vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-01-31T14:37:03+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5119How to store value inside warnings ?2023-01-31T14:37:03+01:00THONIER FlorianHow to store value inside warnings ?Some warnings include more precise text than just warning description. For example `Bad evalue; 0.2`or something of this type.
On an external script I made, some warnings are throw with this type of behavior. Should we ad a field in wa...Some warnings include more precise text than just warning description. For example `Bad evalue; 0.2`or something of this type.
On an external script I made, some warnings are throw with this type of behavior. Should we ad a field in warning for this?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5116Vidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germline2023-01-25T19:13:57+01:00THONIER FlorianVidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germlineThis [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K...This [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K__________________K__K_____________K____________________________________________________kkkkkkkk_kk______________________________K___________________________________________________________________"
In this case, locus IGL is search too.
Algo should be stopped if their is a better evalue for any other locus ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5117artifact sequence; be able to substract them from number of reads2023-01-25T17:30:48+01:00THONIER Florianartifact sequence; be able to substract them from number of readsWhen a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same s...When a clone is tagged as noise/artifact, we should offer the possiblity to subsrat is value from what is proportion of reads shown.
ex: IGH D7-27//J1. If it is seen at 50% and hidden or tagged as noise, other clone still at the same size.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4231Mauvaise mise à jour du graph après un changement de tag2023-01-25T17:21:25+01:00Mikaël SalsonMauvaise mise à jour du graph après un changement de tag@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça d...@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça demande de bien placer la souris.
On va modifier le tag du clone en rouge, pour cela on clique sur l'étoile et on va cliquer sur le 5è tag à la place (« standard (noise) ») mais il faut faire attention à ce que la souris soit bien à gauche pour que sa position ne soit pas au dessus du graph mais de la liste. Après avoir cliqué le menu se referme, ne plus toucher à la souris.
![select](/uploads/a0edd65d780fabed97b1587c217868c6/select.png)
Chez moi, et c'est le bug, le clone a disparu de la liste et du scatterplot mais pas du graph. Un problème d'update @duez ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4767Tests web / screenshots : décider si l'on utilise autre chose à côté de Watir2023-01-25T13:50:48+01:00Mathieu GiraudTests web / screenshots : décider si l'on utilise autre chose à côté de WatirIci discussion comparative :
- Watir (vu notre historique, même si on décide d'utiliser autre chose, on gardera encore)
- Cypress #3655 #4440 !671 (qu'on mentionne/évalue depuis... 2+ ans !)
- Puppeeter #3659
- Playwright #4766
Buts:...Ici discussion comparative :
- Watir (vu notre historique, même si on décide d'utiliser autre chose, on gardera encore)
- Cypress #3655 #4440 !671 (qu'on mentionne/évalue depuis... 2+ ans !)
- Puppeeter #3659
- Playwright #4766
Buts:
- Screenshots/doc #4224
- Un jour complémenter ou remplacer Watir ?
- Idéalement tester FF 32+78 / Chrome 49+79
@flothoni a désormais une grosse habitude à utiliser Watir... et apprécie beaucoup CypressTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2509Aligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolis2023-01-25T09:41:58+01:00Mathieu GiraudAligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolisSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1805Tester align / cgi en test fonctionnel/intégration2023-01-25T09:40:24+01:00Vidjil TeamTester align / cgi en test fonctionnel/intégrationIl y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016...Il y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016... s'installe tout seul quand on installe vidjil ?
***
Il y a un test sur align.cgi (algo/tests/cgi-align.should-get) ce qui n'est pas très extensif mais permer de vérifier qu'il y a un truc qui tourne. Le align.cgi est automatiquement créé avec un make. Voici la règle all du Makefile dans algo :
all: $(VIDJIL) $(ALIGN_CGI) $(SIMILARITY_CGI) $(SIMILARITY_TOOL)
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test: un peu mieux donc.
déploiement automatique : à rediscuter un de ces jours.
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@nobodyThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5113similarity et séquences vides2023-01-19T17:41:39+01:00Mathieu Giraudsimilarity et séquences vides
Curieux pour l'instant
Curieux pour l'instanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5070Bug in get_reads function from client/server2023-01-18T17:52:25+01:00Thonier FlorianBug in get_reads function from client/serverSince we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.Since we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5108Bug in download of results artifact files2023-01-17T15:31:47+01:00Thonier FlorianBug in download of results artifact filesSince commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.Since commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4165Nouvelle vue pour l'affichage des warnings2023-01-13T16:47:09+01:00Mikaël SalsonNouvelle vue pour l'affichage des warningsUne manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste ...Une manière d'améliorer l'affichage (car maintenant trop de warnings partout #4049) cela serait de proposer un panneau où tous les warning présents seraient listés (dans l'ordre de leur priorité).
Pour chaque warning on aurait la liste des clones concernés (dans une sorte de segmenteur ?). Parmi le lot de warnings, l'utilisatrice peut ainsi voir rapidement lesquels lui semblent les plus pertinents.
On n'aurait plus besoin d'inonder l'interface de petits :warning:, on pourrait se contenter d'afficher ceux vraiment importants. Et, dans le menu par exemple, on pourrait avoir une icône indiquant le nombre de warnings total, cliquer dessus permettrait d'accéder au panneau que je propose.Web 2022.122021-05-17https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5112Bilan sur les warnings et la nouvelle vue2023-01-13T11:37:27+01:00Mathieu GiraudBilan sur les warnings et la nouvelle vueSuite à !1240, regarder (une fois déployé ?) comment la nouvelle vue permet d'explorer les warnings, en particulier vu les motivations initiales de #4165. Veut-on régler les levels par défaut, en ajouter certains, mettre à jour d'autres ...Suite à !1240, regarder (une fois déployé ?) comment la nouvelle vue permet d'explorer les warnings, en particulier vu les motivations initiales de #4165. Veut-on régler les levels par défaut, en ajouter certains, mettre à jour d'autres choses?2023-03-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5111tSNE sur séquence en AA du CDR32023-01-12T15:58:08+01:00Mathieu GiraudtSNE sur séquence en AA du CDR3
- [x] similarity.cgi prend de l'AA aussi
- [ ] client: envoyer AA du CDR3 ==> @flothoni
- [ ] algo: BLOSUM62 ==> @magiraud
- [x] similarity.cgi prend de l'AA aussi
- [ ] client: envoyer AA du CDR3 ==> @flothoni
- [ ] algo: BLOSUM62 ==> @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5102Fuse, bad merge of sample warnings2023-01-12T15:31:57+01:00Thonier FlorianFuse, bad merge of sample warningsWarnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of war...Warnings of sample is not correctly design. We are not able to reasign these warnings to the correct sample.
On the client side, we don't show these values for the moment.
Need to be improve on the both side
* [ ] Better merge of warn (include sample position related to warning)
* [ ] Show warnings on the client ==> #5103https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5110Fusionner les warnings sur le même clone et plusieurs samples ?2023-01-12T15:29:35+01:00Mathieu GiraudFusionner les warnings sur le même clone et plusieurs samples ?
@flothoni : "mais le message peut être différent"
@flothoni : "mais le message peut être différent"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2213Killer les processus en timeout2023-01-09T11:48:15+01:00Mikaël SalsonKiller les processus en timeoutÀ l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère ...À l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère le worker après le timeout (ou il se libère tout seul, je ne sais pas), mais le processus n'est pas achevé pour autant.
La méthode à adopter peut avoir un lien avec ce qui est discuté dans #2165
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5107.gitlab-ci.yml : Utiliser workflow, rules ?2022-12-22T17:06:39+01:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml : Utiliser workflow, rules ?https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/workflow.html
https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#workflow
Pour l'instant nous gérons nos pipelines avec des `only` sur chaque jobs. Mais au final, nous avons bien des workflows bien différents, `featu...https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/workflow.html
https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#workflow
Pour l'instant nous gérons nos pipelines avec des `only` sur chaque jobs. Mais au final, nous avons bien des workflows bien différents, `feature-{csta}`... bien que souvent on en lance plusieurs. J'ai l'impression que, depuis plusieurs releases, gitlab ajoute des fonctionnalités liés à ces `workflow`, notamment avec les `rules`. Est-ce que cela vaudrait le coup d'utiliser cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5101Sample; show a little bar graph to show segmentation repartition and locus2022-12-20T13:48:58+01:00Thonier FlorianSample; show a little bar graph to show segmentation repartition and locusSomething like [on old ipod](https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcR6AmcfB2oBlMiTXDv5LzvJK8ArsuMCTacF3A&usqp=CAU)
Need to convert our log into structured data. (And to be able to retro-convert old data from string values).Something like [on old ipod](https://encrypted-tbn0.gstatic.com/images?q=tbn:ANd9GcR6AmcfB2oBlMiTXDv5LzvJK8ArsuMCTacF3A&usqp=CAU)
Need to convert our log into structured data. (And to be able to retro-convert old data from string values).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3280Les nouveaux samples sont ajoutés de multiple fois2022-12-20T13:40:26+01:00Thonier FlorianLes nouveaux samples sont ajoutés de multiple foisIl s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 ...Il s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 l'est 3 fois, ...).
Il me semble qu'il y avait déjà eu ce souci et que nous l'avions corrigé. Je ne me souviens pas si il s'agit d'une erreur dans l'entrée dans la base de données, ou bien d'une boucle dans le script d'affichage.
@RyanHerb @mikael\-s