vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-04-28T12:10:42+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4777Rationaliser les appels à build_from_json2021-04-28T12:10:42+02:00Mathieu GiraudRationaliser les appels à build_from_jsonVu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?Vu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4776Réduire nos images Docker2024-03-27T14:31:48+01:00Mikaël SalsonRéduire nos images DockerNos images Docker s'appuient sur l'image Ubuntu 18.04 et installent de nombreux paquets. Tous les paquets existants sont-ils utiles pour l'exécution ou certains ne sont-ils utiles qu'à l'installation ?
Notre image serveur fait 180Mo, et...Nos images Docker s'appuient sur l'image Ubuntu 18.04 et installent de nombreux paquets. Tous les paquets existants sont-ils utiles pour l'exécution ou certains ne sont-ils utiles qu'à l'installation ?
Notre image serveur fait 180Mo, et l'image client fait 120 Mo. Il y a probablement moyen de diminuer cela.
Voir #3397 #3623https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4771Environnements de review et fuse server2021-05-19T12:33:05+02:00Mathieu GiraudEnvironnements de review et fuse serverThe following discussion from [!942](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/942#note_505052):
> Testé ensemble: 'connection refused' sur app de review serveur
> @duez: Je soupconne la ligne 763 dans task.py:custom_fuse ...The following discussion from [!942](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/942#note_505052):
> Testé ensemble: 'connection refused' sur app de review serveur
> @duez: Je soupconne la ligne 763 dans task.py:custom_fuse mais je sais pas trop comment contourner ca `proc_srvr = xmlrpclib.ServerProxy("http://%s:%d" % (defs.FUSE_SERVER, defs.PORT_FUSE_SERVER))`
> @mikael-s : Pourquoi tu soupçonnes cette ligne ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4770Tester l'installation binaire comme source2021-04-19T19:00:03+02:00Mathieu GiraudTester l'installation binaire comme sourcehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4764Interdire -3 le jour où on change d'autres options en ligne de commande2021-04-16T16:45:12+02:00Mathieu GiraudInterdire -3 le jour où on change d'autres options en ligne de commandeSuite à !947Suite à !947https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4763Mettre le répertoire browser/addons accessible à l'extérieur du Dock pour les...2021-04-16T07:48:01+02:00Mathieu GiraudMettre le répertoire browser/addons accessible à l'extérieur du Dock pour les addonsPour rendre possible !949Pour rendre possible !949https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4762Docker vidjil-algo2021-04-19T20:24:42+02:00Mathieu GiraudDocker vidjil-algoFaire une image autonome et prête à l'emploi, avec germlines et séquences de démo.
(Pendant qu'on y est, mettre aussi `-alpha` dedans ?)Faire une image autonome et prête à l'emploi, avec germlines et séquences de démo.
(Pendant qu'on y est, mettre aussi `-alpha` dedans ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4760Germlines custom -V / -J et findCDR3()2021-04-15T12:49:44+02:00Mathieu GiraudGermlines custom -V / -J et findCDR3()
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular...
Dans `germline.cpp`, pour ce qui vient d'un `.g`:
```
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular ? PHE118_TRP118_IN_GAPPED_J : 0) ;
```
(mais nous n'avons pas cela pour une des méthodes).
En tout cas, le `code` vau `custom` et ne permet pas de différencier si on cherche ou pas des CDR3. À vérifier, il n'est pas impossible que l'on cherche toujours ou jamais des CDR3 (avec `-3`), indépendamment du fait que la germline le permette ou pas.
Mais bon, on ne peut pas y faire grand chose...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4757axes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longues2021-06-11T14:47:03+02:00Mathieu Giraudaxes: avoir plus de place (responsive ?) pour les légendes longuesSuite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)Suite à !940
![ax](/uploads/acbffa2ca7be0fd02f1916c835270355/ax.jpg)marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4754Pouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)2021-04-14T11:35:00+02:00Mathieu GiraudPouvoir afficher de manière générique une feature de l'aligneur (ou un axe)Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut c...Depuis #4746 :
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_499892 :
> `toFasta` existe toujours, tout comme `isDNA`, `isAA`, `isPos`, `findPotentialField`.
Discussion avec @mikael-s et @duez : à voir si on veut conserver ce mécanisme (et restaurer les tests sur `findPotentialField` et autres), à savoir pouvoir afficher des choses même si elles ne pas décrites dans
`aligner_layer.js`.
Même question pour les axes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4753Warning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage p...2021-04-08T18:56:34+02:00Mikaël SalsonWarning s'affiche sur un coverage faible alors que ce n'est pas le coverage pris par fuseSur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en er...Sur un sample set avec plusieurs échantillons, dans l'un des échantillons le clone principal a un coverage faible. Du coup le warning est affiché alors que ce n'est pas la séquence consensus prise par le fuse. Le warning induit ici en erreur.
https://app.vidjil.org/31213-2?clone=0https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4747Internaliser un retry sur le NetTimeout du old-chrome2021-04-02T14:58:14+02:00Mathieu GiraudInternaliser un retry sur le NetTimeout du old-chromeVoir #4592.
Suggestion de @mikael-s
(comme on a internalisé le retry sur gpg #3610)Voir #4592.
Suggestion de @mikael-s
(comme on a internalisé le retry sur gpg #3610)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4745Import/export du serveur : conserver les identifiants2021-04-14T17:19:47+02:00Mikaël SalsonImport/export du serveur : conserver les identifiantsOn a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'...On a eu divers problème avec l'export et le réimport de données du serveur (#4717/#4718 mais aussi un souci où ce n'est pas le bon fuse qui était pris en compte).
Pourquoi ne pas conserver les identifiants tel quel ?
Et on placerait l'autoincrement sur les tables de la bases bien au-delà du niveau actuel afin de ne pas poser de problème si on doit réimporter de nouvelles données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4741Recherche de primers avec caractère dégénérée sur la première ou la dernière ...2021-10-27T11:05:31+02:00Mathieu GiraudRecherche de primers avec caractère dégénérée sur la première ou la dernière position@flothoni : "bioseq ne fonctionne pas dans ces cas-là, remplace cela par une substitution"@flothoni : "bioseq ne fonctionne pas dans ces cas-là, remplace cela par une substitution"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4740"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?2021-03-31T15:24:00+02:00Mathieu Giraud"Unknown" tant qu'on n'a pas envoyé sur IMGT ?The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) l...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_498331): (+1 comment)
> C'est voulu le point (et la zone verte #4737) lorsqu'on n'a pas les informations d'IMGT sur la productivité et le % d'identité ? Quand on a passe la souris au dessus du point on a un popup nous affichant « unknown ».
>
> ![aligner](/uploads/855c08725c89447119f426ea398f0758/aligner.png)
Mais bon, que mettre d'autre ? Rien au lieu de "unknown" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4739Templates .js2021-03-31T15:17:01+02:00Mathieu GiraudTemplates .jsThe following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477951):
> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plu...The following discussion from !836 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/836#note_477951):
> J'avais évoqué l'idée de stocker le template dans un .js plutôt que de devoir l'inclure dans chaque fichier HTML, ce qui est error-prone (mauvaise recopie, modification d'un fichier, oubli d'un fichier…).
>
> @duez a dit qu'il faudrait échapper tous les caractères problématiques si on le met dans une chaîne JS. Certes, mais ça ne me semble pas être un gros problème. On pourrait même ajouter une commande dans le Makefile qui prend le fichier HTML dans le répertoire template et qui en fait un JS qui va bien.
>
> Il y avait également le problème du chargement, qui doit se faire avant que l'aligneur se charge. C'est vrai mais on a déjà cette contrainte avec d'autres composants. Là non plus je n'ai pas l'impression que ce soit bloquant.
>
> Ça me semble quand même bien plus robuste d'avoir un Makefile qui produit le .js à partir du template HTML, .js qui est ensuite chargé par tous les fichiers nécessaires (index.html, segmenter_page.html, test_QUnit.html, d'autres ?).
@duez : "les templates, cela ne fonctionne pas en ce moment, pour avoir les choses en local"
Bref, revoir tout cela en avril après le freeze voir quelle direction on se donne pour la suite.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4732Réparer "add germline genes" sur le nouvel aligneur2021-03-24T15:00:03+01:00Mathieu GiraudRéparer "add germline genes" sur le nouvel aligneuraprès !836après !836marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4730Plus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too f...2021-04-01T17:38:13+02:00Mathieu GiraudPlus de STRAND avec nouvelles germlines dans des cas qui devraient être too few V/JPrend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -...Prend la suite de #2107 dans le cadre de !885.
Sur `bug2107.fa`, on a sur !885
```
UNSEG strand -> 5
UNSEG too few V/J -> 9
UNSEG only V/5' -> 1
```
là où avant on avait
```
UNSEG strand -> 3
UNSEG too few V/J -> 11
UNSEG only V/5' -> 1
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4729Ouvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlines2021-03-22T09:24:59+01:00Mathieu GiraudOuvrir le fichier de reads avant d'ouvrir les germlinesL'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.L'erreur `opening file` quand on donne un fichier de reads inexistant ne se voit que quelques secondes après le lancement de vidjil-algo. Le fichier pourrait être ouvert (même sans rien lire) avant cela.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4728Nouvelles germlines, séquence hors locus passant de too_few en only_V2021-04-01T17:38:13+02:00Mathieu GiraudNouvelles germlines, séquence hors locus passant de too_few en only_V`segmentation-2.fa` (tous les `L` sont des `-L`, ping #4727)
```
# Sequences outside any V(D)J locus
>too_few_vj-2
GCCTCAGGCCAGCCTTCCGCTCCTTGAAGCTGGTCTCCGCACAGTGCTGGTTCCGTCACCCCCACCCAGGGAAGCAGGTCTGAGCAGCTTGTCCTGGCTG
_L__________________...`segmentation-2.fa` (tous les `L` sont des `-L`, ping #4727)
```
# Sequences outside any V(D)J locus
>too_few_vj-2
GCCTCAGGCCAGCCTTCCGCTCCTTGAAGCTGGTCTCCGCACAGTGCTGGTTCCGTCACCCCCACCCAGGGAAGCAGGTCTGAGCAGCTTGTCCTGGCTG
_L___________________L__________L___________________________L___LLL__________L______________________
==================.=====
# 8 ! seed IGL UNSEG only V/5' 6.300249e+01 6.300000e+01/2.490249e-03
```
Cela fait beaucoup de k-mers pour quelque chose d'aléatoire, avec probablement un match d'au moins 18nt à la suite