vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-29T16:47:24+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4217Erreurs sur la segmenter page avec feature-c/axis-rework2020-09-29T16:47:24+02:00Mikaël SalsonErreurs sur la segmenter page avec feature-c/axis-reworkJob [#572928](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/572928) failed for a3f158bd4e15bceb9f11f04c32c35c272e6dc0a7:
En lançant chez moi FF v45 :
```
TypeError: this.m.system_available is undefined
scatterPlot.js:497:13
loadGermli...Job [#572928](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/572928) failed for a3f158bd4e15bceb9f11f04c32c35c272e6dc0a7:
En lançant chez moi FF v45 :
```
TypeError: this.m.system_available is undefined
scatterPlot.js:497:13
loadGermline : undefined com.js:146:13
initClones() com.js:146:13
ScatterPlot scatter_container: init() com.js:146:13
TypeError: Object.values is not a function
scatterPlot.js:1038:20
TypeError: Object.values is not a function
scatterPlot.js:1038:20
```
`Object.values` n'est valide qu'à partir de [FF 47 et Chrome 54](https://caniuse.com/#search=Object.values)
N'hésite pas aussi à essayer de ton côté avec [un FF 45](https://download-installer.cdn.mozilla.net/pub/firefox/releases/45.9.0esr/) (en utilisant la variable d'environnement `WATIR_BROWSER_PATH` pour spécifier le chemin vers celui-ci)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4213Le top de fuse n'est pas bon2020-03-16T15:56:59+01:00Thonier FlorianLe top de fuse n'est pas bonUne erreur que je pensais corrigé et dont je me suis aperçu l'autre jour. Le top n'est pas bon, nous avons un `<` au lieu d'un `<=` dans la fonction `cut`.
Concrètement, cela donne que si nous choisissons un top 10, nous n'avons que 9 ...Une erreur que je pensais corrigé et dont je me suis aperçu l'autre jour. Le top n'est pas bon, nous avons un `<` au lieu d'un `<=` dans la fonction `cut`.
Concrètement, cela donne que si nous choisissons un top 10, nous n'avons que 9 clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4206Des clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes données2020-04-22T18:47:42+02:00Thonier FlorianDes clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes donnéesEn lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en doubl...En lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en double.
Je viens de tester sur dev, et en effet, si on clic rapidement sur le boutons submit, on a de multiples chargement des données.
Il faudrait donc désactiver le bouton une fois qu'il a été cliqué pour éviter ce problème (solution la plus simple). Il faudrait aussi potentiellement voir du côté du serveur si il y a moyen de l’empêcher d’exécuter cette action en double, mais je ne sais pas comment faire pour qu'il le détecte.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4205FLASH : résultats non accessibles2020-06-25T19:57:08+02:00Mikaël SalsonFLASH : résultats non accessiblesDans le run 36406 des pre-process FLASH ont été lancés mais le log de résultat est inaccessible.Dans le run 36406 des pre-process FLASH ont été lancés mais le log de résultat est inaccessible.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4200En mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représenté2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier FlorianEn mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représentéVu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Scre...Vu ajourd'hui sur une demo, et reproduit sur 2 pc séparés.
Si nous changons la représentation du scatterplot en mode histo, nous n'avons plus automatiquement l'axe Y qui se met en mode size et indique ainsi la somme des barres.
![Screenshot_20200225_150650](/uploads/a8be0d27e1075ae843985c9ad5d7f0dd/Screenshot_20200225_150650.png)
Si on change dans la liste l'axe Y pour choisir size, nous avons de nouveau un axe Y.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4193Certains tests ne sont plus lancés2020-02-20T16:38:18+01:00Mathieu GiraudCertains tests ne sont plus lancésVu par @flothoni il y a deux jours:
> je viens de pousser des modifs sur !565 et !564. Et je m'aperçois que les jobs ne contiennt plus les stage habituelles mais jsute le release-tgz et deploy.
Bien vu.
Aïe, serait-ce une conséquence ...Vu par @flothoni il y a deux jours:
> je viens de pousser des modifs sur !565 et !564. Et je m'aperçois que les jobs ne contiennt plus les stage habituelles mais jsute le release-tgz et deploy.
Bien vu.
Aïe, serait-ce une conséquence de !597 ? D'autres choses ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4189Le timeout des jobs ne semble pas correspondre au temps déclaré2020-02-18T16:06:04+01:00Thonier FlorianLe timeout des jobs ne semble pas correspondre au temps déclaréEn testant une config un peu longue, je suis tombé sur un timeout.
Pour rappel, ce temps est défini dans defs.py
```
TASK_TIMEOUT = 2 * 60 * 60
```
Dans le cas de `vdb`, on avait rallongé le temps à 5h (je viens de vérifier). Or, le la...En testant une config un peu longue, je suis tombé sur un timeout.
Pour rappel, ce temps est défini dans defs.py
```
TASK_TIMEOUT = 2 * 60 * 60
```
Dans le cas de `vdb`, on avait rallongé le temps à 5h (je viens de vérifier). Or, le lancement c'est fait à 10h46, et il n'est pas encore 15h46...
Il est utilisé dans le `task.py`, lors d'un ajout
```
task = scheduler.queue_task("pre_process", args, repeats = 1, timeout = defs.TASK_TIMEOUT)
```
Est-on certain que ce paramètre est bien pris en compte dans le docker ? je ne vois pour l'heure pas d'autres raison.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4186Grep-reads non fonctionnel sur le serveur2022-05-05T16:12:17+02:00Thonier FlorianGrep-reads non fonctionnel sur le serveurSi nous lançons le grep-reads depuis l'interface, outre les délai qui peuvnet dépendre de la file, nous avons une erreur:
```
The following arguments were not expected: --grep-reads /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.a2d00355976...Si nous lançons le grep-reads depuis l'interface, outre les délai qui peuvnet dépendre de la file, nous avons une erreur:
```
The following arguments were not expected: --grep-reads /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.a2d00355976829aa.6f75745f2e617373656d626c65642e6661737471.fastq
```
La donnée de séquence ne semble pas être transmise, et donc nous avons un échec du job.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4183Lignes des graphiques d'export du rapport mal positionées2020-02-13T14:55:09+01:00Thonier FlorianLignes des graphiques d'export du rapport mal positionéesLe problème est présent sur firefox et chrome.
Nous observons sur les graphique du rapport un décallage des lignes, qui ne sont plus centré par rapport au axes, mais collé au bord droit de la zone graphique.
J'ai fait un git bisect, j...Le problème est présent sur firefox et chrome.
Nous observons sur les graphique du rapport un décallage des lignes, qui ne sont plus centré par rapport au axes, mais collé au bord droit de la zone graphique.
J'ai fait un git bisect, je trouve 68c3fd044d70042d9f9ec6976f133d21f75fa13a comme premier commit à problème.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4182Points décalés dans le rapport2020-02-26T16:19:25+01:00Mathieu GiraudPoints décalés dans le rapportLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothoniLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4181Des clones segedited avec de nouvelles germline bloque l'interface2020-03-30T12:07:50+02:00Thonier FlorianDes clones segedited avec de nouvelles germline bloque l'interfaceEn lien avec #4100
Si on a un clone dans un `.analysis` avec un germline qui n'est pas présent dans le `.vidjil`, ,nous avons des erreurs.
Il faut donc penser a jouter cette nouvelle germline /system_available dans le model.En lien avec #4100
Si on a un clone dans un `.analysis` avec un germline qui n'est pas présent dans le `.vidjil`, ,nous avons des erreurs.
Il faut donc penser a jouter cette nouvelle germline /system_available dans le model.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4178La légende ne s'affiche que pour les tags2020-07-24T12:26:40+02:00Mikaël SalsonLa légende ne s'affiche que pour les tagsLorsqu'on sélectionne le productivité comme mode de coloration, la légende ne s'affiche plus dans la boite d'info.
Un git bisect me donne ce commit : 85345d1dfeab638ddab2304b68e4df460365a243.
Mais sera probablement rectifié avec !601 (...Lorsqu'on sélectionne le productivité comme mode de coloration, la légende ne s'affiche plus dans la boite d'info.
Un git bisect me donne ce commit : 85345d1dfeab638ddab2304b68e4df460365a243.
Mais sera probablement rectifié avec !601 (cc @duez).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4172fichier vidjil avec clone null dans l'interface web2020-02-11T10:46:03+01:00Thonier Florianfichier vidjil avec clone null dans l'interface webAvec la nouvelle option `--no-clone`, nous avons des fichiers avec des valeurs de clones qui sont égal à `null`.
L'interface dans ces cas là plante et nous n'avons aucunes information, ni les logs de dispo.
En lien avec #1773.Avec la nouvelle option `--no-clone`, nous avons des fichiers avec des valeurs de clones qui sont égal à `null`.
L'interface dans ces cas là plante et nous n'avons aucunes information, ni les logs de dispo.
En lien avec #1773.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4158Il est possible d'avoir plusieurs fois le même run pour un sample2020-01-24T09:40:11+01:00Thonier FlorianIl est possible d'avoir plusieurs fois le même run pour un sampleLorsque l'on assigne des liens vers des patients/runs, il est possible d'avoir plusieurs fois la même entrée. Dans ce cas, à la validation, nous nous retrouvons avec des entrées multiples dans la liste des samples du run par exemple.
Si ...Lorsque l'on assigne des liens vers des patients/runs, il est possible d'avoir plusieurs fois la même entrée. Dans ce cas, à la validation, nous nous retrouvons avec des entrées multiples dans la liste des samples du run par exemple.
Si on est inattentif au fait qu'un lien vers un run est déjà présent dans le `common sets` l'erreur est possible.
Il faudrait que la liste des liens apparaissant tiennent compte du contenu du common set et des sets déjà ajoutés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4144segmenter broken apres le chargement d'un second fichier2020-10-14T11:29:53+02:00marc duezsegmenter broken apres le chargement d'un second fichier
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai ...
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai pas la main sur "align" qui apparaît grisé. Ceci se corrige quand j'actualise la page
la fonction reset() du segmenter ne fonctionne plus avec les derniers merges
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4141Chargement très long depuis le hotfix2020-01-21T13:50:40+01:00Mikaël SalsonChargement très long depuis le hotfixSur ma machine j'ai un fichier .vidjil (et .analysis) pour L3 que je charge automatiquement quand j'accède au client en local.
Là je viens de remarquer que c'était trèèèèès long à charger. Après mesure cela a mis 1m30 contre quasi imméd...Sur ma machine j'ai un fichier .vidjil (et .analysis) pour L3 que je charge automatiquement quand j'accède au client en local.
Là je viens de remarquer que c'était trèèèèès long à charger. Après mesure cela a mis 1m30 contre quasi immédiat avant. Un git bisect me donne 76433f4.
J'aurais tendance à penser que c'est la cause de #4140.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4140Segmenter et clones synthétiques2020-01-21T12:09:54+01:00marc duezSegmenter et clones synthétiquesprobleme survenu avec Simona
> we have launched some analysis this morning.
> The process is "COMPLETED" but we are not able to see the results. If we select the botton "see results multi+inc+xxx" , the page with the result doesn't app...probleme survenu avec Simona
> we have launched some analysis this morning.
> The process is "COMPLETED" but we are not able to see the results. If we select the botton "see results multi+inc+xxx" , the page with the result doesn't appear.
le client plante au chargement du fichier
Apres quelques tests sur le fichier incriminé j'ai l'impression que le segmenter n'aime pas les clones synthétiques (otherTRB ...).
En filtrant les clones chargés par le segmenter le fichier se charge correctement.
le souci c'est que d'autres fichiers avec des clones synthétiques ne posent pas ce probleme et celui de Simona fait planter le client trop violemment pour que j'attrape le bug au debuggeur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4100Des clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le se...2020-02-13T11:02:57+01:00Thonier FlorianDes clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le segmenter[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nou...[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nous avons une erreur dans le fichier segmenter.js (function `computeAAseq`).
Je cherche encore le mécanisme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4094Le script tsne ne fonctionne pas toujours2021-09-29T17:14:41+02:00Thonier FlorianLe script tsne ne fonctionne pas toujoursJe viens de tester le cluster by similarity qui fait appel au serveur, et ensuite à tsne.js.
Il semble y avoir une erreur dans l'état actuel.
Voir [ici](https://app.vidjil.org/?set=25736&config=25)Je viens de tester le cluster by similarity qui fait appel au serveur, et ensuite à tsne.js.
Il semble y avoir une erreur dans l'état actuel.
Voir [ici](https://app.vidjil.org/?set=25736&config=25)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothoni