vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-26T11:29:20+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4915Warning sur preprocess + remonter infos à côté de "analyzed reads"2021-11-26T11:29:20+01:00Mathieu GiraudWarning sur preprocess + remonter infos à côté de "analyzed reads"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4914Pouvoir exporter toutes les information présentes dans les info de samples2022-10-24T09:22:49+02:00Thonier FlorianPouvoir exporter toutes les information présentes dans les info de samplesDemande d'usager: pouvoir exporter les informations du log de l'algo ou du preprocess.
Probablement plus simple que la vue tableau pour voir l'ensemble de ces information sur les samples.
Permet aussi de remettre au goutr du jour une ...Demande d'usager: pouvoir exporter les informations du log de l'algo ou du preprocess.
Probablement plus simple que la vue tableau pour voir l'ensemble de ces information sur les samples.
Permet aussi de remettre au goutr du jour une sortie json du log, et une convertion pour les anciennes données.Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4913Pre-process >50 bp et >100 bp2021-11-26T14:09:54+01:00Mathieu GiraudPre-process >50 bp et >100 bpVu avec une usagère, serait utile (et même dans un premier temps sans #preprocessplusieurs). Pourrait être déployé sur le serveur public. #XXX.
En profiter pour mettre du log json grâce aux nouveaux mécanismes.Vu avec une usagère, serait utile (et même dans un premier temps sans #preprocessplusieurs). Pourrait être déployé sur le serveur public. #XXX.
En profiter pour mettre du log json grâce aux nouveaux mécanismes.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4912Pouvoir creer un fichier de séquences taggées depuis la database2023-06-28T17:34:40+02:00Thonier FlorianPouvoir creer un fichier de séquences taggées depuis la databaseL'idée ici est d'avoir un type de fichier particulier pour les tags. Avoir le moyen de charger un fichier, ou bien de copier/coller des séquences et que cela créé un fichier samples qui sera ajouté au set et analysable. On pourra aussi y...L'idée ici est d'avoir un type de fichier particulier pour les tags. Avoir le moyen de charger un fichier, ou bien de copier/coller des séquences et que cela créé un fichier samples qui sera ajouté au set et analysable. On pourra aussi y mettre des tags et dans son analyse, les clones seront donc automatiquement taggés, visible séparément sur la timeline.
Plusieurs aspects:
- pouvoir créer un fichier depuis un formulaire
- Avoir un format pour que ce fichier intègre les tags
- Que l'algo vidjil lancé avec la même config intègre les tags (déjà le cas ?àhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4911Pouvoir exporter les données du log du sample (et son preprocess).2021-11-19T17:39:12+01:00Thonier FlorianPouvoir exporter les données du log du sample (et son preprocess).C'est un tableau que l'on devrait pouvoir exporter assez simplement ne format csv. Mais il faudrait aussi pouvoir convertir le log du sample en données structurées et non plus en simple format texte.C'est un tableau que l'on devrait pouvoir exporter assez simplement ne format csv. Mais il faudrait aussi pouvoir convertir le log du sample en données structurées et non plus en simple format texte.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4910Retirer automatiquement des clonotypes "faux"2021-11-19T18:13:47+01:00Thonier FlorianRetirer automatiquement des clonotypes "faux"Je pense que l'on devrait retirer les clonotypes non spécifique (D7-27//J1, dimers, aspécifique) d'une simple action.
Pour certains, il faudrait pouvoir mieux les catégoriser. Mais pour le premier cas, on le signale déjà. Comment ne pa...Je pense que l'on devrait retirer les clonotypes non spécifique (D7-27//J1, dimers, aspécifique) d'une simple action.
Pour certains, il faudrait pouvoir mieux les catégoriser. Mais pour le premier cas, on le signale déjà. Comment ne pas en tenir compte dans l'analyse, du nombre de reads... Le mettre automatiquement en hide ? Autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4909Pouvoir afficher les valeurs d'affect2021-11-19T17:16:46+01:00Thonier FlorianPouvoir afficher les valeurs d'affectJ'aimerai parfois afficher cette valeur. On l'a dans les données, et je pense que l'on pourrait l'afficher dans le segmenter comme la qualité.J'aimerai parfois afficher cette valeur. On l'a dans les données, et je pense que l'on pourrait l'afficher dans le segmenter comme la qualité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4908Remplacer les tests Watir2022-03-23T13:49:10+01:00Mathieu GiraudRemplacer les tests WatirSuite de beaucoup de choses faites ces derniers mois pour %"Web 2021.11", rediscuté ensemble plusieurs fois.
Aurions-nous une nouvelle année sans tests Watir ?Suite de beaucoup de choses faites ces derniers mois pour %"Web 2021.11", rediscuté ensemble plusieurs fois.
Aurions-nous une nouvelle année sans tests Watir ?Web 2022.052021-12-31https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4907Avoir des mini tuto / screenshots de release2021-11-19T11:16:13+01:00Thonier FlorianAvoir des mini tuto / screenshots de releaseEn parlant avec ~"REN-Rennes", et probablement que l'ensemble des usagers est pareil, je m'aperçois que les anciens utilisateurs ne refont pas le tutoriel régulièrement et que la liste des nouveautés lors des release est assez abstraite....En parlant avec ~"REN-Rennes", et probablement que l'ensemble des usagers est pareil, je m'aperçois que les anciens utilisateurs ne refont pas le tutoriel régulièrement et que la liste des nouveautés lors des release est assez abstraite.
On pourrait pour la com avoir un détail plus important des nouveautés, accompagné d'un mini tutoriel au besoin. Pourquoi pas un article de blog qui pointerait visuellement les nouveautés, avec des captures/gifs pour être plus explicites.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4906vidjil-algo sous WSL ?2021-11-16T16:28:31+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo sous WSL ?évoqué avec @flothoni et @mikael-sévoqué avec @flothoni et @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4905Supprimer test_quality ?2024-01-29T16:46:49+01:00Thonier FlorianSupprimer test_quality ?Depuis de nombreux mois, nous avons test_quality qui ne fonctionne pas.
J'ai regardé rapidement, mais je ne comprend même pas comment ça ce lance ni d'où il tire ses instructions.
En attendant, ça ne marche pas et cache juste le résul...Depuis de nombreux mois, nous avons test_quality qui ne fonctionne pas.
J'ai regardé rapidement, mais je ne comprend même pas comment ça ce lance ni d'où il tire ses instructions.
En attendant, ça ne marche pas et cache juste le résultat final des tests depuis la page des MR.
il faut soit le fixer, soit le supprimer. L'erreur dans le log semble simple, puisque c'est simplement une option "--quiet" qui ne semble pas intégrer à docker, mais comme je ne localise pas le bout de code ...
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4904Preprocessing json; wrong path given for scripts2024-02-20T15:14:23+01:00Thonier FlorianPreprocessing json; wrong path given for scriptsDepuis que l'on a ajouté le json de preprocess, il y a une erreur dans les scripts contrib du rnaseq (@x-YLeBri). Le path est maintenant une concaténation `path_result,path_json_preprocess`. Cela perturbe le script. Je peux soit mettre à...Depuis que l'on a ajouté le json de preprocess, il y a une erreur dans les scripts contrib du rnaseq (@x-YLeBri). Le path est maintenant une concaténation `path_result,path_json_preprocess`. Cela perturbe le script. Je peux soit mettre à jour le script pour qu'il fasse le même travaille que le fuse qui le détecte, ou bien corriger pour que la valeur qu'il transmette en entrée du script soit déjà corrigée.
Corriger côté serveur permet de simplifier l'écriture des scripts. (@meidanis en tête)
Faire les deux est souhaitable, le hotfix du script étant probablement plus simple et rapide à déployer.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4903Smaller clones; les cacher quand le locus est filtrer2021-11-18T10:05:12+01:00Thonier FlorianSmaller clones; les cacher quand le locus est filtrerJ'y pensais pour !1078, et en plus @x-YLeBri pointe que ça le dérange dans son analyse.
Ça vous va si on les caches par défaut quand le locus est filtré ?
Je l’inclus aussi dans la MR 1078 ou pas ?
Dans la MR !1078, l'idée serait au...J'y pensais pour !1078, et en plus @x-YLeBri pointe que ça le dérange dans son analyse.
Ça vous va si on les caches par défaut quand le locus est filtré ?
Je l’inclus aussi dans la MR 1078 ou pas ?
Dans la MR !1078, l'idée serait aussi de cacher les clones de distributions "vides" dans la liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4902Hotfix à intégrer2021-11-12T22:11:41+01:00Mikaël SalsonHotfix à intégrer* !1076
* !1079
* !1074* !1076
* !1079
* !1074https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4901Erreur serveur lors de l'utilisation de QC-stats2022-05-03T15:34:53+02:00Mikaël SalsonErreur serveur lors de l'utilisation de QC-statsSur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File...Sur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1194, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1015, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 984, in getStatData
r[head] = model.decorate(r[head])
KeyError: 'pre process'
```
À corriger/tester.
Peut-être en lien avec #4840 ?Web 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4900Test Cypress serveur : test_0.js / firefox_latest échoue sur !10742021-11-19T20:39:47+01:00Mikaël SalsonTest Cypress serveur : test_0.js / firefox_latest échoue sur !1074`test_0.js` a échoué : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1511173
![Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_](/uploads/fbc152be6ce608f5ace26f92271e185c/Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_...`test_0.js` a échoué : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1511173
![Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_](/uploads/fbc152be6ce608f5ace26f92271e185c/Before_all_step_--_01-Remove_anon_for_public_grp__failed_.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4899Couleurs : légende manquante pour les axes IMGT2021-11-09T10:49:02+01:00Mikaël SalsonCouleurs : légende manquante pour les axes IMGTOn a deux axes de couleur pour IMGT (productivité et % identité) mais il n'y a pas de légende, on ne sait donc pas à quoi correspondent les couleurs.
Testé sur : https://app.vidjil.org/3241-32? après avoir récupéré les infos d'IMGT pour...On a deux axes de couleur pour IMGT (productivité et % identité) mais il n'y a pas de légende, on ne sait donc pas à quoi correspondent les couleurs.
Testé sur : https://app.vidjil.org/3241-32? après avoir récupéré les infos d'IMGT pour ces clones : https://app.vidjil.org/3241-32?clone=1,3,26,33,89,132,140,170,200marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4897Signaler s'il y a une erreur dans le conf.js2022-05-17T19:48:13+02:00Mathieu GiraudSignaler s'il y a une erreur dans le conf.jsSi par exemple une virgule manque, le client charge tout de même des valeurs par défaut... et n'informe pas de cela, ce qui peut mener (et a mené) à des quiproquo.
Si conf.js est mal formé, le dire fortement, pas uniquement en console, ...Si par exemple une virgule manque, le client charge tout de même des valeurs par défaut... et n'informe pas de cela, ce qui peut mener (et a mené) à des quiproquo.
Si conf.js est mal formé, le dire fortement, pas uniquement en console, mais même bloquer l'accès et mettre "bad configuration"
cc @duezWeb 2022.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4896Distribution vidjil-algo ? Debian, dock ?2021-11-04T17:32:47+01:00Mathieu GiraudDistribution vidjil-algo ? Debian, dock ?Évoqué avec @flothoni et @mikael-s
On avait cela il y a un certain temps...
Toujours en .deb ? en docker ? snap ?Évoqué avec @flothoni et @mikael-s
On avait cela il y a un certain temps...
Toujours en .deb ? en docker ? snap ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4895Interleaved R1&R2 fastq.gz2021-11-04T17:17:19+01:00Mathieu GiraudInterleaved R1&R2 fastq.gzMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothoniMentionné par un usager.
Est-ce un format standard ?
Probablement ~"wont-fix", mais juste indiquer dans la ~doc qu'on ne prend pas cela ?
cc @flothoni