertoire...
(mais, pour tsne, comme on relance sim...2460d41: les tests ne passaient plus parce que fuse.py ne trouvait pas similarity.
Du coup, je me demande si cela va passer sur le serveur: j'imagine que fuse.py n'est pas lancé du bon répertoire...
(mais, pour tsne, comme on relance similarity par cgi, cela ne devrait pas poser de problèmes...)
***
toujours d'actualité ?
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On va dire que non, a priori ces chemins relatifs peuvent être bons partout.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1639Export svg générique sur toute vue grid / bar2016-11-29T14:38:53+01:00Vidjil TeamExport svg générique sur toute vue grid / barEn fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
***
Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
***
Discuté lors du VW16. People want to expor...En fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
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Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
***
Discuté lors du VW16. People want to export data.
***
Marc, pourrais-tu regarder l'export svg s'il te plaît ? merci.
***
Export svg : ok, merci Marc. Export csv: autre tâche
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1646Quand la séquence n'a pas de segmentation, elle n'a aucun nom2016-11-29T14:38:58+01:00Vidjil TeamQuand la séquence n'a pas de segmentation, elle n'a aucun nomExemple ici : http://dev.vidjil.org/browser/?patient=532&config=2
Les séquences au niveau des ? pour les deux jeux de données n'ont aucun nom. Le bug provient probablement du C++ : le .vidjil ne contient pas le nom non plus.
Test ajout...Exemple ici : http://dev.vidjil.org/browser/?patient=532&config=2
Les séquences au niveau des ? pour les deux jeux de données n'ont aucun nom. Le bug provient probablement du C++ : le .vidjil ne contient pas le nom non plus.
Test ajouté b3380f8
***
Mmm... doc/format-analysis.org dit que le nom est optionnel.
Avant, quand il n'y avait pas de nom, l'id était affiché.
Réparé dans a403abc, testé dans 7e63248, et b3380f8 reverté
***
nom optionnel ça n'implique pas qu'une valeur vide soit ignorée. D'après ce que je peux voir, avant Vidjil ne mettait pas ce champ lorsque le FineSegmenter échouait, ce qui est un comportement normal. Maintenant il met un nom vide. Il est normal que le browser affiche le nom qui a été donné dans le fichier .vidjil, même s'il est vide.
***
Ok. Il faut rectifier le c++ pour que soit il ne mette pas de nom, soit il mette un nom intéressant, mais en tout cas pas de nom vide. Revert de b3380f8 annulé.
Pour le browser, c'est tout de même normal qu'il fasse le mieux possible : si le nom est vide, autant qu'il affiche ce qu'il a sous la main.
***
Est-ce corrigé, avec ce que ce que tu as fait dans 90b8bb4eda ?
***
Mikaël, toujours d'actualité ?
***
On va dire non.
***
On va dire non.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1649fuse.py / unlink2016-11-29T14:39:00+01:00Vidjil Teamfuse.py / unlinkb069b161c3 > unlink(fasta_file.name)
unlink pas trouvé > fuse foire, le .vidjil de sortie n'est pas bon.
-> tous les fichiers fusés produits depuis le 29 juin ont un soucis !
J'ai commenté à l'arrache sur rbx, cela ne passe toujours pa...b069b161c3 > unlink(fasta_file.name)
unlink pas trouvé > fuse foire, le .vidjil de sortie n'est pas bon.
-> tous les fichiers fusés produits depuis le 29 juin ont un soucis !
J'ai commenté à l'arrache sur rbx, cela ne passe toujours pas.
Je remets fuse.py trois commit en arrière
***
Non, je délire, pas de soucis.
Cela ne marchait pas de chez moi (pas même version .js), mais sur rbx c'est bon.
En tout cas il y a un paquet de commits qui trainent sur rbx, il faudra ranger cela.
***
pas de souci… du tout ? elle peut être fermée du coup ?
***
Oui, toujours un soucis, résolu par f1c350c sur rbx (ne pas pousser depuis rbx, il y a des choses... sales)
***
Corrigé par e9a88a8.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1653Incohérence taille totale des fichiers2016-11-29T14:39:03+01:00Vidjil TeamIncohérence taille totale des fichierssur la liste des patients, en bas à droite, 282 GB.
Mais 455G dans /mnt/upload.
***
Au passage, vérifié sur *un* patient, les tailles correspondent entre ce qui est affiché et ce qui est sur le disque (environ, à un facteur 1.024^x près)...sur la liste des patients, en bas à droite, 282 GB.
Mais 455G dans /mnt/upload.
***
Au passage, vérifié sur *un* patient, les tailles correspondent entre ce qui est affiché et ce qui est sur le disque (environ, à un facteur 1.024^x près)
***
Les fichiers non référencés dans la DB (165 GB) ont été déplacés dans /mnt/uploads/upload-trash, on les garde en talisman ?
/mnt/uploads/upload : 290 GB
liste des patients : 282 GB
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1659Qualité du FineSegmenter2016-11-29T14:39:08+01:00Vidjil TeamQualité du FineSegmenterOn parlait l’autre jour de la vitesse, mais faut-il aussi que l’on travaille sur la qualité du FineSegmenter ? Et surtout, jusqu'à maintenant, on disait aux gens de pas nous faire confiance pour l'assignation V(D)J (*) : change-t-on ce ...On parlait l’autre jour de la vitesse, mais faut-il aussi que l’on travaille sur la qualité du FineSegmenter ? Et surtout, jusqu'à maintenant, on disait aux gens de pas nous faire confiance pour l'assignation V(D)J (*) : change-t-on ce principe de com ?
- le travail de Yann montre… qu’on est plutôt bons ! Idem Alice... Et on a potentiellement (Florian, Garry) ce qu'il faut pour améliorer nos jeux de tests
- d'un autre côté, ce n'est pas notre point fort, et autant jouer notre force (browser, peut-être algo...) et avoir des choses complémentaires (en particulier récupération IMGT)
(*) quoique, l'appnote ne dit pas cela
***
on est plutôt bons, mais ce n'est pas notre point fort ? :)
Ça fait partie intégrante de l'algo je ne pense pas qu'on puisse vraiment dire « bon c'est pas grave, allez voir ailleurs pour la segmentation ». À moins de plugger un logiciel quelconque qui ferait la FineSegmentation mieux que nous. Là dessus IMGT n'est pas la solution, on ne peut pas envoyer 100 clones pour connaître la segmentation. Et si on demande à l'utilisateur de cliquer pour assigner une dizaine de clones, ça ne pas être très user-friendly.
***
ok. La qualité me semble donc aussi importante, voire plus, que la vitesse (par défaut cela peut toujours être -z 100).
***
Je répéterai 100 fois tous les matins : "Vidjil is the perfect tool for V(D)J assignation. Its test suite contains more than one hundred sequences with manually curated V(D)J assignation."
***
@magiraud @mikael-s