vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-10-24T16:16:47+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3570Sous-classer SampleOutputAIRR() depuis un SampleOutputCSV()2018-10-24T16:16:47+02:00Mathieu GiraudSous-classer SampleOutputAIRR() depuis un SampleOutputCSV()Suite à #3358.Suite à #3358.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3593Moins de json dans Sample/CloneOutput ?2018-10-24T16:25:25+02:00Mathieu GiraudMoins de json dans Sample/CloneOutput ?Prend la suite de #3358.
Voir en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124650 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124819.Prend la suite de #3358.
Voir en particulier https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124650 et https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3358#note_124819.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3566Supprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?2018-10-24T16:27:47+02:00Mathieu GiraudSupprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA...On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA001CPAUQ.1|-[106,232]-#2 - 127 bp (54% of 232.0 bp) + VDJ 1 54 73 84 85 127 IGHV3-23*05 6/ACCCGGGAGGAACAATAT/9 IGHD6-13*01 0//5 IGHJ4*02 IGH SEG_+ 1.952469e-18 1.644625e-18/3.078448e-19 {52(45)96 p CTREEQYSSWYFDFW}
CTGTACCTGCAAATGAACAGCCTG ...
```
Une fois que l'on a #2828, on peut se demander ce qu'on doit conserver.
Est-ce que ces headers sont utiles ? Oui pour ~"dev\-tests\-curated\-vdj", mais qui pourrait utiliser autre chose #3567.
On garde bien sûr la sortie `.vdj.fa`... mais :
- cas extrême : on vire ce header, ou tout ce qui est après l'espace
- ou, après la partie sans espace, on met directement le ` .tsv` AIRR #2828 (problème: trop long)
- ou au moins le *début* du .tsv, à supposer qu'on ait un ordre intelligent - (!xxx essaie de faire cela)
Dans tout les cas, au minimum, mettre la génération de tout cela dans une sous-classe de `CloneOutput` #3592.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3604vmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de trois2018-11-02T10:45:08+01:00Mathieu Giraudvmi et info : X5 sur deux lignes au lieu de troisDiscuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.Discuté avec @RyanHerb, probablement vient de `flex`.
~"priority\-1\-low" car a priori n'affecte que des cas particuliers type Demo X5.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3603Séparateur horizontal au bon endroit2018-11-02T17:16:22+01:00Mathieu GiraudSéparateur horizontal au bon endroitajouté en js entre visu et visu2ajouté en js entre visu et visu2Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3612Le bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"2018-11-07T13:41:21+01:00Mathieu GiraudLe bouton CDR3 devrait être 2-3 pixels plus haut, aligné avec "toBlast"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3613Rajouter Demo-X5 au menu file des environnements de review2018-11-07T14:17:35+01:00Mathieu GiraudRajouter Demo-X5 au menu file des environnements de reviewhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3615Axes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?2018-11-07T16:37:15+01:00Mathieu GiraudAxes 'hide': les faire apparaître à certains moments ?Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)Au moins `VIdentity-IMGT` devrait être disponible quand on a des données à afficher.
(les afficher toujours ? bof, on risque de ne pas comprendre)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3611Signaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis2018-11-12T15:34:08+01:00Mathieu GiraudSignaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair d...@flothoni vdj#754 :
> il semble qu'il y ai beaucoup de fichiers `fastq.gz` qui n'en sont pas. (corrompu ou bien un autre format).
Est-ce que l'utilisateur est au courant ? Normalement il clique sur `FAILED` et il y a un message clair dans la fenêtre de log, est-ce bien cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/960Offline mode2018-11-20T08:49:02+01:00Vidjil TeamOffline modeDeux scénarios: réunion patients, conférences
On doit pouvoir visualiser et se ballader dans les données en offline, en ayant récupéré les données nécessaires (.json ?) juste avant
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Version cheap : les patients présents dans « l'histo...Deux scénarios: réunion patients, conférences
On doit pouvoir visualiser et se ballader dans les données en offline, en ayant récupéré les données nécessaires (.json ?) juste avant
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Version cheap : les patients présents dans « l'historique » pourraient être stockés en local. Pas possible de stocker dans les cookies (limités à 4ko — <hs>d'ailleurs taper limit size cookie dans Google, donne un résultat étonnant : il livre la réponse en gros et gras, extraite de StackOverflow </hs>).
- Stocker dans l'espace local de stockage (dont j'ai oublié comment il s'appelle) ?
→ Dans ce cas est-ce bien compatible avec différents navigateurs et différentes plateformes ?
- Stocker directement dans des variables ? (avoir une liste de modèles)
→ inconvénient : si on recharge la page/ferme le navigateur, c'est mort.
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http://en.wikipedia.org/wiki/Web_storage
Je ne connaissais pas, je ne sais pas si c'est usuel d'utiliser cela...
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(suppression tache doublon) crée un package avec tout les .data/.analysis de l'user
(+ une version du vidjil browser offline ?)
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#961, #962
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1707Bug : multi selection dans le barplot alors que la touche maj n'est pas utilisée2018-11-20T09:36:39+01:00Vidjil TeamBug : multi selection dans le barplot alors que la touche maj n'est pas utilisée
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@Cyanael
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1410Gérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone2018-11-20T12:13:10+01:00Vidjil TeamGérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/864Nomenclature Intron/KDE ?2018-11-20T12:15:33+01:00Vidjil TeamNomenclature Intron/KDE ?avoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEavoir un vocabulaire cohérent sur l'ensemble + concepts
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CDR3 / JUNCTION : maintenant on sait :)
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Discuté avec MP au petit-déj : il y a une nomenclature pour Intron et KDEhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2544Développement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil2018-11-20T12:29:12+01:00Ghost UserDéveloppement de la nouvelle interface (vmi) et intégration dans Vidjil### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient ...### Notes et documentation
Le module développé pour la nouvelle interface est actuellement appelé vmi, pour View Management Interface. Il est composé des fichiers `vmi.js` et `vmi.css`.
Une variable `vmi` est définie et contient les attributs/fonctions nécessaires à la gestion des vues, notamment le constructeur `vmi.View`. La documentation des différentes fonctions a été ajoutée dans `vmi.js`.
Les fichiers `vmi_mocker` (js et css) ne font pas partie du module à proprement parler, mais regroupent le code JavaScript et les règles CSS utilisés pendant la conception du prototype -notamment les "fausses" vues/blocs de couleur- et ne devraient à terme plus avoir d'utilité.
Le module est voulu indépendant de Vidjil et son contenu ne doit pas y être lié, les valeurs particulières et les besoins de l'application doivent figurer dans l'utilisation du module par celle-ci.
Il est en revanche dépendant de jQuery.
- Les media queries présentes dans `vmi.css` sont certainement plus liée à Vidjil qu'à vmi. Par extension, cet aspect du responsive est sans doute différent de l'objectif de vmi ; et pourrait se retrouver dans d'autres fichiers (accompagné des changements de taille de police et d'autres adaptations nécessaires à une bonne lisibilité sur de petits écrans).
D'autre part, les valeurs actuellement présentes dans ces media queries sont amenées à changer, elles ont pour l'instant permis de tester le fonctionnement attendu mais ne seront sans doute pas les plus judicieuses une fois l'interface prête.
- Le travail sur le remplissage des panels et redimensionnement des vues est à compléter (je l'avais mis de côté pour passer aux interactions avec le menu), en témoignent les espaces blancs qui apparaissent avec les vues 5 et 6 (`solid`) du mocker.
- Dans certains cas, et pour une raison que je n'ai pas encore pu déterminer, le mode "edit" (actuellement déclenché par ctrl+clic sur une vue dans le menu) ne s'active pas. Le comportement se rétablit généralement après suppression(s)/rétablissement(s) des vues.. Ca reste mystérieux, à surveiller
- Le `menu-container` est pour l'instant copié dans `index2.html`, pour permettre au chargement des données de fonctionner et de donner des choses à afficher aux vues. C'est une solution temporaire puisque d'après ce que j'ai compris, le menu actuel est amené à bouger ou disparaître
- Les dernières modifications sur la branche `feature-c/prototype2` portent sur le problème décrit ici en commentaire et sur 2d446f4d4. Les choses à surveiller à ce sujet sont les accès au DOM dans les `init`, `update`, `resize`, et certaines réactions d'affichage entre les vues (par exemple le highlight des clones entre la liste, le scatterplot et le graphe).
Les commits liés à l'implémentation du booléen `vmi.View.on`, càd l'autre solution, ont été annulés sur cette branche mais sont toujours accessibles dans `feature-c/prototype-vmi_View_on` si besoin
- Les emplacements (`parentId`) donnés dans les appels à `vmi.View` sont "arbitraires", et correspondent à l'interface actuelle, ils pourront changer
- Une fonctionnalité intéressante, une fois l'intégration de vmi au point, serait de pouvoir stocker les choix d'affichage comme "préférences utilisateur"
- Avancement au moment d'écrire ces notes : les vues apparaissent dans le bon panel, mais leur contenu n'est pas encore opérationnel, le blocage semble venir de la récupération des données (voir les erreurs en console au chargement)
Je crois que l'essentiel y est, j'éditerai si d'autres choses me reviennent. Par ailleurs, je me tiens à votre disposition ici ou par mail, si certains points concernant vmi restent obscurs notamment, ou pour toute autre chose !Web 2018.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1694Bug d'affichage quand le focus sur un clone (% en bas à droite) est très long2018-11-21T09:20:33+01:00Vidjil TeamBug d'affichage quand le focus sur un clone (% en bas à droite) est très longexemple sur LIM (894), clone pricipal Intro/KDE
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@Cyanael @magiraudexemple sur LIM (894), clone pricipal Intro/KDE
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@Cyanael @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3579Rafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.2018-11-21T12:16:51+01:00Mathieu GiraudRafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-ê...Quand on est sur une page de sample, il serait pertinent qu'il y ait un reload (ou un AJAX) pour mettre à jour le statut des jobs. Tous les 20-30 secondes serait suffisant.
J'ai l'impression qu'on en avait parlé il y a longtemps, peut-être un doublon.
C'est peut-être complexe si on ne sait pas si l'utilisateur a modifié des choses sur la page.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3631Utiliser .gitlab/route-map.yml ?2018-11-26T07:48:45+01:00Mathieu GiraudUtiliser .gitlab/route-map.yml ?On pourrait avoir des liens à la "View app" plus flexible... mais pas sûr que cela nous serve, on n'a pas facilement une correspondance un fichier / une url à reviewer.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/environments.html#go-directly-from-so...On pourrait avoir des liens à la "View app" plus flexible... mais pas sûr que cela nous serve, on n'a pas facilement une correspondance un fichier / une url à reviewer.
https://docs.gitlab.com/ce/ci/environments.html#go-directly-from-source-files-to-public-pages-on-the-environmenthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3637sucess si pear assemble des fichiers de tailles différentes2018-11-27T16:56:56+01:00Thonier Floriansucess si pear assemble des fichiers de tailles différentesPour tester la nouvelle release, j'ai créé un patient, ajouté de nombreux fichiers, et testé d'en ajouter qui seront assemblés avec pear.
J'ai pioché dans un set de fichiers qui sont des résultats de `head -n` de différentes tailles qu...Pour tester la nouvelle release, j'ai créé un patient, ajouté de nombreux fichiers, et testé d'en ajouter qui seront assemblés avec pear.
J'ai pioché dans un set de fichiers qui sont des résultats de `head -n` de différentes tailles que j'utilise souvent pour ce genre d'occasions.
Aujourd'hui, j'ai voulu tester de mixer 2 fichiers de tailles différentes.
Je m'attendais à avoir un échec. Pourtant, nous avons vu un success et le processus vidjil a continuer normalement.
L'erreur de pear:
```
Computing empirical frequencies....: 1 Problem, number of reads does not match! n1 = 1000 n2 = 0
```
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3649Docker : ne pas les lancer avec l'utilisateur root2018-11-30T18:32:51+01:00Mikaël SalsonDocker : ne pas les lancer avec l'utilisateur rootCela éviterait des soucis comme #3638 (et probablement d'autres).Cela éviterait des soucis comme #3638 (et probablement d'autres).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2331Le lien vers igmt peut être erroné avec du xxx2018-12-04T12:30:51+01:00Thonier FlorianLe lien vers igmt peut être erroné avec du xxxUn cas présenté par imgt d'une séquence IGH (particulière scFv) est ségmenté (non correctement vu #2318).
Cependant, nous le notons comme IGH, et lors d'un clique sur imgt, ça nous renvoie vers une page TR d'imgt.
```
>AB001733
atg...Un cas présenté par imgt d'une séquence IGH (particulière scFv) est ségmenté (non correctement vu #2318).
Cependant, nous le notons comme IGH, et lors d'un clique sur imgt, ça nous renvoie vers une page TR d'imgt.
```
>AB001733
atggaggtgcagctggtggagtctggaggaggcttgatccagcctggggggtccctgaga
ctctcctgtgcagcctctgggttcaccgtcagtagcaactacatgagctgggtccgccag
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