vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-05-19T13:44:27+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4295avoir la première colonne d'information de clone fixée2020-05-19T13:44:27+02:00Thonier Florianavoir la première colonne d'information de clone fixéeMaintenant que nous avons des runs avec 80 échantillons, on s'y perd pour retrouver parfois une ligne précise ou son intitulé dans la vue d'information d'un clone.
Une solution est de modifier le html de cette table pour avoir cette co...Maintenant que nous avons des runs avec 80 échantillons, on s'y perd pour retrouver parfois une ligne précise ou son intitulé dans la vue d'information d'un clone.
Une solution est de modifier le html de cette table pour avoir cette colonne fixée.
J'ai regardé, il n'y a pas l'air d'y avoir de solution facile pour le faire. Il s'agit le plus souvent de petits hacks html/css.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4296--analysis-filter également sur J ?2020-05-20T09:17:18+02:00Mathieu Giraud--analysis-filter également sur J ?Sur ma machine, temps pris par `align_against_collection` sur une partie de S22/IGH :
- V: 38 (±40) ms
- D: 1 (±1) ms
- J: 10 (±4) ms
au passage, l'ancien temps :
- V `--analysis-filter all`: 815 (±72) ms
Même si le V reste e...Sur ma machine, temps pris par `align_against_collection` sur une partie de S22/IGH :
- V: 38 (±40) ms
- D: 1 (±1) ms
- J: 10 (±4) ms
au passage, l'ancien temps :
- V `--analysis-filter all`: 815 (±72) ms
Même si le V reste en ce moment dominant, mettre aussi le filtre sur le J pour gagner probablement de l'ordre de 15% ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4297Utiliser les alertes de gitlab ?2020-05-23T08:00:17+02:00Mathieu GiraudUtiliser les alertes de gitlab ?Gitlab 13.0, alertes: https://docs.gitlab.com/ee/user/project/operations/alert_management.html
Et de [nombreuses issues](https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab/-/issues?label_name=Category%3AAlert+Management) et aussi
https://about.gitlab...Gitlab 13.0, alertes: https://docs.gitlab.com/ee/user/project/operations/alert_management.html
Et de [nombreuses issues](https://gitlab.com/gitlab-org/gitlab/-/issues?label_name=Category%3AAlert+Management) et aussi
https://about.gitlab.com/direction/monitor/debugging_and_health/alert_management/
Intérêt (pour nous) ? Par rapport à #3745 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4298Erreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.2020-06-09T11:08:37+02:00Thonier FlorianErreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on con...Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on continue d'afficher `still waiting server reply`.
Un cas: https://app.vidjil.org/?set=38056&config=49Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4299TOOL_SIMILARITY in fuse.py2024-02-07T14:18:39+01:00Mathieu GiraudTOOL_SIMILARITY in fuse.pyReported by a user:
> The python script tools/fuse.py seems to use a path that does not exist. The error is the following:
>
> `! failed: ../algo/tools/similarity`
>
> The cause is the following variable / the broken link in ../algo/too...Reported by a user:
> The python script tools/fuse.py seems to use a path that does not exist. The error is the following:
>
> `! failed: ../algo/tools/similarity`
>
> The cause is the following variable / the broken link in ../algo/tools -> ./tools/:
>
> `TOOL_SIMILARITY = "../algo/tools/similarity"`
>
> It works without the error massage when switching to the following line:
>
> `TOOL_SIMILARITY = "./similarity.cgi`
The `algo` path does not exist in releases (contrary to the git).
The error does not stop fuse.py, but we should perhaps remove that or put this under an option.
see #1990 #3019https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4300vidjil-algo: Improve documentation on clustering2020-05-26T12:14:23+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Improve documentation on clusteringNow there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.Now there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4301Graph without a logarithmic scale2020-07-29T11:01:24+02:00Mathieu GiraudGraph without a logarithmic scaleDo we need a switch to display the ~"client-graph" without a logarithmic scale ?Do we need a switch to display the ~"client-graph" without a logarithmic scale ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4302When there are few clones, do not use a logarithmic scale on the graph2020-07-29T11:00:31+02:00Mathieu GiraudWhen there are few clones, do not use a logarithmic scale on the graphThe log scale on <50 (or even <100) clones brings confusion... and this makes large (uninformative) grey areas.
Discussed together: On such datasets (when *all* samples have <N clones), we should display the ~"client-graph" with a regul...The log scale on <50 (or even <100) clones brings confusion... and this makes large (uninformative) grey areas.
Discussed together: On such datasets (when *all* samples have <N clones), we should display the ~"client-graph" with a regular scale.
See also #4301.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4303Waiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé2020-06-12T20:44:03+02:00Mathieu GiraudWaiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux util...
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux utiliser certaines fonctionnalités... de toute manière, tant qu'on n'a pas tout récupéré le `.vidjil`, rien ne se passe ?
Cela vient peut-être de ma machine/connexion, mais, même dans ce cas, il faudrait comprendre ce qu'il se passe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1826annotations: menu patient2016-11-29T14:41:05+01:00Vidjil Teamannotations: menu patient?
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? aussi :-)
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@magiraud?
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? aussi :-)
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1390Impossible de se connecter au serveur2016-11-29T14:35:40+01:00Vidjil TeamImpossible de se connecter au serveurLa page de login ne fonctionne pas sous Chromium comme sous Firefox : appel récursif infini qui fait sauter la pile :
Uncaught RangeError: Maximum call stack size exceeded (n.extend.n.fn.extend). Sans JS, en accédant directement au cont...La page de login ne fonctionne pas sous Chromium comme sous Firefox : appel récursif infini qui fait sauter la pile :
Uncaught RangeError: Maximum call stack size exceeded (n.extend.n.fn.extend). Sans JS, en accédant directement au contrôleur (https://rbx.vidjil.org/vidjil/default/user/login), ça fonctionne.
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Confirmé, pareil chez moi.
Au passage, ce genre de situation devraient être testés en test fonctionnel, que ce soit en dev ou en live sur le serveur de prod.
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> 5fcf54e0e634c0458
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/889Exporter toutes les infos...2017-04-12T14:32:44+02:00Vidjil TeamExporter toutes les infos...
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#888
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#888https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2081Indicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le li...2017-01-18T13:17:55+01:00Mathieu GiraudIndicateur de progression au "démarrage" du client, en particulier pour le lien vers la dbQuand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est a...Quand on utilise le client en connecté, on a souvent des soucis avec un message « Cannot connect to database, retry in a few seconds ». On préfererait ne pas avoir de timeout... mais c'est déjà cela, on est au courant.
Le problème est au "démarrage" de l'application. Il m'est arrivé plusieurs fois de vouloir accéder à https://app.vidjil.org/ et... d'attendre. L’onglet « patients » met du temps à s’afficher, et parfois, rien ne se passe.
Je ne me souviens pas de la séquence d’opérations au début (y a-t-il un timeout ou pas ?), mais en tout cas on devrait avoir un truc rapide à charger, puis "Vidjil is loading", et un message de warning/error en cas de timeout ou d'attente inhabituelle.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1424Release / version du browser, js/version.js2017-03-14T11:41:54+01:00Vidjil TeamRelease / version du browser, js/version.jsPour ceux qui nous redistribuent (Galaxy, Nikos ?) ou qui tout simplement utilisent depuis le github, il faut un moyen de connaître leur version du browser.
On pourrait avoir un js/version.js similaire au algo/src/version.h :
- versio...Pour ceux qui nous redistribuent (Galaxy, Nikos ?) ou qui tout simplement utilisent depuis le github, il faut un moyen de connaître leur version du browser.
On pourrait avoir un js/version.js similaire au algo/src/version.h :
- versionné, avec tag "dev" (*)
- et quand release, tous les mois avec l'algo (hors git), taggué par le Makefile général en 2015.xx
(*) Pour récupérer le tag git, c'est plus chaud. On pourrait certes avoir un "make" qui le met (de toute façon maintenant on a besoin de faire un "make" pour avoir au moins germline.js), mais ce ne serait pas à jour par un git pull.
***
Peut-être que 2015.02 sera une release combinée de l'algo et du browser ?
Ce sera aussi l'occasion de tenir à jour un CHANGELOG pour le browser.
***
cc199e: make release_browser RELEASE_TAG=...
01e5b7b : les tests unitaires sont nécessaires pour que cela fonctionne
(pas les tests fonctionnels, il faut doc, on verra plus tard...)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1215L'export pdf ne fonctionne plus sur rbx (par exemple, Demo-LIL-L2)2022-06-15T15:20:57+02:00Vidjil TeamL'export pdf ne fonctionne plus sur rbx (par exemple, Demo-LIL-L2)Cannot read property 'setAttribute' of undefined
***
>> ddd1233979ff90
***
@DuezCannot read property 'setAttribute' of undefined
***
>> ddd1233979ff90
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2052Annulation impossible de l'upload2016-12-13T17:46:24+01:00Mikaël SalsonAnnulation impossible de l'uploadLorsque je clique sur le bouton cancel pour annuler un upload celui-ci se poursuit malgré tout et il y a une erreur Javascript (probableemnt responsable de la non annulation) :
```
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upl...Lorsque je clique sur le bouton cancel pour annuler un upload celui-ci se poursuit malgré tout et il y a une erreur Javascript (probableemnt responsable de la non annulation) :
```
TypeError: db.warning is not a function
db.warning("upload canceled - " + this.queue[id].filename)
```
L'erreur est dans le fichier (database.js)[browser/js/database.js].
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4306benchmark-releases.py: isoler ce qui est spécifique à vidjil-algo2020-05-27T07:33:07+02:00Mathieu Giraudbenchmark-releases.py: isoler ce qui est spécifique à vidjil-algohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4307validate-links.py: ancres dans les liens relatifs2020-09-17T07:10:52+02:00Mathieu Giraudvalidate-links.py: ancres dans les liens relatifsSuite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.Suite à #4150/!703, on ne valide toujours pas les liens relatifs qui contiennent des ancres.
Ils sont tout de même désormais affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4308Début de V et fin de J : affichage client2020-06-16T11:00:07+02:00Mathieu GiraudDébut de V et fin de J : affichage clientAprès #2138, voir comment afficher cela sur le client.
@flothoni note deux points:
> - Mais on va perdre en lisibilité sur la liste par exemple avec un nom a rallonge
> - Dans le même genre, il faudrait vérifier si la zone coloré dans l...Après #2138, voir comment afficher cela sur le client.
@flothoni note deux points:
> - Mais on va perdre en lisibilité sur la liste par exemple avec un nom a rallonge
> - Dans le même genre, il faudrait vérifier si la zone coloré dans le segmenteur prend bien en compte le début decallé du V ou la fin du J.
Voir aussi #2174https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4309Afficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfo2020-06-23T12:14:51+02:00Thonier FlorianAfficher la sequence colorée d'un clone dans le getHTMLinfoPour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sa...Pour le moment, la méthode pour le faire passe par l'objet `Sequence`, qui est très fortement imbriqué avec le `Segmenter`.
Il faudrait donc modifier celui-ci pour y ajouter des bypass en cas de besoin et juste afficher l'information sans les parties permettant d'ajouter des espaces, gaps, mutations,...
Il y a quelques fois ou un simple `if semgenter != undefined` suffit, mais d'autre ou ce n'est pas possible.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4310Comprendre la séquence chimère 2549.fa2020-06-04T08:20:41+02:00Mathieu GiraudComprendre la séquence chimère 2549.fa
Suite à 090658b7 introduit par #2549.
La désignation obtenue avec !705 n'est pas satisfaisante.
Dans #2549:
> Ce sont effectivement des recombinaisons avec le même gène, mais dans un sens puis dans l'autre.
Quelle serait la désignatio...
Suite à 090658b7 introduit par #2549.
La désignation obtenue avec !705 n'est pas satisfaisante.
Dans #2549:
> Ce sont effectivement des recombinaisons avec le même gène, mais dans un sens puis dans l'autre.
Quelle serait la désignation idéale ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4311conf.js: "use_database" : false et notifications2020-06-01T22:38:10+02:00Mathieu Giraudconf.js: "use_database" : false et notificationsJ'ai l'impresion que, même avec `"use_database" : false` dans conf.js, les notifications sont chargées depuis la db. C'est voulu ?J'ai l'impresion que, même avec `"use_database" : false` dans conf.js, les notifications sont chargées depuis la db. C'est voulu ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4312Supprimer tout ce qui vient de PEAR2020-06-10T21:33:31+02:00Mathieu GiraudSupprimer tout ce qui vient de PEAR
Voir en particulier #3993 :
> pour info si le chemin pour pear n'est pas mis aussi dans defs.py le pre-process ne fonctionne pas, j'ai du mettre un chemin bidon pour pear -> pear n'est pas installé)
Voir en particulier #3993 :
> pour info si le chemin pour pear n'est pas mis aussi dans defs.py le pre-process ne fonctionne pas, j'ai du mettre un chemin bidon pour pear -> pear n'est pas installé)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4314Ne pas creer l'object Graph si il n'y a qu'un seul sample2020-06-03T18:27:55+02:00Thonier FlorianNe pas creer l'object Graph si il n'y a qu'un seul sampleDans le cas ou il n'y a qu'un sample, il arrive que l'on est l'update qui tombe sur une erreur (#4298).
Outre la correction des erreurs, il serait aussi opportun de ne pas instancier cet objet si il n'est pas nécessaire.Dans le cas ou il n'y a qu'un sample, il arrive que l'on est l'update qui tombe sur une erreur (#4298).
Outre la correction des erreurs, il serait aussi opportun de ne pas instancier cet objet si il n'est pas nécessaire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4315Ne pas avoir de tests unitaires dépendant de serveurs externes, ou les repous...2024-01-18T10:13:20+01:00Mathieu GiraudNe pas avoir de tests unitaires dépendant de serveurs externes, ou les repousser à la finDeux tests unitaires client (sur 701) nécessitent un appel au ~"server-cgi" align.
Hack temporaire dans !713 pour pouvoir avoir le reste du ~"dev-ci" cette semaine.
On pourrait supprimer l'appel externe en mockant quelque chose dans `s...Deux tests unitaires client (sur 701) nécessitent un appel au ~"server-cgi" align.
Hack temporaire dans !713 pour pouvoir avoir le reste du ~"dev-ci" cette semaine.
On pourrait supprimer l'appel externe en mockant quelque chose dans `segment.align()`.
Ou on décide de garder ces tests, et ce serait bien de les déplacer vers la fin des pipelines ~"dev-ci", juste avant `test_functional_external`.Dev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4316evalue D et autres dans .vidjil2020-06-03T19:51:25+02:00Mathieu Giraudevalue D et autres dans .vidjilAcutellement, on a `seg.evalue_{left,right}`.
1) Renomme-t-on cela en `seg.{5,3}.evalue` ? C'est un breaking change du format.
2) Ajoute-t-on un `seg.4.evalue` ? C'est un champ de AIRR #3569, pour l'instant on ne le sort pas. D'autant ...Acutellement, on a `seg.evalue_{left,right}`.
1) Renomme-t-on cela en `seg.{5,3}.evalue` ? C'est un breaking change du format.
2) Ajoute-t-on un `seg.4.evalue` ? C'est un champ de AIRR #3569, pour l'instant on ne le sort pas. D'autant que la e-valeur sur D peut-être informative #2002https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4317Faire évoluer vidjil_format ?2020-06-11T22:18:16+02:00Mathieu GiraudFaire évoluer vidjil_format ?
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce norm...
Actuellement `vidjil_format_version` est toujours `2016b`. Est-on vraiment compatible avec les champs que l'on sortait il y a quatre ans ?
On a ajouté des choses (normalisations, distributions, ...), comme on n'a rien cassé est-ce normal qu'on n'ait pas changé le numéro de version ? Mais... si quelqu'un avait fait un script qui parsait tout `2016b` il y a quatre ans, désormais il ne parserait pas tout...
Rien de pressé, mais y-a-t-il des choses à faire évoluer ? #4316
Enfin notre ~doc là-dessus est peut-être moins complète que sur d'autres points. Rajouter des `tangle` ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4318getProbabilityAtLeastOrAbove() d'avoir 3 k-mers parmi 2 devrait être 02020-06-03T20:11:09+02:00Mathieu GiraudgetProbabilityAtLeastOrAbove() d'avoir 3 k-mers parmi 2 devrait être 0Voir discussion sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/679#note_333596
A priori cela ne change rien pour nous, mais bon, on pourrait peut-être avoir un test explicite pour que cela vale 0 comme on l'attend.Voir discussion sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/679#note_333596
A priori cela ne change rien pour nous, mais bon, on pourrait peut-être avoir un test explicite pour que cela vale 0 comme on l'attend.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4319Release algo 2020.062020-08-22T11:30:34+02:00Mathieu GiraudRelease algo 2020.06
À mon sens toutes les issues (ou MR) étiquetées comme %"Algo 2020.06" sont prêtes, après le code review peut prendre du temps.
(Tiens, comment faire ? Je me rends compte que des issues sont assignées à %"Algo 2020.06", mais pas toutes l...
À mon sens toutes les issues (ou MR) étiquetées comme %"Algo 2020.06" sont prêtes, après le code review peut prendre du temps.
(Tiens, comment faire ? Je me rends compte que des issues sont assignées à %"Algo 2020.06", mais pas toutes les MR correspondantes... faut-il systématiquement tagger aussi les MR ?)
Un gros morceau était !679,
un autre gros morceau restant est !706 > !705 > !695, le reste sont des choses mineures.
Si, après !679 je voulais retester !690, mais bon, on verra s'il y a le temps.
D'autres envies ?Algo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4320Uniquement des slaves Docker2024-01-18T10:13:29+01:00Mathieu GiraudUniquement des slaves DockerQuestion plus large que #4273 : est-ce faisable et souhaitable d'arriver à un point où toute la ~"dev-ci" serait dockerisée, y compris les jobs de déploiement, d'environnement de review, et autres ? Le jour où on aura cela, pourrons-nous...Question plus large que #4273 : est-ce faisable et souhaitable d'arriver à un point où toute la ~"dev-ci" serait dockerisée, y compris les jobs de déploiement, d'environnement de review, et autres ? Le jour où on aura cela, pourrons-nous "en un claquement de doigts" éteindre nos slaves (par exemple `meccano`, ou bien `vdc`) et en utiliser ailleurs sans presque avoir à se logguer sur le slave ?
Par rapport à #4273, cela suppose d'avoir des clés de déploiement stockées dans ~"dev-gitlab" (ce qui déjà un peu le cas) ? D'autres points ?Dev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4321Dock et URL2021-01-04T09:57:09+01:00Mathieu GiraudDock et URLsur !109, est-ce que les docks fonctionnent ?sur !109, est-ce que les docks fonctionnent ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4322git minimal (ou export) pour utilisation Docker ?2020-06-05T13:51:48+02:00Mathieu Giraudgit minimal (ou export) pour utilisation Docker ?
Évoqué ce matin: de quoi a-t-on vraiment besoin pour *utiliser* un serveur Vidjil en production ?
Dans `docker/`, le `docker-compose.yml` et de quelques fichiers de conf ? D'autres choses ?
Faut-il distribuer quelque part cela en "vers...
Évoqué ce matin: de quoi a-t-on vraiment besoin pour *utiliser* un serveur Vidjil en production ?
Dans `docker/`, le `docker-compose.yml` et de quelques fichiers de conf ? D'autres choses ?
Faut-il distribuer quelque part cela en "version minimale", sans le reste du git ?
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4323Tests unitaires client sur les axes2021-08-10T16:42:38+02:00Mathieu GiraudTests unitaires client sur les axesJe suis retombé par hasard sur 1ae7aecaed (qui faisait partie de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/601/diffs#4c71fba92538207d3d021e7a7a9cdc34dd175bad_14_14), qui a supprimé les tests unitaires `axis_test.js` sur les ...Je suis retombé par hasard sur 1ae7aecaed (qui faisait partie de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/601/diffs#4c71fba92538207d3d021e7a7a9cdc34dd175bad_14_14), qui a supprimé les tests unitaires `axis_test.js` sur les anciens axes.
Certes, !601 a été l'occasion de maintenir/faire évoluer des tests fonctionnels, mais une série de tests unitaires sur les nouveaux axes serait la bienvenue ;-)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4324Monitorer le serveur : temps réel + historique2024-01-22T14:22:49+01:00Mathieu GiraudMonitorer le serveur : temps réel + historiqueComplément à #4037, évoqué avec @flothoni et @mikael-s :
- nombre de jobs par jour
- nombre de fichiers uploadés / taille totale
- charge CPU (plus dur ?)
- incidents
éventuellement sur plusieurs serveurs
Graphiques historiques (à...Complément à #4037, évoqué avec @flothoni et @mikael-s :
- nombre de jobs par jour
- nombre de fichiers uploadés / taille totale
- charge CPU (plus dur ?)
- incidents
éventuellement sur plusieurs serveurs
Graphiques historiques (à quel point le lundi est plus chargé ? les congés ?), par curiosité, mais aussi pour nous aider à mieux gérer les incidents.
Via Gitlab ? https://docs.gitlab.com/ee/administration/monitoring/performance/Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4325Traçabilité des pre-process2021-01-13T12:28:28+01:00Mathieu GiraudTraçabilité des pre-process
Stocker quelque part la ligne de commande et le numéro de version de Flash, et le rendre disponible jusqu'au ~"client-rapport".
Peut-être que les premières étapes sont déjà faites par !691 ?
Stocker quelque part la ligne de commande et le numéro de version de Flash, et le rendre disponible jusqu'au ~"client-rapport".
Peut-être que les premières étapes sont déjà faites par !691 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4326Monitorer les slaves2020-06-10T13:10:23+02:00Mathieu GiraudMonitorer les slavesMême chose que #4324 mais pour le ~"dev-ci". C'est par exemple jouable de déployer plusieurs serveurs Prometheus et d'avoir un seul Grafana qui récupère tout, ou d'avoir cela directement récupéré par Gitlab.
Permettrait probablement d'a...Même chose que #4324 mais pour le ~"dev-ci". C'est par exemple jouable de déployer plusieurs serveurs Prometheus et d'avoir un seul Grafana qui récupère tout, ou d'avoir cela directement récupéré par Gitlab.
Permettrait probablement d'avancer sur #3397, et plus généralement d'être conscient de notre taux d'occupation des slaves.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/43270-based / 1-based2021-12-07T18:39:44+01:00Mathieu Giraud0-based / 1-basedSuite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)...Suite à remarque de @flothoni sur !715.
Je pense qu'on est, pour nos usagers, pour les sorties du ~cpp, et pour le ~client, partout 1-based. Probablement il faut le dire mieux dans la ~doc.
(très anciennes issues: #1942, #1958, #1869)
Par contre, je pense qu'on est 0-based en *interne* du ~cpp. Mais est-ce systématique ? (Je vois par exemple "JUNCTIONstart is 1-based"). Faut-il progresser vers quelque chose de plus systématique ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4328Account creation: Retour dans le client si l'adresse mail est déjà utilisée2021-02-09T16:15:37+01:00Thonier FlorianAccount creation: Retour dans le client si l'adresse mail est déjà utiliséeJe viens de me faire avoir a tenter une création de compte d'un utilisateur existant déjà. Lorsque j'ai fait validé, je suis tombé sur l'affichage du dernier compte créé, et comme j'avais switché de fenêtre pour faire le mail, je ne m'e...Je viens de me faire avoir a tenter une création de compte d'un utilisateur existant déjà. Lorsque j'ai fait validé, je suis tombé sur l'affichage du dernier compte créé, et comme j'avais switché de fenêtre pour faire le mail, je ne m'en suis pas aperçu.
Il faudrait avoir le bouton de validation de création de compte grisé si l'ensemble des champs ne sont pas rempli ou si l'adresse mail est déjà utilisée. Pour cela, il faudrait avoir une requête vers le serveur pour savoir si elle est déjà présente dans la base de données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4329Rapport : enlever les camemberts2020-06-10T16:27:08+02:00Mathieu GiraudRapport : enlever les camembertset les remplacer par des bars ou autre
Suggéré par @duezet les remplacer par des bars ou autre
Suggéré par @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4330Avoir une date de péremption d'un utilisateur dans un groupe2020-06-10T22:16:51+02:00Thonier FlorianAvoir une date de péremption d'un utilisateur dans un groupeIl peut arriver que certaines équipes connaissent d'avance une date théorique de fin de contrat d'un membre (un CDD, un Phd ou un stagiaire).
On pourrait imaginer qu'un compte puisse avoir une date d'expiration à la création. Dans ce ca...Il peut arriver que certaines équipes connaissent d'avance une date théorique de fin de contrat d'un membre (un CDD, un Phd ou un stagiaire).
On pourrait imaginer qu'un compte puisse avoir une date d'expiration à la création. Dans ce cas, on fait une fois par jours/semaine le tour des comptes et on prévient/suspend un compte.
La suspension aurait pour effet de changer le mot de passe par un autre, bloquant ainsi l'exploitation du compte.
Tel que je le vois, on pourrait ajouter un champs dans la table des utilisateurs avec une date. Celle-ci pourrait être instancier à la création si on la connaît, ou laissé à nulle, (ou repoussée en cas de demande). On pourrait aussi l'utiliser pour prévenir les utilisateurs à X jours avant de l'appliquer. A la date, on a une tâche cron qui s'occupe de faire la manip.
Il y a probablement un mécanisme mixte avec ma proposition de supprimer les séquences d'un utilisateur non connecté depuis XX mois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4332Avoir connaissance de ses groupes et de ses membres2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianAvoir connaissance de ses groupes et de ses membresOn pourrait ajouter plus ou moins facilement une liste des groupes auxquels on est rattaché et les membres de chaque.
Cela permettrait entre autre à un chef d'équipe de savoir qui est présent et actif.
Au passage, il faudrait aussi po...On pourrait ajouter plus ou moins facilement une liste des groupes auxquels on est rattaché et les membres de chaque.
Cela permettrait entre autre à un chef d'équipe de savoir qui est présent et actif.
Au passage, il faudrait aussi pouvoir indiquer si un membre est désactivé ou non. Pour rappel, pour le moment, la manipulation consiste à désactiver le mot de passe, mais on n'a pas de retour dans l'interface de cet état. Faut-il une option désactiver utilisateur qui enregistrerait un etat en base de données d'un utilisateur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4333Fichiers dans un répertoire /upload2021-03-19T14:24:20+01:00Mathieu GiraudFichiers dans un répertoire /upload
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... es...
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... est-ce une bonne pratique ? git ou d'autres logiciels font parfois des répertoires pour "ranger" un grand nombre de fichiers, est-ce recommandé ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4334Supprimer seg_stat ?2020-07-28T16:19:19+02:00Mathieu GiraudSupprimer seg_stat ?Dans `core/windows.cpp`, `WindowsStorage::statusToJson()` crée, dans le json, `seg_stat`, à partir de `status_by_window` :
```
"reads": [
606
],
"seg_stat": [
{
"1": 217,
"2": 389
...Dans `core/windows.cpp`, `WindowsStorage::statusToJson()` crée, dans le json, `seg_stat`, à partir de `status_by_window` :
```
"reads": [
606
],
"seg_stat": [
{
"1": 217,
"2": 389
}
```
Cela permet de connaître la répartition +/- de chaque window. Mais... est-ce que vous vous en êtes déjà servi ?
Le dernier commit mentionnant explicitement `seg_stat` est... 8991d0b29 (2014 !), même si `seg_stat` a depuis été "transporté et actualisé" par différents ~"dev-refactor".
À ce moment `seg_stat` était utilisé par ~"server-fuse". Mais... ce n'est plus le cas (pas réussi à trouver depuis quand), et désormais j'ai l'impression qu'il n'y a plus *aucune* lecture de `seg_stat` dans tout notre code (et aucun test). En attendant, cela prend 40 octets (dont beaucoup de blancs) par séquence dans le `.vidjil` (sur 1.9 Ko, voir #4036). Bref, supprimer `seg_stat` ?
On pourrait même se demander si `status_by_window` est utile... oui, sert à fixer le W50, mais est-ce tout ?
cc @duez @flothoniAlgo 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4335Avoir des statistiques globales de détection dans le .vidjil sous forme parsable2020-06-11T07:28:24+02:00Mathieu GiraudAvoir des statistiques globales de détection dans le .vidjil sous forme parsableSuite à #4334.
On a certes le `log`, mais, bon, cela ne coûterait pas grand chose d'avoir, sur l'ensemble du .vidjil, les infos `SEG_` et `UNSEG_` sous un bel objet json.Suite à #4334.
On a certes le `log`, mais, bon, cela ne coûterait pas grand chose d'avoir, sur l'ensemble du .vidjil, les infos `SEG_` et `UNSEG_` sous un bel objet json.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4336Ajouter d'autres axes de distributions2020-06-11T21:48:03+02:00Mathieu GiraudAjouter d'autres axes de distributions
On s'était dit qu'on restait pour l'instant sur `lenSeqAverage`, à regarder un bilan après au moins 6 mois (une fois que l'on a fait la ~com vdj#926), et aussi en ayant considéré #4250 et autres.
Beaucoup de choses sont possibles (mais...
On s'était dit qu'on restait pour l'instant sur `lenSeqAverage`, à regarder un bilan après au moins 6 mois (une fois que l'on a fait la ~com vdj#926), et aussi en ayant considéré #4250 et autres.
Beaucoup de choses sont possibles (mais on ne veut pas dupliquer ~"app-stats"). Probablement le par V / par J sont les premiers candidats, mais cela pose la question de faire (ou pas) les clés multiples.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4337Warning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)2020-06-11T09:52:07+02:00Thonier FlorianWarning si version très ancienne de l'algorithme (et vue database)Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, el...Hier une utilisatrice qui n'avait pas utilisé vidjil depuis des années m'a demandé de réactiver son compte.
Dans le cas présent, il n'y avait pas de données. Mais si elle avait voulu rajouter un ou plusieurs samples dans ses run/sets, elle aurait potentiellement voulu relancer les analyses avec la dernière version de l'algorithme.
Pour ce faire, il faudrait avoir l'information en base pour ne pas avoir a reparcourir le fichier de résultat, et l'information de la version courante du logiciel (le tag release à minima).
On a un warning potentiel non encore implémenté `W0x` qui indique si l'algo utilisé est outdated. Mais on pourrait aussi indiqué l'alerte en amont, dans la page patient/run.
De la même manière, on pourrait aussi imaginer que le bouton permettant de relancer toutes les analyses permette de relancer différentiellement en fonction de ce paramètre (une idée en l'air, dans la pratique l'option de tout relancer indifféremment me semble en réalité plus pertinente, mais je le mentionne au cas ou).
D'une manière générale, y-a-t-il d'autre informations/warnings qu'il serait pertinent de faire remonter avant l'ouverture ? Cela recoupe aussi des informations que l'on pourrait avoir potentiellement dans la vue statshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4338Chiffres significatifs : average_read_length, e-value2021-03-31T21:37:28+02:00Mathieu GiraudChiffres significatifs : average_read_length, e-value```
"_average_read_length": [
333.6000061035156
],
```
Mettre seulement 2 (ou 1, ou 3) décimales. Pas tellement pour gagner 10 octets, mais juste parce que cela ne fait pas vraiment de sens.
Pendant qu'on y est, 2 décimal...```
"_average_read_length": [
333.6000061035156
],
```
Mettre seulement 2 (ou 1, ou 3) décimales. Pas tellement pour gagner 10 octets, mais juste parce que cela ne fait pas vraiment de sens.
Pendant qu'on y est, 2 décimales pour les e-valeurs sont probablement aussi largement suffisantes, surtout vu la précision de nos modèles ;-)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4339Bikeshedding du nom : boxes pré-V et post-J, MAX_N_LENGTH_IN_CODE2020-12-02T12:38:56+01:00Mathieu GiraudBikeshedding du nom : boxes pré-V et post-J, MAX_N_LENGTH_IN_CODE(Essai avec le bouton magique "resolve all threads in a new issue)
The following discussions from !705 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/705#note_349418)...(Essai avec le bouton magique "resolve all threads in a new issue)
The following discussions from !705 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/705#note_349418): (+6 comments)
> Pourquoi le `MAX_N_LENGTH_IN_CODE` ? C'est affiché où ? Si on parse la sortie quel effet ?
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/705#note_349618): (+6 comments)
> J'ai des réticences sur ce format type 42/0 sur la sortie : ça casse (encore) la sortie habituelle, ça ne respecte pas notre format .vdj, c'est une information redondante (on a déjà l'information de début du V dans le format .vdj), je ne comprends pas la signification exacte (0 quoi ?), j'ai l'impression que la sémantique est différente des autres `/`.
- [ ] @magiraud started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/705#note_350012): (+2 comments)
>
> Pour essayer d'avancer (et le sujet de la MR n'était pas là-dessus ;) :
>
> - 1) On n'est visiblement d'accord, bref soyons conservateurs, je te propose donc de ne pas mettre ces box au début et à la fin (même si je trouve cela dommage), et à reprendre cette discussion plus tard. Pour l'instant on a peu de séquences comme cela, dans quelque temps on verra plus clair si on en a d'autres, et je pense qu'on a un point d'accord que le `name` doit décrire des choses biologiques, pas des artefacts, il faudra qu'on ait plus de données.
>
> - 2) j'aimerais laisser tout de même le N ... mais si tu insistes on enlève tout : c'est vrai qu'une fois qu'on a enlevé les box au début et à la fin, le N est complètement indépendant de cette MR... j'avais fait cela pour aider le 1), y compris *biologiquement*, et au final je me suis rendu compte que c'est aussi plus élégant pour lire humainement les sorties (que ce soit stdout ou name) sur quelques exemples).
>
> Bref, dis-moi ton choix et je détricote en fonction.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4340Clones sans `sequence` dans le .vidjil et client2020-06-11T19:48:10+02:00Mathieu GiraudClones sans `sequence` dans le .vidjil et clientSuite à !724, discussions
- à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349980
- et à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349686
@flothoni a déjà vu qu'on peut ouv...Suite à !724, discussions
- à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349980
- et à partir de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/724#note_349686
@flothoni a déjà vu qu'on peut ouvrir des .vidjil avec des clones sans séquences. Mais
> Est-ce qu'il se visualise bien dans le reste du ~client ? Dans la ~"client-cloneList" et dans la
~"client-grid" ?
> Le ~"client-rapport" se génère correctement (y compris s'il est sélectionné) ?
> Est-ce qu'il y a des erreurs dans la console ? Si oui sont-elles bloquantes après ? Cela arrive qu'une erreur à un moment donné empêche ensuite d'interagir avec d'autres clones.
En fonction de la réponse, mettre à jour ou pas la ~doc et `vidjil-format.md` #4317https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4341Vocabulaire "detected", choses restantes2020-06-12T09:30:33+02:00Mathieu GiraudVocabulaire "detected", choses restantesDepuis #3413 :
> Ce qui n'est pas encore changé:
>
> * les champs `segmented` et `seg` dans les `.vidjil` (ne changera probablement pas à moins de casser le format) #4317
> * les constantes `SEG*`, `UNSEG*`: on peut les laisser...Depuis #3413 :
> Ce qui n'est pas encore changé:
>
> * les champs `segmented` et `seg` dans les `.vidjil` (ne changera probablement pas à moins de casser le format) #4317
> * les constantes `SEG*`, `UNSEG*`: on peut les laisser...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4342problème d'échelle sur les axes2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier Florianproblème d'échelle sur les axesEn testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
...En testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
En voici un exemple:
![Screenshot_20200611_180027](/uploads/0c6be42524f2cebc8a4621f42fa5f573/Screenshot_20200611_180027.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4343Blancs dans .vidjil ?2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu GiraudBlancs dans .vidjil ?Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4344validate-links: code d'erreur2020-06-12T12:40:46+02:00Mathieu Giraudvalidate-links: code d'erreurQuand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.Quand une URL ne passe pas, ce serait sympa de savoir si c'est un 404/403/500/... ou bien un Timeout. Et de mettre cette info aussi à la fin dans le récapitulatif des failed.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4345Suggérer de recharger le client2020-06-12T20:08:49+02:00Mikaël SalsonSuggérer de recharger le clientLe client devrait détecter qu'il n'est plus à jour et suggérer à l'utilisateur de recharger la page. Mattermost le fait par exemple.
Cela éviterait qu'une utilisatrice se retrouve avec un client vieux de 4 mois car n'ayant pas eu à rech...Le client devrait détecter qu'il n'est plus à jour et suggérer à l'utilisateur de recharger la page. Mattermost le fait par exemple.
Cela éviterait qu'une utilisatrice se retrouve avec un client vieux de 4 mois car n'ayant pas eu à recharger la page depuis (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4265#note_350767).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4346http://www.vidjil.org/releases/vidjil-algo-latest.tar.gz2022-03-16T11:25:53+01:00Mathieu Giraudhttp://www.vidjil.org/releases/vidjil-algo-latest.tar.gz
Sur www.vidjil.org/releases, les `-latest` dataient de 2019.05. Je les ai modifié à la main, mais mettre cela dans ~"dev-cd".
Sur www.vidjil.org/releases, les `-latest` dataient de 2019.05. Je les ai modifié à la main, mais mettre cela dans ~"dev-cd".Algo 2022.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4347Optimisation du chargement des distributions2020-07-28T11:18:44+02:00Thonier FlorianOptimisation du chargement des distributionsLes distributions sont sources de ralentissement lors du chargement des analyses.
Je cherche un moyen d’accélérer cette latence induite. Parfois quelques dizaine de secondes de perte de contrôle de l'interface, et en plus, un message d...Les distributions sont sources de ralentissement lors du chargement des analyses.
Je cherche un moyen d’accélérer cette latence induite. Parfois quelques dizaine de secondes de perte de contrôle de l'interface, et en plus, un message du navigateur aux utilisteurs indiquant un possible `freeze`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4348Le web2py trackè_changes peut-il dégrader les performances en prod ?2020-06-15T18:14:45+02:00Mathieu GiraudLe web2py trackè_changes peut-il dégrader les performances en prod ?
dans `models/db.py`: `from gluon.custom_import import track_changes; track_changes(True)`
introduit par de7ce3c7e
@mikael-s : "On a aussi, dans `docker/vidjil-server/conf/uwsgi.ini`
```
touch-reload = /usr/share/vidjil/server/web2py/...
dans `models/db.py`: `from gluon.custom_import import track_changes; track_changes(True)`
introduit par de7ce3c7e
@mikael-s : "On a aussi, dans `docker/vidjil-server/conf/uwsgi.ini`
```
touch-reload = /usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/modules/defs.py
```
@duez : "sur doc de web2py, disent que pas de soucis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4349Avoir les environnements de review sur prod_server2020-06-15T18:17:21+02:00Mathieu GiraudAvoir les environnements de review sur prod_serverhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4350Clones de distribution trop abondants ?2020-07-09T14:14:01+02:00Mikaël SalsonClones de distribution trop abondants ?Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu d...Sur le patient L3, sur le 2è échantillon (http://app.vidjil.org/?set=3241&config=25&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar&clone=654) il y a un clone de distribution assez abondant (environ 120 000 reads) composé de peu de clones (71 clones).
Ça me semble surprenant car cela fait environ 1700 reads par clone en moyenne (avec des clones probablement plus abondants parmi cela). Or avec de telles abondances les clones ne devraient-ils pas être normalement affichés ?Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4351Auto-logguer Démo ?2020-06-16T11:29:47+02:00Mathieu GiraudAuto-logguer Démo ?
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"
@flothoni : cela aiderait à la pub, montrer un bouton pour arriver à une analyse.
Mais on a du mal à gérer le ~"server-auth". Peut-être plus passer par des clients avec ~"client-api"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4352Rendre plus conscient qu'on soit les locus DJ2020-06-16T11:27:39+02:00Mathieu GiraudRendre plus conscient qu'on soit les locus DJDiscuté avec @flothoni et @mikael-s : on n'explicite pas le fait que les locus sont DJ...
- pour les couleurs dans ~"client-aligner", ce serait beau d'avoir la couleur D quand c'est un DJ (mais comment voit-on DDJ ? plus généralement ...Discuté avec @flothoni et @mikael-s : on n'explicite pas le fait que les locus sont DJ...
- pour les couleurs dans ~"client-aligner", ce serait beau d'avoir la couleur D quand c'est un DJ (mais comment voit-on DDJ ? plus généralement #2135 ?)
- nos ~"client-axis" "V / 5'" ? Sur les noms des étiquettes, on voit les D, bref ~"priority-1-low"
Mettre les 'D' en '4' ?
@mikael-s et @flothoni: probablement très difficile ~"dev-refactor" , le client risque de sentir mal sans `5` !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4355"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même...2020-06-18T14:34:02+02:00Mathieu Giraud"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même dateEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4356URL courte pour lien depuis la page patient2020-12-02T22:16:05+01:00Mathieu GiraudURL courte pour lien depuis la page patientSuite à #2792.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/720#note_350431, j'ai toujours (sur les environnements de review de !720) un `sample_set=...` sur
- la page des samples
- le lien "multi+inc+xxx" sur un patien...Suite à #2792.
Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/720#note_350431, j'ai toujours (sur les environnements de review de !720) un `sample_set=...` sur
- la page des samples
- le lien "multi+inc+xxx" sur un patient
(mais quand on clique dessus, c'est ensuite bien réécrit)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4357URL courte : /b au lieu de /browser2020-12-02T20:07:40+01:00Mathieu GiraudURL courte : /b au lieu de /browserC'était une des motiviations de #2792.
Au final ce n'est pas mis dans !720, soucis de tests et autres, mais, désormais que !720 est mergé, ce serait bien de voir cela (et de le faire avant un prochain déploiement, pour ne pas que les U...C'était une des motiviations de #2792.
Au final ce n'est pas mis dans !720, soucis de tests et autres, mais, désormais que !720 est mergé, ce serait bien de voir cela (et de le faire avant un prochain déploiement, pour ne pas que les URLs changent toujours).marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4358Avoir un historique des sha1 de prod-client, prod-server (et des déploiements)2020-09-23T17:14:18+02:00Mathieu GiraudAvoir un historique des sha1 de prod-client, prod-server (et des déploiements)Entre le moment où quelque chose est mergé dans `dev` et passe en prod, il peut y avoir du temps, et ces temps sont différents suivant algo/client/serveur. En cas de bug, on aimerait savoir "depuis quand est cette version sur tel déploie...Entre le moment où quelque chose est mergé dans `dev` et passe en prod, il peut y avoir du temps, et ces temps sont différents suivant algo/client/serveur. En cas de bug, on aimerait savoir "depuis quand est cette version sur tel déploiement".
Avoir quelque part un historique des sha1 des branches de prod (voire des déploiements quand ce n'est pas ~"dev-cd" automatique) ? N'a-t-on pas déjà cela avec les paquets ~"server-docker" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4360Optimisation de la gestion de la pagination côté client2021-01-07T17:39:43+01:00Thonier FlorianOptimisation de la gestion de la pagination côté clientUne petite feature qui ne mange pas de pain et qui fera gagné pas mal de temps lorsque l'on cherche un ancien patient, ou a remonté le fil des pages.
Avoir une zone input qui permette dechoisir directement la page qui nous intérésse.Une petite feature qui ne mange pas de pain et qui fera gagné pas mal de temps lorsque l'on cherche un ancien patient, ou a remonté le fil des pages.
Avoir une zone input qui permette dechoisir directement la page qui nous intérésse.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4361Pouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseau2021-04-23T13:42:35+02:00Mikaël SalsonPouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseauNotre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).Notre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4362Fichiers dans /results/tmp2020-07-03T19:13:46+02:00Mathieu GiraudFichiers dans /results/tmpMême remarque que pour #4333 : on a, sur un serveur de prod, beaucoup de sous-répertoires dans le même répertoire.
La différence avec #4333 est que ces fichiers ne sont pas dans la DB, c'est probablement plus facile de les stocker dans ...Même remarque que pour #4333 : on a, sur un serveur de prod, beaucoup de sous-répertoires dans le même répertoire.
La différence avec #4333 est que ces fichiers ne sont pas dans la DB, c'est probablement plus facile de les stocker dans un sous -répertoire par lots.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4363Problème de chargement des analysis en cas de modification des samples2020-07-10T17:35:17+02:00Thonier FlorianProblème de chargement des analysis en cas de modification des samplesSuite à !737 : Il nous faut une meilleur gestion en cas d'ajout ou de suppression de sample.Suite à !737 : Il nous faut une meilleur gestion en cas d'ajout ou de suppression de sample.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4364Documenter `stock_order`2020-07-23T12:11:28+02:00Mikaël SalsonDocumenter `stock_order`Suite à !737Suite à !737Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4365clone getHTMLinfo; avoir une meilleur organisation2021-07-12T14:59:28+02:00Thonier Florianclone getHTMLinfo; avoir une meilleur organisation![Screenshot_20200622_095927](/uploads/786bbe3aa7c26e5bf0f36252abd7d86e/Screenshot_20200622_095927.png)
Voici un exemple du rendu de getHTMLinfo. Ici, on présente les vdj, puis après c'est un mix qui ne me semble plus avoir de sens avec...![Screenshot_20200622_095927](/uploads/786bbe3aa7c26e5bf0f36252abd7d86e/Screenshot_20200622_095927.png)
Voici un exemple du rendu de getHTMLinfo. Ici, on présente les vdj, puis après c'est un mix qui ne me semble plus avoir de sens avec les N, les 4x, ... Avoir les VDJ en priorité a du sens, mais ce n'est pas pratique ensuite de devoir recomposer l'ordre des N, des 4x avec les lignes qui sont tout en bas du tableau.
Nous n'avons pas non plus l'information productive qui apparaît et je ne sais pas pourquoi (alors qu'elle existe pour le clone et cette config).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4366Verifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyse2022-05-10T10:22:21+02:00Thonier FlorianVerifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyseAprès avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aus...Après avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aussi présente sur les choix de settings (verifier à l'instant avec le choix fait de `sample key`).
Il s'agit de répercuter des resets fait sur le modèle lors du chargement d'une nouvelle analyse avec les choix correspondant sur le html.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4367Ouvrir un seul sample; lien dans le menu pour revenir aux sets parents2020-06-23T10:41:23+02:00Thonier FlorianOuvrir un seul sample; lien dans le menu pour revenir aux sets parentsEn mix avec #2728 et #2442: Serait-il envisageable d'avoir dans le menu de l'analyse (celui qui s'affiche sous le nom du patient une fois une analyse ouverte) les liens menant aux sets le comprenant.
Pour l'instant, la meilleur solutio...En mix avec #2728 et #2442: Serait-il envisageable d'avoir dans le menu de l'analyse (celui qui s'affiche sous le nom du patient une fois une analyse ouverte) les liens menant aux sets le comprenant.
Pour l'instant, la meilleur solution que nous proposons pour #2442 est de faire un compare sample avec un seul sample. @anne nous faisait la remarque que dans ce cas, nous ne pouvons retourner au set parent, et que pire, elle perdait aussi les informations sur le patients. Si nous mettons des liens à cet endroit, on simplifierait la démarche pour remonter à son/ses sets tout en permettant d'améliorer une peu l'identitovigilance.
Cela n'empêche pas aussi de corriger ce qui est affiché dans ce menu dans le cas d'un compare samples, avec un ou plusieurs samples. Si il n'y a qu'un seul sample, l'emplacement me semble idéal. Si il y en a plusieurs je n'en suis pas aussi certain. des lignes de plus dans le log me semble plus approprié par exemple.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4368Vidjil-algo; rendre le path du germline optionel2021-02-18T23:02:54+01:00Thonier FlorianVidjil-algo; rendre le path du germline optionelLorsque je lance des scripts en local, j'ai toujours besoin d'ajouté le path vers les germlines et le fichier `.g` aussi.
Serait-il envisageable de le rendre accessoire et qu'il aille le chercher par defaut à l'endroit où se situe l'alg...Lorsque je lance des scripts en local, j'ai toujours besoin d'ajouté le path vers les germlines et le fichier `.g` aussi.
Serait-il envisageable de le rendre accessoire et qu'il aille le chercher par defaut à l'endroit où se situe l'algo, avec `homo-sapiens.g` aussi par defaut ?
PS: C'est un minuscule point de détail.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4369Ouvrir un clone si on effectue un double click dans les graph et scatterplot;2021-11-22T14:35:37+01:00Thonier FlorianOuvrir un clone si on effectue un double click dans les graph et scatterplot;De nombreuses fois, je double click sur des clones séléctionné dans les vues graph. Pourtant ça ne mène à rien. Je ne sais pas si je suis le seul, mais je susi souvent frustré que ça n'affiche pas la fenêtre d'information d'un clone...De nombreuses fois, je double click sur des clones séléctionné dans les vues graph. Pourtant ça ne mène à rien. Je ne sais pas si je suis le seul, mais je susi souvent frustré que ça n'affiche pas la fenêtre d'information d'un clone...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4370Label dans les graph; avoir des tooltips2021-03-30T14:16:57+02:00Thonier FlorianLabel dans les graph; avoir des tooltipsJe suis en train d'ouvrir une analyse. Les noms de samples dans la timeline sont relativment identique et je ne peux donc pas les voir totalement. Je n'arrive donc pas à les trier.
J'aimerai avoir les mêmes information de tooltip que da...Je suis en train d'ouvrir une analyse. Les noms de samples dans la timeline sont relativment identique et je ne peux donc pas les voir totalement. Je n'arrive donc pas à les trier.
J'aimerai avoir les mêmes information de tooltip que dans la graphList.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4371Pouvoir figer ou versionner les configs pour qualification2021-02-24T16:54:53+01:00Mathieu GiraudPouvoir figer ou versionner les configs pour qualificationQuelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est un...Quelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est une action manuelle, par les ~"server-admin", de figer une config. Une config figée est... figée, elle ne peut plus être modifiée dans l'interface. On pourrait toujours la dupliquer pour modifier quelque chose. Une config figée apparaît avec par exemple avec un "*" dans la liste.
Une config figée ne peut pas se supprimer dans l'interface, mais elle peut se désactiver: elle n'apparaît plus dans la liste des configs, ou en tout cas pas dans la liste principale. Concrètement, cela peut juste vouloir changer la *classification* de la config, qui elle n'est pas figée. (Et permettre d'accéder à des résultats de config, même si on ne peut plus relancer, avoir un booléen "désactivé" sur une classification, ou sur une config ?)
Peut-être peut-on tout de même renommer la config (genre "Human default (2019.05)" pour suivre les anciennes versions ?)
Autre solution évoquée: *versionner* les ~"server-config": ajouter un champ "date", un champ "previous_id", et, à chaque modification, ne pas écraser mais dupliquer. Aussi possible (génère un peu plus d'entrées quand on fait des tests)... mais ne me semble pas aussi fort que de figer (et l'usager ne se rend pas compte si on modifie quelque chose sans le prévenir).
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4372self.user non défini alors que l'utilisateur est loggé2020-06-23T11:03:26+02:00Mikaël Salsonself.user non défini alors que l'utilisateur est loggéOn a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](ht...On a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/131.254.15.191.2020-06-23.10-21-33.239d60b6-68f2-42f5-b398-9e0f6ed1fa15) montre que `self.user` vaut `None`, ce qui est étonnant puisqu'il est bien loggé.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 182, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/cache.py", line 645, in wrapped_f
rtn = func()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 120, in download
if auth.can_view_sample_set(sample_set_id) and not '..' in request.vars['filename']:
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 466, in can_view_sample_set
perm = self.get_permission(PermissionEnum.read.value, 'sample_set', sample_set_id, user)\
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 180, in get_permission
perm_groups = self.get_permission_groups(action, user)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 118, in get_permission_groups
user = self.user.id
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'id'
```marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4373Prendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?2020-06-23T10:58:15+02:00Mathieu GiraudPrendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi m...
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi mettre un ~"client-warning".
Sur la position des gènes, voir aussi #3192 #4180https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4374Taille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non i...2020-07-22T13:55:02+02:00Mathieu GiraudTaille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non intéressantshttp://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ pet...http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ petits points superposés (changer par exemple l'axe x en "average read length").
C'est déjà curieux qu'ils ne soient pas "décalés" poru faire un nuage de points...
... mais un seul paquet serait mieux qu'un nuage (qui dépend juste de l'axe de distribution). Avoir un moyen de regrouper ces clones ? Est-ce que cela correspondrait à faire un "nouveau" clone de distribution ?
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4375Pouvoir cacher les clones de distribution2020-07-28T13:26:08+02:00Mikaël SalsonPouvoir cacher les clones de distributionOn peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont ...On peut filtrer les clones en fonction de leur tag. On peut par exemple cliquer sur le carré gris pour retirer tous les clones qui n'ont pas de tag, mais cela laisse les clones de distribution. C'est peut-être souhaitable (car ils n'ont pas cette même couleur) mais en tout cas il faut un moyen de les filtrer.
Souvent les clones de distribution ont pour effet d'élargir l'intervalle du genescan, ce qui peut le rendre moins lisible sur de petits écrans. Dans ces cas j'aimerais parfois pouvoir désativer les clones de distribution pour ne voir que les « vrais » clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4377Focus des clones : les clones supérieurs au top sont également focus2020-06-25T17:04:58+02:00Mikaël SalsonFocus des clones : les clones supérieurs au top sont également focushttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas...http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas logique : on a focus sur les clones visibles uniquement, il n'y a pas de raison que d'autres clones apparaissent quand on augmente le top.
Ce bug gêne pour avoir une bonne adaptation de l'axe des X en fonction des clones sélectionnés (cf. #4376).
Il faudra ajouter des tests pour vérifier que le comportement est correct.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4378Avoir un déploiement automatique de dev2020-06-25T20:35:54+02:00Mathieu GiraudAvoir un déploiement automatique de dev
Parfois certaines MR sont faites si rapidement (!742 ;-)) qu'on peut ne pas avoir eu le temps de passer sur l'environnement de review. Et même pour des MR qui prennent leur temps, cela m'arrive assez fréquemment, après merge, de re-pous...
Parfois certaines MR sont faites si rapidement (!742 ;-)) qu'on peut ne pas avoir eu le temps de passer sur l'environnement de review. Et même pour des MR qui prennent leur temps, cela m'arrive assez fréquemment, après merge, de re-pousser `feature-c/dev` uniquement pour avoir accès à l'envrionnement de review (ou de faire un pull chez moi, bien sûr).
Bref, serait-il pertinent d'avoir un déploiement complètement automatique de `dev` quelque part, qu'on ne touche pas (`vdd` joue un autre rôle) ? Il pourrait d'ailleurs être complet, serveur, client, et algo. Environnement de review ou pas, je ne sais pas quelle est la meilleure solution.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4380Ameliorer le chargement de données par network2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianAmeliorer le chargement de données par networkJe viens de tester sur une serveur le chargement de données depuis un run disponible sur le network.
Voici quelques pistes en vrac d'amélioration:
* pouvoir ajouter directement un dossier et non pas avoir à faire chaque sous fichier à ...Je viens de tester sur une serveur le chargement de données depuis un run disponible sur le network.
Voici quelques pistes en vrac d'amélioration:
* pouvoir ajouter directement un dossier et non pas avoir à faire chaque sous fichier à la main
* pouvoir valider par entrée la sélection et ne pas avoir à bouger la souris à chaque fois sur le bouton `ok`
* Pouvoir valider un choix de fichier en double cliquant (en plus du entrée/ok)
* Pouvoir voir directement le nombre de fichiers présent dans le dossier, pour s'assurer à la fin que l'on n'en a pas oublié un en cours de route (là il y en avait près de 30. Il a fallu créer à la main les entrées par le clique sur le bouton `add sample` le bon nombre de fois pour ne pas provoquer l'erreur de #3972
* élargir la taille de la div `tree`
* élargir les div affichant les noms de dossiers/fichiers qui sont limité à peu de caractère et ne permette pas de le lire en entier (on a quand même la balise `title` qui permet de rattraper le coup)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4381Certaines analyses on des samples en double dans le champs order2020-07-23T12:06:58+02:00Thonier FlorianCertaines analyses on des samples en double dans le champs orderJe suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.Je suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4382Ajout de configurations "par locus"2020-06-26T15:18:48+02:00Thonier FlorianAjout de configurations "par locus"Dites moi, la config IGH ne sort pas les IGH+ ?
J'ai quelqu'un qui souhaite voir ses IGH+, mais comme ils sont mineurs dans le fichier, en multi ca ne les ressort pas.
Il faudrait ajouter une nouvelle configuration dédiée. MAis tant q...Dites moi, la config IGH ne sort pas les IGH+ ?
J'ai quelqu'un qui souhaite voir ses IGH+, mais comme ils sont mineurs dans le fichier, en multi ca ne les ressort pas.
Il faudrait ajouter une nouvelle configuration dédiée. MAis tant qu'à faire, on pourrait imaginer une classification `splitted locus` ou quelque chose de ce genre là ? On y deplacerait la config IGH simple ?
Je crée la config (sur la base de multi), vous me confirmer avant de la mettre en accès à cet utilisateur (ou à tous).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4383Avoir une vue sur les classifications2020-06-25T20:33:35+02:00Mathieu GiraudAvoir une vue sur les classificationsQui montre les classifications, le nombre de configs dedans ?Qui montre les classifications, le nombre de configs dedans ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4384Suppression des patients2020-08-25T10:33:47+02:00Aurélie CAILLAULT-VENETSuppression des patientsBonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de C...Bonjour,
Suite à la MAJ de cette semaine, nous avons plusieurs constats:
- nous ne pouvons plus supprimer les dossiers créés en doublon;
- les échantillons nouvellement inclus ne peuvent plus être analysés sur notre version obsolète de Chrome. Les anciens profils ne sont pas impactés;
- sur FireFox, la prise en main est différente et notamment le copier-coller de la séquence d'un clone d'intérêt. Nous perdons la mise en forme avec la séparation de la région N. Il faut donc tout retrouver à la main ou alors enregistrer en html, ouvrir la page avec Internet explorer (navigateur par défaut) et faire le copier-coller comme ça.
Idem l'enregistrement de l'export en pdf est plus complexe qu'avec Chrome; l'accès est moins direct car il nécessite pdf creator. Si on veut rouvrir le fichier html avec Chrome et l'imprimer en pdf, ça ne fonctionne pas.
- concernant l'affichage des clones dans l'encart du haut à droite, nous avons constaté que l'allure des courbes a été modifiée. Au lieu de faire un graphique en points avec des droites, nous avons des courbes. Si c'est plus doux à l'oeil, en analyse c'est moins facile surtout quand on recherche les contaminations éventuelles dans un run. Est-il possible de modifier cette visualisation et revenir au système précédent?
Mise à part la suppression des dossiers en double, les autres points ne sont pas bloquants mais ils ralentissent l'analyse car il y a plus de petites étapes à faire pour obtenir un résultat.
Auréliehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4386Ne pas produire les fichiers clone.fa2020-07-28T19:06:22+02:00Mikaël SalsonNe pas produire les fichiers clone.faIl peut y avoir beaucoup de fichiers `clone.fa` (un par clone) quand on lance `-y all` (cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_353841). Cela prend de la place inutilement.
Il faudrait (par défaut ?) ne pas produire ce...Il peut y avoir beaucoup de fichiers `clone.fa` (un par clone) quand on lance `-y all` (cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_353841). Cela prend de la place inutilement.
Il faudrait (par défaut ?) ne pas produire ces fichiers : on a déjà l'info dans le `.vidjil`.
%"Algo 2020.07"Algo 2020.082020-08-06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4387Ne plus produire le `.vdj.fa`, sauf si nouvelle option2020-07-30T20:49:08+02:00Mikaël SalsonNe plus produire le `.vdj.fa`, sauf si nouvelle optionLa sortie est redondante avec d'autres informations et peut prendre un espace disque non négligeable, en particulier avec un `-y all`.
%"Algo 2020.07"La sortie est redondante avec d'autres informations et peut prendre un espace disque non négligeable, en particulier avec un `-y all`.
%"Algo 2020.07"Algo 2020.08Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4388Supprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de données2020-09-30T19:01:54+02:00Mikaël SalsonSupprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de donnéescf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer ...cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer dès qu'il est inséré (avec succès) dans la BDDhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4389améliorer le impersonate : bouton direct + bouton fin2023-10-26T16:01:26+02:00Thonier Florianaméliorer le impersonate : bouton direct + bouton finJe pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement inté...Je pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement intégrer un plugin reposant sur du jquery pour avoir quelque chose de facilement fonctionel et esthétique (pas certain que ce soit notre choix). Mais à la rigueur ca pourait possiblement être employé sur d'autres listes ?
* 3. avoir un bouton pour enlever le impersonate automatiquement sans avoir à remonter la liste pour cliquer sur la premier ligne de la liste.
Le 1 et 3 sont très simple à mettre en place je pense. Le 2 serait un vrai plus et éviterait d’avoir à passer par la table user pour retrouver un utilisateur que l'on souhaite impersonate, mais demande plus de réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4390MySQL error: Access denied for user root@localhost2020-07-01T16:34:59+02:00Mikaël SalsonMySQL error: Access denied for user root@localhostErreur notée par @Nordine-Feddal sur le conteneur MySQL. Revient toutes les 30 secondes. Ce n'est pas bloquant, mais c'est juste intriguant. Qu'est-ce qui essaie de se connecter toutes les 30 secondes à la base de données ?
On a stoppé ...Erreur notée par @Nordine-Feddal sur le conteneur MySQL. Revient toutes les 30 secondes. Ce n'est pas bloquant, mais c'est juste intriguant. Qu'est-ce qui essaie de se connecter toutes les 30 secondes à la base de données ?
On a stoppé le conteneur `workers` et les tentatives de connexion se sont poursuivies.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4391Effet nul du changement de permission sur un patient2020-07-01T11:22:58+02:00Thonier FlorianEffet nul du changement de permission sur un patientJ'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lect...J'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lecture). La procédure c'est bien passé, j'ai eu le bon retour du serveur (`access 'access' granted to GROUP`). Cependant, lorsque j'ouvre en impersonate d'un autre membre de ce groupe, je ne peux pas voir ce patient.
Au passage, dans la colonne groups de la page patient, je vois bien maintenant ce groupe apparaître (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174#note_358690).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4392Sample apparaissant en double dans la vue database2020-07-01T11:32:05+02:00Thonier FlorianSample apparaissant en double dans la vue databaseJ'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (...J'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (`default` par exemple), je me retrouve alors avec une seule occurrence de chaque sample.
Le nombre de fois ou un sample est visible n'est pas constant non plus. Certain apparaissent 2 fois, d'autre 3 et enfin un 4fois.
![Screenshot_20200701_105823](/uploads/db698ee347b8f5b24b250f263471905f/Screenshot_20200701_105823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4393Procedure pour transferer les patients d'un groupe à un autre2020-07-01T13:33:22+02:00Thonier FlorianProcedure pour transferer les patients d'un groupe à un autreJ'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques test...J'ai un utilisateur solo qui rejoint un groupe. Je voulais lui proposer de transférer ses données précédentes sur ce nouveau groupe.
Je ne suis pas certain de la procédure. Il y a quelques pistes dans #2485.
Je vais faire quelques tests avant de décrire la procédure dans la doc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4394loadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du top2020-07-09T09:36:07+02:00Thonier FlorianloadAnalysis; erreur si l'ordre des clones diffère de l'ordre du topUn bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.Un bug retrouvé à ~"LIL-Lille": https://gitlab.inria.fr/vidjil/support/lille-hemato/-/issues/10
Une fois validé, il faudra déployer le hotfix.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2269Affichage limité à 16 sample dans la vue d'un run2017-03-22T14:39:20+01:00Thonier FlorianAffichage limité à 16 sample dans la vue d'un runmail de Aurelie Caillault
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1 . Nous avons mis 17 échantillons dans le run 53_LAL et visuellement nous ne pouvons en voir que 16. Au départ nous pensions pouvoir utiliser l’épingle à droite pour y placer les échantillons qu’on avai...mail de Aurelie Caillault
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1 . Nous avons mis 17 échantillons dans le run 53_LAL et visuellement nous ne pouvons en voir que 16. Au départ nous pensions pouvoir utiliser l’épingle à droite pour y placer les échantillons qu’on avait regardés et ainsi accéder au 17ème échantillon non visible. Mais à place de l’épingle nous avons 3 petits points et du coup on ne peut rien faire. Est-ce lié au nombre trop grand d’échantillons ? Notre idée de départ n’est-elle pas possible ?
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Je viens de vérifier, et en effet, on a seulement l'affichage de 16 samples.
De plus, même lors de l'utilisation du "compare sample", il n'y a que 16 points visualisables. Le point manquant est le dernier de la liste des échantillons (sample88.ionXpress...)
Je me demande si il n'y a pas un bug avec la commande fuse qui supprimerai le dernier sample, comme une boucle avec un length-1 par exemple.
Je viens de trouver comment accéder au données brut (le run a été crée par Anne-Sophie BLANCHIS, et c'est la seul à pouvoir télécharger le resultat .dat brut), encore fallait-il savoir qui avait creer le 'run'. (affiché dans le log du report sample).
Pour finir donc, le fichier loadé par le serveur est en effet bien limité à 16 sample, donc le dernier est en dehors.Web 2017.03